genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20391761--20391801	18	2.2	19	83	12	50	21	4	9	63	1.44
20403964--20404021	24	2.4	24	82	0	62	18	51	3	25	1.62
20408145--20408188	23	2.0	23	86	13	65	50	2	9	38	1.47
20409027--20409294	47	5.7	47	82	1	304	17	16	22	42	1.88
20409027--20409291	94	2.8	94	84	2	343	17	16	22	43	1.88
20409188--20409291	22	4.5	22	70	14	75	15	19	24	41	1.89
20414456--20414610	43	3.6	42	74	6	116	32	27	14	25	1.94
20429102--20429184	39	2.1	39	86	4	114	36	2	9	51	1.48
20436927--20437217	3	97.3	3	69	10	98	29	8	1	60	1.34
20436869--20437114	15	16.4	15	68	18	104	29	7	1	61	1.31
20449538--20449699	79	2.0	84	86	6	235	45	1	14	38	1.55
20458234--20458279	18	2.6	18	80	13	58	67	10	0	21	1.21
20459673--20459777	22	5.0	22	69	14	87	19	22	16	41	1.89
20459680--20459754	39	1.9	39	94	0	132	18	22	16	42	1.88
20461958--20461996	17	2.3	17	86	8	53	0	30	0	69	0.89
20462054--20462101	2	24.0	2	86	0	69	43	0	6	50	1.27
20462056--20462101	12	3.8	12	100	0	92	43	0	6	50	1.28
20462363--20462388	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
20462592--20462648	24	2.4	24	90	0	87	42	17	5	35	1.72
20462939--20462990	3	17.3	3	100	0	104	65	0	0	34	0.93
20470290--20470356	20	3.3	20	78	0	71	40	5	19	34	1.76
20475691--20475875	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20475672--20475875	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
20478371--20478404	18	1.9	18	88	5	52	32	23	0	44	1.54
20478828--20478862	17	2.1	17	89	10	54	2	17	2	77	1.02
20484014--20484055	21	2.0	21	100	0	84	57	9	9	23	1.60
20486014--20486047	18	1.9	17	88	5	50	20	2	8	67	1.31
20487833--20487867	17	2.0	18	88	5	54	20	0	8	71	1.11
20489650--20489679	15	2.0	15	93	0	51	20	3	6	70	1.25
20489975--20490018	21	2.1	21	95	0	79	47	4	11	36	1.60
20490108--20490149	21	2.1	20	83	16	52	50	0	0	50	1.00
20490847--20490919	36	2.0	36	100	0	146	32	16	16	34	1.91
20491347--20491374	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
20492495--20492537	14	3.1	14	96	0	77	32	20	16	30	1.95
20498409--20498450	10	4.3	10	93	3	68	85	0	4	9	0.72
20499548--20499580	16	2.1	16	94	0	57	54	12	6	27	1.60
20504362--20504418	28	2.0	28	96	0	105	45	5	24	24	1.74
20508110--20508255	73	2.0	73	94	0	256	36	17	6	40	1.74
20515426--20515497	24	3.0	24	86	6	85	34	15	22	27	1.94
20515438--20515543	23	4.6	22	73	16	83	34	16	21	27	1.94
20535968--20536142	46	3.8	46	99	0	341	24	23	13	38	1.90
20539447--20539663	46	4.7	46	91	1	310	39	15	24	21	1.91
20539398--20539663	138	2.0	130	86	7	363	38	15	24	21	1.92
20539924--20539970	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20545352--20545406	29	1.9	29	85	10	78	20	36	21	21	1.95
20546525--20546691	46	3.6	46	72	13	146	23	27	19	29	1.98
20546330--20546691	48	7.6	48	69	17	188	24	27	18	29	1.98
20550311--20550425	40	2.9	40	85	5	169	26	22	26	25	2.00
20563339--20563460	40	3.0	40	82	11	160	23	22	30	22	1.99
20576619--20576650	12	2.6	13	90	9	50	25	40	0	34	1.56
20578083--20578295	46	4.6	46	97	0	363	20	22	28	28	1.98
20586827--20586931	53	2.0	53	84	3	140	20	27	18	33	1.96
20595808--20596216	48	8.7	48	74	11	223	24	29	17	27	1.97
20595967--20596123	45	3.5	44	83	4	181	25	26	17	29	1.98
20596098--20596219	47	2.6	46	79	7	138	23	31	18	25	1.97
20597719--20597799	23	3.6	22	73	17	76	34	19	19	25	1.96
20605082--20605411	48	6.9	47	76	8	240	24	29	18	27	1.98
20605130--20605252	46	2.6	45	77	11	122	24	28	17	29	1.98
20612966--20613041	23	3.2	23	67	26	68	26	28	15	28	1.96
20613037--20613114	25	3.2	24	67	20	63	26	30	14	28	1.95
20612738--20613199	48	9.7	48	83	5	481	24	30	17	27	1.97
20624468--20624540	34	2.1	34	85	5	94	32	19	23	24	1.97
20626871--20626899	14	2.1	14	93	6	51	27	6	10	55	1.59
20627956--20628088	46	2.9	45	77	10	155	28	30	20	21	1.98
20627961--20628103	46	3.1	44	71	22	116	29	28	20	21	1.98
20630471--20630559	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20630471--20630550	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
20630482--20630559	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
20633499--20633669	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
20633491--20633666	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
20645903--20646082	43	4.2	43	83	3	209	24	14	31	29	1.94
20646471--20646520	21	2.4	21	75	0	55	8	52	14	26	1.68
20652022--20652051	13	2.3	13	100	0	60	36	0	10	53	1.35
20652280--20652311	16	1.9	17	93	6	57	65	12	9	12	1.47
20653116--20653156	12	3.6	12	77	12	50	36	2	29	31	1.71
20653117--20653162	22	2.1	22	83	0	56	41	2	23	32	1.67
20655252--20655312	29	2.1	28	87	3	86	26	0	14	59	1.36
20655339--20655378	20	2.1	19	86	13	55	20	0	32	47	1.50
20656263--20656602	111	3.0	111	78	3	331	27	22	20	30	1.98
20669007--20669146	43	3.3	42	74	15	133	28	15	25	30	1.96
20671299--20671343	23	2.0	23	82	4	56	20	11	6	62	1.50
20684126--20684300	93	1.9	93	95	2	316	31	27	17	23	1.97
20684119--20684291	46	3.7	46	71	14	149	32	27	16	23	1.96
20684170--20684313	46	3.1	46	67	11	114	31	25	18	24	1.98
20687070--20687259	99	1.9	99	96	0	353	37	22	12	27	1.90
20689448--20689526	39	2.0	39	97	0	149	31	20	22	25	1.98
20697651--20697687	16	2.3	16	85	0	56	24	29	18	27	1.98
20698250--20698275	13	2.0	13	100	0	52	23	7	15	53	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20700432--20700490	27	2.2	27	81	3	66	45	0	16	37	1.48
20701739--20701773	17	2.1	17	100	0	70	42	11	17	28	1.83
20705435--20705469	16	2.2	16	100	0	70	57	11	5	25	1.56
20705825--20705942	50	2.4	49	84	8	143	23	24	21	30	1.99
20707950--20708176	46	4.9	47	78	11	191	25	19	33	21	1.97
20707952--20708153	93	2.2	93	81	7	232	26	18	32	21	1.97
20751532--20751595	27	2.4	27	81	0	74	23	23	20	32	1.98
20751551--20751730	27	6.7	27	83	1	218	25	18	19	36	1.95
20751551--20751730	80	2.2	81	87	1	254	25	18	19	36	1.95
20752757--20752802	24	1.9	24	95	0	83	17	17	28	36	1.92
20753051--20753084	17	2.0	17	94	0	59	17	32	8	41	1.80
20754824--20755263	220	2.0	220	100	0	880	23	23	21	30	1.99
20759939--20759969	13	2.4	13	94	0	53	19	9	16	54	1.68
20770992--20771047	12	4.7	12	82	8	69	12	25	0	62	1.30
20770987--20771047	24	2.5	24	83	0	77	16	24	0	59	1.37
20771145--20771186	14	2.9	15	79	10	52	0	19	4	76	0.96
20772076--20772107	11	2.9	11	90	0	55	18	3	6	71	1.20
20773420--20773495	40	1.9	39	84	7	100	28	26	1	43	1.63
20779850--20780017	40	4.2	40	83	3	212	21	23	29	25	1.99
20779850--20780017	80	2.1	80	89	2	257	21	23	29	25	1.99
20797785--20797852	34	2.0	34	88	0	100	22	25	20	32	1.98
20800780--20800844	34	1.9	34	90	6	96	29	13	27	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20800838--20801021	43	4.4	42	81	2	199	33	28	16	21	1.95
20800838--20801021	85	2.2	85	81	1	217	33	28	16	21	1.95
20801707--20802269	23	24.4	23	76	11	358	38	22	5	33	1.77
20801693--20801983	161	1.8	160	85	2	413	38	21	4	34	1.75
20801705--20802248	254	2.1	253	88	3	817	37	22	5	34	1.77
20801705--20802269	46	12.3	46	77	8	431	38	22	5	33	1.77
20804860--20804899	19	2.1	19	90	0	62	22	0	35	42	1.54
20805340--20805381	21	2.0	21	85	0	57	71	2	7	19	1.20
20805726--20805951	7	31.9	7	67	11	57	41	34	0	23	1.60
20805777--20805845	21	3.3	21	78	11	70	34	43	0	21	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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