genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86702328--86702361	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
86708352--86708392	22	2.0	20	85	9	55	29	7	0	63	1.21
86711861--86711968	26	4.2	26	91	2	173	36	23	7	33	1.83
86712657--86712698	21	2.0	21	95	0	75	61	2	9	26	1.39
86712784--86712907	4	30.8	4	70	10	65	65	2	10	21	1.35
86717159--86717211	20	2.5	22	76	20	58	37	0	1	60	1.08
86717250--86717289	16	2.4	17	91	4	64	70	12	10	7	1.35
86718263--86718314	27	1.9	27	84	0	68	13	5	30	50	1.65
86718287--86718332	23	2.0	23	91	0	74	10	6	32	50	1.63
86723683--86723759	38	2.0	38	97	0	145	41	11	18	28	1.85
86723683--86723742	20	3.1	20	66	9	61	41	10	20	28	1.84
86724063--86724095	11	3.0	11	95	0	57	69	0	30	0	0.88
86726175--86726286	27	4.2	26	87	7	152	36	23	24	16	1.94
86726175--86726286	54	2.1	54	89	3	172	36	23	24	16	1.94
86731725--86731852	64	2.0	64	93	0	220	31	37	15	15	1.89
86731864--86732003	27	5.2	28	83	7	157	34	22	25	17	1.96
86731864--86732003	54	2.6	54	87	2	174	34	22	25	17	1.96
86732696--86732968	136	2.0	136	96	0	501	32	20	12	34	1.90
86732986--86733434	225	2.0	225	96	0	826	30	20	10	39	1.85
86733494--86733876	192	2.0	192	97	0	721	31	24	7	36	1.83
86733915--86734377	232	2.0	232	97	0	881	33	22	10	33	1.88
86734407--86735088	26	26.2	26	99	0	1321	38	26	3	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86736165--86736211	18	2.6	18	86	0	58	29	46	12	10	1.76
86737606--86737698	46	2.0	46	91	0	150	21	29	16	33	1.95
86738723--86738761	15	2.5	16	79	8	53	74	0	0	25	0.82
86743456--86743491	15	2.3	15	95	4	63	33	0	13	52	1.41
86744828--86744896	24	2.9	24	89	2	95	44	1	24	28	1.62
86748557--86748589	10	3.3	10	100	0	66	42	21	27	9	1.83
86751754--86751894	31	4.5	31	93	0	246	28	25	17	29	1.97
86751918--86752010	42	2.2	42	92	5	152	33	20	15	31	1.93
86752158--86752227	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
86753037--86753101	27	2.4	27	79	5	69	21	23	18	36	1.95
86753059--86753110	27	1.9	28	84	7	72	17	21	23	38	1.93
86753132--86753368	27	8.7	27	82	3	188	31	8	19	40	1.82
86753135--86753368	54	4.3	54	78	4	209	31	8	19	40	1.82
86753219--86753368	81	1.9	81	89	0	237	29	7	20	42	1.79
86753215--86753401	54	3.5	53	80	4	205	30	9	19	41	1.82
86753215--86753401	81	2.3	80	81	6	225	30	9	19	41	1.82
86753400--86753491	27	3.4	27	82	5	105	40	7	23	28	1.82
86757551--86757591	17	2.3	18	80	16	50	39	0	14	46	1.45
86757567--86757601	17	2.0	17	88	5	52	40	0	14	45	1.45
86757833--86757862	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
86763391--86763440	25	2.0	25	100	0	100	28	8	20	44	1.79
86767452--86767535	42	2.0	41	95	2	150	50	8	14	27	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86769670--86769710	19	2.1	20	90	4	66	34	9	2	53	1.47
86773496--86773537	12	3.5	12	96	0	75	7	26	42	23	1.80
86777758--86777912	44	3.6	44	76	14	153	32	29	15	23	1.95
86777758--86777911	42	3.6	44	75	15	160	32	28	15	23	1.95
86791479--86791518	15	2.7	15	84	0	53	57	15	17	10	1.64
86792384--86792417	14	2.4	14	90	0	50	41	20	2	35	1.68
86804193--86804377	79	2.3	81	84	9	238	24	27	22	25	2.00
86804193--86804377	40	4.7	40	80	12	220	24	27	22	25	2.00
86804743--86804849	53	2.0	54	92	1	180	45	21	8	24	1.79
86811224--86811249	11	2.4	11	100	0	52	76	0	23	0	0.78
86811982--86812027	20	2.3	20	100	0	92	34	0	30	34	1.58
86828739--86829124	191	2.0	192	94	2	675	22	6	24	46	1.76
86835094--86835136	23	2.0	21	86	9	59	41	0	9	48	1.35
86843344--86843390	10	4.7	10	83	0	58	21	27	17	34	1.95
86843345--86843391	20	2.3	20	88	0	76	23	25	17	34	1.96
86845965--86846021	11	5.5	10	72	15	53	80	1	15	1	0.87
86845965--86846021	5	11.0	5	76	14	53	80	1	15	1	0.87
86845969--86846017	25	1.9	25	87	4	71	81	2	14	2	0.87
86846068--86846099	12	2.7	12	100	0	64	43	12	15	28	1.83
86846102--86846126	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
86846096--86846138	18	2.3	18	84	4	50	69	2	18	9	1.26
86846102--86846183	30	2.7	31	77	5	96	63	1	23	12	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86848235--86848281	20	2.3	20	81	0	58	25	23	14	36	1.93
86850873--86851011	73	1.9	73	80	5	165	34	18	25	21	1.96
86850979--86851049	26	2.8	26	86	2	99	32	22	26	18	1.97
86850973--86851064	26	3.6	26	74	12	82	32	21	25	20	1.98
86852745--86852776	17	1.9	16	93	6	55	78	0	21	0	0.76
86852728--86852784	26	2.2	25	81	12	62	71	3	24	0	1.01
86853519--86853637	41	3.0	40	73	14	129	26	19	22	31	1.98
86859921--86860033	56	2.0	56	94	0	199	36	10	22	30	1.88
86860200--86860231	17	1.9	16	93	6	55	78	0	21	0	0.76
86860183--86860239	26	2.2	25	81	12	62	71	3	24	0	1.01
86860911--86860937	7	3.9	7	100	0	54	40	0	29	29	1.57
86861057--86861169	37	2.9	39	75	14	124	24	20	23	30	1.98
86861758--86861798	19	2.1	20	86	4	57	36	4	19	39	1.73
86865685--86865832	80	1.9	80	94	0	260	21	27	20	31	1.98
86865685--86865832	40	3.7	40	90	0	233	21	27	20	31	1.98
86868463--86868487	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
86868615--86870458	922	2.0	922	99	0	3607	27	25	15	32	1.96
86879779--86879899	39	3.1	39	94	4	217	32	30	7	29	1.85
86881965--86882004	19	2.1	19	100	0	80	40	5	12	42	1.64
86883013--86883288	69	4.0	69	99	0	543	31	25	10	32	1.89
86884801--86885069	137	2.0	138	82	3	328	31	28	20	20	1.97
86887148--86887179	12	2.7	12	95	0	55	50	6	0	43	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86887626--86887723	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
86887654--86887736	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
86894738--86894767	14	2.1	14	93	0	51	36	36	10	16	1.82
86896179--86896231	20	2.6	20	82	11	63	32	15	18	33	1.92
86901928--86902558	314	2.0	314	97	0	1199	32	16	19	32	1.94
86908273--86908301	14	2.1	14	100	0	58	24	27	13	34	1.93
86911843--86913809	555	3.6	555	91	2	3052	28	19	15	36	1.92
86915781--86915811	16	1.9	16	93	0	53	19	16	12	51	1.76
86924901--86924985	43	2.0	43	86	9	120	28	25	17	28	1.98
86931095--86931219	39	3.2	39	93	0	205	24	21	27	26	1.99
86931095--86931258	39	4.2	39	85	4	199	24	22	27	25	2.00
86934216--86934269	27	2.0	27	89	3	83	37	20	20	22	1.95
86934270--86934442	27	6.4	27	81	2	159	26	19	18	35	1.95
86934270--86934442	54	3.2	54	78	0	193	26	19	18	35	1.95
86934272--86934442	81	2.1	81	81	0	189	26	19	17	35	1.94
86940578--86940631	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
86940632--86940829	27	7.4	27	81	1	218	25	19	18	36	1.94
86940632--86940830	54	3.7	54	84	2	249	25	19	18	37	1.94
86947180--86947263	42	2.0	42	97	0	159	23	19	8	48	1.75
86953521--86953602	42	2.0	42	100	0	164	36	15	6	41	1.72
86953528--86953621	42	2.2	41	83	7	100	40	18	4	37	1.70
86958272--86958387	39	3.0	39	92	0	196	25	18	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86958272--86958431	78	2.1	78	82	4	189	24	19	26	29	1.98
86963065--86963329	40	6.7	40	88	6	351	25	21	27	24	1.99
86963065--86963362	119	2.5	118	80	8	338	26	21	27	24	1.99
86969712--86969871	38	4.2	38	91	2	232	33	27	19	19	1.96
86977760--86977878	38	3.1	38	82	4	141	33	26	19	20	1.96
86984370--86984445	38	2.0	38	97	0	143	32	25	26	15	1.95
86988410--86988517	54	2.0	54	98	0	207	33	17	9	39	1.82
86997135--86997213	37	2.1	37	86	4	106	25	29	18	26	1.98
86997383--86998480	47	23.3	47	94	0	1863	29	31	9	30	1.88
87014035--87014158	42	2.9	42	74	9	117	29	20	15	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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