genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  249  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81011050--81011185	55	2.5	55	87	4	186	24	13	20	41	1.88
81011050--81011199	27	5.5	27	76	10	108	24	12	20	42	1.86
81014964--81015030	35	1.9	35	96	0	125	25	4	23	46	1.71
81018207--81018305	43	2.3	41	78	10	108	35	23	12	29	1.91
81042601--81042636	13	2.9	12	84	8	54	41	22	13	22	1.89
81044501--81044589	43	2.1	42	85	6	117	32	22	17	26	1.97
81051406--81051523	36	3.3	35	80	9	130	16	11	27	44	1.83
81058291--81058351	30	2.0	30	100	0	122	32	6	22	37	1.80
81064771--81065060	3	94.7	3	67	17	84	57	4	7	30	1.46
81064780--81064854	12	6.2	12	83	13	93	58	1	8	32	1.35
81065189--81065233	17	2.5	19	82	17	60	57	0	4	37	1.19
81068833--81068929	47	2.1	47	100	0	194	42	12	10	35	1.77
81082709--81082761	25	2.1	25	93	6	90	52	5	9	32	1.57
81100982--81101037	23	2.5	22	81	16	62	39	7	14	39	1.73
81104062--81104139	29	2.7	28	80	11	95	25	14	30	29	1.94
81104092--81104419	174	1.9	174	98	0	629	30	14	24	31	1.94
81116639--81116694	22	2.4	22	79	8	58	12	0	39	48	1.41
81117819--81117867	21	2.3	20	80	10	53	30	4	2	63	1.24
81117851--81117883	13	2.4	14	90	5	50	30	3	0	66	1.06
81121136--81121195	14	4.3	14	72	6	59	16	1	5	76	1.04
81132478--81132503	4	6.5	4	100	0	52	26	0	0	73	0.84
81138404--81139043	174	3.7	174	99	0	1253	30	14	24	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81151263--81151318	22	2.4	22	79	8	58	12	0	39	48	1.41
81152443--81152491	21	2.3	20	80	10	53	30	4	2	63	1.24
81152475--81152507	13	2.4	14	90	5	50	30	3	0	66	1.06
81155760--81155819	14	4.3	14	72	6	59	16	1	5	76	1.04
81167102--81167127	4	6.5	4	100	0	52	26	0	0	73	0.84
81172778--81172856	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
81172975--81173360	47	8.2	47	95	1	673	29	30	8	31	1.87
81178150--81178201	23	2.3	23	89	0	77	51	13	1	32	1.52
81183941--81184141	43	4.7	43	82	4	235	27	31	16	24	1.96
81186582--81186990	147	2.8	147	94	1	696	30	14	14	39	1.87
81187856--81187913	28	2.1	28	86	0	80	43	44	0	12	1.41
81188078--81188129	21	2.5	20	75	12	50	36	40	0	23	1.55
81188088--81188122	14	2.5	14	85	0	52	28	45	0	25	1.54
81188155--81188187	15	2.3	15	89	5	50	36	30	0	33	1.58
81188593--81188749	41	3.9	41	84	3	201	29	29	21	19	1.97
81189829--81189874	23	2.0	23	95	0	83	26	23	17	32	1.97
81189832--81189881	23	2.2	23	88	0	73	26	22	20	32	1.98
81194984--81195125	40	3.6	40	90	2	216	22	24	27	25	2.00
81202173--81202281	42	2.6	42	81	11	134	17	26	34	21	1.95
81202500--81202545	23	2.0	23	100	0	92	21	13	43	21	1.86
81203437--81203506	34	2.1	34	97	0	131	40	12	5	41	1.67
81205579--81205638	29	2.1	29	93	0	102	23	31	6	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81208034--81208061	14	2.0	14	100	0	56	42	28	14	14	1.84
81211248--81211284	18	2.1	18	89	0	56	16	29	37	16	1.90
81218809--81218855	20	2.3	20	85	7	60	25	10	17	46	1.79
81221444--81221501	29	2.0	30	86	3	82	20	37	31	10	1.86
81225794--81225830	15	2.5	14	91	8	56	67	2	8	21	1.29
81227591--81227648	30	1.9	30	96	0	107	55	6	12	25	1.61
81230303--81230369	33	2.0	33	85	0	89	25	16	20	37	1.93
81236606--81236658	10	5.3	10	86	6	56	64	0	0	35	0.94
81236606--81236659	21	2.6	19	83	13	63	64	0	0	35	0.94
81236606--81236661	19	2.8	21	82	17	66	64	0	0	35	0.94
81237031--81237105	29	2.6	29	85	12	100	33	2	1	62	1.17
81237053--81237097	19	2.3	21	77	14	60	37	2	0	60	1.09
81237034--81237112	10	8.1	10	74	5	72	32	3	1	62	1.21
81237174--81237216	17	2.4	17	80	7	50	44	0	2	53	1.13
81241777--81241814	18	2.1	19	90	5	60	21	21	5	52	1.66
81246262--81246299	18	2.1	19	90	5	60	21	21	5	52	1.66
81253199--81253254	29	2.0	28	83	10	71	46	1	3	48	1.30
81258593--81258636	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
81260987--81261115	27	4.5	27	70	24	86	28	20	26	24	1.99
81260951--81261089	60	2.3	59	82	8	156	29	20	23	25	1.99
81262002--81262102	49	2.1	49	92	0	166	27	9	32	29	1.89
81264237--81264284	6	7.5	6	84	11	60	77	4	0	18	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81264305--81264380	9	8.6	9	85	2	91	26	6	19	47	1.74
81266580--81266639	20	3.3	18	69	17	52	35	1	0	63	1.05
81267770--81267919	60	2.6	58	80	8	164	50	12	10	27	1.72
81272711--81272747	17	2.2	18	90	9	60	56	0	0	43	0.99
81272751--81272776	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
81273325--81273358	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
81273957--81273995	13	3.1	13	85	3	53	69	2	2	25	1.14
81274100--81274134	17	2.1	17	100	0	70	51	5	0	42	1.25
81274115--81274158	22	2.0	22	81	0	52	38	2	0	59	1.10
81274137--81274174	9	4.2	9	83	9	51	31	0	0	68	0.90
81275683--81275742	26	2.3	26	80	8	68	21	8	13	56	1.63
81276650--81276699	26	1.9	26	88	8	75	62	8	8	22	1.49
81278829--81279020	63	3.1	62	81	4	208	28	20	27	24	1.99
81279063--81279273	108	2.0	108	87	0	305	21	18	30	28	1.97
81296571--81296636	7	9.4	7	86	6	89	15	27	10	46	1.78
81299138--81299183	22	2.1	22	88	8	67	47	0	21	30	1.51
81300440--81300521	41	2.0	41	97	0	155	35	17	21	25	1.95
81305264--81305292	14	2.0	15	93	6	51	58	0	0	41	0.98
81306613--81306839	76	2.8	80	77	8	214	61	3	6	28	1.36
81306613--81306960	26	13.4	26	72	12	227	60	2	7	29	1.38
81306652--81306814	28	5.9	29	71	10	110	62	4	5	27	1.36
81306613--81306845	56	4.4	53	82	4	222	61	3	6	28	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81306893--81306987	29	3.4	26	78	17	86	63	2	4	30	1.25
81319461--81320424	46	21.0	46	96	0	1705	39	15	23	21	1.91
81320705--81320737	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
81330566--81330590	7	3.6	7	100	0	50	12	28	0	60	1.32
81341294--81341326	11	3.1	11	95	4	59	39	0	0	60	0.97
81341327--81341371	18	2.6	18	80	16	58	66	13	0	20	1.24
81341450--81341506	30	1.9	29	85	3	78	56	8	7	28	1.56
81347371--81347399	6	4.8	6	100	0	58	17	17	17	48	1.82
81347362--81347399	18	2.1	18	90	0	58	21	15	15	47	1.82
81347455--81347493	18	2.1	19	85	4	53	43	15	12	28	1.83
81358900--81358941	23	1.9	21	85	9	57	35	0	16	47	1.47
81358912--81358941	10	2.9	10	95	5	51	36	0	13	50	1.42
81359819--81359844	12	2.2	12	100	0	52	34	0	15	50	1.45
81360324--81360380	20	2.8	20	72	15	55	17	24	15	42	1.88
81366219--81366259	14	3.1	14	82	10	59	65	0	0	34	0.93
81366463--81366497	17	2.1	17	88	0	52	54	5	0	40	1.24
81366866--81366965	35	2.9	35	85	4	132	38	17	24	21	1.93
81368503--81368527	13	1.9	13	100	0	50	24	32	12	32	1.91
81369016--81369055	15	2.7	15	96	0	71	15	15	5	65	1.44
81370369--81370438	19	3.7	20	85	11	94	57	2	1	38	1.23
81370369--81370427	20	3.1	19	90	4	84	55	3	1	38	1.26
81372871--81372917	22	2.1	22	96	0	85	21	12	34	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81379246--81379292	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
81382807--81382894	44	2.0	44	86	0	122	32	28	15	22	1.95
81384857--81384918	31	2.0	31	100	0	124	54	22	3	19	1.58
81385558--81385832	49	5.7	48	76	10	213	24	29	18	28	1.98
81385560--81385835	98	2.8	96	84	5	306	24	29	18	27	1.98
81387853--81387894	20	2.0	21	90	4	68	50	0	19	30	1.48
81388575--81388690	33	3.5	33	80	6	110	34	11	21	32	1.89
81395935--81396254	49	6.7	49	73	11	207	25	28	18	27	1.98
81395928--81396257	142	2.3	143	82	4	387	25	29	18	27	1.98
81396986--81397349	180	2.0	179	93	3	613	29	15	15	39	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279