genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67325679--67325705	12	2.2	12	100	0	54	25	18	7	48	1.74
67325774--67325807	6	5.7	6	85	0	50	17	23	14	44	1.86
67332285--67332640	48	7.5	47	74	11	221	27	20	27	24	1.99
67332375--67332640	142	1.9	145	82	8	348	27	21	27	24	1.99
67334540--67335413	40	21.9	40	98	0	1628	31	20	23	25	1.98
67339654--67339691	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
67340963--67341035	28	2.6	28	93	0	119	31	17	26	24	1.97
67342256--67342288	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
67356362--67356402	20	2.0	20	90	0	64	26	26	36	9	1.88
67357546--67357709	46	3.6	46	77	13	144	21	30	20	27	1.98
67381767--67381844	40	2.0	40	97	0	147	20	19	14	46	1.84
67382262--67382322	30	2.0	30	93	0	104	45	4	18	31	1.70
67382262--67382318	18	3.5	18	73	26	63	45	5	19	29	1.72
67390410--67390603	65	3.0	65	90	0	298	19	19	17	44	1.87
67393648--67393750	46	2.2	48	86	6	140	35	13	24	26	1.92
67397987--67398089	46	2.2	48	87	3	147	34	14	24	26	1.94
67399415--67399444	12	2.6	11	90	10	51	66	0	0	33	0.92
67400683--67400716	11	3.1	11	95	0	59	11	8	14	64	1.49
67405441--67405500	18	3.3	18	75	9	59	30	15	11	43	1.82
67406673--67406716	19	2.4	19	81	11	56	0	27	0	72	0.85
67406744--67406768	13	1.9	13	100	0	50	12	16	0	72	1.13
67411475--67411557	37	2.2	38	85	12	109	44	12	20	22	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67412868--67412902	16	2.2	16	94	0	61	42	0	14	42	1.45
67413079--67413128	23	2.2	23	85	7	66	34	6	2	58	1.34
67413463--67413487	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
67415072--67415230	27	5.9	27	80	11	175	35	22	23	18	1.96
67415090--67415230	54	2.6	54	89	2	230	35	23	23	17	1.95
67416851--67416932	26	3.2	26	96	0	146	36	25	6	31	1.81
67422194--67422298	27	3.9	27	80	9	108	36	22	22	18	1.95
67423917--67424023	26	4.1	26	92	0	178	36	25	5	32	1.79
67425283--67425332	23	2.1	23	88	7	73	42	0	8	50	1.32
67431373--67431406	16	2.2	15	89	5	50	38	5	5	50	1.51
67432800--67432848	23	2.1	23	85	7	64	44	8	2	44	1.45
67437287--67437343	23	2.3	23	85	8	69	35	19	28	17	1.94
67438149--67438205	28	2.0	28	100	0	114	38	17	7	36	1.77
67445096--67445207	49	2.3	50	78	10	122	38	19	24	17	1.93
67458422--67458506	40	2.1	40	86	4	118	36	27	16	20	1.93
67460901--67461127	29	7.8	29	73	4	163	20	25	15	37	1.92
67460972--67461158	58	3.2	57	83	1	212	23	25	13	37	1.91
67461215--67461253	14	2.7	15	84	8	53	64	2	2	30	1.21
67466275--67466600	83	3.9	83	97	0	607	23	19	12	44	1.85
67471096--67471132	6	6.2	6	100	0	74	0	16	0	83	0.64
67474062--67474118	26	2.2	26	96	0	105	28	17	12	42	1.85
67476022--67476141	46	2.6	46	95	0	213	17	23	13	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67476022--67476180	46	3.5	45	86	3	201	20	22	12	44	1.85
67476162--67476277	45	2.6	45	87	0	169	21	23	17	37	1.93
67479997--67480029	17	1.9	17	100	0	66	21	54	0	24	1.45
67482414--67482457	22	1.9	24	86	9	65	43	2	13	40	1.57
67484788--67484829	20	2.1	20	86	0	57	23	30	16	28	1.96
67487135--67487228	36	2.6	36	81	3	116	26	22	27	23	1.99
67487577--67487610	17	2.0	18	88	11	54	41	8	0	50	1.34
67488676--67488701	12	2.2	12	100	0	52	26	23	7	42	1.81
67498863--67498931	34	2.0	34	100	0	138	40	14	8	36	1.77
67503166--67503216	24	2.1	24	96	0	93	50	0	11	37	1.39
67510259--67510369	46	2.5	44	81	10	109	30	18	27	23	1.97
67510999--67511034	18	2.0	18	100	0	72	11	5	27	55	1.57
67513493--67513696	17	12.0	17	100	0	408	41	11	11	35	1.78
67513687--67513731	23	2.0	22	82	4	54	42	2	17	37	1.62
67513998--67514032	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
67514045--67514094	25	2.0	25	96	0	91	26	8	0	66	1.19
67522506--67522804	78	3.8	78	88	3	411	32	18	24	25	1.97
67522827--67523003	45	4.0	45	88	1	257	29	12	30	26	1.93
67522834--67523003	89	1.9	89	90	0	268	28	13	30	27	1.94
67523369--67523466	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
67523369--67523459	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
67523369--67523482	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67523748--67523784	19	2.0	18	89	5	56	29	0	0	70	0.88
67528435--67528732	150	2.0	150	99	0	587	38	21	5	35	1.76
67529083--67529192	47	2.3	47	83	6	143	35	21	16	26	1.94
67529957--67529985	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
67534322--67534752	45	9.7	44	72	5	265	30	18	22	28	1.97
67534323--67534440	44	2.7	44	82	6	139	28	14	24	32	1.94
67534318--67534686	134	2.8	135	81	4	435	30	18	21	29	1.97
67536350--67536393	22	2.0	23	95	4	81	15	9	13	61	1.56
67536461--67536499	11	3.5	11	82	6	51	28	5	0	66	1.12
67536585--67536611	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
67538698--67538776	35	2.2	37	84	13	112	35	15	10	39	1.81
67538721--67538774	17	3.3	15	87	10	56	37	14	11	37	1.82
67538705--67538776	19	3.9	19	87	10	114	36	13	11	38	1.81
67539102--67539301	45	4.5	45	84	3	260	24	28	14	33	1.94
67539102--67539285	89	2.1	90	89	3	282	25	28	14	32	1.94
67539315--67539582	78	3.4	79	88	4	411	24	22	18	35	1.96
67539315--67539608	156	1.9	156	89	2	457	25	21	19	34	1.96
67539403--67539986	286	2.0	287	88	3	856	25	21	18	34	1.96
67539734--67539895	78	2.1	78	87	2	227	25	24	17	32	1.97
67548246--67548278	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
67548246--67548279	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
67548535--67548592	22	2.7	21	76	10	53	41	17	3	37	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67548571--67548642	19	3.9	19	85	10	114	36	13	11	38	1.81
67550982--67551081	51	2.0	50	82	7	121	44	13	1	42	1.50
67556386--67556424	17	2.2	18	86	4	53	64	5	2	28	1.28
67557935--67557970	17	2.1	17	90	10	56	50	0	0	50	1.00
67558587--67558611	7	3.6	7	100	0	50	24	0	12	64	1.27
67563418--67563471	21	2.6	20	85	8	81	9	27	5	57	1.52
67575957--67576020	30	2.1	30	82	5	76	54	3	0	42	1.16
67579943--67579968	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
67580002--67580077	30	2.8	28	74	21	72	55	0	0	44	0.99
67580020--67580077	22	2.5	23	86	8	82	58	0	0	41	0.98
67580028--67580114	38	2.3	38	88	5	124	59	0	0	40	0.97
67580114--67580139	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
67582887--67582925	20	2.0	20	94	0	69	71	7	12	7	1.29
67583081--67583131	19	2.7	20	85	14	72	66	0	33	0	0.92
67583065--67583134	15	4.2	16	77	18	63	65	0	32	1	1.01
67583249--67583274	9	2.9	9	100	0	52	23	0	11	65	1.25
67583232--67583318	35	2.5	36	84	3	115	41	1	10	47	1.45
67589706--67589769	13	4.4	14	70	18	51	25	4	1	68	1.17
67589301--67590362	146	7.1	146	81	10	1122	29	7	6	56	1.54
67590035--67590070	12	2.8	13	87	4	56	22	2	0	75	0.94
67589301--67590363	305	3.6	297	84	8	1186	29	7	6	56	1.54
67590546--67590599	25	2.3	23	76	14	56	29	3	0	66	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67590537--67590594	30	1.9	30	86	6	82	25	5	3	65	1.29
67591140--67591215	3	25.0	3	77	15	68	0	31	0	68	0.90
67591140--67591216	16	4.4	16	82	16	75	0	31	0	68	0.90
67591135--67591215	29	3.0	27	73	19	80	0	33	0	66	0.92
67591155--67591215	8	7.9	8	75	25	60	0	32	0	67	0.91
67594516--67594545	11	2.7	11	100	0	60	60	0	20	20	1.37
67595644--67595695	18	2.9	18	88	0	77	34	13	11	40	1.81
67596885--67596910	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
67597402--67597598	72	2.8	72	86	4	267	28	5	12	53	1.59
67599637--67599713	13	5.9	13	80	6	93	36	27	6	29	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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