genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74923789--74923945	43	3.7	42	79	4	102	31	24	15	27	1.96
74923848--74923955	43	2.5	43	83	3	137	36	24	13	25	1.93
74928461--74928506	24	1.9	24	100	0	92	32	6	26	34	1.82
74933504--74933568	32	2.0	32	100	0	130	24	21	12	41	1.87
74934015--74934098	43	2.0	43	90	4	134	30	32	17	19	1.95
74941166--74941233	9	7.6	9	79	0	64	44	19	7	29	1.77
74941165--74941233	36	1.9	36	82	5	86	44	18	7	28	1.76
74941165--74941234	18	3.9	18	80	0	77	44	18	7	30	1.76
74941319--74941356	18	2.1	18	95	0	67	13	0	44	42	1.43
74943161--74943187	13	2.1	13	100	0	54	22	0	29	48	1.51
74948473--74948505	14	2.3	15	90	10	52	42	3	0	54	1.15
74949152--74949181	10	2.8	11	95	5	53	20	0	6	73	1.05
74949569--74949624	22	2.7	21	78	8	60	44	3	3	48	1.37
74956639--74957797	231	5.0	231	99	0	2300	27	14	22	35	1.93
74961567--74961640	38	2.0	37	81	7	87	16	28	9	45	1.78
74963687--74963864	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
74963688--74963843	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
74963684--74963864	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
74971324--74971471	79	1.9	73	88	8	215	33	12	12	42	1.79
74971527--74971561	17	2.1	17	94	0	61	20	17	20	42	1.89
74976488--74976532	22	2.0	22	100	0	90	17	22	26	33	1.96
74976820--74977264	88	5.1	88	90	1	610	33	17	13	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74984719--74984753	16	2.2	16	94	0	61	31	22	5	40	1.78
74997597--74997774	27	6.6	27	81	5	162	28	28	15	27	1.96
74997618--74997773	82	1.9	81	84	3	206	28	28	16	27	1.97
75006583--75006843	53	4.9	52	74	13	194	37	12	22	27	1.90
75010922--75011050	66	2.0	66	96	0	240	38	20	8	32	1.83
75012669--75012718	22	2.4	21	77	9	57	34	0	2	64	1.05
75012673--75012716	22	2.0	23	86	4	63	31	0	2	65	1.05
75012665--75012716	14	3.9	14	72	7	54	32	0	1	65	1.04
75019084--75019315	49	4.7	50	80	5	247	24	16	26	32	1.96
75021374--75021434	30	2.0	30	83	0	77	39	4	24	31	1.77
75022100--75022314	64	3.3	66	83	8	226	30	15	27	26	1.96
75022172--75022314	64	2.2	64	94	0	250	30	15	27	25	1.96
75022169--75022386	64	3.4	65	86	3	219	30	15	29	24	1.96
75025777--75025905	64	2.0	64	100	0	258	26	27	21	24	1.99
75025845--75026030	40	4.7	40	87	5	236	25	26	21	25	1.99
75032324--75032399	37	2.1	37	83	14	95	43	22	7	26	1.80
75054530--75054575	20	2.2	21	96	3	85	39	8	13	39	1.75
75055205--75055290	45	1.9	45	97	0	163	26	13	23	36	1.93
75059354--75059378	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
75061188--75061219	17	1.9	16	93	6	55	18	28	0	53	1.45
75068088--75068169	20	4.3	19	70	23	64	46	7	1	45	1.39
75068483--75068542	20	3.1	19	81	13	61	16	18	15	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75071015--75071044	12	2.5	12	94	0	51	6	23	40	30	1.80
75075515--75075667	28	5.5	28	89	1	220	31	28	14	25	1.95
75075515--75075667	83	1.8	83	87	2	227	31	28	14	25	1.95
75075514--75075692	56	3.2	55	86	2	223	31	29	13	25	1.94
75079005--75079043	21	1.9	20	84	5	51	46	20	2	30	1.64
75090054--75090225	93	1.8	93	93	0	299	27	29	22	21	1.99
75090046--75090221	46	3.8	46	80	10	214	28	28	21	21	1.99
75090097--75090240	46	3.1	46	71	18	136	29	27	20	22	1.98
75094569--75094609	14	3.0	13	86	10	55	70	0	2	26	0.99
75096437--75096623	48	3.9	48	85	2	259	22	17	32	26	1.97
75098025--75098103	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
75098222--75099399	49	24.2	49	97	1	2155	28	28	8	33	1.86
75102129--75102206	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
75102159--75102660	174	2.9	174	96	0	932	29	14	25	31	1.95
75106135--75106174	21	1.9	21	85	10	55	22	2	25	50	1.62
75106999--75107183	92	2.0	92	98	0	361	27	2	21	49	1.61
75113025--75113524	250	2.0	250	98	0	955	28	21	17	32	1.96
75114221--75114361	70	2.0	70	98	0	273	29	19	20	30	1.97
75114933--75115048	58	2.0	58	94	0	205	28	29	19	22	1.98
75116258--75116401	72	2.0	72	95	0	261	19	9	40	29	1.83
75118443--75118560	40	3.0	39	80	9	132	24	27	22	24	2.00
75137217--75137397	90	2.0	90	98	0	353	36	20	23	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75139296--75139528	82	2.9	81	89	2	335	24	29	21	24	1.99
75139296--75139528	122	1.9	122	89	1	360	24	29	21	24	1.99
75139296--75139529	40	5.8	41	88	6	316	24	29	21	24	1.99
75148460--75148501	20	2.1	20	95	0	75	33	16	14	35	1.89
75149775--75149835	26	2.3	26	85	5	77	27	19	16	36	1.93
75150990--75151026	18	2.0	19	89	5	58	21	16	16	45	1.84
75153422--75153491	21	3.2	21	70	18	70	20	12	27	40	1.88
75156382--75156450	21	3.3	21	87	2	95	11	24	8	55	1.64
75157628--75157660	13	2.4	14	85	10	50	51	12	0	36	1.39
75160520--75160707	49	3.8	49	78	2	223	27	18	25	29	1.98
75160515--75160702	100	1.9	100	93	0	322	26	19	25	29	1.98
75160936--75161010	38	2.0	38	97	0	141	36	16	24	24	1.94
75166230--75167026	100	7.9	100	98	0	1504	27	21	24	26	1.99
75170227--75170581	47	7.6	46	71	13	210	24	30	18	25	1.98
75170236--75170490	139	1.8	136	80	9	302	25	30	17	27	1.97
75170322--75170581	94	2.8	94	83	6	282	25	31	18	25	1.97
75177188--75177313	43	2.9	43	88	2	173	34	27	13	23	1.93
75188033--75188072	5	8.2	5	88	5	64	2	17	0	80	0.83
75193017--75193164	40	3.7	40	91	0	242	20	27	20	31	1.98
75200339--75200510	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
75200341--75200563	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
75200339--75200563	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75200495--75200572	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
75206484--75206533	24	2.0	25	96	3	93	30	12	36	22	1.90
75227561--75227620	30	2.0	30	90	0	93	40	6	23	30	1.80
75232436--75232577	53	2.6	53	80	6	160	35	19	23	20	1.95
75236985--75237144	39	4.1	39	95	0	284	20	26	30	22	1.98
75243747--75243953	53	3.8	53	76	3	198	36	16	24	21	1.94
75252179--75252210	15	2.0	17	88	11	50	56	18	12	12	1.67
75253809--75253847	11	3.6	11	86	3	53	56	10	0	33	1.33
75253809--75253852	5	8.4	5	80	9	52	56	9	0	34	1.31
75253809--75253852	11	4.2	10	82	8	52	56	9	0	34	1.31
75255582--75255711	49	2.7	49	83	4	165	29	20	28	22	1.98
75256140--75256197	29	2.0	29	100	0	116	48	0	24	27	1.51
75277027--75277224	38	5.2	38	91	0	317	18	22	27	31	1.97
75277218--75277345	46	2.9	45	81	7	131	25	24	26	23	2.00
75279408--75279473	30	2.2	31	91	2	107	12	18	0	69	1.18
75280657--75280924	150	1.8	147	85	2	383	27	12	7	52	1.64
75283827--75283879	25	2.1	25	100	0	106	28	22	7	41	1.81
75287723--75287976	127	2.0	127	100	0	508	40	37	7	14	1.74
75292477--75292521	24	1.9	24	90	4	74	24	0	22	53	1.46
75293724--75293763	18	2.3	17	86	4	53	52	10	0	37	1.35
75293737--75293781	21	2.1	21	83	4	54	51	8	0	40	1.33
75293755--75293787	17	1.9	17	93	0	57	45	12	0	42	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75293899--75293930	4	8.2	4	93	6	57	50	0	0	50	1.00
75300168--75300235	29	2.3	30	75	7	68	29	25	1	44	1.63
75300665--75301016	176	2.0	175	97	0	659	41	18	9	30	1.81
75306809--75306967	43	3.7	43	78	5	153	25	18	25	30	1.98
75309784--75309834	20	2.5	20	93	0	84	11	37	31	19	1.88
75319991--75320069	34	2.4	34	81	10	83	22	24	26	26	2.00
75321397--75321425	5	5.8	5	100	0	58	58	0	41	0	0.98
75322224--75322320	42	2.3	42	76	3	106	31	20	14	32	1.93
75323880--75324109	71	3.2	71	94	0	406	27	21	16	34	1.94
75325549--75325606	29	2.0	29	96	0	107	22	22	6	48	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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