genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12222683--12222799	26	4.6	26	90	1	166	28	23	21	26	1.99
12222677--12222799	52	2.4	51	91	2	203	28	24	21	26	1.99
12222846--12222913	26	2.6	26	95	0	118	25	23	23	27	2.00
12222732--12222958	114	2.0	114	99	0	445	29	29	16	24	1.96
12223714--12223770	27	2.1	27	87	6	80	21	24	22	31	1.98
12223810--12224344	27	19.8	27	77	4	272	32	8	20	38	1.83
12223894--12224208	54	5.8	53	84	4	346	29	7	20	42	1.79
12223922--12224208	81	3.6	79	85	4	367	29	7	20	42	1.79
12224190--12224368	81	2.2	81	76	0	187	36	9	20	32	1.85
12227782--12227835	27	2.0	27	100	0	108	29	11	14	44	1.80
12229531--12229571	21	2.0	20	95	4	73	31	0	24	43	1.54
12236672--12236838	83	2.0	83	89	2	255	31	17	26	24	1.97
12247781--12247912	42	3.1	41	77	6	138	32	13	22	31	1.93
12247781--12247987	43	4.9	42	77	4	166	31	15	22	29	1.95
12252297--12252407	27	4.1	27	88	5	154	37	22	24	15	1.93
12253832--12253884	24	2.2	24	89	0	79	20	43	3	32	1.70
12256049--12256121	38	1.9	38	88	0	110	32	9	26	31	1.88
12271366--12271496	47	2.8	48	82	3	140	34	27	14	23	1.94
12273426--12273513	44	2.0	44	97	0	167	35	20	15	28	1.94
12274114--12274319	40	5.2	40	91	2	326	28	27	21	23	1.99
12278878--12278932	27	2.0	27	92	0	92	27	27	9	36	1.87
12285769--12285934	40	4.2	40	92	0	262	28	27	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12289228--12289310	44	1.9	43	85	7	114	27	18	26	27	1.98
12289230--12289324	44	2.2	44	81	9	106	28	21	25	25	1.99
12298268--12298297	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
12298712--12298823	27	4.1	27	76	12	104	17	22	21	38	1.93
12298716--12298822	54	2.0	54	81	3	126	18	22	19	39	1.93
12299736--12299959	49	4.5	49	81	3	277	30	28	16	24	1.96
12300189--12300242	27	2.0	27	85	0	72	38	14	5	40	1.70
12303956--12304089	27	5.0	27	78	4	137	35	16	21	26	1.94
12303958--12304076	54	2.2	54	86	1	159	36	17	20	26	1.94
12304291--12304406	27	4.3	27	83	5	128	17	22	22	37	1.93
12304547--12304578	12	2.7	12	90	0	55	21	9	9	59	1.57
12306575--12306649	27	2.8	27	76	8	71	34	24	8	33	1.84
12306653--12306728	40	1.9	39	91	2	125	36	22	15	25	1.93
12306690--12306767	27	2.9	27	82	1	104	33	17	24	24	1.97
12306974--12307060	28	3.2	28	88	4	124	19	21	21	36	1.95
12315393--12315726	48	7.0	48	80	5	318	25	29	19	25	1.99
12315392--12315726	144	2.3	143	83	2	384	25	29	19	25	1.98
12323049--12323512	48	9.7	48	76	4	294	23	28	20	28	1.99
12323143--12323522	144	2.7	144	83	2	444	24	28	19	27	1.99
12323049--12323512	96	4.9	96	75	4	339	23	28	20	28	1.99
12333019--12333119	28	3.6	28	88	5	150	21	13	34	29	1.92
12333455--12334119	27	24.7	27	80	6	591	39	18	9	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12333464--12334092	54	11.7	54	83	3	676	39	18	9	32	1.82
12333455--12334119	81	8.2	81	81	2	703	39	18	9	32	1.83
12336319--12336349	16	1.9	16	93	0	53	54	6	22	16	1.64
12353114--12353182	33	2.1	33	97	0	129	57	13	13	15	1.64
12362731--12362793	22	2.8	23	85	7	85	22	23	15	38	1.93
12366285--12366460	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
12366281--12366452	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
12374633--12374765	43	3.1	42	78	2	124	30	27	15	27	1.96
12376340--12376378	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
12377283--12377536	126	2.0	126	96	0	463	27	21	18	32	1.97
12379588--12379813	49	4.6	49	77	3	245	29	26	16	26	1.97
12380452--12380476	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
12384937--12384980	20	2.2	20	84	8	54	47	0	18	34	1.49
12390366--12390538	93	1.9	93	95	0	310	27	29	21	21	1.99
12390359--12390534	46	3.8	46	80	15	218	28	28	21	21	1.98
12396256--12396322	33	2.0	33	88	0	98	22	17	26	32	1.96
12396667--12396756	27	3.3	27	82	3	110	24	18	17	38	1.92
12398316--12398365	20	2.5	20	90	0	73	30	50	12	8	1.68
12402928--12403232	56	5.4	56	90	0	477	26	15	22	34	1.95
12405264--12405344	27	3.0	27	83	5	101	37	19	22	20	1.95
12409485--12409685	50	4.0	50	82	1	224	24	18	29	27	1.98
12412686--12412750	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12412682--12412750	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
12419280--12419420	51	2.8	50	78	5	160	24	21	26	26	2.00
12419280--12419423	49	2.9	48	80	4	171	25	21	27	25	1.99
12422422--12422487	15	4.5	15	73	17	59	10	9	15	65	1.47
12430795--12430878	27	3.1	27	81	5	89	38	21	21	19	1.94
12435548--12435627	32	2.4	33	85	6	126	32	5	15	47	1.66
12441642--12441678	18	2.1	18	100	0	74	40	10	10	37	1.75
12442426--12442483	29	2.0	29	100	0	116	51	17	3	27	1.61
12450751--12450813	27	2.3	27	86	0	81	38	19	17	25	1.93
12457479--12457522	5	9.0	5	80	14	56	61	0	0	38	0.96
12457800--12457832	13	2.6	13	95	4	59	54	15	0	30	1.41
12470610--12470760	44	3.6	43	76	14	152	29	26	17	25	1.98
12475933--12476108	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
12475930--12476101	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
12499534--12499723	56	3.4	56	88	0	272	32	21	15	31	1.94
12499534--12499736	112	1.8	112	89	0	316	32	21	15	31	1.94
12501248--12501357	44	2.6	43	81	9	127	20	18	28	33	1.96
12504403--12504483	29	2.8	29	81	9	103	28	33	14	23	1.94
12510198--12510581	47	8.1	47	93	2	642	28	30	9	32	1.88
12528659--12528817	80	2.0	81	82	6	198	33	21	7	37	1.82
12529946--12529977	13	2.5	13	95	5	57	15	0	0	84	0.63
12529946--12529977	6	5.2	6	92	7	55	15	0	0	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12530809--12530882	29	2.6	29	88	0	112	20	20	28	31	1.97
12531422--12531472	25	2.0	25	100	0	102	19	7	25	47	1.76
12535910--12536035	50	2.6	49	85	1	162	31	28	15	24	1.95
12538529--12538567	15	2.5	15	91	4	60	56	15	12	15	1.68
12552784--12553083	150	2.0	150	100	0	600	28	27	17	27	1.98
12558156--12558207	27	2.0	26	84	3	68	38	21	23	17	1.93
12558471--12558522	19	2.7	19	93	3	86	11	38	23	26	1.89
12563845--12563941	32	3.0	33	86	3	142	29	24	10	35	1.89
12563934--12564000	29	2.3	29	89	0	98	26	29	10	32	1.90
12563978--12564248	31	8.7	31	85	1	355	28	26	17	27	1.98
12567707--12567732	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
12568212--12568389	27	6.6	27	84	3	214	26	14	28	30	1.95
12568213--12568368	82	1.9	81	88	3	233	26	14	28	30	1.95
12568212--12568389	82	2.2	81	84	3	232	26	14	28	30	1.95
12573359--12573683	48	6.8	48	86	0	452	37	7	25	29	1.83
12573365--12573683	96	3.3	96	99	0	620	37	7	26	28	1.84
12573833--12573932	37	2.7	37	93	0	173	24	16	33	27	1.95
12582557--12582793	40	6.0	40	75	10	227	28	28	18	24	1.98
12582592--12582780	79	2.4	79	96	0	342	29	28	16	24	1.97
12582592--12582772	39	4.6	39	85	7	240	29	29	16	24	1.97
12584957--12584981	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
12589587--12589618	6	5.2	6	96	3	55	46	15	15	21	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12607742--12607776	13	2.7	13	83	16	54	68	8	5	17	1.35
12614085--12614384	27	11.1	27	86	3	372	27	22	10	40	1.86
12614389--12614584	54	3.6	54	84	4	243	36	18	19	25	1.95
12614389--12614584	27	7.3	27	84	1	214	36	18	19	25	1.95
12614783--12614865	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
12614953--12615011	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
12615176--12615249	27	2.8	27	83	6	80	18	24	20	36	1.95
12615367--12615485	6	19.8	6	80	16	140	20	15	14	50	1.78
12615383--12615485	30	3.4	30	95	2	181	20	14	14	50	1.78
12619966--12620070	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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