genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29091686--29091720	18	1.9	18	100	0	70	22	0	8	68	1.16
29097669--29097853	92	2.0	94	82	3	230	32	19	21	27	1.97
29099194--29099447	90	2.9	88	80	9	257	24	27	12	35	1.92
29099199--29099447	29	8.3	30	74	11	138	24	26	12	35	1.92
29100406--29100443	20	1.9	20	89	10	60	47	0	5	47	1.24
29101484--29101521	18	2.1	18	85	9	51	52	0	26	21	1.47
29118088--29118351	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
29118088--29118384	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
29132851--29132929	30	2.6	30	78	11	79	25	22	15	36	1.93
29132913--29132983	29	2.4	29	85	2	97	21	28	9	40	1.85
29132760--29133035	121	2.3	119	79	11	291	23	25	11	38	1.89
29132969--29133035	29	2.5	26	80	11	73	26	25	7	40	1.82
29134774--29134817	18	2.4	19	80	7	54	75	13	4	6	1.17
29135517--29135569	29	1.9	26	85	11	70	50	3	18	26	1.64
29136076--29136247	43	4.0	43	90	6	244	26	19	26	28	1.99
29149369--29149553	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
29149370--29149553	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
29149422--29149586	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
29164218--29164520	40	7.6	40	90	2	387	24	20	28	27	1.99
29171433--29171494	25	2.5	25	97	2	117	38	3	40	17	1.66
29172555--29172618	26	2.4	26	84	5	74	32	25	12	29	1.92
29172726--29172834	27	4.0	26	81	8	119	16	23	22	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29172726--29172834	54	2.0	54	85	3	148	16	23	22	37	1.93
29180117--29180195	39	2.0	39	100	0	158	45	10	5	39	1.60
29181326--29181549	61	3.6	62	81	5	267	20	23	25	30	1.99
29181326--29181555	122	1.9	124	88	3	349	21	23	25	30	1.99
29187004--29187039	18	2.0	18	88	0	54	22	11	16	50	1.77
29190888--29190935	20	2.5	20	76	13	55	35	6	0	58	1.23
29193988--29194037	10	5.0	10	82	0	64	24	2	2	72	1.06
29196618--29196646	9	3.2	9	100	0	58	10	44	0	44	1.38
29196865--29196948	30	2.8	29	75	12	89	13	21	1	64	1.35
29196924--29196955	12	2.7	12	95	0	55	9	15	3	71	1.24
29197019--29197062	15	2.9	15	89	3	61	4	15	0	79	0.89
29197015--29197084	20	3.3	21	77	18	74	4	17	1	77	1.01
29199302--29199398	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
29228916--29229036	20	6.3	18	77	13	86	66	1	3	28	1.16
29228936--29229012	20	3.9	20	81	11	88	67	1	3	27	1.16
29229240--29229307	34	2.0	34	88	0	100	33	2	2	60	1.27
29229283--29229323	17	2.4	17	87	4	55	41	2	0	56	1.13
29229322--29229363	19	2.3	18	80	15	50	35	2	2	59	1.23
29231399--29231440	19	2.2	19	83	8	50	40	2	19	38	1.64
29234659--29234712	17	3.2	16	84	10	72	44	20	5	29	1.74
29235373--29235416	18	2.4	18	80	0	52	47	20	4	27	1.69
29235793--29235823	15	2.1	15	100	0	62	67	6	6	19	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29241734--29241774	13	3.1	14	82	10	59	19	14	14	51	1.77
29242507--29242587	41	2.0	41	100	0	162	22	17	24	35	1.95
29242750--29242855	49	2.1	49	91	1	167	44	4	25	25	1.73
29243256--29243361	32	3.3	34	79	14	100	48	18	3	29	1.66
29243302--29243370	32	2.2	31	87	7	95	46	20	4	28	1.70
29259246--29259287	19	2.2	19	100	0	84	33	21	4	40	1.74
29260886--29260920	16	2.2	16	89	0	52	37	25	14	22	1.92
29264980--29265043	18	3.6	18	80	0	74	31	15	12	40	1.85
29266241--29266271	13	2.4	13	100	0	62	0	29	0	70	0.87
29273910--29274100	64	3.0	63	86	1	229	31	12	20	35	1.90
29290973--29291004	9	3.6	9	100	0	64	12	0	9	78	0.97
29291055--29291106	23	2.3	23	90	6	79	34	13	9	42	1.77
29300376--29300430	18	2.9	19	81	10	60	52	5	0	41	1.24
29300376--29300425	19	2.5	20	81	12	59	54	6	0	40	1.25
29313399--29314643	311	4.0	311	98	0	2400	33	18	21	26	1.96
29317320--29317402	43	1.9	43	92	0	139	49	13	21	15	1.79
29318224--29318434	73	2.9	73	85	2	282	28	18	22	30	1.97
29318297--29318682	161	2.4	161	81	6	460	30	17	20	31	1.96
29318377--29318595	75	2.7	88	76	14	220	30	19	21	28	1.98
29318587--29318621	14	2.5	14	95	0	61	25	11	0	62	1.28
29318512--29318835	89	3.7	88	75	10	288	29	15	17	37	1.91
29318960--29319008	21	2.3	21	82	0	62	30	12	28	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29319023--29319122	44	2.3	44	87	3	157	42	20	16	22	1.89
29320602--29320656	23	2.3	25	75	12	62	29	7	10	52	1.63
29320864--29320927	31	2.0	32	81	3	76	37	6	4	51	1.48
29320844--29320932	29	3.1	28	72	13	83	33	7	4	53	1.50
29329926--29330161	40	5.9	40	79	4	210	24	27	23	24	2.00
29329926--29330161	120	2.0	120	80	11	270	24	27	23	24	2.00
29330471--29330549	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
29330531--29330633	43	2.4	43	98	0	197	27	35	14	22	1.93
29332492--29332567	37	2.1	37	89	0	116	26	31	18	23	1.97
29332686--29333263	47	12.1	49	91	4	914	29	29	8	31	1.88
29332686--29333263	96	6.0	96	94	1	948	29	29	8	31	1.88
29337064--29337166	40	2.6	40	85	0	125	25	23	23	28	2.00
29337472--29337550	29	2.7	29	84	5	97	27	34	13	24	1.93
29337532--29337677	43	3.4	43	98	0	274	26	35	14	23	1.93
29348035--29348114	39	2.1	39	97	0	151	31	27	7	33	1.85
29359433--29359463	16	2.0	16	93	6	55	80	0	0	19	0.71
29359433--29359463	5	6.0	5	92	7	53	80	0	0	19	0.71
29363237--29363707	157	3.0	157	99	0	926	43	10	7	38	1.68
29366007--29366040	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
29366102--29366160	30	2.0	30	86	6	84	49	11	6	32	1.66
29368089--29368215	27	4.7	27	86	1	139	40	21	9	29	1.84
29368114--29368228	54	2.1	54	79	6	126	40	18	10	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29368670--29368725	27	2.1	27	89	0	85	17	21	25	35	1.95
29374272--29374434	27	6.1	27	78	8	111	38	16	20	23	1.93
29374293--29374434	27	5.3	26	80	7	124	38	16	21	23	1.93
29388846--29388921	38	2.0	38	100	0	152	50	13	15	21	1.78
29394895--29394938	21	2.1	21	83	8	54	25	9	2	63	1.35
29395463--29395515	21	2.4	23	81	6	65	39	0	7	52	1.30
29397566--29397594	14	2.1	14	93	6	51	58	0	0	41	0.98
29398466--29398492	10	2.7	10	100	0	54	11	18	7	62	1.50
29404380--29404436	24	2.4	24	84	0	60	29	10	17	42	1.83
29408907--29408958	19	2.6	20	81	6	61	50	23	9	17	1.75
29409742--29409775	17	1.9	17	88	5	50	14	44	29	11	1.81
29412298--29412350	21	2.6	20	76	5	52	15	20	18	45	1.85
29412577--29412601	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
29413686--29413721	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
29413673--29413713	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
29413836--29413970	39	3.4	38	71	8	92	28	26	20	23	1.99
29414210--29414248	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
29415564--29415625	5	12.0	5	78	13	63	54	1	1	41	1.19
29415569--29415623	12	4.4	12	80	17	67	54	1	1	41	1.21
29415564--29415625	27	2.4	26	86	5	63	54	1	1	41	1.19
29417530--29417559	12	2.5	12	100	0	60	23	36	20	20	1.95
29417681--29417734	16	3.2	17	77	15	51	35	1	3	59	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29424036--29424487	134	3.4	134	95	1	764	29	22	20	27	1.98
29424435--29424698	86	3.1	86	88	0	393	26	24	22	26	2.00
29428844--29428887	19	2.3	20	84	7	56	40	11	20	27	1.86
29433512--29433569	23	2.5	23	77	5	64	62	3	3	31	1.29
29433582--29433616	18	1.9	18	94	0	61	51	5	0	42	1.25
29437375--29437417	5	8.6	5	84	0	59	0	34	4	60	1.17
29437371--29437413	20	2.2	20	100	0	86	0	34	4	60	1.17
29448427--29448869	131	3.4	129	77	10	415	37	19	16	26	1.92
29449496--29449525	16	1.9	16	93	6	53	70	3	0	26	1.03
29450791--29450988	89	2.2	88	89	0	288	31	19	21	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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