genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25798114--25798259	72	2.0	72	97	0	274	28	37	8	24	1.86
25800886--25801369	240	2.0	240	100	0	968	33	13	10	42	1.78
25807841--25807980	53	2.6	55	85	4	187	22	25	17	35	1.96
25807846--25808041	55	3.6	53	80	7	191	22	23	17	36	1.95
25808021--25808189	47	3.6	47	93	0	275	25	23	13	37	1.92
25829077--25829143	29	2.2	31	81	5	84	35	10	13	40	1.79
25829328--25829384	29	1.9	30	89	3	89	50	12	3	33	1.57
25828773--25829376	310	2.0	309	85	1	834	40	9	10	39	1.71
25841651--25841675	10	2.5	10	100	0	50	56	20	12	12	1.67
25842246--25842279	17	2.0	17	88	0	50	79	5	0	14	0.91
25844365--25844399	16	2.1	17	89	5	54	45	8	11	34	1.71
25844536--25844569	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
25855352--25855418	22	3.0	22	75	2	71	44	7	13	34	1.72
25859998--25860023	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
25860689--25860883	100	2.0	100	91	0	318	28	11	26	34	1.91
25862808--25862833	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
25863636--25863697	30	2.1	30	100	0	124	30	12	14	41	1.83
25864968--25865047	40	2.0	40	90	0	124	36	26	15	22	1.93
25871715--25871761	16	2.9	16	77	0	58	17	4	2	76	1.04
25872589--25872892	153	2.0	153	98	0	590	32	25	11	30	1.91
25886998--25887065	31	2.2	31	91	0	109	17	30	25	26	1.97
25888231--25888285	18	3.0	18	81	7	58	21	1	3	72	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25891235--25891497	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
25891235--25891497	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
25891429--25891506	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
25899185--25899447	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
25899185--25899447	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
25899379--25899456	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
25905920--25905979	5	12.2	5	75	16	54	20	3	1	75	1.04
25905915--25906005	9	9.6	9	69	19	51	21	4	2	71	1.15
25905959--25906027	28	2.5	29	81	13	74	23	4	4	68	1.26
25905981--25906034	28	1.9	28	81	7	65	24	5	7	62	1.42
25908705--25908738	17	2.0	17	94	0	59	67	5	0	26	1.13
25912139--25912549	47	8.7	47	97	0	750	32	8	30	29	1.86
25912668--25912746	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
25919893--25920043	76	2.0	76	92	0	248	39	17	20	22	1.92
25924388--25924465	24	3.2	24	73	20	65	39	2	7	50	1.45
25924491--25924517	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
25926450--25926589	60	2.3	60	83	8	160	28	20	25	26	1.99
25927788--25927958	43	4.0	43	86	1	245	22	30	21	25	1.99
25937798--25937899	47	2.2	47	84	5	127	32	13	23	30	1.93
25939772--25939802	12	2.6	12	94	0	53	9	9	45	35	1.70
25942064--25942210	42	3.5	41	84	1	168	25	24	34	14	1.94
25947135--25947229	50	1.9	49	95	2	149	55	11	5	27	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25947135--25947232	49	2.0	50	95	2	180	56	11	5	27	1.55
25947619--25947673	26	2.1	26	90	6	85	32	0	5	61	1.19
25947937--25947989	24	2.2	24	83	12	65	62	0	0	37	0.96
25951658--25951767	57	1.9	59	85	7	154	28	17	20	33	1.95
25956569--25956673	27	3.9	27	79	9	108	20	24	20	34	1.96
25961502--25961609	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
25979833--25979872	20	2.0	20	100	0	80	40	15	15	30	1.87
25982331--25982362	11	3.0	11	95	4	57	53	0	0	46	1.00
25986171--25986210	21	2.0	20	90	5	62	42	22	0	35	1.54
25986713--25986737	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
25998171--25998393	47	4.7	47	89	3	297	32	8	30	27	1.88
25998512--25998590	37	2.1	37	85	0	113	24	17	31	26	1.97
26009603--26009668	34	1.9	34	81	6	80	28	19	24	27	1.99
26019521--26019642	41	3.0	40	85	2	145	26	15	28	29	1.96
26019566--26019685	41	2.9	41	91	1	177	26	12	25	35	1.92
26029732--26029795	18	3.6	18	77	8	67	35	7	12	43	1.71
26029812--26029877	18	3.6	18	81	2	78	48	13	6	31	1.67
26030048--26030075	6	4.7	6	100	0	56	53	17	14	14	1.73
26031090--26031134	19	2.4	18	86	13	65	0	33	0	66	0.92
26035301--26035404	39	2.7	39	83	3	129	39	1	7	50	1.42
26042184--26042270	28	3.1	28	86	0	129	29	31	12	26	1.93
26042252--26042348	40	2.4	40	89	0	140	34	24	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26043907--26043946	20	2.0	21	85	5	55	22	25	17	35	1.95
26046691--26046835	40	3.7	40	81	10	172	24	27	23	24	2.00
26049833--26049892	27	2.2	28	84	3	77	30	11	23	35	1.90
26051019--26051062	23	1.9	23	81	9	54	54	0	36	9	1.32
26057688--26057739	27	1.9	27	92	0	86	42	25	23	9	1.84
26060121--26060153	15	2.1	17	88	11	52	60	0	24	15	1.35
26062594--26062658	19	3.5	19	76	2	51	67	3	3	26	1.20
26062583--26062668	31	2.8	32	79	10	97	66	3	2	27	1.20
26072391--26072507	58	2.0	58	91	0	189	34	11	15	39	1.83
26073268--26073395	7	18.0	7	70	10	64	37	39	0	23	1.55
26073268--26073348	29	2.8	29	81	5	92	35	38	0	25	1.57
26073422--26073515	46	2.0	46	95	0	170	41	26	3	28	1.71
26073438--26073519	21	3.7	21	75	12	83	42	28	2	26	1.68
26073433--26073530	14	6.7	14	70	9	61	44	25	2	27	1.65
26073687--26073936	41	6.1	41	82	6	276	19	21	23	35	1.96
26073687--26073935	81	3.0	81	87	4	331	19	21	23	35	1.96
26073687--26073936	122	2.0	123	83	5	319	19	21	23	35	1.96
26076065--26076210	70	2.1	70	96	0	265	21	14	23	40	1.90
26077200--26077344	40	3.7	40	81	10	156	24	22	28	24	1.99
26077253--26077377	39	3.2	40	83	6	105	27	20	28	24	1.99
26077291--26077377	40	2.2	40	81	6	97	27	19	28	24	1.98
26082689--26082746	27	2.1	27	93	0	98	10	39	27	22	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26088831--26088902	36	2.0	36	100	0	144	27	22	19	30	1.98
26092005--26092040	18	2.0	18	94	0	63	27	8	30	33	1.86
26092847--26092885	19	2.1	18	90	4	60	28	15	0	56	1.40
26094743--26094774	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
26096129--26096179	19	2.7	19	74	14	52	49	1	0	49	1.12
26096593--26096631	21	1.9	20	94	5	69	66	2	5	25	1.25
26097660--26097702	17	2.6	17	80	20	56	53	2	4	39	1.34
26097951--26098450	79	6.3	79	94	0	824	32	15	13	38	1.86
26098465--26098739	86	3.2	86	87	2	381	35	7	12	44	1.71
26098588--26098822	79	2.9	79	80	8	215	33	8	11	45	1.71
26102389--26102440	23	2.4	21	83	6	59	57	1	7	32	1.38
26105345--26105476	40	3.3	39	83	6	158	28	28	20	23	1.99
26108085--26108134	25	2.0	26	84	11	68	40	12	2	46	1.52
26109699--26109751	26	2.0	27	85	3	72	43	9	11	35	1.73
26110416--26110463	12	4.2	11	80	15	53	22	4	4	68	1.24
26114739--26115667	44	20.4	44	71	13	364	33	17	19	30	1.94
26114739--26115236	89	5.6	90	73	10	290	34	17	18	29	1.94
26114725--26115252	133	4.0	131	75	8	451	34	17	18	29	1.94
26114857--26115217	184	2.0	184	80	4	406	35	16	18	29	1.93
26115411--26115534	51	2.4	51	91	0	194	33	16	17	32	1.92
26117235--26117262	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
26117289--26117328	12	3.4	11	83	16	53	25	2	5	67	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26119790--26119819	3	10.3	3	92	7	53	33	0	0	66	0.92
26122606--26122663	23	2.6	23	79	17	68	41	1	0	56	1.09
26122598--26122650	11	4.9	11	82	13	65	41	3	0	54	1.18
26125653--26126100	156	2.9	154	85	3	577	35	14	20	29	1.92
26129187--26129352	59	2.8	59	92	2	264	53	7	5	33	1.53
26129727--26129763	18	2.1	18	94	0	65	48	10	18	21	1.78
26139996--26140080	37	2.3	39	77	8	95	28	37	16	17	1.92
26140997--26141043	17	2.8	17	80	6	51	80	10	6	2	0.96
26148563--26148607	17	2.6	17	85	3	54	44	0	2	53	1.13
26153184--26153336	44	3.5	44	78	5	141	26	25	18	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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