genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78661114--78661957	81	10.4	81	99	0	1679	27	27	22	23	1.99
78664044--78664117	37	2.0	37	91	0	121	22	32	18	25	1.97
78671395--78671552	46	3.3	47	73	8	151	30	18	27	23	1.98
78671372--78671552	93	1.9	95	84	4	242	31	18	27	22	1.97
78671422--78671691	49	5.6	49	76	8	202	29	19	27	24	1.98
78676234--78676402	43	4.0	42	78	8	144	35	25	14	24	1.94
78683169--78683340	40	4.3	40	81	5	206	22	23	28	25	1.99
78683169--78683320	80	1.9	80	89	2	234	22	24	28	25	1.99
78688344--78688393	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
78690970--78691243	48	5.7	46	75	12	220	25	28	18	27	1.98
78690970--78691241	144	1.9	144	87	1	402	25	28	18	27	1.98
78690965--78691251	96	3.0	96	80	6	316	25	28	18	27	1.98
78694331--78694366	7	5.1	7	86	0	54	27	41	0	30	1.56
78696605--78696763	27	5.9	27	88	0	201	25	13	18	42	1.88
78697019--78697063	23	1.9	24	90	4	74	22	2	51	24	1.60
78701240--78701462	80	2.8	79	82	3	232	24	21	28	26	1.99
78701293--78701462	40	4.3	40	90	0	234	23	21	28	26	1.99
78701315--78701497	79	2.3	80	82	1	226	25	20	28	25	1.99
78709370--78709547	27	6.6	27	82	5	189	28	15	26	29	1.96
78709372--78709526	82	1.9	81	86	4	222	28	15	26	29	1.96
78711010--78711048	20	2.0	20	85	10	53	20	30	7	41	1.80
78714073--78714131	29	2.0	29	96	0	109	42	25	16	15	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78723784--78723896	46	2.5	46	79	2	129	33	15	26	23	1.95
78723970--78724021	27	1.9	27	88	0	77	30	25	23	21	1.99
78727751--78727834	42	2.0	42	97	0	159	28	25	21	25	1.99
78736270--78736447	66	2.6	67	80	15	172	21	28	16	33	1.95
78738453--78738490	7	5.6	7	96	3	69	10	13	0	76	1.02
78743560--78743790	41	5.7	41	76	2	241	28	27	21	22	1.99
78743560--78743755	81	2.4	81	100	0	392	28	27	21	22	1.99
78751745--78752588	81	10.4	81	99	0	1679	27	27	22	23	1.99
78754674--78754740	34	2.0	34	93	0	116	19	35	16	28	1.93
78762023--78762180	46	3.3	47	73	8	151	30	18	27	23	1.98
78762000--78762180	93	1.9	95	84	4	242	31	18	27	22	1.97
78762050--78762319	49	5.6	49	76	8	202	29	19	27	24	1.98
78766862--78767030	43	4.0	42	78	8	144	35	25	14	24	1.94
78773797--78773968	40	4.3	40	81	5	206	22	23	28	25	1.99
78773797--78773948	80	1.9	80	89	2	234	22	24	28	25	1.99
78778972--78779021	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
78781598--78781871	48	5.7	46	75	12	220	25	28	18	27	1.98
78781598--78781869	144	1.9	144	87	1	402	25	28	18	27	1.98
78781593--78781879	96	3.0	96	80	6	316	25	28	18	27	1.98
78784959--78784994	7	5.1	7	86	0	54	27	41	0	30	1.56
78787233--78787391	27	5.9	27	88	0	201	25	13	18	42	1.88
78787647--78787691	23	1.9	24	90	4	74	22	2	51	24	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78791869--78792091	80	2.8	79	82	3	232	24	21	28	26	1.99
78791922--78792091	40	4.3	40	90	0	234	23	21	28	26	1.99
78791944--78792126	79	2.3	80	82	1	226	25	20	28	25	1.99
78800356--78800475	61	2.0	61	100	0	240	33	18	21	26	1.96
78810660--78810726	21	3.2	21	62	19	50	29	19	31	19	1.96
78821622--78821767	48	3.0	48	81	5	154	22	16	27	33	1.95
78826627--78826849	80	2.8	79	81	3	223	24	21	28	26	1.99
78826680--78826849	40	4.3	40	89	0	225	23	20	29	26	1.99
78835339--78835364	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
78835753--78835789	7	5.3	7	100	0	74	13	56	0	29	1.37
78838054--78838181	39	3.3	39	91	0	193	29	18	26	25	1.98
78844157--78844562	27	15.0	27	82	4	442	28	22	8	40	1.83
78844157--78844563	108	3.8	108	87	2	507	28	22	8	40	1.83
78844570--78844766	27	7.3	27	82	2	207	37	18	19	24	1.94
78844571--78844766	54	3.6	54	84	5	252	36	18	19	25	1.94
78844579--78844766	81	2.3	81	84	1	243	36	19	20	24	1.95
78844965--78845044	27	3.0	26	88	3	106	20	25	20	35	1.96
78845135--78845193	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
78845549--78845650	6	16.8	6	75	17	95	19	17	14	48	1.82
78845549--78845650	30	3.4	30	89	6	152	19	17	14	48	1.82
78847830--78848050	23	9.6	23	81	2	230	31	24	19	24	1.98
78851590--78851718	46	2.8	46	93	0	213	19	20	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78856320--78856435	58	2.0	58	98	0	223	35	25	20	18	1.96
78856392--78856580	23	8.2	23	85	4	206	30	25	21	22	1.99
78859863--78859898	18	2.0	18	100	0	72	33	11	16	38	1.84
78863756--78863842	38	2.3	38	97	0	165	41	2	11	44	1.53
78865217--78865258	21	2.1	20	86	8	59	50	11	4	33	1.60
78875193--78876040	56	15.1	56	99	0	1678	46	8	21	23	1.79
78877895--78878023	47	2.7	47	85	2	150	31	7	32	27	1.85
78878146--78878224	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
78880497--78880694	78	2.5	79	81	3	231	35	11	22	30	1.89
78880558--78880729	78	2.2	77	86	6	231	37	12	23	26	1.91
78881317--78883109	296	6.0	295	90	2	2473	30	18	15	34	1.92
78884399--78884429	6	5.2	6	100	0	62	16	48	0	35	1.46
78891263--78891491	115	2.0	115	93	0	395	25	20	17	36	1.94
78897799--78897901	28	3.7	28	86	0	152	24	15	33	26	1.95
78897799--78897908	56	2.0	56	96	0	202	24	15	33	26	1.95
78898227--78898566	161	2.1	161	84	4	436	38	18	10	32	1.85
78898227--78898566	27	12.7	27	82	7	372	38	18	10	32	1.85
78898303--78898606	27	11.3	27	78	9	146	38	17	11	32	1.86
78898320--78898611	134	2.2	135	81	6	308	37	17	12	32	1.87
78902224--78902401	40	4.5	40	92	2	270	26	26	21	24	2.00
78927981--78928005	9	2.8	9	100	0	50	36	8	12	44	1.71
78937625--78937792	93	1.8	92	82	6	214	29	21	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78940282--78940367	43	2.0	43	95	0	154	24	16	37	22	1.93
78945174--78945351	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
78945195--78945350	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
78947903--78947978	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
78947690--78948005	47	6.7	47	93	0	526	33	8	29	28	1.86
78949552--78949644	47	2.0	46	91	0	141	16	21	18	43	1.87
78951021--78951123	44	2.3	45	83	6	122	32	25	16	26	1.96
78953126--78953241	60	1.9	61	85	3	155	21	28	14	34	1.93
78966912--78967076	90	1.8	90	82	2	215	26	26	19	28	1.99
78967005--78967093	42	2.1	42	80	0	97	30	31	13	24	1.94
78968621--78968730	31	3.5	31	97	0	202	27	24	18	30	1.98
78968936--78969073	26	5.3	26	86	2	199	27	22	19	30	1.98
78969850--78969936	27	3.2	27	91	3	131	18	26	20	34	1.96
78969990--78970041	27	1.9	27	88	7	79	34	11	11	42	1.77
78970080--78970284	81	2.5	80	89	4	306	29	8	20	41	1.82
78970080--78970392	27	11.6	27	79	4	247	31	8	19	39	1.83
78977030--78977089	29	2.1	29	100	0	120	56	3	3	36	1.32
78977617--78977656	19	2.1	19	85	0	53	42	12	10	35	1.76
78979540--78979659	47	2.6	47	84	7	147	32	25	15	25	1.96
78990040--78990145	50	2.1	50	96	0	194	33	20	24	20	1.97
78998905--78999027	43	2.9	43	87	4	169	24	20	30	25	1.99
78999063--78999141	22	3.6	21	79	3	77	16	30	24	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79002454--79002537	27	3.1	27	89	0	123	33	22	13	30	1.92
79002827--79002909	43	1.9	43	87	4	123	21	20	33	24	1.97
79003008--79003114	32	3.4	31	82	7	119	19	23	22	34	1.96
79004831--79004958	47	2.7	47	83	0	166	29	29	16	24	1.96
79010315--79010399	42	2.0	42	93	0	143	21	15	25	37	1.92
79013239--79013327	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
79013239--79013321	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
79013250--79013327	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
79015478--79015626	75	2.0	75	98	0	289	25	22	9	42	1.83
79018249--79018419	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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