genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18366263--18366534	84	3.2	84	80	5	216	31	14	23	30	1.94
18366353--18366534	84	2.2	84	86	4	242	34	14	20	31	1.92
18366910--18366942	16	2.1	16	94	0	57	15	12	15	57	1.65
18368859--18368965	50	2.1	51	84	5	137	36	11	6	45	1.66
18369827--18369856	13	2.3	13	100	0	60	53	10	0	36	1.35
18369858--18369939	9	9.1	9	75	10	69	42	20	3	32	1.70
18369840--18369930	45	2.0	45	89	0	137	45	18	3	32	1.66
18374794--18374840	21	2.2	21	92	0	76	29	19	48	2	1.60
18375072--18375153	31	2.5	33	78	7	96	13	6	20	59	1.55
18375230--18375353	43	2.9	43	86	4	171	25	21	15	37	1.92
18375982--18376016	6	5.7	6	96	3	61	68	0	0	31	0.90
18381756--18381800	22	2.1	22	83	4	56	46	20	4	28	1.69
18407216--18407264	16	3.1	16	82	11	64	30	24	4	40	1.74
18410909--18410956	20	2.5	20	78	18	57	29	16	25	29	1.97
18410982--18411095	60	1.9	60	87	7	169	27	19	25	28	1.99
18410983--18411088	28	3.7	28	70	19	74	27	18	26	27	1.98
18411645--18411939	43	7.0	43	90	1	472	29	20	26	23	1.99
18412764--18412792	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
18417997--18418222	9	24.6	9	74	9	134	38	1	12	47	1.52
18418026--18418062	17	2.2	17	90	0	56	37	2	5	54	1.38
18417973--18418194	114	1.9	114	84	3	295	38	1	12	47	1.52
18418327--18418382	15	3.8	15	78	21	73	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18418559--18418626	24	2.8	24	86	8	102	45	7	19	27	1.76
18423188--18423219	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
18423621--18423670	18	2.7	18	84	9	66	48	2	4	46	1.32
18423984--18424623	41	15.6	41	93	0	1055	28	28	20	23	1.99
18424618--18424728	41	2.7	41	85	2	134	17	22	24	36	1.95
18425605--18425631	8	3.4	8	100	0	54	74	0	0	25	0.83
18431942--18431999	25	2.3	25	80	11	66	34	12	10	43	1.76
18432155--18432213	23	2.6	23	83	0	73	35	18	28	16	1.93
18437895--18437947	27	2.0	27	96	0	97	32	18	15	33	1.92
18442289--18442470	49	3.7	49	79	8	224	28	24	19	27	1.99
18442284--18442468	100	1.9	100	94	0	325	28	24	20	27	1.99
18459759--18459786	10	2.8	10	100	0	56	71	7	10	10	1.31
18461983--18462030	22	2.2	22	81	7	53	20	8	18	52	1.71
18463040--18463145	27	3.9	27	87	0	140	33	18	20	26	1.96
18463035--18463149	54	2.1	54	85	0	158	36	17	20	26	1.94
18463133--18463204	26	2.8	27	75	12	71	29	18	19	33	1.95
18463140--18463189	26	1.9	27	88	8	77	34	16	18	32	1.92
18465069--18465240	93	1.8	93	94	0	308	27	30	22	19	1.98
18465061--18465236	46	3.8	46	81	10	223	28	30	21	19	1.98
18467088--18467130	18	2.4	18	92	0	68	30	9	20	39	1.84
18468478--18468546	22	3.1	22	75	8	68	40	17	21	20	1.91
18469203--18469254	6	8.5	6	83	12	61	32	19	0	48	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18469430--18469483	21	2.5	22	74	14	67	42	24	20	12	1.87
18470700--18470920	47	4.7	45	78	12	223	29	21	28	20	1.98
18486684--18486757	29	2.6	29	89	4	105	25	29	16	28	1.97
18494102--18494127	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
18498210--18498313	20	5.2	20	64	13	61	38	14	29	17	1.89
18498190--18498314	40	3.1	40	82	0	151	36	13	31	18	1.90
18499819--18499903	33	2.6	33	72	10	84	37	12	27	22	1.91
18500499--18500591	34	2.8	33	78	1	105	26	24	21	26	1.99
18514485--18514708	39	5.6	39	85	4	238	24	22	28	25	1.99
18514485--18514708	79	2.8	80	83	6	267	24	22	28	25	1.99
18514485--18514708	40	5.7	40	85	5	260	24	22	28	25	1.99
18514485--18514741	79	3.3	79	81	7	211	25	21	28	24	1.99
18522485--18522746	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
18531885--18531941	28	2.0	29	89	3	89	28	33	14	24	1.94
18532155--18532198	16	2.8	16	79	3	54	15	15	11	56	1.66
18538845--18539011	43	3.9	42	77	9	151	29	14	23	32	1.94
18562521--18562622	39	2.6	39	96	0	186	25	27	22	24	2.00
18565048--18565151	53	2.0	53	100	0	208	23	20	25	31	1.98
18565759--18565826	28	2.4	28	92	0	109	30	33	19	16	1.93
18567834--18567992	39	4.1	39	93	0	255	26	30	21	21	1.98
18568409--18568507	50	2.0	50	97	0	189	37	20	6	36	1.77
18568409--18568486	25	3.1	25	61	14	61	38	20	3	37	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18569667--18569885	110	2.0	110	97	0	411	40	24	9	26	1.85
18570025--18570084	30	2.0	30	100	0	120	40	20	10	30	1.85
18571647--18571680	14	2.5	14	95	4	61	23	0	23	52	1.47
18577600--18577717	47	2.5	46	82	4	128	26	15	27	30	1.96
18579285--18579380	27	3.6	26	80	8	102	38	20	21	18	1.93
18579310--18579397	27	3.2	26	82	10	97	34	25	23	17	1.96
18579285--18579397	54	2.1	54	81	6	131	36	22	23	18	1.95
18587126--18587266	27	5.2	28	88	7	184	34	23	25	16	1.95
18587159--18587238	28	3.0	24	82	10	72	33	25	27	13	1.93
18597613--18597714	42	2.3	45	81	10	120	26	12	26	34	1.92
18599653--18599688	19	1.9	18	94	5	63	63	8	0	27	1.23
18601422--18601466	22	2.0	22	87	12	65	17	0	33	48	1.48
18601674--18602334	177	3.7	176	84	4	825	27	25	17	29	1.98
18601674--18602334	353	1.9	353	85	4	922	27	25	17	29	1.98
18602490--18602681	64	3.0	64	96	0	348	39	13	16	31	1.86
18609158--18609193	19	1.9	18	94	5	63	63	8	0	27	1.23
18611685--18611902	40	5.5	40	90	2	298	25	27	22	24	2.00
18613883--18613917	16	2.1	16	89	5	52	14	11	34	40	1.82
18619535--18619591	17	3.4	17	76	9	71	35	28	3	33	1.74
18619528--18619601	34	2.2	34	95	0	139	39	28	2	29	1.71
18626917--18626947	16	1.9	16	93	0	53	45	0	16	38	1.47
18630024--18630109	27	3.1	27	64	23	70	22	5	30	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18630021--18630131	56	2.0	56	98	0	213	20	6	31	41	1.77
18636219--18636250	15	2.1	15	94	0	55	28	6	3	62	1.34
18643947--18644326	47	8.1	47	97	0	715	31	8	29	30	1.87
18644445--18644523	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
18645588--18645741	77	2.0	77	98	0	299	26	6	29	37	1.81
18645812--18646717	40	22.6	40	97	0	1706	22	22	29	25	1.99
18648298--18648724	47	9.1	47	99	0	836	32	8	29	29	1.87
18648843--18648921	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
18652030--18652179	41	3.7	41	83	1	212	21	23	27	28	1.99
18658549--18658766	39	5.5	40	82	7	216	26	22	27	23	2.00
18666855--18666997	39	3.7	38	91	2	196	27	22	26	23	2.00
18671803--18671952	41	3.7	41	82	1	203	21	22	27	28	1.99
18675413--18675450	8	4.9	8	90	3	60	63	0	34	2	1.09
18678050--18678093	19	2.2	21	84	8	56	54	2	13	29	1.51
18678028--18678152	62	2.0	62	96	0	232	46	6	17	29	1.73
18685110--18685279	43	4.0	43	75	8	132	32	24	14	27	1.95
18685434--18685491	29	2.0	29	96	0	107	34	8	12	44	1.72
18689602--18689692	44	2.0	45	81	6	105	25	19	24	30	1.98
18689653--18689756	52	2.0	52	88	0	154	23	19	26	30	1.98
18690149--18690175	6	4.5	6	100	0	54	33	0	14	51	1.43
18698355--18698598	125	2.0	125	88	1	364	35	13	29	21	1.92
18699846--18700478	322	2.0	322	93	1	1081	32	14	9	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18702406--18702469	22	2.8	22	83	9	74	59	1	0	39	1.07
18702411--18702469	23	2.5	25	78	15	63	57	1	0	40	1.09
18702508--18702567	19	3.1	20	81	11	72	73	3	10	13	1.21
18704877--18704916	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
18706382--18706479	49	2.0	49	95	0	178	25	25	13	35	1.92
18709617--18709656	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
18723304--18723481	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
18723301--18723481	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
18723677--18723907	119	1.9	118	85	0	318	32	8	25	33	1.86
18735960--18736004	23	2.0	23	86	0	63	48	0	4	46	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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