genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  72  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23806702--23806862	76	2.1	77	96	2	306	18	24	23	33	1.97
23815489--23815672	40	4.6	39	80	9	185	23	22	28	25	1.99
23815541--23815695	79	2.0	79	84	5	206	24	20	28	26	1.99
23819308--23819454	70	2.1	70	98	1	285	27	14	17	40	1.88
23822610--23822747	55	2.5	55	77	8	145	31	28	24	15	1.95
23824591--23824642	23	2.3	24	84	15	67	21	9	3	65	1.38
23828185--23828279	29	3.3	29	85	2	122	30	25	12	31	1.93
23828497--23828533	16	2.3	16	95	0	65	13	24	13	48	1.78
23837493--23837544	27	1.9	27	84	0	68	34	25	7	32	1.84
23837531--23837608	27	2.9	27	98	0	147	34	20	23	21	1.97
23837526--23837638	54	2.1	53	80	4	127	35	19	21	23	1.96
23838266--23838317	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
23845242--23845324	27	3.1	27	89	1	123	34	20	24	20	1.96
23845955--23846174	100	2.2	100	96	0	413	22	24	20	33	1.97
23853870--23853895	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
23861749--23861794	21	2.2	21	84	0	56	78	0	2	19	0.86
23865426--23865464	16	2.4	17	91	4	62	48	35	7	7	1.61
23871645--23871816	27	6.4	27	86	0	227	35	19	20	24	1.96
23871644--23871797	81	1.9	81	93	0	263	37	20	19	22	1.95
23871817--23871870	27	2.0	26	89	3	81	22	18	20	38	1.93
23872449--23872594	71	2.1	71	89	0	220	19	26	21	33	1.97
23873016--23873054	21	1.9	21	89	5	62	28	2	10	58	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23873016--23873064	21	2.4	20	80	12	55	26	2	16	55	1.52
23876558--23876724	43	3.9	43	78	5	153	35	21	17	25	1.95
23881538--23881571	12	2.8	12	95	0	59	35	8	5	50	1.58
23888137--23888321	40	4.6	39	80	6	185	25	28	22	23	1.99
23888139--23888321	79	2.3	80	81	9	196	25	27	22	24	2.00
23903874--23904096	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
23904028--23904105	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
23905622--23905908	46	6.3	46	83	5	384	23	26	19	30	1.98
23906949--23906988	21	1.9	21	85	10	55	47	22	5	25	1.71
23914010--23914201	85	2.2	87	79	13	202	24	16	27	32	1.96
23913990--23914196	44	4.8	43	80	9	203	24	17	27	31	1.97
23920057--23920120	27	2.4	27	89	0	101	20	10	34	34	1.88
23923178--23923245	22	3.1	22	71	21	54	27	2	20	48	1.64
23926330--23926380	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
23931583--23931745	47	3.4	47	80	6	175	33	9	30	26	1.88
23931644--23931716	22	3.2	22	65	24	60	31	12	32	23	1.91
23931901--23932008	47	2.3	47	90	0	162	36	8	29	25	1.85
23931646--23932162	263	2.0	263	97	0	982	30	17	25	26	1.97
23934439--23934513	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
23938196--23938271	30	2.5	31	82	6	93	34	11	14	39	1.83
23938196--23938279	31	2.8	30	81	1	96	30	10	16	41	1.83
23939783--23939830	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23939825--23939882	27	2.1	27	81	6	64	50	12	0	37	1.40
23939854--23939883	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
23943233--23943333	5	19.6	5	74	17	82	72	0	2	23	1.05
23943236--23943333	11	8.9	11	77	14	80	72	1	3	23	1.05
23943238--23943330	47	2.0	48	83	10	120	73	1	3	22	1.05
23962140--23963491	40	33.8	40	98	0	1896	26	23	24	25	2.00
23971100--23971223	39	3.2	39	78	0	131	24	19	27	29	1.98
23984317--23984358	21	2.0	21	100	0	84	38	14	23	23	1.92
23990852--23990877	7	3.7	7	100	0	52	15	53	0	30	1.42
23991360--23991591	56	4.1	56	99	0	455	45	9	22	22	1.80
23993297--23993417	40	3.0	40	92	2	199	23	19	28	28	1.99
23993297--23993450	80	1.9	79	83	6	195	25	19	27	27	1.99
23995274--23995358	39	2.2	39	86	2	125	25	22	28	23	1.99
23995235--23995498	40	6.6	40	80	9	154	24	21	28	25	1.99
23995315--23996616	80	16.3	80	96	0	2122	25	21	27	26	1.99
23996792--23996843	25	2.1	25	85	7	70	28	7	32	30	1.85
24004107--24004356	40	6.3	40	90	3	292	24	21	28	26	1.99
24004054--24004356	80	3.8	79	84	3	342	25	21	27	26	1.99
24004054--24004356	120	2.5	119	83	3	358	25	21	27	26	1.99
24006144--24006337	40	4.9	40	93	0	327	22	28	22	26	1.99
24006117--24006337	80	2.8	80	88	2	331	22	27	23	27	1.99
24015593--24015704	55	2.0	55	94	0	197	24	25	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24020758--24020800	20	2.2	19	83	4	50	39	4	18	37	1.72
24021236--24021386	42	3.6	41	75	11	133	25	17	23	32	1.97
24021224--24021352	42	3.0	43	78	7	163	27	15	22	34	1.94
24021224--24021353	44	3.0	44	78	7	167	27	15	23	33	1.95
24021224--24021399	86	2.0	86	87	2	255	27	16	22	33	1.95
24028886--24029080	42	4.5	44	79	9	215	27	16	23	32	1.96
24028886--24029080	86	2.3	86	90	2	304	27	16	23	32	1.96
24028935--24029110	86	2.1	86	81	1	201	26	17	24	31	1.97
24036161--24036205	17	2.5	19	82	7	58	6	24	44	24	1.77
24036611--24036678	26	2.6	26	83	2	73	16	22	25	36	1.94
24036637--24036713	26	3.0	26	84	5	102	16	18	24	40	1.91
24040335--24040389	26	2.1	27	82	3	67	32	18	20	29	1.96
24040517--24040597	26	3.1	26	74	0	90	20	17	22	39	1.92
24040747--24040822	28	2.7	28	97	0	143	19	27	27	25	1.99
24041606--24041685	42	1.9	42	92	5	135	18	32	18	30	1.95
24044679--24044784	43	2.5	43	78	4	108	26	16	26	30	1.97
24044621--24044792	43	4.0	43	68	13	102	26	16	24	32	1.96
24046410--24046584	67	2.6	67	80	10	173	29	18	29	22	1.97
24050457--24050492	10	3.6	10	85	14	56	8	13	2	75	1.15
24051277--24051319	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
24051300--24051332	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
24051311--24051405	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24051567--24051601	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24051525--24051597	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
24051486--24051757	144	1.9	147	93	3	478	46	3	3	47	1.35
24051711--24051745	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24057609--24057825	40	5.5	39	85	6	260	25	23	26	24	2.00
24057605--24057825	79	2.8	80	84	6	281	26	22	26	24	2.00
24057609--24057825	119	1.8	119	85	5	305	25	23	26	24	2.00
24070419--24070468	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
24081548--24081692	40	3.6	40	85	4	184	24	26	24	25	2.00
24083753--24083816	20	3.3	19	82	8	67	10	34	31	23	1.89
24083765--24083816	20	2.6	20	93	0	86	13	34	30	21	1.92
24085683--24085960	50	5.5	50	82	5	328	32	26	16	24	1.96
24085683--24085962	101	2.8	102	84	3	352	32	26	17	24	1.97
24086731--24086787	30	1.9	30	89	7	89	29	24	5	40	1.77
24090690--24090830	27	5.3	27	73	1	113	37	24	9	29	1.86
24092255--24092285	15	2.1	15	100	0	62	54	19	6	19	1.65
24097061--24097954	68	13.1	68	99	0	1770	30	14	30	23	1.94
24106505--24107085	314	1.9	314	99	0	1153	26	18	27	27	1.98
24114189--24114625	218	2.0	218	100	0	874	38	11	23	26	1.89
24127770--24127829	22	2.7	22	78	0	66	23	21	18	36	1.95
24128194--24128254	32	1.9	32	86	6	88	16	16	24	42	1.88
24130660--24130738	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24130859--24130987	49	2.7	49	78	7	124	26	31	10	32	1.89
24141790--24141826	18	2.1	18	100	0	74	21	40	5	32	1.76
24141951--24142235	50	5.6	50	78	5	270	33	26	15	24	1.95
24141951--24142180	101	2.3	100	84	0	289	32	26	15	24	1.95
24153607--24153660	27	2.0	27	85	0	72	40	5	14	38	1.70
24153907--24154091	49	3.7	49	80	2	226	25	17	25	30	1.97
24153909--24154091	100	1.8	100	90	0	294	25	18	25	31	1.97
24155189--24155264	37	2.1	37	100	0	152	35	14	21	28	1.92
24156696--24156868	56	3.1	56	92	3	285	26	34	9	29	1.88
24158684--24158736	25	2.1	25	82	6	63	71	0	18	9	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279