genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18737010--18737051	17	2.5	17	84	0	57	26	9	11	52	1.68
18740466--18740501	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
18743023--18743218	39	4.9	39	86	4	214	20	22	27	29	1.99
18743023--18743218	78	2.5	79	82	5	245	20	22	27	29	1.99
18745824--18746090	47	5.7	45	73	9	155	30	19	27	22	1.98
18747218--18747257	21	1.9	21	94	0	71	10	37	32	20	1.85
18755404--18755466	31	2.0	31	87	0	90	60	3	12	23	1.47
18755588--18755661	36	2.1	36	94	0	130	44	12	5	37	1.65
18756511--18756646	51	2.7	51	82	0	182	39	5	12	41	1.67
18761713--18761848	51	2.7	51	83	0	191	38	5	12	42	1.67
18761745--18761822	19	4.4	19	71	21	62	39	6	11	42	1.67
18769850--18769993	11	14.5	11	63	27	56	59	0	2	38	1.15
18769838--18769965	19	6.6	20	73	14	90	58	0	1	39	1.07
18769882--18769979	28	3.4	29	76	10	94	59	0	2	38	1.09
18769847--18769993	18	7.5	18	74	14	89	58	0	2	38	1.15
18770006--18770048	22	1.9	23	95	4	79	60	0	6	32	1.23
18770007--18770055	22	2.2	22	81	0	62	67	0	6	26	1.14
18770766--18770814	24	2.0	24	84	7	64	38	0	2	59	1.09
18775042--18775094	11	4.9	11	79	11	56	67	5	3	22	1.28
18775042--18775089	10	4.7	10	87	5	60	72	4	4	18	1.17
18776329--18776374	18	2.5	20	79	13	62	67	0	23	8	1.18
18776486--18776530	15	3.1	15	83	3	56	60	6	24	8	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18777664--18777740	27	2.9	27	86	3	102	29	15	16	37	1.90
18777707--18778210	27	18.7	27	85	4	594	31	10	19	37	1.86
18781090--18781151	27	2.3	27	91	0	97	35	11	12	40	1.80
18781103--18781576	27	17.7	27	80	5	414	32	9	19	38	1.84
18784406--18784497	27	3.4	27	87	0	94	29	14	16	40	1.87
18784447--18784538	27	3.4	27	84	3	114	32	8	19	39	1.82
18786114--18786187	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
18787876--18788320	27	16.6	27	78	8	390	28	9	21	39	1.85
18787879--18788320	54	8.2	54	81	7	452	28	9	21	39	1.85
18787879--18788320	81	5.5	81	79	4	457	28	9	21	39	1.85
18788649--18788726	28	2.8	28	90	0	120	26	37	12	23	1.91
18790023--18790198	46	3.8	46	78	10	196	21	21	28	28	1.98
18790020--18790191	93	1.8	93	92	0	290	21	21	29	27	1.99
18802327--18802445	59	2.0	59	95	3	213	46	11	15	26	1.81
18810112--18810283	40	4.3	40	91	2	249	25	29	20	24	1.99
18810112--18810333	79	2.8	79	81	5	232	25	28	20	24	1.99
18810114--18810329	119	1.8	120	81	7	269	25	27	20	25	1.99
18814783--18814807	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
18833088--18833901	46	17.7	46	96	3	1469	28	28	21	21	1.99
18834322--18834381	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
18836187--18836323	45	3.0	45	90	0	220	16	35	21	27	1.95
18838135--18838173	21	1.9	20	89	5	60	41	20	7	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18845243--18845404	42	3.8	42	79	8	152	27	23	16	32	1.95
18845865--18845906	22	1.9	22	85	0	57	35	21	0	42	1.53
18847297--18847326	11	2.6	12	89	10	53	53	26	0	20	1.46
18848483--18848521	21	1.9	20	89	5	60	48	20	2	28	1.62
18850612--18850692	40	2.0	40	88	4	119	41	7	24	25	1.81
18852737--18852825	39	2.3	39	90	0	142	35	3	29	31	1.74
18864527--18864635	40	2.7	39	83	9	132	30	23	21	24	1.99
18865321--18865399	29	2.8	28	84	9	97	26	1	36	35	1.65
18865389--18865470	42	2.0	41	82	2	101	28	1	37	32	1.65
18865508--18865540	14	2.3	15	89	5	50	15	0	45	39	1.46
18865501--18865556	21	2.6	21	85	2	76	16	1	39	42	1.58
18867356--18867394	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
18867444--18867588	25	6.0	24	86	7	179	29	19	22	28	1.98
18875356--18875410	11	5.4	11	70	16	55	34	12	20	32	1.90
18875344--18875410	20	3.3	20	91	0	107	32	11	22	32	1.90
18875459--18875564	23	4.4	24	88	7	162	31	18	21	28	1.97
18875459--18875578	46	2.5	48	84	9	147	30	19	21	29	1.97
18875772--18875835	31	2.1	31	87	0	92	35	14	25	25	1.93
18876583--18876657	26	2.9	27	88	4	109	44	6	4	45	1.48
18876772--18876806	17	2.0	17	88	5	52	34	0	0	65	0.93
18877315--18877346	13	2.5	13	95	5	57	25	40	0	34	1.56
18880314--18880341	10	2.8	10	100	0	56	46	0	21	32	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18881263--18881390	9	13.6	9	76	9	121	46	21	0	31	1.57
18881280--18881357	39	2.0	39	97	0	147	46	21	0	32	1.52
18881276--18881388	57	2.0	57	89	0	172	46	23	0	30	1.58
18884433--18884609	40	4.4	40	80	4	198	27	27	21	24	1.99
18884433--18884609	80	2.2	79	84	3	221	27	27	21	24	1.99
18912384--18912449	34	1.9	34	87	0	96	25	19	21	33	1.97
18912477--18912518	23	1.9	22	85	9	59	19	47	7	26	1.74
18922107--18922188	41	2.0	41	88	4	121	29	32	17	20	1.95
18923222--18923275	11	5.1	11	77	8	67	31	20	14	33	1.93
18923214--18923275	21	3.0	21	88	4	90	33	19	12	33	1.90
18931116--18931169	11	5.1	11	77	8	67	31	20	14	33	1.93
18931108--18931169	21	3.0	21	88	4	90	33	19	12	33	1.90
18935514--18935557	23	1.9	23	81	9	54	40	11	9	38	1.73
18941738--18941915	54	3.3	54	78	6	155	28	8	23	39	1.85
18941738--18941915	27	6.6	27	77	5	139	28	8	23	39	1.85
18941951--18942117	27	6.2	27	87	1	210	38	7	25	28	1.84
18941951--18942117	54	3.1	54	90	1	255	38	7	25	28	1.84
18944390--18944499	31	3.5	31	94	0	193	26	25	17	30	1.97
18944523--18944614	42	2.2	42	86	0	130	34	19	14	31	1.91
18944747--18944882	26	5.3	26	87	3	181	27	23	21	27	1.99
18944765--18944882	52	2.3	51	94	2	202	27	23	22	25	2.00
18944932--18944982	20	2.5	20	90	0	75	31	19	9	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18945034--18945081	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
18945803--18946013	54	3.9	54	76	7	142	29	10	20	39	1.86
18945803--18945980	27	6.6	27	76	6	139	29	8	21	40	1.83
18946019--18946160	27	5.3	27	86	0	185	39	7	23	29	1.81
18946019--18946182	81	2.0	81	86	0	229	39	7	23	29	1.83
18946019--18946182	27	6.1	27	85	0	175	39	7	23	29	1.83
18946022--18946202	81	2.2	81	83	0	200	39	8	21	30	1.83
18951535--18951635	29	3.4	31	82	5	118	33	20	2	42	1.68
18951535--18951641	31	3.6	31	79	14	109	32	23	3	40	1.72
18951847--18951943	15	6.7	15	79	9	112	65	17	5	11	1.41
18951864--18951953	40	2.2	41	88	4	137	67	17	3	11	1.34
18952423--18952538	57	2.1	56	93	1	196	23	0	22	53	1.52
18952540--18952573	16	2.2	16	89	5	52	50	8	11	29	1.69
18952794--18952826	17	1.9	17	88	11	50	33	9	3	54	1.47
18955893--18955978	39	2.2	39	87	0	118	36	1	29	33	1.65
18959434--18959523	45	2.0	45	95	0	162	44	21	5	28	1.74
18960860--18960892	16	2.1	16	88	5	50	6	45	0	48	1.27
18968149--18968179	15	2.1	15	94	5	55	58	6	6	29	1.48
18970445--18971024	293	2.0	293	95	0	1054	37	23	12	26	1.91
18971242--18971364	27	4.5	27	86	2	147	29	29	16	25	1.96
18971242--18971364	55	2.3	54	85	1	156	29	29	16	25	1.96
18971242--18971384	27	5.3	26	83	5	124	29	29	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18974003--18974295	101	2.9	100	83	1	363	25	17	25	31	1.97
18974003--18974295	50	5.8	50	82	2	345	25	17	25	31	1.97
18974003--18974292	151	1.9	152	89	3	451	25	17	25	32	1.97
18974049--18974330	151	1.9	150	85	0	393	25	16	26	30	1.97
18978505--18978720	46	4.7	45	78	9	179	22	29	19	28	1.98
18978458--18978720	140	1.9	140	83	7	345	23	28	19	28	1.98
18980656--18980753	49	2.0	49	93	0	169	36	23	10	29	1.88
18982957--18982998	21	2.0	21	100	0	84	33	28	14	23	1.94
18983102--18983179	41	1.9	41	100	0	156	35	20	10	33	1.86
19011675--19011739	28	2.3	28	86	0	94	38	9	23	29	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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