genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76397850--76397894	22	2.0	22	91	0	72	24	17	37	20	1.93
76402131--76402700	285	2.0	285	97	0	1086	29	18	24	26	1.98
76405261--76405522	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
76406776--76406904	65	2.0	66	89	4	199	25	13	25	35	1.92
76407295--76407514	40	5.6	40	80	7	236	24	22	26	25	2.00
76407295--76407514	80	2.8	79	84	5	268	24	22	26	25	2.00
76409515--76409781	40	6.7	40	97	0	473	23	20	25	30	1.99
76409514--76409845	80	4.2	80	90	3	465	23	20	26	30	1.98
76409518--76409825	40	7.7	40	95	0	266	23	20	26	29	1.99
76416485--76416560	38	2.0	38	97	0	143	30	14	23	31	1.94
76417768--76417963	40	4.9	40	88	4	218	23	20	27	28	1.99
76419372--76419496	62	2.0	62	100	0	250	31	11	27	30	1.91
76420167--76420263	26	3.8	26	90	4	153	25	23	23	26	2.00
76420167--76420276	51	2.2	49	90	8	168	28	21	23	26	1.99
76429156--76429252	30	3.2	30	76	2	106	27	16	27	27	1.97
76431478--76431562	30	2.8	29	83	13	109	14	22	0	63	1.30
76431513--76431568	18	3.1	18	79	5	60	8	19	1	69	1.24
76431538--76431562	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
76431565--76431595	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
76431643--76431699	5	11.0	5	75	20	55	3	17	1	77	1.00
76431643--76431699	16	3.7	14	82	15	60	3	17	1	77	1.00
76431643--76431710	21	3.2	21	76	15	61	2	17	2	76	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76434236--76434332	30	3.2	30	75	2	97	27	15	27	28	1.96
76443526--76443612	28	3.0	27	70	22	68	29	27	14	27	1.96
76445112--76445166	25	2.3	22	76	14	56	63	0	34	1	1.05
76445791--76445825	3	11.7	3	87	0	52	68	0	2	28	1.04
76445790--76445819	15	2.0	15	100	0	60	73	0	0	26	0.84
76447199--76447327	53	2.4	53	81	2	150	37	20	22	19	1.95
76447235--76447342	53	2.0	53	85	0	144	37	18	23	20	1.94
76454470--76454512	12	3.7	12	93	3	70	18	4	4	72	1.20
76454472--76454512	11	3.6	11	90	3	55	17	4	4	73	1.19
76458741--76458933	39	4.9	39	88	2	246	20	19	27	32	1.97
76458741--76458925	78	2.4	78	86	2	273	20	19	28	32	1.97
76459065--76459100	18	2.0	18	100	0	72	27	5	16	50	1.68
76462556--76462587	16	2.0	16	100	0	64	37	25	18	18	1.94
76464825--76465009	39	4.8	39	91	2	284	18	20	28	32	1.96
76465153--76465187	18	1.9	18	100	0	70	28	5	14	51	1.65
76467333--76467370	13	2.8	14	84	8	51	42	0	10	47	1.38
76468351--76468410	29	2.1	29	87	0	84	43	28	0	28	1.55
76470462--76470587	61	2.0	62	93	1	218	32	26	2	38	1.70
76470523--76472207	325	5.2	322	85	5	2157	37	17	9	34	1.83
76470523--76472207	652	2.6	648	87	4	2434	37	17	9	34	1.83
76473118--76473168	21	2.5	21	87	3	68	68	5	7	17	1.34
76474196--76474228	17	1.9	17	93	0	57	78	0	21	0	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76474237--76474281	20	2.3	19	88	11	65	68	0	20	11	1.19
76478034--76478130	30	3.2	30	70	11	83	27	27	15	28	1.96
76479844--76479874	10	3.0	10	90	9	53	80	9	0	9	0.90
76479846--76479877	11	2.9	11	100	0	64	81	9	0	9	0.88
76480799--76480861	5	12.0	5	79	15	58	76	4	17	1	1.04
76480799--76480861	11	6.0	10	74	20	58	76	4	17	1	1.04
76480930--76480954	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
76480924--76480966	18	2.3	18	84	4	50	69	2	18	9	1.26
76480930--76481011	30	2.7	31	79	5	87	63	0	23	13	1.29
76483141--76483237	30	3.2	30	75	2	106	27	26	16	28	1.97
76499788--76499965	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
76499789--76499944	82	1.9	81	86	3	224	26	15	28	29	1.96
76499785--76499965	82	2.2	81	82	2	220	26	15	28	29	1.96
76510047--76510071	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
76517781--76518569	48	16.8	48	91	4	1162	29	27	6	36	1.82
76517781--76518569	94	8.4	94	93	2	1205	29	27	6	36	1.82
76518178--76518254	39	2.0	39	97	0	145	29	33	7	28	1.85
76520658--76521136	50	9.7	50	98	0	862	37	6	25	31	1.80
76521140--76521213	37	2.0	37	89	0	112	21	17	29	31	1.96
76522476--76522916	40	11.0	40	90	0	639	22	21	29	26	1.99
76522474--76522916	80	5.5	80	92	0	706	23	20	29	26	1.99
76523076--76523126	25	2.0	25	81	7	59	33	13	33	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76523123--76523213	28	3.2	28	78	9	103	20	16	30	31	1.95
76525960--76526204	48	5.1	48	96	0	445	35	6	26	31	1.81
76526351--76526495	37	3.9	37	91	0	227	24	17	30	27	1.97
76527297--76527917	48	13.0	48	96	0	1118	31	27	6	34	1.83
76527897--76527938	21	2.0	21	100	0	84	23	28	14	33	1.94
76527849--76527986	69	2.0	69	98	0	267	28	28	8	34	1.87
76527801--76528034	117	2.0	117	96	0	432	29	28	8	34	1.87
76527753--76528082	165	2.0	165	95	0	588	29	28	8	33	1.87
76527706--76528130	213	2.0	212	94	0	751	29	27	8	34	1.85
76527918--76528136	48	4.6	48	95	0	384	29	27	7	35	1.84
76569399--76569450	27	1.9	27	84	0	68	65	1	25	7	1.30
76572636--76573766	564	2.0	564	99	0	2217	28	22	17	31	1.97
76575067--76575136	16	4.4	16	83	0	86	31	2	32	32	1.73
76575066--76575136	32	2.2	32	84	0	97	30	4	32	32	1.77
76575122--76575210	44	2.0	45	87	12	130	31	5	24	38	1.79
76575113--76575226	44	2.7	39	75	23	106	31	4	25	38	1.76
76575283--76575333	26	2.0	26	88	3	77	41	0	7	50	1.31
76576161--76576201	22	1.9	22	90	5	66	19	29	41	9	1.83
76576321--76576375	28	1.9	29	89	10	87	20	45	20	14	1.85
76582220--76582254	17	2.1	17	94	0	61	11	34	22	31	1.90
76582182--76582294	57	2.0	57	94	0	199	20	31	23	23	1.98
76582237--76582619	40	9.6	40	95	0	685	25	31	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76583734--76584221	47	10.4	47	88	0	715	28	30	8	32	1.86
76583734--76584221	94	5.2	94	97	0	904	28	30	8	32	1.86
76587037--76587265	47	4.9	47	72	14	186	23	28	19	28	1.98
76592546--76592908	42	8.3	42	69	14	189	30	24	17	27	1.97
76592556--76592801	85	2.9	85	78	5	248	31	23	16	28	1.96
76592546--76592723	43	4.2	43	76	10	168	30	25	15	27	1.96
76592776--76592940	48	3.4	48	80	5	165	28	22	18	30	1.97
76597716--76597785	28	2.5	28	88	4	97	32	25	12	28	1.93
76598175--76598472	101	2.8	105	93	4	505	41	15	8	34	1.77
76598154--76598472	109	3.0	107	89	7	515	40	16	7	35	1.77
76600542--76600585	22	2.0	22	100	0	88	50	4	18	27	1.66
76602096--76602150	27	2.0	27	86	6	76	45	1	1	50	1.22
76605537--76605583	17	2.9	16	78	9	60	48	12	10	27	1.74
76623310--76623342	17	1.9	17	100	0	66	0	54	0	45	0.99
76624698--76624740	6	7.0	6	78	5	50	74	0	2	23	0.93
76625604--76625709	53	2.0	53	98	0	203	35	16	16	32	1.90
76627089--76627137	22	2.2	22	89	7	73	32	22	12	32	1.91
76628579--76628628	21	2.5	19	77	6	55	66	2	14	18	1.35
76631502--76631560	28	2.1	28	96	0	109	35	27	8	28	1.86
76635995--76636779	48	16.1	48	88	6	1114	33	7	29	29	1.85
76636911--76637051	37	3.8	37	95	0	255	22	20	32	24	1.98
76638327--76638485	40	4.0	40	92	0	255	20	22	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76638649--76638699	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
76641355--76641988	48	13.0	48	90	3	926	33	8	27	30	1.86
76641676--76641972	153	1.9	153	93	0	513	34	9	27	28	1.88
76642121--76643074	37	25.8	37	99	0	1863	22	18	32	26	1.97
76644633--76644785	40	3.8	40	85	3	184	23	24	27	24	2.00
76651610--76651765	83	1.9	84	90	1	251	21	14	26	38	1.91
76652530--76652753	40	5.6	40	89	1	290	25	20	28	26	1.99
76656321--76656380	27	2.3	26	82	2	66	38	20	20	21	1.94
76656419--76656470	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
76657123--76657241	27	4.4	27	85	0	157	24	21	19	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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