genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16710441--16710611	39	4.3	40	88	3	242	25	21	27	25	1.99
16710441--16710644	79	2.6	79	82	8	204	26	21	27	25	1.99
16716820--16717191	39	9.5	39	91	0	573	26	30	23	19	1.98
16721454--16721532	40	2.0	40	92	5	133	25	12	26	35	1.92
16722686--16722713	14	2.0	14	100	0	56	28	0	35	35	1.58
16728717--16728794	28	2.8	29	82	5	90	35	19	23	21	1.96
16728910--16728974	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
16735426--16735537	28	4.0	28	81	4	127	29	12	28	29	1.93
16741269--16741347	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
16741466--16741951	49	10.1	49	92	3	756	28	28	9	33	1.88
16741466--16741951	145	3.4	146	89	4	745	28	28	9	33	1.88
16741466--16741951	194	2.5	194	91	2	798	28	28	9	33	1.88
16745967--16746069	42	2.5	40	80	10	127	22	21	33	23	1.98
16748284--16748326	21	2.1	20	86	4	59	51	4	9	34	1.55
16762448--16762483	19	1.9	19	88	5	56	44	11	0	44	1.39
16762779--16762839	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
16767547--16767797	45	5.6	45	92	0	423	26	25	22	24	2.00
16767547--16767797	90	2.8	90	97	1	468	26	25	22	24	2.00
16778552--16778598	20	2.3	20	81	0	58	36	19	21	23	1.95
16780262--16780320	17	3.5	17	83	0	82	18	32	30	18	1.95
16785804--16786209	47	8.6	47	93	0	659	29	30	8	31	1.87
16789497--16789669	68	2.6	64	77	11	179	30	15	27	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16789643--16789843	101	2.0	99	85	1	267	25	17	26	30	1.97
16791665--16791743	33	2.4	33	81	10	90	34	15	22	27	1.94
16798629--16798713	25	3.4	24	81	10	82	24	23	22	29	1.99
16798646--16798712	25	2.7	25	88	0	98	22	23	26	26	2.00
16798919--16799031	53	2.1	53	85	4	156	28	19	14	38	1.90
16798916--16799020	27	3.9	27	75	12	90	28	20	15	36	1.93
16798940--16799055	53	2.2	53	80	9	121	29	16	15	38	1.89
16799010--16799218	27	7.8	27	76	7	176	29	7	20	42	1.80
16799011--16799216	81	2.5	82	80	8	201	29	7	20	41	1.80
16799093--16799243	81	1.9	81	83	2	196	30	4	21	43	1.73
16799070--16799378	27	11.5	27	80	5	159	31	6	21	40	1.79
16804045--16804164	61	2.0	61	100	0	240	48	18	1	31	1.58
16804053--16804153	30	3.3	30	72	13	107	50	17	0	30	1.53
16805680--16805787	43	2.5	42	79	5	110	25	19	24	31	1.98
16812706--16812967	40	6.6	40	95	2	449	22	22	27	26	1.99
16820899--16821122	40	5.6	40	87	3	306	24	23	26	25	2.00
16820903--16821122	83	2.7	80	88	5	302	23	24	27	25	2.00
16829063--16829367	40	7.6	40	86	4	400	21	23	28	25	1.99
16829063--16829367	80	3.8	80	89	3	443	21	23	28	25	1.99
16829063--16829367	163	1.9	159	87	4	450	21	23	28	25	1.99
16829911--16830003	47	2.0	47	97	0	177	35	2	21	40	1.65
16834137--16834202	27	2.4	27	82	5	80	37	16	19	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16841587--16841633	24	2.0	24	95	0	85	34	21	10	34	1.88
16844009--16844103	40	2.4	41	82	8	115	29	27	16	26	1.97
16844638--16844701	33	2.0	32	81	6	76	46	23	3	26	1.67
16852939--16853117	27	6.6	27	89	0	250	40	20	7	30	1.81
16852964--16853144	81	2.2	81	82	1	211	41	22	6	29	1.79
16852939--16853226	27	10.7	27	76	5	183	40	22	6	29	1.80
16853210--16853496	27	10.6	27	86	3	353	36	18	18	26	1.94
16853709--16853795	28	3.2	28	86	4	115	20	21	20	36	1.95
16853824--16853989	78	2.1	78	87	0	242	17	17	30	34	1.93
16854011--16854091	27	3.0	26	87	5	108	17	22	22	38	1.93
16854209--16854361	6	24.8	6	71	15	98	21	13	13	51	1.75
16854212--16854349	25	5.6	24	76	9	109	21	13	13	50	1.76
16854256--16854358	37	2.8	36	76	12	102	21	13	12	52	1.73
16854256--16854361	31	3.5	31	81	3	99	20	14	12	52	1.73
16854319--16854367	18	2.7	18	90	0	71	18	14	12	55	1.69
16861406--16861471	33	2.0	33	96	0	123	40	28	9	21	1.83
16863990--16864031	21	2.0	21	85	0	57	21	14	42	21	1.88
16870726--16870780	24	2.3	24	81	9	76	36	3	40	20	1.70
16872184--16872293	54	2.1	53	89	1	166	20	23	20	35	1.96
16872184--16872293	27	4.1	26	80	10	116	20	23	20	35	1.96
16875038--16875114	24	3.2	24	92	0	118	33	3	41	20	1.71
16876546--16876656	27	4.2	26	75	12	91	18	26	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16878256--16878478	46	4.7	49	78	12	191	22	31	19	26	1.98
16878364--16878580	94	2.3	92	80	9	230	27	29	16	27	1.97
16878265--16878527	138	1.9	143	83	6	349	24	31	17	26	1.97
16885701--16885905	46	4.4	45	75	8	164	22	32	19	25	1.97
16885735--16885908	94	1.9	92	81	4	215	21	32	20	25	1.98
16888976--16889141	43	3.9	43	81	5	167	27	16	24	31	1.96
16899031--16899082	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
16900796--16901015	110	2.0	110	100	0	440	28	29	18	24	1.98
16900968--16901632	40	16.6	40	94	1	1093	24	28	19	27	1.99
16904830--16904855	9	2.9	9	100	0	52	11	0	11	76	1.01
16906060--16906114	20	2.8	20	91	0	92	5	25	21	47	1.72
16915288--16915741	47	9.6	47	95	0	728	28	30	8	32	1.87
16915649--16915724	22	3.3	22	66	16	64	26	32	10	30	1.90
16915288--16915741	239	1.9	235	91	1	737	28	30	8	32	1.87
16923044--16923081	19	2.0	19	94	0	67	36	5	23	34	1.78
16925390--16925419	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
16928568--16928603	17	2.2	17	90	5	56	55	19	0	25	1.43
16934635--16934766	43	3.1	43	98	0	255	18	18	12	50	1.78
16937633--16937715	41	2.0	41	90	4	132	50	10	14	24	1.74
16942640--16942679	18	2.1	18	86	9	53	27	20	10	42	1.83
16942679--16942724	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
16943457--16943494	15	2.4	17	86	8	53	28	0	2	68	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16943947--16943973	14	1.9	14	100	0	54	40	14	22	22	1.90
16944807--16944928	43	2.8	43	87	2	147	24	17	27	31	1.97
16946572--16946860	27	10.8	27	82	0	332	18	15	22	43	1.88
16950153--16950257	41	2.6	41	78	3	113	28	26	18	26	1.98
16951926--16951950	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
16974962--16975068	42	2.5	42	89	0	160	20	34	23	21	1.97
16975105--16975196	43	2.1	43	97	0	175	25	35	23	15	1.94
16981708--16981743	4	9.0	4	100	0	72	25	0	0	75	0.81
16985689--16985979	50	5.8	50	83	1	334	21	28	21	27	1.99
16987460--16987725	40	6.7	40	92	3	403	26	27	21	24	1.99
17008404--17008471	29	2.3	29	82	5	84	27	30	14	26	1.95
17008293--17008620	174	1.9	174	96	0	602	31	24	14	30	1.95
17008580--17008651	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
17012345--17012481	46	2.9	46	90	5	204	21	29	19	29	1.98
17012345--17012523	94	1.9	93	84	7	238	21	28	20	29	1.98
17012861--17012942	30	2.8	30	86	1	112	32	26	9	30	1.89
17016636--17016684	22	2.2	22	85	0	71	32	10	28	28	1.90
17018036--17018145	26	4.3	27	71	15	83	23	21	16	38	1.93
17028680--17028732	27	2.0	27	96	0	97	28	22	22	26	1.99
17034828--17035141	47	6.7	48	71	16	196	24	28	18	27	1.98
17034828--17035141	46	6.7	46	74	14	195	24	28	18	27	1.98
17037289--17037325	19	1.9	19	100	0	74	27	10	13	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17038671--17038728	30	1.9	30	89	6	91	12	27	37	22	1.89
17040540--17040608	32	2.2	32	84	10	88	71	4	4	20	1.21
17041632--17041781	75	2.0	75	93	0	255	38	18	12	31	1.87
17050717--17050745	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
17050768--17050799	5	6.4	5	100	0	64	40	0	0	59	0.97
17052070--17052126	15	3.9	15	90	2	89	36	0	12	50	1.40
17052498--17052606	21	5.1	21	83	4	119	15	23	24	35	1.94
17052498--17052606	42	2.5	42	80	2	137	15	23	24	35	1.94
17054784--17054857	32	2.3	31	81	4	85	54	18	2	24	1.57
17055310--17055346	19	1.9	19	88	0	56	24	21	10	43	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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