Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  261  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85138772--85138796
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0
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0
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2.9
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1.9
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212
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11
30
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1802
38
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24
1.92
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5
11.8
5
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12
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0
0
15
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0.63
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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16.1
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11
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17
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15
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10
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2.3
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17
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11
11
35
1.77
85150509--85150705
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286
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11
11
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14
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2
24
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1.9
14
100
0
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14
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38
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20
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2
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1
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2.8
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127
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22
1
29
1.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2
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1
1.61
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42
3.9
42
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194
24
24
20
31
1.98
85159965--85160107
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3.4
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88
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207
21
23
21
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1.97
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48
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7
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1.63
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2.3
20
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65
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0
2
57
1.11
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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19
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27
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72
1
1
24
1.03
85262478--85262539
31
2.0
31
90
0
97
29
20
6
43
1.77
85271328--85271420
18
5.2
18
90
0
150
31
16
24
27
1.96
85271328--85271420
36
2.6
36
94
0
168
31
16
24
27
1.96
85275815--85275873
27
2.2
27
78
3
66
33
10
13
42
1.78
85276419--85276495
28
2.7
27
77
13
75
61
2
0
36
1.10
85283431--85283497
33
2.0
33
97
0
125
29
11
19
38
1.88
85284180--85284243
32
2.0
32
84
3
83
65
7
1
25
1.28
85284645--85284706
27
2.3
27
91
0
97
22
29
37
11
1.89
85285106--85285135
9
3.3
9
95
0
51
40
6
3
50
1.45
85287772--85287846
29
2.7
28
80
10
82
44
2
2
50
1.30
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85287994--85288022
13
2.1
14
93
6
51
37
6
0
55
1.27
85289117--85289154
4
9.5
4
83
11
51
71
2
2
23
1.12
85289124--85289199
22
3.4
22
77
10
66
71
5
7
15
1.28
85289240--85289279
20
2.0
20
85
0
53
70
2
5
22
1.19
85290582--85290622
14
2.8
15
81
7
57
21
2
14
60
1.45
85295625--85295665
21
2.0
21
85
0
55
19
29
19
31
1.96
85299006--85299162
82
1.9
83
92
1
262
39
9
5
45
1.61
85301921--85301970
20
2.3
20
80
10
55
68
4
22
6
1.29
85305257--85305295
14
2.7
15
84
4
53
20
2
12
64
1.40
85310033--85310070
13
2.8
13
85
14
51
39
0
0
60
0.97
85311843--85311888
17
2.8
18
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15
64
28
41
30
0
1.56
85313917--85313955
13
3.0
13
76
0
51
61
0
0
38
0.96
85313974--85314020
21
2.2
21
78
17
53
55
21
2
21
1.54
85315389--85315440
24
2.2
24
89
0
77
40
0
9
50
1.35
85318180--85318241
29
2.1
30
84
3
81
38
8
14
38
1.76
85318474--85318845
49
7.5
49
84
1
519
24
17
28
30
1.97
85318466--85318845
99
3.8
99
98
0
733
24
17
28
29
1.97
85323257--85323308
24
2.2
24
89
0
77
36
3
9
50
1.54
85329892--85329943
27
2.0
26
84
3
68
17
26
21
34
1.95
85329982--85330041
27
2.3
27
85
2
77
21
23
20
35
1.96
85333625--85333653
13
2.2
13
100
0
58
55
13
0
31
1.39
85334765--85334805
22
1.9
22
85
5
57
51
19
4
24
1.66
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85336227--85336310
44
1.9
44
97
0
159
57
7
15
20
1.62
85336642--85336674
6
5.5
6
100
0
66
84
0
0
15
0.61
85342116--85342144
13
2.2
13
100
0
58
55
13
0
31
1.39
85348049--85348178
47
2.8
46
84
2
161
24
16
26
32
1.96
85355330--85355360
16
1.9
16
100
0
62
25
16
19
38
1.92
85355331--85355368
16
2.4
16
90
0
58
23
13
15
47
1.81
85356042--85356176
60
2.2
60
84
6
166
26
25
19
28
1.98
85356169--85356214
20
2.3
20
82
14
60
28
28
17
26
1.98
85356181--85356224
19
2.2
20
84
4
54
34
25
18
22
1.96
85360006--85360073
34
2.0
34
100
0
136
29
20
20
29
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
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          273   274   275   276   277   278   279