genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87692668--87692834	59	2.8	59	84	0	190	50	8	5	35	1.57
87701498--87701584	40	2.2	40	89	6	133	22	22	28	25	1.99
87709286--87709458	40	4.3	40	91	2	269	24	25	25	24	2.00
87714787--87714908	46	2.7	45	83	8	149	27	20	28	22	1.99
87715676--87715756	42	1.9	42	97	0	153	17	28	29	24	1.97
87721578--87721663	40	2.2	39	82	2	109	27	29	18	24	1.98
87729910--87730077	72	2.3	72	85	6	223	26	21	22	29	1.99
87729938--87730078	24	5.9	24	92	3	212	26	21	24	27	1.99
87730127--87730173	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
87730210--87730257	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
87749263--87749296	10	3.3	10	88	8	50	2	20	17	58	1.51
87752453--87752671	47	4.7	46	78	9	169	24	29	16	29	1.97
87752502--87752717	46	4.6	46	76	10	170	23	29	18	29	1.97
87755683--87755759	33	2.3	33	88	0	118	28	23	22	25	1.99
87755906--87756001	27	3.6	27	79	0	93	37	20	20	20	1.95
87756142--87756238	27	3.6	26	76	8	95	22	22	18	36	1.95
87756245--87756499	27	9.4	27	80	5	228	30	11	18	39	1.86
87756481--87756561	27	3.0	27	83	3	92	29	19	17	33	1.95
87761241--87761308	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
87761410--87761488	29	2.7	30	78	13	101	29	29	15	26	1.96
87777803--87778062	46	5.6	46	74	15	230	21	18	29	29	1.97
87777804--87778054	93	2.7	92	93	2	430	21	19	29	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87777841--87778008	47	3.6	47	77	13	193	21	19	29	29	1.97
87779969--87780134	40	4.2	40	86	2	237	28	25	21	24	1.99
87779969--87780146	80	2.2	80	87	6	263	27	25	21	25	2.00
87789022--87789050	15	1.9	15	100	0	58	24	13	27	34	1.93
87790034--87790133	40	2.5	40	79	6	112	39	23	18	20	1.93
87790398--87790469	33	2.2	33	97	2	137	51	18	11	19	1.75
87798232--87798271	12	3.2	12	85	7	53	20	27	0	52	1.46
87806421--87806445	12	2.1	12	100	0	50	0	40	36	24	1.55
87808023--87808058	17	2.1	17	100	0	72	41	16	25	16	1.89
87816666--87816928	45	5.9	45	85	4	302	27	28	20	23	1.99
87816921--87817006	38	2.3	38	91	0	136	31	25	22	20	1.98
87832144--87832174	15	2.1	15	93	0	53	25	16	6	51	1.68
87842017--87842086	27	2.6	27	90	4	106	15	27	24	32	1.95
87842017--87842128	27	4.2	25	76	14	80	18	25	21	34	1.96
87842017--87842128	54	2.1	54	83	3	136	18	25	21	34	1.96
87843255--87843292	20	2.0	20	89	5	60	21	15	13	50	1.78
87855011--87855142	42	3.2	42	78	6	133	14	33	23	28	1.94
87856198--87856266	27	2.7	27	77	18	76	40	23	0	36	1.55
87856514--87856556	18	2.4	18	88	0	68	34	16	4	44	1.68
87856934--87856997	13	5.1	12	73	16	58	3	28	1	67	1.15
87856926--87856997	25	2.9	24	74	15	58	2	27	1	68	1.12
87857036--87857103	5	13.4	5	98	1	127	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87857085--87857142	27	2.2	26	81	9	64	48	3	1	46	1.29
87864708--87864733	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
87883143--87883170	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
87895662--87896502	420	2.0	420	95	0	1520	36	18	4	40	1.71
87896668--87896733	24	2.8	24	81	2	80	56	7	1	34	1.37
87904978--87905089	43	2.6	42	81	6	127	25	20	26	27	1.99
87916340--87916418	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
87916986--87917010	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
87918685--87918723	20	2.0	20	100	0	78	25	10	25	38	1.87
87920688--87920718	6	5.0	6	96	4	53	83	0	0	16	0.64
87920678--87920730	18	3.0	17	81	8	52	75	0	1	22	0.90
87924193--87924495	54	5.6	54	100	0	606	25	18	25	31	1.98
87934061--87934112	20	2.6	21	78	9	63	15	36	25	23	1.93
87940790--87940834	23	2.0	23	82	8	56	31	4	13	51	1.61
87944517--87944550	17	2.1	16	88	5	50	58	2	0	38	1.13
87944565--87944635	36	2.0	36	100	0	142	50	11	9	28	1.70
87947511--87947556	23	2.0	23	91	0	74	36	17	8	36	1.81
87948430--87948487	30	1.9	30	89	0	89	32	12	25	29	1.92
87956087--87956144	30	1.9	30	89	0	89	32	12	25	29	1.92
87956487--87956755	47	5.7	49	77	7	254	25	20	30	24	1.98
87959684--87959717	12	2.9	12	95	4	61	64	0	0	35	0.94
87963016--87963058	22	2.0	21	86	4	59	58	2	2	37	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87963048--87963087	19	2.2	18	91	8	64	47	0	0	52	1.00
87971315--87971436	50	2.5	49	82	5	142	27	22	13	36	1.92
87978620--87978672	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
87978667--87978718	27	1.9	27	88	0	77	7	26	1	63	1.32
87981525--87981567	19	2.3	19	84	15	63	60	0	2	37	1.10
87981527--87981580	18	3.1	17	84	12	74	59	0	1	38	1.08
87981521--87981580	16	3.7	16	78	20	54	55	0	1	43	1.10
87981528--87981580	16	3.1	16	86	10	70	58	0	1	39	1.09
87982773--87982812	20	2.0	20	85	9	55	70	2	17	10	1.27
87984195--87984222	13	2.2	13	100	0	56	32	21	7	39	1.80
87990492--87990599	1	108.0	1	68	0	63	15	0	0	84	0.63
87990493--87990602	6	18.3	6	100	0	220	16	0	0	83	0.64
87990787--87990837	16	3.2	16	86	10	77	25	27	5	41	1.78
87992733--87992783	3	17.0	3	84	8	59	27	0	3	68	1.07
87993459--87993535	39	2.0	39	92	0	127	36	6	25	31	1.82
87997654--87997732	41	1.9	41	94	0	140	24	25	15	35	1.94
87997988--87998018	16	1.9	16	93	0	53	61	9	0	29	1.28
87999592--87999704	57	2.0	57	85	5	156	29	18	7	45	1.76
88008962--88009032	27	2.6	27	82	8	74	38	19	18	23	1.93
88008981--88009052	27	2.7	27	84	0	81	38	22	16	22	1.93
88009709--88009776	35	1.9	35	87	0	100	25	33	19	22	1.97
88012842--88012882	6	6.8	6	97	0	73	17	29	0	53	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88017370--88017434	25	2.6	25	76	9	69	67	1	9	21	1.27
88026168--88026352	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
88026149--88026352	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
88034038--88034269	56	4.1	56	98	0	446	22	21	9	45	1.81
88045851--88045996	44	3.4	43	80	2	168	31	23	15	28	1.96
88045839--88045999	86	1.9	84	83	2	205	32	24	14	27	1.95
88048299--88048379	24	3.3	23	73	19	67	71	0	22	6	1.08
88048307--88048385	17	4.6	16	71	17	52	72	0	21	6	1.07
88048308--88048390	34	2.4	36	78	13	93	72	0	21	6	1.06
88058072--88058138	20	3.3	20	89	0	107	32	13	20	32	1.92
88058189--88058591	25	16.2	25	96	2	708	28	19	23	27	1.99
88058776--88058838	31	2.0	31	90	0	99	38	15	22	23	1.93
88066465--88066531	20	3.3	20	87	0	98	34	13	19	32	1.91
88066582--88066983	25	16.2	25	96	3	699	28	19	23	27	1.99
88067168--88067230	31	2.0	31	93	0	108	36	15	23	23	1.94
88083203--88083585	96	4.0	96	98	0	721	35	19	18	26	1.94
88098785--88098904	41	2.8	45	80	11	133	23	15	26	34	1.95
88100162--88100200	20	2.0	19	85	14	53	30	0	15	53	1.42
88102534--88102662	27	4.8	26	87	5	159	32	17	23	26	1.97
88102534--88102662	54	2.4	54	88	0	186	32	17	23	26	1.97
88104981--88105092	55	2.0	55	94	0	197	45	18	5	30	1.72
88106221--88106355	54	2.4	56	83	4	193	34	24	13	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88119560--88119695	27	5.1	27	91	0	175	22	14	19	43	1.87
88123100--88123321	64	3.4	65	77	9	227	24	29	14	31	1.95
88126315--88126427	54	2.1	54	96	1	210	28	20	30	20	1.97
88137967--88138147	40	4.6	40	80	8	192	25	22	27	24	2.00
88138016--88138170	79	2.0	79	81	7	181	26	21	27	24	1.99
88139730--88139763	14	2.3	15	85	5	52	26	44	0	29	1.55
88139726--88139764	18	2.2	18	90	0	60	25	43	0	30	1.55
88143100--88143145	19	2.5	19	92	3	76	15	10	8	65	1.47
88145667--88145851	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
88145668--88145851	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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