genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19718344--19718377	16	2.1	16	100	0	68	20	0	23	55	1.43
19719458--19719509	12	4.2	12	79	13	52	26	1	0	71	0.97
19719441--19719516	37	2.0	38	92	5	127	26	3	0	69	1.05
19722946--19723794	11	77.2	11	100	0	1698	45	0	9	45	1.35
19729241--19729290	25	2.0	25	88	0	73	34	24	16	26	1.95
19729338--19729393	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
19729327--19729393	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
19729443--19729523	24	3.4	24	84	5	110	29	18	22	29	1.97
19729750--19729777	7	4.0	7	100	0	56	57	0	14	28	1.38
19738134--19738281	40	3.7	40	90	0	244	24	27	22	25	2.00
19742977--19743239	40	6.6	39	85	4	269	25	26	21	25	1.99
19743171--19743248	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
19744300--19744502	103	2.0	100	97	2	379	23	20	14	40	1.90
19745580--19745774	48	4.2	44	87	5	171	29	25	18	26	1.98
19745605--19745784	48	3.8	48	90	0	272	29	26	18	25	1.98
19745767--19745848	37	2.2	37	86	0	110	26	25	20	26	1.99
19748791--19748851	30	2.0	30	93	0	104	44	11	9	34	1.74
19755851--19755974	40	3.1	39	86	6	169	24	29	24	22	1.99
19756946--19757444	249	2.0	250	98	0	964	35	29	11	24	1.90
19757441--19757547	48	2.2	48	86	6	146	19	18	10	51	1.74
19758993--19759218	49	4.6	50	80	4	262	24	17	27	30	1.97
19758998--19759230	99	2.3	99	79	13	246	24	17	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19766015--19766236	49	4.5	50	77	4	227	25	17	27	30	1.97
19768681--19768736	29	2.0	28	96	3	103	17	19	28	33	1.95
19770121--19770161	21	2.0	21	85	0	55	53	2	2	41	1.27
19771194--19771404	56	3.8	56	86	1	289	27	14	23	35	1.93
19771188--19771435	112	2.2	111	83	7	322	27	14	23	34	1.93
19781801--19782061	40	6.6	40	84	4	253	24	28	21	25	1.99
19788539--19788606	35	1.9	35	93	0	118	25	26	8	39	1.85
19788894--19788997	51	2.0	51	96	0	190	24	18	12	45	1.84
19789848--19790017	40	4.3	40	83	0	198	25	30	21	23	1.99
19789846--19790017	80	2.2	80	84	1	229	25	30	20	23	1.99
19794654--19794875	76	2.9	76	95	0	390	20	13	21	45	1.85
19795828--19796102	56	5.0	57	79	5	253	30	10	14	43	1.80
19795829--19796101	113	2.5	110	80	5	291	30	10	15	43	1.80
19795828--19796105	55	5.0	57	78	6	252	30	10	14	43	1.80
19798881--19798911	9	3.4	9	90	0	53	25	6	19	48	1.72
19803516--19803571	29	1.9	29	92	0	94	42	30	0	26	1.56
19803522--19803569	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
19804261--19804316	30	1.9	28	85	7	76	53	3	30	12	1.55
19807551--19807610	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
19807557--19807604	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
19813662--19813803	57	2.5	56	87	5	196	30	23	17	28	1.97
19813681--19813859	57	3.1	57	84	2	180	31	22	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19817705--19817733	14	2.1	14	100	0	58	44	13	6	34	1.71
19822743--19822887	43	3.4	42	75	7	123	28	16	24	30	1.96
19827169--19827376	67	3.2	64	76	10	197	32	16	28	22	1.96
19827670--19827802	28	4.8	28	73	12	96	30	17	27	24	1.97
19827754--19827829	28	2.7	28	86	8	93	31	23	22	22	1.98
19831410--19831438	15	2.0	15	93	6	51	55	20	13	10	1.68
19832087--19832130	15	2.9	15	86	0	61	54	13	13	18	1.71
19848288--19848331	20	2.2	20	88	4	63	50	0	9	40	1.34
19849069--19849147	41	1.9	41	92	0	131	16	18	10	54	1.70
19856341--19856421	10	7.9	10	74	15	76	20	9	3	65	1.38
19856336--19856378	22	2.0	22	95	0	77	20	13	4	60	1.51
19857963--19858140	40	4.5	40	87	3	218	24	28	24	23	2.00
19865341--19865369	14	2.1	14	100	0	58	13	0	6	79	0.93
19877827--19877901	21	3.7	21	67	24	61	61	0	1	37	1.05
19878117--19878244	63	2.0	63	98	0	247	47	3	24	24	1.68
19878429--19878479	3	17.0	3	100	0	102	0	33	0	66	0.92
19887191--19887314	48	2.6	48	80	6	117	37	4	2	56	1.31
19887234--19887309	37	2.1	37	83	14	95	36	5	2	55	1.37
19890013--19890075	33	1.9	33	96	0	117	34	15	4	44	1.68
19904035--19904075	22	1.9	22	90	5	66	12	43	26	17	1.84
19905700--19905744	20	2.2	20	88	0	63	35	13	0	51	1.41
19913897--19913952	25	2.2	26	83	3	69	51	12	5	30	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19915503--19915629	10	13.7	9	66	21	50	63	2	4	29	1.27
19915556--19915629	20	3.8	20	75	7	71	62	2	6	28	1.35
19915854--19915939	9	9.4	9	74	13	52	31	3	3	61	1.29
19915862--19915947	26	3.2	26	79	12	95	31	4	3	60	1.34
19915855--19915940	18	4.8	18	73	13	63	32	3	3	60	1.30
19919486--19919556	23	3.0	23	95	4	133	33	8	29	28	1.86
19919486--19919559	24	3.1	24	98	1	141	35	8	28	28	1.86
19920301--19920359	30	1.9	30	82	3	73	49	1	22	27	1.59
19920587--19920618	8	4.1	8	92	8	57	25	0	0	75	0.81
19924204--19924244	20	2.0	20	85	0	55	43	14	19	21	1.87
19931400--19931476	28	2.8	28	89	0	109	32	12	28	25	1.93
19931866--19931916	25	2.0	25	81	7	59	35	1	25	37	1.67
19935894--19935940	20	2.2	20	85	7	58	34	4	6	55	1.45
19937413--19937614	104	1.9	104	86	0	287	21	30	24	23	1.99
19938840--19938884	22	2.0	22	100	0	90	35	0	4	60	1.17
19941255--19941374	43	2.8	42	83	2	150	30	16	24	29	1.97
19943196--19943250	28	1.9	29	85	3	76	20	36	21	21	1.95
19950022--19950276	55	4.8	54	78	10	242	35	17	25	21	1.95
19950468--19950498	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
19952223--19952367	42	3.5	42	81	0	146	19	35	22	23	1.96
19953896--19953949	22	2.4	23	75	9	58	38	1	0	59	1.08
19953900--19953939	19	2.2	18	86	4	53	40	2	0	57	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19954301--19954342	21	2.0	21	90	9	68	38	2	0	59	1.10
19955532--19955571	18	2.2	18	86	8	55	27	30	2	40	1.70
19957639--19957676	20	1.9	20	94	0	67	18	15	31	34	1.92
19960491--19960549	28	2.1	28	93	0	100	40	10	10	38	1.73
19964651--19964697	21	2.4	19	82	10	58	46	23	2	27	1.63
19969403--19969671	67	4.0	67	99	0	529	25	18	28	27	1.98
19972433--19972485	21	2.5	22	76	11	56	30	18	9	41	1.82
19979866--19980073	67	3.2	64	77	10	197	31	16	28	22	1.96
19985210--19985262	25	2.1	25	92	0	88	20	20	3	54	1.60
19987158--19987209	25	2.2	24	86	6	70	25	25	23	26	2.00
19994021--19994198	40	4.5	40	88	3	227	25	26	23	24	2.00
20002001--20002138	40	3.5	40	85	6	167	24	28	23	23	2.00
20005889--20005953	31	2.1	31	94	0	112	29	21	23	26	1.99
20006062--20006117	27	2.1	26	86	3	76	46	12	10	30	1.76
20006727--20006784	27	2.1	27	81	6	64	34	34	15	15	1.89
20007041--20007163	62	2.0	64	88	6	189	43	13	11	31	1.79
20008826--20008892	30	2.2	30	91	0	107	37	1	8	52	1.42
20010116--20010212	46	2.1	46	98	0	185	34	6	17	42	1.74
20010347--20010415	24	2.7	27	80	8	83	23	21	20	34	1.96
20010453--20010513	26	2.3	26	85	0	86	29	21	21	27	1.98
20011533--20011677	66	2.2	65	80	3	157	21	26	27	24	1.99
20012943--20012993	25	2.0	25	92	0	84	39	23	9	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20024640--20024681	4	10.5	4	84	0	57	45	0	28	26	1.54
20029663--20029865	40	5.1	40	80	9	193	25	29	22	22	1.99
20029675--20029865	80	2.4	80	82	6	219	25	29	22	21	1.99
20038676--20038859	40	4.6	40	82	9	214	26	22	25	25	2.00
20038676--20038859	80	2.3	80	84	3	237	26	22	25	25	2.00
20040942--20041037	28	3.3	29	84	5	124	30	29	13	27	1.94
20042825--20042855	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
20042822--20042861	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
20043093--20043290	108	1.8	110	90	2	319	22	25	18	33	1.96
20043046--20043300	55	4.8	54	80	7	258	21	25	17	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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