genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22230206--22231008	290	2.8	289	90	4	1203	31	22	19	26	1.98
22233431--22233490	30	2.0	30	100	0	120	43	20	6	30	1.77
22234080--22234286	87	2.4	87	80	4	220	33	18	7	40	1.78
22234330--22234450	10	12.4	10	69	11	72	66	2	3	28	1.20
22234321--22234415	49	1.9	49	80	4	111	66	2	3	28	1.18
22234330--22234450	29	4.1	28	74	13	84	66	2	3	28	1.20
22238607--22238646	21	1.9	21	89	0	62	20	10	15	55	1.68
22240462--22240642	84	2.2	84	94	3	314	35	18	10	34	1.86
22247156--22247347	93	2.1	93	83	5	241	31	11	22	33	1.90
22248758--22248798	22	1.9	21	85	5	55	39	0	0	60	0.96
22252793--22252917	62	2.0	61	87	1	178	34	10	15	40	1.81
22253018--22253131	31	3.7	30	74	14	90	39	11	4	44	1.60
22253011--22253130	61	2.0	61	85	3	161	38	12	4	45	1.61
22259731--22259862	61	2.1	61	83	5	158	42	11	4	41	1.61
22263668--22263720	26	2.0	26	100	0	106	54	3	3	37	1.36
22265586--22265632	24	2.0	24	100	0	94	29	8	23	38	1.84
22266063--22266102	21	1.9	21	100	0	80	20	15	15	50	1.79
22267918--22268098	84	2.2	84	94	3	314	35	18	10	34	1.86
22273169--22273205	19	1.9	19	88	0	56	51	2	5	40	1.39
22274926--22275640	44	16.3	43	70	9	403	30	24	17	27	1.97
22274931--22275642	132	5.4	132	94	0	1176	29	24	16	28	1.97
22276558--22276598	1	41.0	1	100	0	82	0	0	0	100	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22289904--22290170	137	2.0	136	87	2	392	34	14	17	32	1.91
22290725--22290774	17	2.8	16	76	23	55	50	4	0	46	1.20
22290725--22290774	20	2.8	17	81	18	66	50	4	0	46	1.20
22290733--22290778	20	2.3	20	100	0	92	54	4	0	41	1.20
22299367--22299405	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
22299410--22300232	75	11.0	75	100	0	1646	37	8	21	33	1.83
22300381--22300478	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
22300383--22300471	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
22305071--22305101	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
22305480--22305510	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
22305497--22305565	21	3.4	20	69	16	61	53	7	1	37	1.38
22307026--22307076	16	3.1	16	81	10	59	9	11	3	74	1.19
22308581--22308613	17	1.9	17	88	11	50	3	36	0	60	1.12
22310793--22310831	19	2.2	17	86	9	51	74	15	5	5	1.17
22310771--22310830	31	1.9	31	83	6	77	70	11	6	11	1.34
22320259--22320293	3	11.7	3	90	0	52	0	2	37	60	1.12
22320247--22320287	18	2.3	18	91	0	64	2	7	36	53	1.42
22320245--22320293	12	4.1	12	86	0	62	2	8	36	53	1.43
22321515--22321572	20	2.8	19	84	10	71	65	3	0	31	1.09
22321743--22321803	23	2.7	23	76	14	63	50	1	0	47	1.10
22321763--22321833	30	2.3	31	81	13	76	56	2	1	39	1.23
22324380--22324445	30	2.2	30	83	5	80	46	9	15	28	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22331525--22331563	19	2.1	19	95	0	69	15	5	23	56	1.59
22332347--22332385	19	2.1	19	100	0	78	25	15	25	33	1.95
22338351--22338381	14	2.1	15	94	5	55	32	0	3	64	1.09
22342229--22342287	28	2.1	28	100	0	118	55	13	10	20	1.66
22346211--22346254	20	2.2	20	84	8	54	61	2	4	31	1.28
22347649--22347686	18	2.1	18	100	0	76	55	10	10	23	1.65
22357773--22357831	29	2.0	29	87	6	84	61	1	0	37	1.07
22357850--22357933	19	4.4	19	72	15	66	55	1	4	38	1.28
22357860--22357994	9	14.4	9	73	11	67	59	1	5	33	1.31
22357907--22357995	19	4.7	19	67	16	60	65	1	5	28	1.22
22357898--22357996	10	10.5	10	71	15	61	63	1	5	30	1.22
22358002--22358055	9	6.1	9	75	18	51	22	1	1	74	1.02
22358002--22358055	26	2.0	26	86	10	74	22	1	1	74	1.02
22358101--22358125	11	2.3	11	100	0	50	32	12	0	56	1.36
22360996--22361163	46	3.6	46	80	4	158	22	31	19	26	1.98
22362535--22362706	46	3.7	46	77	13	208	29	30	19	20	1.97
22362715--22362751	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
22364194--22364239	23	2.0	23	86	0	65	65	10	10	13	1.48
22375792--22375829	13	3.1	13	81	14	53	47	0	0	52	1.00
22377679--22377754	21	3.5	23	70	14	70	15	18	25	40	1.90
22384556--22384580	12	2.1	12	100	0	50	28	0	32	40	1.57
22384875--22384955	19	4.2	18	72	20	58	37	0	2	60	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22390915--22390982	22	3.1	22	73	12	68	66	5	5	22	1.36
22393994--22394037	22	2.0	23	90	4	72	45	2	6	45	1.42
22395414--22395455	21	2.0	21	86	9	59	38	21	2	38	1.67
22396700--22397098	45	8.9	45	92	0	600	26	18	15	38	1.91
22397393--22397443	20	2.5	20	80	0	66	33	13	27	25	1.94
22401145--22401210	24	2.9	24	82	10	68	65	0	1	33	1.02
22402541--22402756	112	1.9	112	93	1	371	37	11	8	42	1.72
22413046--22413180	71	1.9	71	84	3	182	31	22	15	30	1.95
22415611--22415635	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
22416451--22416487	18	2.0	20	84	10	51	40	2	5	51	1.39
22443129--22443262	61	2.2	60	77	1	142	42	12	2	42	1.55
22443146--22443282	61	2.3	61	79	1	141	44	13	1	40	1.53
22443648--22443763	61	1.9	61	82	3	144	39	6	12	41	1.68
22444402--22444431	9	3.3	9	95	0	51	86	3	10	0	0.67
22450292--22450358	19	3.3	19	78	15	71	53	1	2	41	1.25
22454874--22454907	15	2.2	16	89	5	52	70	0	8	20	1.13
22459488--22459610	54	2.3	54	94	1	212	33	17	26	23	1.96
22468814--22468844	15	2.1	15	100	0	62	67	12	0	19	1.22
22475160--22475238	38	2.1	37	79	9	90	51	1	7	39	1.38
22477844--22477879	18	2.0	18	88	0	54	55	0	2	41	1.14
22485525--22485664	74	1.9	74	83	2	183	17	10	18	52	1.73
22486948--22486978	8	3.8	8	95	4	53	9	9	0	80	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22486939--22486978	9	4.4	9	90	9	64	10	10	0	80	0.92
22487014--22487061	18	2.7	17	81	9	60	29	4	0	66	1.10
22487048--22487138	23	4.1	22	70	18	64	42	0	2	54	1.12
22487050--22487130	23	3.7	21	76	11	65	39	0	2	58	1.12
22487077--22487143	23	2.9	23	82	10	66	40	0	1	58	1.07
22487104--22487222	35	3.4	35	73	16	104	39	1	1	57	1.19
22487157--22487226	37	1.9	35	88	5	104	44	1	2	51	1.25
22487893--22487946	10	5.5	10	82	10	58	53	5	0	40	1.24
22487893--22487999	20	5.3	20	70	14	69	52	2	1	42	1.26
22487883--22487946	30	2.2	29	88	5	94	54	4	0	40	1.21
22487953--22487991	19	2.1	19	85	9	53	53	0	0	46	1.00
22489136--22489340	105	2.0	104	98	0	392	49	12	16	20	1.78
22489509--22489584	40	1.9	40	97	0	143	27	26	3	42	1.73
22489688--22489738	18	2.9	18	80	13	61	43	0	0	56	0.99
22489873--22489924	23	2.2	24	80	10	63	55	3	0	40	1.18
22489940--22490017	34	2.3	33	78	10	86	71	5	6	16	1.25
22490016--22490079	26	2.4	28	81	7	78	45	1	3	50	1.27
22490016--22490081	27	2.5	26	82	5	78	43	1	3	51	1.26
22490252--22490298	16	2.8	18	75	15	55	40	0	0	59	0.97
22490497--22490544	24	2.0	24	84	8	62	56	2	0	41	1.11
22490563--22490649	22	4.0	21	69	23	63	56	1	0	42	1.07
22490509--22490598	35	2.6	32	75	18	83	57	1	1	40	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22490563--22490636	23	3.4	22	80	9	71	55	1	0	43	1.08
22490561--22490651	23	4.1	23	73	19	61	54	1	0	43	1.07
22490638--22490685	18	2.7	17	75	9	51	66	2	4	27	1.21
22490639--22490712	37	2.0	37	85	12	100	68	4	5	21	1.26
22490728--22490772	10	4.8	10	83	10	60	80	0	11	8	0.92
22490729--22490771	9	4.8	9	88	11	70	79	0	11	9	0.95
22490730--22490770	8	4.8	8	85	11	55	78	0	12	9	0.98
22490728--22490773	19	2.4	18	82	10	65	80	0	10	8	0.91
22491853--22491898	15	3.1	15	76	17	60	28	8	8	54	1.61
22492321--22492353	4	8.5	4	86	6	50	72	0	24	3	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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