genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
608923--608999	27	2.9	27	80	1	84	32	14	12	40	1.84
608960--609019	26	2.3	26	79	2	66	21	15	21	41	1.89
610134--610203	35	2.0	35	88	0	104	40	4	24	31	1.74
617471--617746	39	7.1	39	96	0	498	20	26	30	22	1.98
623342--623496	39	4.0	39	95	0	283	21	25	29	23	1.99
629105--629380	39	7.1	39	98	0	525	20	25	30	23	1.98
638876--639172	50	5.9	51	76	9	286	27	17	25	29	1.98
638876--639144	101	2.7	101	94	1	461	27	17	24	29	1.97
642723--642766	22	2.0	22	95	0	79	56	27	0	15	1.40
649373--649428	28	2.0	28	100	0	112	28	3	32	35	1.74
651292--651334	16	2.7	16	88	0	50	48	18	20	11	1.79
651527--651659	29	4.7	29	81	5	139	27	12	33	27	1.92
651539--651660	57	2.1	57	80	5	140	27	13	34	25	1.93
654222--654247	10	2.6	10	100	0	52	34	0	23	42	1.54
655715--655809	28	3.4	28	78	5	104	42	18	18	20	1.90
655797--655986	27	7.0	27	77	5	197	25	13	20	41	1.88
662463--662625	27	6.0	27	73	8	134	29	14	16	39	1.89
662463--662596	54	2.5	54	81	8	148	32	14	14	39	1.85
662463--662623	81	2.0	81	83	0	205	29	14	16	39	1.89
670400--670444	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
695087--695144	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
695483--696278	132	6.2	129	88	4	1053	28	24	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
695528--696278	254	2.9	257	87	5	1087	28	24	18	29	1.98
697424--697716	147	2.0	147	97	0	559	22	23	14	39	1.91
698097--698137	11	3.8	11	90	3	66	70	4	7	17	1.28
698097--698136	10	3.8	10	90	6	53	72	5	7	15	1.24
699103--699200	51	1.9	51	83	8	128	62	2	24	11	1.39
700184--700223	21	1.9	21	84	0	53	27	10	7	55	1.60
702158--702628	131	3.6	132	94	0	784	27	24	19	28	1.98
704098--704320	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
704098--704320	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
711957--711989	11	3.0	11	91	8	50	0	0	9	90	0.44
716795--716859	22	3.1	21	77	12	62	43	15	6	35	1.72
716795--716852	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
716831--716903	19	3.8	19	85	0	110	36	15	9	38	1.80
719930--720076	41	3.6	40	78	1	168	21	21	27	29	1.98
721776--721873	51	1.9	51	91	0	160	27	25	13	33	1.93
721912--722016	28	3.9	28	85	8	146	25	24	13	36	1.92
735491--735563	30	2.4	31	88	8	107	63	0	1	35	1.04
736336--736369	16	2.1	17	88	5	52	29	2	2	64	1.22
738282--738328	8	5.6	8	76	18	51	72	2	0	25	0.96
738267--738332	26	2.5	26	85	2	78	68	1	0	30	0.99
739324--739381	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
739593--739624	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739719--740160	50	8.7	50	88	2	607	25	24	30	19	1.98
739719--740167	100	4.4	100	95	2	747	25	24	30	19	1.98
741479--741503	12	2.1	12	100	0	50	48	0	24	28	1.52
743612--743687	20	3.8	20	77	8	59	65	1	3	28	1.18
743643--743688	18	2.5	18	82	13	58	73	0	4	21	1.00
743702--743794	29	3.2	28	73	11	71	58	3	8	30	1.44
743780--743834	19	2.8	21	73	15	64	67	1	5	25	1.22
744082--744140	28	2.1	28	81	12	68	44	3	0	52	1.17
744413--744442	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
771024--771107	27	3.1	26	69	8	69	27	8	8	55	1.58
782554--782580	12	2.2	12	100	0	54	33	33	22	11	1.89
786094--786206	34	3.4	33	78	9	113	39	12	0	46	1.47
799268--799407	40	3.5	39	75	13	133	26	27	21	25	1.99
814805--814853	25	2.0	25	87	0	71	36	12	16	34	1.86
817322--817414	40	2.3	39	81	7	98	30	24	12	32	1.93
823475--823533	22	2.6	22	84	10	75	27	1	1	69	1.07
823495--823529	16	2.2	16	89	0	52	22	2	2	71	1.13
831634--831823	40	4.8	40	79	12	173	26	22	26	24	2.00
831634--831817	79	2.3	81	81	11	213	26	22	26	25	2.00
831686--831850	79	2.1	79	81	8	185	27	21	26	24	1.99
843909--843981	34	2.2	34	85	2	94	27	20	21	30	1.98
848374--848647	51	5.7	48	80	11	271	21	21	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
848367--848619	93	2.6	99	81	9	254	21	22	27	27	1.99
848466--848647	51	3.7	51	95	3	320	20	24	28	26	1.99
848510--848590	25	3.2	25	63	16	67	20	25	28	24	1.99
848374--848647	102	2.8	97	83	9	326	21	21	28	28	1.98
851185--851360	49	3.8	44	77	8	138	30	19	25	25	1.98
851231--851358	49	2.6	49	86	7	188	32	18	24	24	1.97
853367--853536	43	4.0	42	81	9	177	25	15	25	32	1.96
859883--860058	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
859880--860051	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
862543--862717	48	3.7	48	75	8	171	29	20	27	23	1.99
862734--862861	49	2.6	49	86	7	188	32	19	24	23	1.97
864870--865039	43	4.0	42	81	9	177	25	15	25	32	1.96
886430--886568	28	5.0	28	85	2	163	28	14	30	26	1.95
889817--889890	28	2.6	28	80	0	85	22	24	18	33	1.97
889902--889987	40	2.2	39	85	2	109	29	27	17	25	1.97
892480--892520	20	2.0	20	100	0	82	19	9	14	56	1.66
896751--897065	46	6.8	46	81	13	378	21	20	29	29	1.98
896748--897011	93	2.8	93	100	0	528	21	20	28	29	1.98
899254--899547	49	6.1	49	91	2	461	31	8	30	28	1.87
899254--899547	96	3.0	96	93	1	471	31	8	30	28	1.87
901573--901761	43	4.4	43	97	0	351	23	15	33	26	1.95
901743--901816	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
902129--902389	40	6.5	40	83	3	296	24	22	27	24	2.00
906066--906144	37	2.1	37	85	0	104	25	18	29	26	1.98
908052--908125	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
908438--908698	40	6.5	40	83	3	287	24	23	27	24	2.00
913295--913414	63	1.9	63	89	0	186	35	18	25	20	1.95
921594--921872	27	10.4	27	85	2	314	35	22	12	29	1.91
921866--921934	27	2.6	27	80	0	66	40	15	18	24	1.90
925541--925590	16	3.2	16	75	10	50	54	22	2	22	1.55
926423--926516	45	2.1	45	86	4	127	37	22	14	25	1.93
927119--927165	25	1.9	25	91	4	78	46	21	4	27	1.69
931022--931129	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
938125--938232	26	4.2	26	89	0	171	37	23	6	33	1.80
945286--945332	25	1.9	25	91	4	78	46	21	4	27	1.69
951608--951719	43	2.7	41	75	10	127	31	14	23	31	1.94
958738--959108	42	8.8	42	100	0	742	38	14	13	33	1.86
962916--962940	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
966833--966877	14	3.3	14	78	6	56	35	0	15	48	1.45
968280--968324	14	3.3	14	84	6	65	48	13	0	37	1.42
968307--968412	42	2.5	42	96	1	194	40	13	12	33	1.81
969716--969748	11	3.1	11	82	8	50	33	0	18	48	1.48
972177--972214	10	3.8	10	83	13	51	28	31	18	21	1.97
972176--972213	20	1.9	20	94	0	67	28	34	18	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
972177--972237	20	3.0	20	83	9	63	29	27	14	27	1.95
972187--972233	10	4.6	10	80	15	51	31	27	14	25	1.95
984878--984938	20	3.0	20	75	15	52	50	13	3	32	1.57
987163--987309	29	5.2	29	76	8	133	27	14	31	26	1.95
991619--991655	19	2.0	19	89	5	58	27	18	37	16	1.92
991724--991846	29	4.3	29	74	7	117	30	12	31	26	1.92
991739--991876	29	4.8	29	73	7	104	28	14	33	23	1.94
991739--991867	57	2.3	57	82	10	149	28	14	33	23	1.94
999674--999731	29	2.0	30	86	6	84	32	18	0	48	1.49
1002209--1002350	51	2.8	51	89	4	207	25	16	28	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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