genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86427785--86428037	50	5.3	49	77	9	238	28	18	27	25	1.98
86433339--86433532	39	5.0	39	95	0	343	24	29	24	21	1.99
86442602--86442645	22	2.0	22	100	0	88	36	9	4	50	1.55
86446200--86446264	30	2.2	30	94	0	112	18	21	38	21	1.93
86461284--86461381	33	3.0	33	83	3	117	27	25	20	26	1.99
86461570--86461654	27	3.2	25	78	15	82	36	20	21	22	1.95
86466244--86466315	23	3.1	23	80	4	83	62	1	4	31	1.23
86466303--86466368	24	2.6	25	76	19	66	57	0	7	34	1.27
86467285--86467401	27	4.3	27	88	0	162	25	21	17	35	1.95
86467352--86467573	27	8.3	27	77	5	125	31	11	18	38	1.86
86467285--86467428	54	2.7	54	83	2	155	27	19	18	35	1.95
86467395--86467573	54	3.3	54	81	3	218	33	9	17	39	1.82
86467395--86467573	81	2.2	82	83	4	213	33	9	17	39	1.82
86473429--86473558	49	2.7	49	82	2	145	21	30	21	26	1.98
86473573--86473744	48	3.6	46	76	7	157	25	23	19	31	1.98
86473571--86473793	46	4.7	48	77	7	188	24	25	19	30	1.98
86473614--86473786	94	1.8	93	82	7	224	24	24	20	31	1.98
86473536--86473802	94	2.9	93	76	7	204	27	26	17	28	1.98
86474440--86474490	20	2.7	18	82	14	59	37	19	0	43	1.51
86487536--86487689	80	1.9	80	94	0	272	24	27	24	24	2.00
86487537--86487682	40	3.7	39	86	7	213	24	26	25	23	2.00
86492541--86492577	18	2.1	18	94	0	65	32	29	13	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86495076--86495189	40	2.8	40	85	8	169	26	28	20	24	1.99
86505223--86505266	21	2.1	21	95	0	79	43	11	4	40	1.61
86505368--86505399	16	2.1	15	94	5	55	78	0	21	0	0.76
86508462--86508560	50	1.9	52	93	4	175	41	13	13	32	1.82
86511956--86512070	51	2.3	51	92	0	185	33	16	20	28	1.95
86517034--86517083	20	2.6	19	81	6	64	52	0	0	48	1.00
86522910--86522958	25	2.0	24	88	4	71	55	8	10	26	1.61
86524840--86524900	26	2.3	26	82	2	77	42	8	19	29	1.80
86526835--86527020	91	2.0	92	83	7	236	39	15	12	32	1.85
86526860--86527068	91	2.4	87	80	7	215	34	15	12	37	1.86
86527200--86527337	9	14.7	9	65	14	55	60	2	2	34	1.21
86527199--86527338	28	4.9	28	74	8	104	60	2	2	35	1.20
86527211--86527330	56	2.1	57	81	7	138	60	2	1	35	1.20
86527640--86527716	10	8.2	9	72	12	57	32	2	2	62	1.23
86527640--86527718	29	2.8	28	82	5	79	31	2	2	63	1.21
86527677--86527747	30	2.4	29	77	11	72	33	2	0	63	1.09
86527657--86527759	19	5.3	19	68	15	59	31	3	1	63	1.24
86536610--86536816	39	5.3	39	89	0	297	32	19	26	21	1.97
86536614--86536842	117	2.0	116	85	2	307	30	20	27	21	1.98
86536983--86537082	39	2.6	39	93	0	164	31	22	26	21	1.98
86536696--86537267	286	2.0	286	98	0	1099	30	17	22	28	1.97
86538408--86538743	110	3.1	109	80	1	379	33	25	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86540735--86540813	26	3.0	25	72	17	63	53	2	10	34	1.48
86540878--86540915	18	2.1	18	85	9	51	71	5	0	23	1.07
86541315--86541356	14	3.2	13	80	16	50	71	2	0	26	0.98
86541208--86541350	50	2.8	49	76	12	137	54	2	9	32	1.48
86541315--86541352	13	2.7	15	88	11	55	71	2	0	26	1.00
86541317--86541386	34	2.0	35	86	8	99	67	2	1	28	1.14
86541458--86541503	23	2.0	23	83	8	58	56	4	2	36	1.31
86543014--86543092	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
86543211--86543621	47	8.7	47	97	0	750	29	30	8	32	1.86
86544760--86544801	18	2.3	18	100	0	84	42	19	4	33	1.72
86545582--86545637	28	1.9	30	85	7	80	23	16	46	14	1.83
86546036--86546460	87	4.9	87	90	1	586	18	24	21	35	1.96
86546036--86546460	173	2.5	173	87	1	602	18	24	21	35	1.96
86546077--86546591	131	4.0	129	77	6	511	19	24	21	35	1.96
86546430--86546842	87	4.7	87	87	2	519	18	23	22	35	1.95
86546213--86546678	218	2.1	216	93	1	788	18	24	22	35	1.96
86546125--86546675	131	4.2	130	77	3	435	17	23	22	35	1.95
86550405--86550446	21	2.0	21	95	0	75	14	38	45	2	1.58
86551153--86551232	24	3.2	24	76	15	65	30	7	3	58	1.43
86551445--86551496	11	5.1	10	78	19	54	34	0	1	63	1.06
86551317--86551610	25	12.2	24	67	17	130	35	5	5	54	1.44
86551449--86551509	14	4.2	14	78	15	70	32	0	3	63	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86551831--86551910	27	3.2	24	73	20	67	31	5	5	58	1.41
86552113--86552142	15	2.1	15	93	6	53	13	6	10	70	1.34
86552317--86552369	22	2.4	21	81	9	61	30	9	7	52	1.61
86552330--86552372	22	2.0	22	95	0	77	30	9	6	53	1.59
86556308--86556392	25	3.4	26	83	6	86	28	16	29	25	1.97
86556351--86556398	25	1.9	25	91	0	78	29	14	31	25	1.95
86566600--86566686	43	2.0	43	93	0	147	25	13	24	36	1.92
86577389--86577439	17	3.0	17	82	5	59	25	19	21	33	1.97
86577483--86577525	18	2.3	18	84	4	50	11	13	32	41	1.81
86590092--86590150	13	4.6	13	79	10	59	42	27	5	25	1.76
86592395--86592431	10	3.8	10	86	13	51	45	5	0	48	1.25
86592395--86592433	19	2.1	19	90	9	62	43	7	0	48	1.31
86593686--86593728	20	2.2	19	84	12	52	46	2	0	51	1.13
86594105--86594135	15	2.0	16	93	6	55	29	0	0	70	0.87
86594105--86594152	8	6.0	8	78	7	53	33	0	0	66	0.92
86595699--86595846	42	3.5	42	76	8	122	31	13	23	31	1.93
86603272--86603532	94	2.8	94	94	2	438	22	28	18	30	1.97
86603268--86603529	46	5.6	45	77	18	252	22	28	18	30	1.97
86605052--86605084	17	1.9	17	100	0	66	33	0	18	48	1.48
86605261--86605425	43	3.9	42	80	8	181	32	24	18	24	1.97
86605266--86605424	44	3.7	42	80	7	169	30	25	18	25	1.98
86608450--86608630	49	3.8	49	70	15	128	24	28	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86609184--86609224	16	2.3	18	88	12	59	39	17	0	43	1.49
86615925--86616083	43	3.7	43	78	12	148	32	25	17	24	1.97
86620898--86620971	26	2.9	26	78	6	71	44	16	20	18	1.87
86621364--86621405	22	2.0	21	90	4	66	50	23	0	26	1.50
86621527--86621569	21	2.0	21	81	0	50	34	16	2	46	1.60
86628057--86628228	50	3.4	50	81	0	209	35	16	21	26	1.94
86628204--86628383	31	5.8	31	85	0	243	27	17	26	27	1.98
86628402--86628509	47	2.3	48	83	3	137	31	10	26	31	1.89
86628418--86628524	47	2.3	47	83	4	126	28	11	31	28	1.91
86628594--86628683	33	2.7	33	91	3	146	34	16	22	26	1.95
86629443--86629513	27	2.6	28	78	14	85	18	14	19	47	1.82
86629506--86629603	27	3.6	27	92	0	160	39	16	13	30	1.87
86632150--86632307	43	3.7	43	80	5	176	32	24	16	27	1.96
86647646--86647698	23	2.2	24	86	3	72	39	13	24	22	1.90
86648141--86648182	22	2.0	21	85	4	57	50	21	0	28	1.49
86650254--86650403	48	3.1	48	89	1	203	26	22	23	27	2.00
86650170--86650403	91	2.5	94	81	7	253	27	21	22	28	1.99
86656031--86656078	25	2.0	25	87	4	71	22	27	18	31	1.97
86663061--86663093	3	11.0	3	100	0	66	0	33	0	66	0.92
86673902--86673932	14	2.2	14	94	0	53	35	19	3	41	1.67
86674290--86674336	24	1.9	24	86	4	67	38	4	4	53	1.40
86674663--86674722	30	2.0	30	93	0	102	26	0	13	60	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86675457--86675537	38	2.0	41	86	6	114	50	7	2	39	1.44
86675641--86675681	21	1.9	22	90	5	66	53	2	0	43	1.13
86679168--86679194	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
86682046--86682084	2	20.0	2	94	5	71	0	48	0	51	1.00
86683232--86683264	17	2.0	17	88	5	50	66	0	15	18	1.25
86690237--86690779	70	7.7	70	78	5	466	33	25	16	23	1.96
86697312--86697366	26	2.2	24	77	6	56	65	7	1	25	1.28
86700323--86700367	21	2.2	20	88	4	63	68	11	0	20	1.19
86701355--86701405	20	2.5	21	84	12	63	13	11	1	72	1.20
86702276--86702307	15	2.1	15	94	0	55	37	25	9	28	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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