genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65732098--65732282	96	2.0	90	86	9	259	38	2	11	47	1.53
65732038--65732251	114	1.9	114	84	5	290	38	1	13	47	1.51
65732098--65732282	87	2.1	87	84	7	234	38	2	11	47	1.53
65732356--65732411	15	3.8	15	76	21	64	51	0	1	46	1.11
65732621--65733500	357	2.5	357	98	0	1681	37	12	14	35	1.83
65733724--65733752	15	1.9	15	100	0	58	48	20	6	24	1.74
65733954--65734322	183	2.0	183	96	1	686	42	14	15	27	1.86
65734393--65734422	14	2.2	13	94	5	51	36	13	0	50	1.42
65734946--65735145	41	4.9	41	88	0	294	21	25	19	34	1.96
65744100--65744285	48	3.9	47	75	5	176	28	26	17	27	1.97
65744097--65744283	96	1.9	96	89	2	286	27	27	17	27	1.98
65754539--65754618	3	27.7	3	71	12	51	63	3	7	25	1.37
65754709--65754762	26	2.1	26	96	0	99	53	0	16	29	1.43
65754714--65754770	26	2.2	26	83	3	69	56	1	10	31	1.44
65757288--65757316	9	3.3	9	90	9	51	82	0	0	17	0.66
65757409--65757484	3	25.3	3	72	10	57	60	0	9	30	1.28
65757414--65757484	12	5.7	12	77	12	63	60	0	8	30	1.26
65757838--65757896	21	2.8	21	94	0	100	22	30	25	22	1.99
65781550--65781716	35	4.6	35	83	7	192	33	23	10	31	1.89
65781545--65781716	75	2.4	73	83	8	217	33	23	11	31	1.90
65787930--65787954	12	2.1	12	100	0	50	40	8	16	36	1.77
65788056--65788241	81	2.3	82	81	9	222	32	26	15	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65788056--65788235	40	4.4	40	80	10	195	31	26	15	26	1.96
65791547--65791620	29	2.6	29	84	4	96	12	18	20	48	1.80
65793948--65794123	50	3.5	49	83	3	208	28	26	19	25	1.98
65793948--65794131	101	1.8	99	87	2	269	28	27	19	25	1.99
65796482--65796545	14	4.4	15	74	16	55	64	12	12	10	1.51
65799507--65799602	49	2.0	49	91	0	156	28	28	18	25	1.98
65799570--65799828	134	1.9	134	99	0	509	27	24	15	33	1.95
65806978--65807068	42	2.1	44	87	4	132	25	16	23	35	1.95
65806989--65807099	43	2.6	42	77	9	118	27	18	23	30	1.98
65810428--65810600	76	2.3	75	84	11	223	37	19	24	18	1.94
65811466--65811616	39	3.9	39	85	0	203	37	13	11	38	1.80
65811540--65811603	18	3.4	18	72	16	58	40	14	4	40	1.66
65811520--65811585	21	3.3	21	68	12	57	34	12	10	42	1.77
65812603--65812647	21	2.2	20	88	4	63	51	2	0	46	1.13
65812637--65812661	7	3.6	7	100	0	50	72	0	0	28	0.86
65812619--65812686	37	1.9	36	88	8	104	54	4	0	41	1.20
65813475--65813503	5	5.8	5	100	0	58	41	37	0	20	1.53
65815134--65815166	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
65823035--65823067	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
65830625--65830676	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
65830704--65830743	13	3.0	13	89	7	62	50	0	0	50	1.00
65830631--65830726	49	2.0	48	82	13	117	47	0	4	47	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65830705--65830764	27	2.2	27	88	5	86	50	0	0	50	1.00
65830705--65830764	14	4.4	14	89	6	88	50	0	0	50	1.00
65840980--65841015	12	3.0	12	87	0	54	25	27	5	41	1.77
65840988--65841019	16	1.9	17	93	6	57	25	28	6	40	1.79
65848964--65849177	76	2.8	76	94	0	374	26	15	24	32	1.96
65849122--65849733	62	9.9	62	99	0	1215	32	16	25	25	1.96
65849842--65850036	76	2.6	76	99	0	381	33	16	23	26	1.96
65849677--65849987	168	1.9	167	90	4	500	31	17	22	28	1.97
65849904--65850229	170	1.9	166	85	8	444	29	18	19	31	1.96
65849677--65850893	246	4.8	244	76	13	826	29	17	19	33	1.95
65849980--65850159	94	1.9	92	86	4	254	28	18	17	34	1.94
65850069--65850531	87	5.7	77	79	13	252	30	17	18	33	1.94
65850147--65850460	87	3.7	84	89	7	333	30	16	17	34	1.93
65850246--65850460	87	2.5	87	100	0	430	32	17	19	31	1.94
65850424--65850564	75	1.9	74	89	2	221	29	17	21	31	1.97
65850641--65850673	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
65850478--65850982	87	5.7	87	79	11	429	27	16	18	37	1.92
65850738--65850920	94	1.9	95	85	4	253	27	15	18	38	1.91
65850738--65850982	94	2.7	95	79	10	244	28	14	17	38	1.90
65850499--65851056	87	6.3	87	76	14	346	27	16	18	37	1.93
65851134--65851175	21	2.0	21	90	0	66	33	9	28	28	1.88
65857231--65857284	14	3.9	13	80	20	65	42	3	3	50	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65857234--65857285	13	3.9	12	79	18	50	42	3	3	50	1.39
65868438--65868479	11	3.8	11	87	0	57	54	42	2	0	1.13
65868438--65868479	22	1.9	22	95	0	75	54	42	2	0	1.13
65869011--65869064	28	1.9	28	88	0	81	20	24	0	55	1.43
65874993--65875040	21	2.3	21	88	0	78	22	25	25	27	2.00
65877419--65877555	41	3.4	39	73	18	118	42	1	2	54	1.21
65877447--65877505	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
65877486--65877554	22	3.3	22	69	22	67	43	2	0	53	1.15
65877355--65877531	70	2.6	69	85	7	195	41	0	2	55	1.19
65877508--65877551	17	2.6	17	83	16	56	43	4	0	52	1.22
65877362--65877572	18	12.6	17	64	21	63	43	0	2	53	1.20
65877800--65877867	16	4.2	16	90	0	109	35	35	1	27	1.66
65885249--65885349	50	2.0	50	94	1	177	58	10	1	28	1.43
65887259--65887523	46	5.7	46	74	14	222	28	17	29	24	1.97
65894398--65894444	25	1.9	25	86	4	69	46	23	4	25	1.70
65897943--65897978	9	3.8	9	86	13	54	25	0	2	72	0.98
65897940--65897978	20	2.0	20	95	5	71	25	0	2	71	0.98
65906116--65906170	27	2.0	27	96	0	101	40	43	3	12	1.60
65907393--65907438	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
65919414--65919464	22	2.4	22	80	6	61	37	0	0	62	0.95
65919546--65919607	22	3.0	21	79	9	63	48	0	0	51	1.00
65922135--65922186	27	1.9	27	84	7	70	32	17	0	50	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65932475--65932515	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
65939808--65939867	3	19.7	3	80	10	68	31	5	0	63	1.16
65939791--65939862	12	5.8	12	74	19	58	34	5	0	59	1.21
65939970--65940110	61	2.3	60	85	11	189	23	7	1	67	1.25
65942083--65942119	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
65944279--65944418	46	3.0	46	86	2	183	40	14	23	21	1.90
65945783--65945845	16	3.9	16	80	0	81	41	6	22	30	1.78
65950711--65950753	22	2.0	22	81	9	52	27	2	6	62	1.33
65951501--65951526	10	2.6	10	100	0	52	0	0	7	92	0.39
65967806--65967866	10	5.9	10	77	11	61	36	11	19	32	1.88
65967806--65967882	21	3.7	20	81	5	82	35	12	18	33	1.89
65970154--65970222	31	2.3	31	80	12	72	50	1	4	43	1.30
65970367--65970409	22	2.0	22	81	9	52	74	11	9	4	1.20
65971746--65971794	24	2.0	24	100	0	98	36	4	8	51	1.51
65973515--65973684	43	4.0	43	76	8	150	34	23	14	27	1.94
65975813--65976701	446	2.0	446	90	1	1415	33	21	13	31	1.93
65986037--65986095	31	1.9	30	82	3	73	32	5	6	55	1.48
65986714--65986748	16	2.2	16	90	10	54	20	2	5	71	1.19
65993630--65993770	46	3.0	46	74	12	128	29	27	19	23	1.98
65999115--65999201	45	1.9	45	95	0	156	40	10	22	26	1.86
66009179--66009218	3	13.7	3	94	5	73	67	0	0	32	0.91
66009183--66009217	17	2.1	17	100	0	70	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66009180--66009218	20	2.0	20	100	0	78	66	0	0	33	0.92
66014713--66014762	19	2.6	19	81	6	57	74	2	2	22	1.03
66052283--66052317	18	2.0	18	88	5	54	48	8	11	31	1.69
66052837--66052906	31	2.3	30	85	4	88	38	10	12	38	1.77
66065607--66065636	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
66068376--66068423	22	2.2	22	88	7	71	35	0	2	62	1.07
66069536--66069573	20	1.9	20	94	0	67	36	13	7	42	1.73
66069612--66069692	23	3.5	23	89	3	119	37	18	13	30	1.90
66072479--66072526	21	2.3	21	96	0	87	25	18	56	0	1.42
66072828--66073155	43	7.5	43	83	7	360	28	19	22	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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