genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75691590--75691720	46	2.9	43	77	14	129	40	19	10	29	1.85
75691590--75691720	45	2.9	46	77	5	140	40	19	10	29	1.85
75693755--75693784	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
75693996--75694271	50	5.5	50	81	4	306	30	26	16	25	1.97
75694045--75694226	101	1.8	101	92	0	310	28	25	18	27	1.98
75693996--75694271	101	2.8	101	81	3	299	30	26	16	25	1.97
75695830--75695973	43	3.3	43	80	3	148	35	22	15	26	1.94
75697729--75697769	9	4.6	9	87	0	64	46	21	7	24	1.77
75697789--75697823	6	5.5	6	87	12	52	14	0	2	82	0.77
75698990--75699048	31	1.9	30	83	10	75	40	0	1	57	1.09
75705554--75705578	13	1.9	13	100	0	50	16	36	40	8	1.77
75717175--75717437	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
75725923--75725949	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
75725979--75726038	13	4.7	13	68	4	50	15	50	15	20	1.79
75725951--75726040	38	2.4	38	100	0	180	16	48	13	21	1.80
75726119--75726180	27	2.3	27	97	0	115	6	0	29	64	1.18
75726502--75726545	3	14.7	3	81	9	54	29	2	0	68	1.02
75726492--75726546	9	6.2	9	83	10	60	25	1	0	72	0.94
75726494--75726546	12	4.5	12	83	2	72	26	1	0	71	0.96
75726517--75726669	83	1.8	83	80	8	186	26	9	3	60	1.45
75726794--75726850	17	3.1	19	78	14	66	31	0	7	61	1.23
75728258--75728300	21	2.0	21	82	8	52	23	25	32	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75738198--75738233	18	2.0	18	88	0	54	52	2	8	36	1.46
75740266--75740332	30	2.2	30	80	17	75	46	2	7	43	1.47
75742596--75742671	37	2.1	36	80	7	82	34	3	3	57	1.35
75747509--75747561	24	2.3	23	83	6	63	30	28	9	32	1.88
75750736--75750780	23	2.0	22	86	4	63	42	22	17	17	1.89
75755334--75755701	183	2.0	183	94	0	646	32	21	6	39	1.80
75756109--75756167	11	5.2	11	84	8	82	66	0	0	33	0.92
75756681--75756742	30	2.1	30	96	0	115	38	17	16	27	1.91
75760445--75760498	20	2.6	20	82	11	56	25	0	7	66	1.17
75760463--75760494	17	1.9	17	93	6	57	31	0	3	65	1.08
75769037--75769093	19	3.1	19	80	17	66	61	0	1	36	1.07
75775091--75775149	28	2.1	28	87	0	82	6	28	5	59	1.45
75775701--75775732	16	2.1	16	88	11	50	50	6	21	21	1.71
75775989--75776075	45	1.9	45	88	4	131	50	20	5	22	1.69
75775990--75776085	45	2.1	45	84	7	124	48	23	4	22	1.68
75780450--75780663	48	4.5	47	79	6	209	29	18	28	23	1.98
75780450--75780621	94	1.8	95	88	3	267	31	19	27	21	1.97
75780450--75780621	48	3.6	48	81	3	213	31	19	27	21	1.97
75788243--75788289	13	3.7	13	78	16	62	53	14	2	29	1.53
75788293--75788349	29	1.9	30	85	3	80	56	14	7	22	1.62
75788315--75788429	26	4.4	26	70	21	80	54	16	3	25	1.57
75788368--75788542	4	45.2	4	73	19	90	55	17	1	25	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75788313--75788553	77	3.2	75	74	18	207	56	15	2	26	1.52
75788303--75788578	138	2.0	135	82	10	337	55	15	3	26	1.56
75788365--75788558	53	3.8	53	75	14	135	56	15	1	26	1.49
75788384--75788587	62	3.5	60	74	18	166	55	15	2	25	1.55
75788365--75788461	29	3.6	26	75	19	101	53	18	1	26	1.51
75794302--75794406	32	3.3	32	94	0	174	41	25	3	28	1.73
75796203--75796356	67	2.3	68	86	3	204	29	30	18	21	1.97
75796053--75796356	68	4.5	68	72	11	237	31	26	17	24	1.97
75796056--75796439	204	1.9	204	85	1	536	31	26	18	24	1.97
75799835--75799892	29	2.0	28	83	3	71	46	0	1	51	1.11
75799849--75799904	29	1.9	29	85	7	78	44	0	0	55	0.99
75803991--75804017	13	2.1	13	100	0	54	51	22	0	25	1.48
75804330--75804371	17	2.4	18	84	4	50	19	2	4	73	1.12
75807873--75807922	5	10.0	5	77	16	50	22	0	2	76	0.89
75812060--75812109	25	2.0	24	81	11	57	48	16	12	24	1.79
75816794--75816844	22	2.3	23	80	13	61	33	0	3	62	1.13
75816780--75816939	83	1.9	82	87	1	230	32	1	5	60	1.29
75817050--75817166	18	6.9	18	65	24	58	61	0	1	35	1.12
75817043--75817143	35	2.9	34	79	8	114	61	0	1	35	1.14
75817088--75817157	22	3.0	22	77	18	70	58	0	2	38	1.13
75817846--75817897	27	1.9	27	81	14	63	57	5	1	34	1.33
75826867--75826911	21	2.1	21	83	0	54	51	17	13	17	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75828187--75828227	14	2.7	15	85	11	57	48	0	0	51	1.00
75829724--75829756	16	2.0	17	94	5	59	42	0	3	54	1.15
75833755--75833944	46	4.0	46	86	4	247	40	13	23	22	1.89
75835284--75835366	30	2.8	29	78	10	78	38	8	12	40	1.73
75840836--75840887	20	2.6	20	84	6	61	28	32	0	38	1.57
75841970--75842021	20	2.6	20	84	6	61	28	32	0	38	1.57
75844254--75844325	37	1.9	37	97	0	135	37	1	9	51	1.44
75844398--75844450	22	2.3	23	75	9	56	54	3	3	37	1.36
75846772--75846820	20	2.7	18	75	12	55	53	6	0	40	1.26
75856648--75856673	11	2.4	11	100	0	52	42	26	0	30	1.56
75864598--75864649	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
75866408--75866459	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
75868710--75868747	5	7.6	5	93	0	67	81	2	0	15	0.80
75869517--75869557	16	2.3	18	88	12	59	43	2	0	53	1.13
75870769--75870801	9	3.7	9	100	0	66	54	9	0	36	1.32
75879714--75879825	43	2.6	42	77	12	120	23	19	25	31	1.98
75879739--75879821	43	2.0	42	88	7	123	26	20	21	31	1.98
75889757--75889829	23	3.2	23	84	0	83	38	19	13	28	1.90
75889772--75889856	23	3.7	23	82	0	89	40	18	15	25	1.90
75890278--75890302	12	2.1	12	100	0	50	52	40	0	8	1.31
75892145--75892200	17	3.2	17	73	9	51	48	7	0	44	1.30
75894185--75894511	164	2.0	164	99	0	645	32	10	12	44	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75902767--75903191	48	8.8	47	78	7	334	28	17	27	26	1.98
75902772--75903191	145	2.9	145	80	7	426	28	17	27	26	1.98
75902767--75903144	193	2.0	192	82	3	465	27	17	27	27	1.98
75905368--75905453	43	2.0	43	97	0	163	22	34	12	30	1.91
75908555--75908640	44	2.0	44	97	0	163	25	13	17	43	1.86
75908898--75908933	18	2.0	18	89	10	56	69	8	11	11	1.37
75913814--75914079	46	5.6	48	74	11	189	25	28	18	28	1.98
75931905--75931954	20	2.6	19	76	17	57	14	28	22	36	1.92
75950215--75950287	36	2.0	36	89	0	110	24	6	27	41	1.80
75956399--75956460	29	2.1	29	100	0	124	37	8	24	30	1.84
75958559--75958606	21	2.3	21	96	0	87	25	39	18	16	1.91
75962312--75962349	17	2.2	17	86	9	51	26	0	10	63	1.27
75966044--75966613	40	14.3	39	94	1	820	24	19	28	27	1.99
75965991--75966613	80	7.8	80	92	2	914	24	19	28	27	1.99
75965991--75966613	120	5.2	120	92	1	914	24	19	28	27	1.99
75973692--75973901	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
75973639--75973901	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
75973640--75973936	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
75976040--75976082	21	2.0	21	100	0	86	41	9	4	44	1.57
75980433--75980481	23	2.1	23	100	0	98	38	12	14	34	1.83
75980513--75980544	9	3.6	9	100	0	64	78	9	0	12	0.97
75991409--75991443	14	2.5	14	90	0	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75991430--75991472	18	2.4	18	80	0	50	39	2	4	53	1.34
75998859--75999012	43	3.6	43	77	7	136	34	25	11	28	1.91
76001836--76002020	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
76001817--76002020	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
76007817--76007952	66	2.1	66	92	0	227	17	24	33	25	1.97
76008779--76008811	17	1.9	17	100	0	66	69	12	6	12	1.35
76009447--76009604	43	3.7	43	77	2	165	33	22	15	28	1.94
76009724--76009793	35	2.0	35	83	5	88	48	12	5	32	1.65
76011769--76011807	17	2.2	18	90	4	62	38	7	7	46	1.61
76021564--76021607	23	1.9	23	81	9	54	31	11	4	52	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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