genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72619485--72620284	49	16.4	49	97	1	1495	30	8	30	30	1.87
72642655--72643045	40	9.8	40	92	1	597	27	28	20	23	1.99
72642846--72642912	23	3.2	23	60	24	56	26	25	20	26	1.99
72650111--72650166	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
72650100--72650166	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
72650318--72650387	25	2.8	25	93	0	113	25	24	22	27	2.00
72661623--72661806	40	4.6	40	82	9	223	23	23	28	24	2.00
72661629--72661781	83	1.8	83	94	0	270	22	22	30	24	1.99
72669019--72669180	41	3.9	40	73	18	143	27	27	22	22	1.99
72672844--72673016	39	4.4	39	84	5	161	24	28	22	24	1.99
72672877--72673020	39	3.7	39	93	0	234	23	27	24	24	2.00
72674257--72674302	24	1.9	24	86	8	67	6	17	2	73	1.14
72674257--72674312	24	2.4	25	82	11	66	7	19	1	71	1.18
72680885--72680937	18	2.8	18	80	5	61	62	3	3	30	1.30
72681791--72681898	29	3.8	29	84	6	130	26	28	17	26	1.98
72681788--72681898	58	1.9	58	87	1	161	27	29	17	26	1.97
72681980--72682091	55	2.0	55	94	0	197	25	41	12	20	1.87
72682176--72682218	16	2.7	16	85	0	59	11	20	18	48	1.79
72683492--72683523	16	2.0	16	93	0	55	9	0	34	56	1.32
72684180--72684210	16	1.9	16	93	0	53	54	16	12	16	1.71
72684447--72684572	29	4.4	28	76	10	130	30	15	30	24	1.95
72689547--72689942	201	2.0	202	87	1	571	34	10	13	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72692949--72692986	20	2.0	20	84	5	51	36	10	2	50	1.51
72697677--72697818	43	3.3	43	86	5	180	15	22	29	32	1.95
72700758--72700828	33	2.2	33	100	0	142	39	12	8	39	1.74
72701478--72701535	24	2.4	25	80	11	66	29	17	31	22	1.96
72712316--72712374	21	2.8	21	84	5	75	25	22	35	16	1.95
72718248--72718425	27	6.6	27	82	5	171	29	28	15	26	1.96
72718269--72718424	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
72742003--72742289	40	7.2	40	88	2	362	23	19	27	29	1.98
72746541--72747041	40	12.6	40	88	2	713	23	21	26	27	1.99
72749916--72750017	42	2.4	43	80	6	109	28	24	19	27	1.99
72755665--72755716	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
72756369--72756478	27	4.1	27	83	4	114	22	21	20	34	1.97
72764630--72764754	43	3.0	42	79	6	144	34	16	22	27	1.95
72764877--72764923	23	2.0	23	100	0	94	38	12	12	36	1.82
72766251--72766300	20	2.5	20	96	0	91	24	40	26	10	1.86
72773928--72774078	43	3.5	42	82	7	171	32	23	15	28	1.95
72777226--72777410	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
72777207--72777410	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
72780735--72780918	67	2.8	64	80	8	194	22	30	17	29	1.97
72781866--72781912	22	2.1	22	100	0	94	34	23	21	21	1.97
72787289--72787329	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
72788542--72788571	15	1.9	16	93	6	53	20	20	6	53	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72791948--72791990	5	8.4	5	79	5	50	41	18	0	39	1.51
72795112--72795203	27	3.5	26	79	5	96	34	27	9	28	1.88
72795351--72795449	32	3.1	32	76	13	105	40	24	4	31	1.74
72798353--72798397	23	2.0	23	81	0	54	20	15	24	40	1.91
72803141--72803230	28	3.2	28	90	3	137	35	28	6	28	1.83
72803337--72803426	27	3.2	28	78	7	103	20	24	23	32	1.98
72803347--72803437	27	3.2	28	79	4	85	21	26	19	31	1.98
72803337--72803451	55	2.1	56	80	8	128	19	24	21	34	1.96
72811063--72811154	28	3.3	29	90	6	145	34	28	7	29	1.85
72811260--72811349	28	3.2	27	78	7	92	20	23	23	33	1.97
72818527--72818652	23	5.4	23	78	11	123	21	23	19	35	1.96
72818516--72818664	45	3.2	45	78	13	142	22	22	20	34	1.97
72820706--72820959	53	4.8	53	77	9	218	36	17	24	21	1.95
72820716--72820912	108	1.8	109	86	5	292	34	16	25	23	1.95
72821156--72821186	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
72826630--72826758	47	2.7	47	89	0	195	31	6	33	28	1.84
72839178--72839214	19	1.9	19	100	0	74	62	5	5	27	1.39
72841734--72841791	30	1.9	30	93	6	100	32	22	0	44	1.53
72844646--72844688	19	2.3	19	84	8	52	58	0	9	32	1.30
72844646--72844695	20	2.5	21	75	12	52	56	0	10	34	1.33
72844823--72844856	17	2.0	17	88	0	50	35	2	8	52	1.47
72845640--72845674	15	2.4	15	90	4	54	31	0	2	65	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72847370--72847439	19	3.8	19	87	11	110	34	0	22	42	1.54
72847975--72848609	126	5.0	126	92	0	984	35	16	18	28	1.93
72851797--72851836	21	1.9	21	84	0	53	7	20	42	30	1.79
72852083--72852120	18	2.1	18	95	0	67	39	10	26	23	1.87
72852707--72852739	7	4.7	7	100	0	66	57	15	0	27	1.38
72853666--72853710	23	2.0	23	82	8	56	55	6	2	35	1.38
72853704--72853840	50	2.8	47	84	8	177	52	5	8	33	1.54
72853949--72853981	16	2.0	17	88	5	50	45	3	3	48	1.33
72857989--72858145	77	2.0	77	87	4	228	28	5	10	54	1.58
72861632--72861658	14	1.9	14	100	0	54	66	0	3	29	1.09
72864481--72864523	23	1.9	23	90	4	70	25	16	16	41	1.88
72868166--72868330	83	2.0	83	98	0	321	32	26	7	32	1.85
72868588--72868765	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
72868609--72868764	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
72872858--72872918	21	2.8	22	80	9	81	36	26	22	14	1.93
72872849--72872928	21	3.7	22	76	6	65	38	25	20	16	1.92
72873303--72873359	15	3.9	15	90	2	89	50	12	0	36	1.40
72874629--72874745	5	23.2	5	99	0	225	58	0	0	41	0.98
72874768--72874796	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
72883451--72883493	21	2.0	21	91	8	70	39	13	13	32	1.85
72888248--72888277	12	2.5	12	94	0	51	40	40	10	10	1.72
72888681--72888710	14	2.2	13	94	5	51	0	16	0	83	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72907389--72907432	21	2.1	21	100	0	88	43	0	9	47	1.35
72925780--72925996	47	4.6	47	89	2	326	32	8	30	28	1.87
72925780--72925996	96	2.3	94	92	3	362	32	8	30	28	1.87
72926114--72926251	37	3.7	37	93	0	222	25	18	31	25	1.97
72927232--72927323	46	2.0	46	97	0	175	31	13	30	25	1.93
72929147--72929213	11	6.5	11	76	13	79	38	14	17	28	1.90
72929136--72929195	31	1.9	31	90	6	95	36	13	18	31	1.89
72929160--72929213	20	2.7	20	94	0	90	38	14	18	27	1.90
72929263--72929335	26	2.8	26	89	0	110	27	24	20	27	1.99
72930083--72930200	59	2.0	59	100	0	236	28	16	22	32	1.96
72939093--72939157	26	2.5	26	80	9	71	38	15	10	35	1.82
72945925--72946088	82	2.0	82	100	0	328	34	21	19	24	1.97
72947905--72948293	40	9.7	40	96	1	676	23	22	27	27	1.99
72955840--72955938	28	3.5	28	87	4	119	28	14	27	30	1.95
72957150--72957183	11	3.1	11	100	0	68	52	20	0	26	1.46
72958759--72958969	106	2.0	106	97	0	395	27	11	25	36	1.90
72959677--72960101	40	10.6	40	99	0	834	22	22	27	27	1.99
72961497--72961619	50	2.4	50	81	6	133	27	28	16	27	1.97
72961601--72961732	50	2.6	51	86	3	169	30	28	18	23	1.97
72981172--72981262	46	2.0	46	91	0	146	26	29	8	35	1.87
72981236--72981329	47	2.0	47	91	0	152	25	27	11	35	1.91
72986209--72986324	42	2.8	42	90	5	182	26	25	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72986296--72986465	36	4.7	35	70	16	107	25	28	17	28	1.97
72992613--72992671	25	2.6	21	71	19	64	18	20	18	42	1.90
72996623--72996789	43	3.9	43	80	3	185	31	23	14	29	1.95
72997644--72997677	18	1.9	18	88	5	52	44	20	0	35	1.52
72998739--72998786	24	2.0	25	87	4	71	25	20	16	37	1.93
73002254--73002346	40	2.3	40	87	3	125	43	19	19	18	1.89
73002254--73002460	41	5.1	39	83	4	191	35	21	22	20	1.96
73003073--73003121	24	2.0	24	100	0	98	53	0	4	42	1.20
73006850--73006883	17	1.9	18	94	5	61	35	11	29	23	1.90
73010156--73010212	26	2.2	26	80	3	60	28	19	17	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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