genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88974190--88974399	47	4.5	47	93	0	341	26	23	13	36	1.92
88974404--88974488	44	1.9	44	83	4	109	24	22	14	38	1.91
88976801--88976967	55	3.0	56	91	1	273	27	13	25	33	1.94
88978544--88978628	40	2.2	38	79	8	98	17	14	32	35	1.90
88982206--88982516	47	6.7	45	75	12	213	24	27	18	28	1.98
88984092--88984133	22	2.0	21	86	13	59	28	4	7	59	1.44
88990884--88990919	15	2.4	15	100	0	72	19	25	22	33	1.97
88992479--88992513	16	2.1	16	89	5	52	31	5	5	57	1.46
88995392--88995425	10	3.1	11	87	12	52	26	5	8	58	1.51
89003197--89003372	46	3.8	45	78	10	185	22	20	28	28	1.98
89003193--89003364	93	1.8	93	91	0	281	22	20	29	27	1.99
89007558--89007766	53	3.9	53	82	3	256	37	17	23	21	1.94
89020663--89020790	45	2.9	45	83	5	156	24	28	21	25	1.99
89024598--89024638	8	5.1	8	96	0	73	24	29	21	24	1.99
89037100--89037161	21	2.9	21	74	11	63	48	25	1	24	1.60
89037265--89037304	20	2.0	20	85	0	53	47	30	0	22	1.52
89037666--89037715	3	16.7	3	87	0	73	70	0	4	26	1.05
89041787--89042066	9	31.7	9	84	4	347	45	21	0	32	1.55
89044523--89044587	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
89046057--89046109	26	2.0	26	82	7	63	39	20	15	24	1.91
89047685--89047713	12	2.4	12	100	0	58	10	24	51	13	1.72
89050692--89051807	47	23.7	47	97	0	2079	29	30	8	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89059293--89059345	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
89064119--89064257	43	3.2	43	90	2	217	28	33	17	20	1.95
89070359--89070538	48	3.9	48	76	11	203	28	26	19	25	1.99
89076336--89076556	40	5.6	40	81	6	245	27	28	20	22	1.99
89076336--89076556	80	2.8	78	83	6	275	27	28	20	22	1.99
89082935--89083013	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
89083132--89083693	47	11.8	48	95	1	886	29	29	8	33	1.86
89083143--89083693	98	5.7	96	95	1	912	29	29	8	33	1.86
89088833--89089053	40	5.6	40	81	6	254	27	28	21	23	1.99
89091537--89091631	27	3.4	28	86	2	120	25	12	29	32	1.93
89091562--89091644	27	3.0	27	85	5	87	28	12	26	32	1.92
89098815--89099229	115	3.6	116	94	1	685	29	25	17	27	1.97
89099360--89099394	16	2.1	17	94	5	63	68	5	0	25	1.11
89099611--89099656	23	2.0	24	84	16	62	39	2	2	56	1.24
89099708--89099749	14	2.7	15	78	14	50	45	28	0	26	1.54
89100214--89100284	37	1.9	37	88	0	106	19	1	29	49	1.57
89100368--89100528	41	3.9	41	88	0	241	23	25	18	32	1.97
89100367--89100547	41	4.4	41	84	2	238	21	23	20	34	1.96
89101115--89101150	18	1.9	18	88	5	54	61	19	0	19	1.35
89101372--89101435	34	1.9	33	90	3	101	25	26	21	26	2.00
89108263--89108347	43	2.0	43	97	0	161	18	29	15	36	1.92
89114716--89114888	46	3.7	46	77	10	199	22	19	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89114713--89114883	93	1.8	93	92	0	288	22	19	28	29	1.98
89115113--89115150	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
89116638--89116738	24	4.2	24	92	0	148	33	1	39	24	1.67
89118145--89118255	27	4.2	26	85	7	134	17	23	20	38	1.93
89124526--89124584	24	2.5	24	88	0	100	33	0	35	30	1.58
89125995--89126105	27	4.1	27	84	1	134	17	22	21	38	1.93
89134646--89134800	43	3.6	43	78	4	143	33	25	18	22	1.96
89140720--89140889	47	3.6	45	82	8	189	30	17	28	24	1.97
89149181--89149210	14	2.1	15	93	6	53	26	0	13	60	1.34
89151309--89151360	26	2.0	26	100	0	104	34	23	7	34	1.83
89151313--89151368	26	2.2	26	87	6	78	35	25	7	32	1.83
89154071--89154164	19	5.1	18	73	16	59	47	15	17	19	1.82
89154082--89154164	6	13.5	6	75	14	80	48	14	18	19	1.81
89154085--89154164	31	2.6	31	89	0	124	47	15	18	18	1.83
89154293--89154398	27	3.9	26	82	11	115	36	20	20	21	1.95
89154600--89154850	27	9.3	27	78	10	237	25	20	16	37	1.93
89154603--89154848	54	4.6	54	83	4	309	25	20	16	36	1.94
89154601--89154850	81	3.1	81	87	1	358	25	20	16	37	1.93
89154832--89155119	27	10.7	27	80	6	230	31	6	21	39	1.80
89154869--89155119	54	4.6	54	80	7	271	31	6	20	40	1.79
89154966--89155119	81	1.9	82	95	1	283	31	5	21	41	1.75
89158064--89158267	40	5.1	40	78	10	213	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89165484--89165524	21	2.0	21	90	0	64	60	4	7	26	1.43
89165985--89166015	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
89178462--89178495	10	3.4	10	100	0	68	29	11	8	50	1.69
89182056--89182320	103	2.6	104	91	0	424	29	30	20	19	1.97
89182648--89182712	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
89182655--89182712	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
89186758--89186787	5	6.0	5	100	0	60	20	0	0	80	0.72
89191433--89192211	1	779.0	1	100	0	1558	100	0	0	0	0.00
89200025--89200154	21	6.2	21	70	7	93	15	20	16	48	1.81
89200020--89200154	42	3.2	42	80	4	130	15	20	17	46	1.84
89207583--89207625	19	2.3	19	84	8	52	34	4	9	51	1.55
89211140--89211280	39	3.6	39	91	0	210	46	19	2	31	1.64
89212969--89213102	54	2.5	54	96	0	241	28	21	21	28	1.99
89215953--89216007	23	2.4	23	78	6	58	3	18	1	76	1.02
89217821--89217853	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
89225339--89225375	12	2.8	14	80	16	51	37	2	0	59	1.12
89227516--89227572	27	2.1	27	100	0	114	36	12	7	43	1.69
89227673--89227732	21	2.9	21	89	0	93	26	28	33	11	1.91
89231525--89231558	2	17.0	2	100	0	68	50	50	0	0	1.00
89231873--89232053	46	3.9	46	76	7	159	35	18	17	28	1.94
89232631--89232674	21	2.1	21	100	0	88	50	18	4	27	1.66
89234056--89234120	29	2.3	28	83	2	76	58	0	9	32	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89239617--89239641	9	2.8	9	100	0	50	68	0	0	32	0.90
89241943--89241978	18	1.9	18	88	5	54	75	2	8	13	1.15
89246246--89246301	19	2.8	20	84	7	71	42	7	17	32	1.77
89247182--89247681	131	3.8	132	90	1	668	34	17	18	29	1.94
89248227--89248271	17	2.6	18	82	10	67	66	4	6	22	1.33
89248484--89248535	17	3.1	17	82	0	50	53	3	9	32	1.51
89248691--89248859	43	4.0	42	91	2	266	24	18	34	21	1.96
89248691--89248858	85	2.0	85	91	2	275	25	19	34	21	1.96
89254917--89255106	9	20.6	9	72	11	107	37	1	13	47	1.52
89254917--89255079	71	2.3	69	84	4	202	38	1	12	47	1.50
89254953--89255137	96	2.0	90	86	9	259	38	2	11	47	1.53
89254893--89255106	114	1.9	114	84	5	290	38	1	13	47	1.51
89254953--89255137	87	2.1	87	84	7	234	38	2	11	47	1.53
89255211--89255266	15	3.8	15	76	21	64	51	0	1	46	1.11
89256155--89256183	15	1.9	15	100	0	58	48	20	6	24	1.74
89256384--89256752	183	2.0	183	96	0	684	42	14	15	27	1.86
89259675--89259723	15	3.5	15	76	21	61	30	0	53	16	1.43
89260004--89260061	28	2.1	28	83	6	73	36	29	1	32	1.68
89260038--89260081	21	2.1	21	91	0	70	34	34	2	29	1.70
89260303--89260350	7	6.9	7	97	0	87	29	54	0	16	1.43
89260456--89260534	41	1.9	41	94	0	140	22	24	18	34	1.97
89260477--89260906	62	6.9	62	98	0	824	22	25	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89265432--89265461	14	2.1	14	100	0	60	30	40	16	13	1.87
89266678--89266739	24	2.6	25	77	12	67	35	6	3	54	1.42
89266823--89266888	27	2.7	24	76	19	64	40	6	4	48	1.48
89279095--89279261	75	2.3	72	83	8	196	28	16	18	36	1.92
89279113--89279750	163	3.8	161	74	19	526	28	16	19	35	1.94
89279169--89279815	88	7.6	85	73	19	460	27	15	19	37	1.92
89279274--89279725	161	2.8	161	85	11	529	27	16	20	35	1.94
89279493--89279521	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
89279861--89279954	45	2.1	45	83	0	116	27	21	26	24	1.99
89280888--89280988	28	3.4	27	72	19	78	24	27	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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