genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1005346--1005572	49	4.6	49	81	6	251	32	26	15	25	1.96
1005496--1005572	26	3.1	26	62	24	65	32	28	14	24	1.94
1005820--1005873	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
1009206--1009241	18	2.1	18	89	5	56	27	16	11	44	1.82
1010474--1010567	28	3.3	28	82	8	102	24	29	12	32	1.92
1010545--1010587	21	2.0	21	90	0	68	32	30	9	27	1.88
1014177--1014216	21	1.9	21	100	0	80	15	20	22	42	1.88
1015932--1015965	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
1017219--1017292	28	2.6	28	79	6	87	24	33	16	25	1.95
1024555--1024591	18	2.1	19	90	10	60	10	27	43	18	1.83
1025014--1025087	34	2.2	34	95	2	132	28	21	22	27	1.99
1026184--1026287	26	3.9	27	76	3	77	27	21	23	27	1.99
1026216--1026309	26	3.6	26	80	1	98	27	23	20	28	1.99
1030170--1030410	29	8.3	29	70	8	150	25	14	21	38	1.91
1030171--1030410	87	2.8	88	77	7	222	25	14	20	38	1.91
1030322--1030386	30	2.2	29	88	2	94	23	13	21	41	1.89
1031262--1031301	13	3.0	13	86	13	55	42	20	15	22	1.88
1036811--1036860	25	2.0	25	100	0	100	44	20	12	24	1.85
1036812--1036866	25	2.2	25	93	3	92	47	16	12	23	1.81
1037080--1037151	24	3.0	24	80	13	78	38	4	5	51	1.45
1037080--1037138	19	3.1	20	78	9	61	35	5	5	54	1.45
1037115--1037149	18	1.9	18	88	0	52	42	0	5	51	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1042715--1042910	66	3.0	66	86	5	261	28	18	28	25	1.98
1042715--1042933	66	3.3	66	83	4	217	27	17	28	26	1.98
1043693--1043739	18	2.6	18	89	0	67	42	14	21	21	1.88
1059682--1059730	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
1059701--1059759	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
1061821--1061868	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
1061885--1061969	42	2.0	42	90	0	134	29	4	15	50	1.64
1066491--1066538	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
1066555--1066639	42	2.0	42	95	0	152	29	4	15	50	1.64
1076943--1077110	48	3.6	45	73	16	105	29	27	17	25	1.97
1076937--1077111	90	1.9	90	82	4	219	29	27	17	25	1.97
1080236--1080329	46	2.0	46	100	0	188	20	14	19	45	1.85
1080629--1080658	15	2.0	15	93	0	51	33	0	3	63	1.11
1080642--1080700	30	2.0	30	86	0	82	30	0	11	57	1.35
1083438--1083890	133	3.4	133	78	3	340	34	18	19	27	1.95
1086506--1086549	19	2.3	19	84	7	54	20	0	2	77	0.88
1090107--1090879	393	2.0	393	96	0	1429	28	11	18	41	1.86
1097333--1097461	46	2.8	46	84	8	147	22	21	29	26	1.99
1102285--1102344	30	2.0	31	90	3	95	46	5	23	25	1.72
1102681--1102720	21	1.9	21	85	10	55	55	12	10	22	1.67
1102672--1102743	34	2.1	34	100	0	144	54	11	12	22	1.69
1107255--1108218	482	2.0	482	98	0	1883	29	17	27	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1111719--1111848	64	2.0	64	98	0	251	30	28	11	30	1.92
1112830--1112854	11	2.3	11	100	0	50	76	8	0	16	1.02
1112937--1112993	9	6.6	9	84	6	73	14	7	0	78	0.94
1113036--1113080	18	2.5	18	85	0	63	31	4	0	64	1.13
1113112--1113155	22	2.0	22	83	16	56	29	0	4	65	1.12
1113190--1113259	36	1.9	37	88	2	106	50	1	1	47	1.19
1113295--1113341	17	2.7	17	81	15	60	17	4	0	78	0.90
1113914--1114021	10	11.6	9	75	10	67	51	2	0	44	1.22
1113914--1113975	29	2.2	29	88	5	92	54	3	0	41	1.16
1113991--1114079	34	2.7	34	78	16	98	53	1	1	43	1.15
1114044--1114085	14	3.3	13	78	15	52	59	2	0	38	1.10
1124282--1124374	30	3.1	30	81	3	107	27	27	19	24	1.99
1126539--1126686	70	2.2	68	95	3	262	43	5	2	48	1.40
1127451--1127495	18	2.3	20	85	11	58	42	0	0	57	0.98
1127615--1127666	23	2.2	24	80	10	63	55	7	0	36	1.29
1127668--1127713	13	3.5	13	83	13	51	80	4	0	15	0.86
1127671--1127714	18	2.5	17	88	7	61	79	4	0	15	0.89
1127758--1127821	26	2.4	28	81	7	78	45	1	3	50	1.27
1127758--1127823	27	2.5	26	82	5	78	43	1	3	51	1.26
1127999--1128045	16	2.8	18	75	15	55	40	0	0	59	0.97
1128296--1128360	21	3.2	19	81	12	76	53	1	0	44	1.09
1128289--1128362	19	3.5	21	70	12	62	54	1	0	44	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1128370--1128443	37	2.0	37	85	12	100	68	4	5	21	1.26
1128365--1128416	18	2.9	18	74	5	52	67	1	3	26	1.18
1129509--1129574	34	1.9	34	85	11	91	54	3	0	42	1.15
1129528--1129580	22	2.2	24	87	9	74	49	3	0	47	1.19
1137288--1137425	43	3.2	42	83	11	181	29	23	16	29	1.96
1147568--1147626	13	4.1	15	72	18	54	59	3	0	37	1.14
1147557--1147623	35	1.9	35	81	6	82	59	2	0	37	1.13
1151706--1151754	15	3.1	16	80	11	57	34	12	6	46	1.66
1153181--1153237	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
1154092--1154170	40	2.0	39	94	0	131	21	18	16	41	1.89
1157213--1157269	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
1158970--1159061	46	2.0	46	97	0	175	39	18	7	34	1.79
1165699--1165726	11	2.5	11	100	0	56	42	0	7	50	1.30
1170707--1170733	14	1.9	14	100	0	54	14	3	7	74	1.18
1174120--1174195	9	8.2	9	68	20	50	25	3	1	69	1.13
1174127--1174169	22	2.0	22	90	0	68	25	2	2	69	1.12
1174124--1174247	51	2.5	49	78	15	121	25	5	1	67	1.21
1174311--1174364	23	2.3	22	87	9	72	16	5	0	77	0.94
1174311--1174358	12	4.0	12	76	17	55	16	4	0	79	0.89
1177064--1177237	47	3.8	47	79	15	161	28	16	29	26	1.97
1184109--1184278	46	3.7	46	77	7	173	27	19	30	22	1.98
1187781--1187849	11	5.9	11	70	18	50	75	1	18	4	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1187789--1187848	31	1.9	31	86	6	86	75	0	20	5	0.99
1196745--1196777	13	2.6	13	95	4	59	45	12	0	42	1.41
1204782--1204814	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
1208680--1208706	13	2.1	13	100	0	54	22	33	29	14	1.94
1228067--1228161	25	3.8	25	81	5	111	35	18	23	22	1.96
1230153--1230199	10	4.6	10	80	12	51	31	0	2	65	1.04
1231176--1231219	21	2.1	21	100	0	88	52	0	13	34	1.41
1238427--1238510	25	3.4	25	85	4	91	32	21	21	25	1.98
1238440--1238517	25	3.2	25	85	1	95	34	19	23	23	1.96
1242512--1242581	34	2.1	34	100	0	140	37	14	2	45	1.59
1242517--1242575	20	3.2	20	65	34	60	38	13	3	44	1.61
1242736--1242770	18	1.9	18	88	11	54	34	0	8	57	1.29
1244062--1244131	31	2.3	31	85	5	88	35	11	0	52	1.37
1250372--1250428	30	1.9	30	96	0	105	19	36	29	14	1.91
1261237--1261357	42	2.8	43	76	9	122	31	27	18	23	1.97
1266674--1266711	19	2.0	19	100	0	76	26	10	15	47	1.78
1273437--1273583	72	2.1	71	92	1	240	27	14	17	40	1.88
1279449--1279498	21	2.4	21	90	3	75	36	26	16	22	1.94
1280418--1280451	16	2.1	16	94	0	59	0	26	0	73	0.83
1282417--1282458	21	2.0	21	85	0	57	40	21	0	38	1.53
1293617--1293675	26	2.4	24	83	10	75	67	3	0	28	1.06
1293646--1293704	21	2.8	22	85	7	70	69	6	0	23	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1293751--1293783	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
1296408--1296460	21	2.5	21	90	0	88	26	7	35	30	1.84
1299131--1299182	14	3.6	15	71	10	54	46	0	5	48	1.26
1308628--1308939	161	2.0	158	87	5	459	39	11	5	43	1.65
1310913--1311623	354	2.0	354	97	0	1332	34	18	19	28	1.95
1311589--1312520	44	21.2	44	86	2	1228	28	15	30	26	1.96
1313986--1314076	44	2.1	44	97	0	173	26	7	8	57	1.56
1314452--1314511	25	2.3	26	91	2	95	23	3	6	66	1.30
1314598--1314642	22	2.0	22	86	0	63	26	4	2	66	1.22
1334607--1334647	13	3.2	13	86	6	57	36	4	2	56	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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