genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  215  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70221212--70221372	10	17.0	10	64	16	58	34	1	1	62	1.14
70221881--70221942	11	5.8	10	78	12	61	27	27	0	45	1.54
70221893--70221942	21	2.4	21	80	9	59	28	26	0	46	1.53
70223097--70223122	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
70223739--70223776	18	2.1	18	90	0	58	23	23	10	42	1.85
70234933--70235177	40	6.1	40	81	5	239	26	21	26	25	1.99
70234948--70235165	120	1.8	120	87	4	323	27	19	26	25	1.99
70238851--70239416	126	4.5	126	88	1	796	27	16	17	37	1.92
70239638--70239678	22	1.9	21	95	5	73	43	17	0	39	1.49
70249877--70250052	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
70249874--70250044	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
70253970--70254004	18	1.9	18	88	0	52	0	54	0	45	0.99
70253983--70254008	12	2.2	12	100	0	52	0	53	0	46	1.00
70256836--70256882	20	2.3	20	92	0	76	46	17	10	25	1.79
70257576--70257602	13	2.1	13	100	0	54	48	0	22	29	1.51
70278789--70278815	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
70287782--70287975	43	4.5	43	84	1	219	28	13	25	31	1.94
70294330--70294434	43	2.4	43	98	0	201	32	14	16	37	1.88
70296528--70296684	43	3.7	42	75	5	129	29	17	25	28	1.97
70306465--70306572	51	2.1	51	82	0	126	30	19	11	38	1.86
70309435--70309468	6	5.7	6	92	0	59	38	32	17	11	1.86
70313054--70313130	38	2.0	38	100	0	154	40	18	18	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70320961--70321121	80	2.0	81	96	1	297	47	12	6	34	1.66
70322800--70322859	29	2.1	29	90	0	93	53	1	0	45	1.10
70334429--70334692	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
70343077--70343338	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
70347388--70347412	10	2.5	10	100	0	50	12	8	16	64	1.49
70351978--70352002	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
70371336--70371366	15	2.1	15	100	0	62	38	29	12	19	1.89
70381265--70381354	45	2.0	45	93	0	153	23	13	24	38	1.90
70390079--70390185	57	1.9	56	84	1	142	29	19	7	42	1.79
70395447--70395563	48	2.4	48	97	0	216	34	7	28	29	1.85
70397725--70397951	43	5.3	42	93	2	373	28	29	17	24	1.97
70397724--70397951	85	2.7	86	92	4	379	28	29	17	24	1.97
70398508--70398547	16	2.4	16	83	4	53	42	32	10	15	1.79
70401327--70401386	30	2.0	30	86	0	84	41	13	20	25	1.88
70401724--70401945	46	4.8	45	77	13	170	26	20	30	22	1.98
70401729--70401987	140	1.8	140	81	5	317	27	19	28	23	1.98
70403582--70403641	27	2.2	27	85	5	77	40	20	10	30	1.85
70409802--70409826	13	1.9	13	100	0	50	24	16	24	36	1.94
70412372--70412619	123	2.0	123	99	0	487	26	20	15	36	1.93
70417880--70418058	85	2.1	85	100	0	358	26	27	8	37	1.85
70429985--70430242	49	5.5	46	75	12	159	24	25	20	28	1.99
70432828--70432863	18	2.0	18	88	0	54	30	22	8	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70436254--70436314	21	3.0	21	90	2	97	24	27	36	11	1.90
70437582--70437707	49	2.6	49	86	3	157	21	28	22	27	1.99
70440871--70440915	23	2.0	23	87	12	67	20	4	4	71	1.21
70444750--70444775	7	3.7	7	100	0	52	76	0	0	23	0.78
70446521--70446581	30	2.0	31	96	3	115	40	6	22	29	1.79
70447834--70448052	84	2.6	85	94	4	381	31	19	20	28	1.97
70448237--70448325	42	2.1	42	91	0	142	52	12	4	30	1.58
70448350--70448389	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
70452214--70452302	42	2.1	42	93	0	151	52	12	5	29	1.61
70452215--70452324	42	2.6	42	84	7	98	52	11	5	30	1.60
70452327--70452366	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
70463855--70464004	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
70463879--70464062	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
70478023--70478199	56	3.1	56	91	2	275	33	22	15	28	1.94
70478165--70478386	43	5.2	43	84	2	279	31	26	18	24	1.97
70486124--70486217	24	3.9	23	75	8	80	19	24	3	53	1.60
70486573--70486674	31	3.3	31	97	0	195	27	23	2	46	1.67
70487785--70487836	27	2.0	26	88	3	77	34	19	26	19	1.95
70488459--70488792	27	12.4	27	84	4	347	23	21	18	35	1.96
70488460--70488788	54	6.1	54	85	1	419	24	21	18	35	1.96
70488460--70488788	81	4.1	81	87	1	455	24	21	18	35	1.96
70488774--70488843	27	2.6	27	86	6	97	25	7	22	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70515801--70515984	40	4.6	39	80	9	194	25	22	27	24	2.00
70515853--70516017	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
70521779--70521807	13	2.1	14	93	6	51	48	13	3	34	1.60
70522049--70522115	32	2.1	32	88	0	98	28	26	8	35	1.87
70522166--70522344	28	6.4	28	70	10	89	24	28	19	27	1.99
70522189--70522319	28	4.7	28	72	14	110	23	25	20	29	1.99
70522166--70522283	56	2.1	56	89	4	177	25	27	18	28	1.98
70528483--70528549	32	2.1	32	94	0	116	28	26	8	35	1.87
70528599--70528865	28	9.5	28	68	8	141	24	28	17	28	1.98
70528592--70528864	56	4.9	56	85	4	329	24	28	17	28	1.98
70531864--70531937	27	2.7	27	80	12	80	37	20	10	31	1.87
70531917--70531976	27	2.2	27	87	0	84	45	16	11	26	1.82
70532425--70532486	28	2.2	28	88	0	88	22	22	25	29	1.99
70532873--70533045	27	6.4	27	85	2	240	34	19	21	24	1.96
70538131--70539636	751	2.0	754	97	0	2831	32	12	19	36	1.88
70556483--70557196	357	2.0	357	94	0	1266	27	22	17	33	1.96
70558049--70558310	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
70566254--70566321	29	2.3	29	87	5	93	26	29	14	29	1.95
70566143--70566470	174	1.9	174	97	0	620	30	24	14	30	1.95
70566423--70566501	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
70571413--70571447	18	1.9	18	88	0	52	20	20	0	60	1.37
70579297--70579371	36	2.1	36	87	0	105	22	29	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70584390--70584468	37	2.1	37	88	4	115	25	29	18	26	1.98
70584587--70584984	47	8.5	47	92	0	598	29	29	8	32	1.86
70588305--70588330	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
70589152--70590045	45	19.9	45	98	0	1680	26	21	15	36	1.93
70590159--70590190	16	2.0	16	100	0	64	50	25	12	12	1.75
70593619--70593729	45	2.5	45	89	0	168	24	21	13	40	1.89
70594604--70595874	48	26.3	48	95	1	2137	29	29	6	34	1.83
70600058--70600173	27	4.3	26	87	7	144	19	22	21	36	1.95
70600058--70600193	54	2.6	54	80	10	163	22	22	19	35	1.96
70607182--70607286	43	2.4	43	88	0	156	33	22	15	28	1.95
70614271--70614296	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
70617466--70617560	42	2.3	42	86	0	127	33	14	22	29	1.94
70620427--70620546	56	2.1	56	96	0	222	45	8	23	22	1.79
70622419--70623107	47	14.6	47	89	2	983	33	9	29	27	1.89
70630320--70630359	20	2.0	21	90	5	64	40	5	2	52	1.37
70630149--70630416	144	1.9	145	88	2	405	44	9	4	42	1.57
70633812--70633953	40	3.6	40	90	2	216	23	23	26	26	2.00
70639522--70639615	29	3.2	29	84	6	109	18	9	25	46	1.79
70643093--70643168	38	2.0	38	100	0	152	42	21	13	23	1.88
70643265--70643331	32	2.1	32	85	0	89	31	25	5	37	1.80
70643409--70643508	28	3.6	28	80	0	119	23	29	19	29	1.98
70643374--70643535	56	2.9	56	82	7	161	23	30	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70645509--70645556	24	2.0	23	84	4	60	39	18	8	33	1.81
70648346--70648403	27	2.2	27	84	3	73	37	20	22	18	1.94
70648541--70648626	43	2.0	43	93	0	145	33	4	15	46	1.66
70649986--70650061	40	1.9	39	94	2	134	40	18	5	35	1.73
70660654--70660759	56	1.9	56	84	3	142	23	16	28	32	1.96
70663160--70663205	24	2.0	24	86	4	67	39	26	21	13	1.90
70663409--70663465	23	2.3	24	80	17	64	33	21	22	22	1.97
70668853--70668913	26	2.3	27	77	5	63	70	1	3	24	1.11
70669762--70669853	44	2.1	44	83	4	114	22	22	22	31	1.98
70672771--70672811	19	2.3	18	87	8	57	39	0	39	21	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279