genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6853284--6853347	28	2.2	29	88	2	94	25	15	29	29	1.96
6856617--6856696	27	3.0	26	85	5	99	32	15	18	33	1.92
6856683--6857083	27	14.9	27	78	8	216	41	18	8	30	1.82
6856742--6857009	54	5.0	54	80	5	256	41	19	7	30	1.80
6856906--6857078	55	3.2	54	84	4	172	42	17	9	30	1.81
6857343--6857464	41	3.0	41	90	0	190	19	22	31	26	1.98
6857606--6857659	22	2.5	22	76	11	65	22	24	20	33	1.97
6857606--6857670	22	3.0	21	73	13	60	21	23	21	33	1.97
6860860--6860950	28	3.2	30	81	9	111	24	13	32	29	1.93
6860865--6860945	29	2.8	28	81	9	101	23	13	34	28	1.93
6861626--6861651	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
6862025--6862071	23	2.1	22	88	7	76	42	10	2	44	1.51
6865142--6865201	25	2.4	25	81	10	61	38	5	1	55	1.32
6871370--6871452	42	2.0	40	93	6	141	43	18	14	24	1.87
6873600--6873767	46	3.6	45	80	6	165	23	28	19	27	1.98
6880878--6881146	46	5.7	47	72	15	188	23	30	18	27	1.98
6882020--6882069	26	1.9	26	100	0	100	36	20	12	32	1.89
6884748--6885013	49	5.6	48	75	12	203	25	27	18	27	1.98
6887300--6887410	27	4.1	27	78	1	116	40	20	21	17	1.91
6888843--6888919	24	3.2	24	94	0	127	20	42	3	32	1.70
6895179--6895289	27	4.1	27	84	7	129	36	21	25	16	1.94
6895179--6895289	54	2.1	53	84	5	143	36	21	25	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6896722--6896798	24	3.2	24	88	0	109	20	40	3	35	1.71
6900634--6900666	15	2.1	16	88	5	50	42	3	0	54	1.15
6908087--6908130	22	2.0	21	83	12	54	38	2	0	59	1.10
6909346--6909450	27	3.9	28	83	3	126	39	22	8	29	1.84
6909495--6909732	27	8.9	27	81	2	228	37	16	20	26	1.93
6909495--6909722	81	2.8	81	81	1	260	37	17	19	26	1.93
6910276--6910346	19	3.8	19	77	17	85	15	19	15	49	1.80
6910248--6910433	6	30.3	6	72	16	132	17	16	15	51	1.77
6910270--6910412	31	4.6	31	74	10	134	17	16	14	51	1.77
6910313--6910374	25	2.5	25	94	0	106	19	19	14	46	1.83
6910270--6910352	37	2.2	37	85	4	114	16	19	15	48	1.82
6910248--6910412	62	2.7	62	87	2	235	16	16	15	51	1.77
6910279--6910371	19	4.6	19	71	21	82	17	19	13	49	1.79
6912361--6912649	27	10.7	27	88	1	364	38	22	9	29	1.86
6912692--6912917	27	8.4	27	85	0	254	38	19	18	23	1.94
6912692--6912917	81	2.8	80	85	2	281	38	19	18	23	1.94
6913461--6913600	19	6.8	19	67	23	70	19	18	15	46	1.84
6913458--6913637	6	29.3	6	68	20	97	19	17	15	48	1.81
6913468--6913569	25	4.3	24	78	16	106	20	18	14	46	1.84
6913468--6913563	44	2.2	44	94	0	165	20	18	14	45	1.85
6916086--6916202	28	4.1	28	76	10	105	25	30	13	29	1.94
6923185--6923262	28	2.7	29	74	18	83	23	30	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6923515--6923557	8	5.4	8	82	0	50	6	20	18	53	1.67
6923515--6923557	16	2.7	16	81	0	59	6	20	18	53	1.67
6925779--6925918	69	2.0	69	94	0	244	25	15	25	34	1.94
6925917--6925968	26	2.0	26	92	0	86	25	21	28	25	1.99
6925874--6926012	69	2.0	69	80	2	154	27	18	26	27	1.98
6926391--6926425	18	2.0	17	88	5	52	28	0	22	48	1.51
6927983--6928015	16	2.1	16	94	0	57	39	12	9	39	1.74
6941422--6941490	30	2.3	30	80	9	79	40	4	26	28	1.75
6941900--6942041	53	2.6	53	81	4	169	34	17	25	22	1.96
6948113--6948158	23	2.0	23	95	0	83	28	4	19	47	1.68
6948370--6948427	28	2.0	28	83	3	71	41	5	22	31	1.76
6948762--6949019	55	4.9	55	73	11	218	35	18	25	20	1.95
6948774--6948970	108	1.8	109	83	6	265	34	18	26	21	1.96
6952601--6952811	27	7.8	26	78	8	192	38	20	10	30	1.86
6952573--6952811	54	4.5	53	79	3	239	38	20	9	30	1.85
6952795--6953370	27	21.2	27	70	13	296	35	17	20	26	1.94
6952795--6953370	54	10.6	54	73	11	347	35	17	20	26	1.94
6952578--6952836	81	3.2	78	76	6	223	39	19	10	30	1.86
6952768--6952988	81	2.7	81	79	6	191	38	16	17	27	1.91
6953091--6953382	161	1.8	161	91	1	487	33	18	18	28	1.95
6953075--6953370	27	11.0	27	80	5	321	34	17	19	28	1.95
6953083--6953370	134	2.1	134	85	3	346	34	18	19	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6953595--6953677	27	3.1	26	77	5	76	20	20	21	37	1.95
6953806--6953846	20	2.0	20	90	0	64	14	14	29	41	1.86
6953730--6953958	98	2.3	98	90	0	359	19	18	26	34	1.95
6953988--6954068	27	3.0	27	85	5	94	19	23	19	37	1.95
6956259--6956517	27	9.7	26	76	11	226	39	20	8	31	1.83
6956259--6956517	54	4.9	54	82	7	259	39	20	8	31	1.83
6956474--6956788	27	11.9	27	82	7	317	36	16	19	27	1.93
6956420--6956788	54	7.0	55	80	10	249	37	17	17	27	1.92
6956259--6956517	81	3.2	80	84	5	321	39	20	8	31	1.83
6956305--6956624	81	4.0	81	81	5	251	38	19	12	30	1.88
6956653--6956696	21	2.1	21	86	0	61	45	4	22	27	1.72
6956601--6956750	75	2.0	75	93	0	255	39	12	21	26	1.89
6959578--6959729	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
6959578--6959729	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
6984012--6984042	16	1.9	16	100	0	62	41	12	25	19	1.87
6984446--6984493	24	2.0	24	100	0	96	41	12	0	45	1.42
6988065--6988359	40	7.4	40	96	1	515	23	22	27	26	1.99
6997464--6997524	29	2.1	28	90	3	95	29	14	27	27	1.95
7001864--7001924	29	2.1	28	90	3	95	27	16	29	26	1.97
7001876--7001956	29	2.8	28	81	5	90	25	18	30	24	1.98
7004369--7004394	12	2.2	12	100	0	52	23	19	15	42	1.89
7009029--7009094	27	2.4	27	84	0	87	40	19	13	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7009082--7009286	27	7.6	27	86	2	250	39	21	9	29	1.84
7009271--7009421	27	5.6	27	81	3	178	37	17	19	26	1.93
7009137--7009315	81	2.2	81	87	4	245	39	21	10	29	1.86
7009055--7009365	54	5.8	54	75	11	179	39	19	11	28	1.88
7009246--7009437	81	2.4	80	79	6	208	36	17	18	27	1.93
7010158--7010217	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
7017356--7017385	11	2.6	12	89	10	53	13	0	26	60	1.34
7023544--7023693	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
7023568--7023751	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
7027992--7028141	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
7028016--7028199	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
7039049--7039095	10	4.7	10	89	0	58	21	0	2	76	0.89
7039048--7039096	15	3.4	15	81	13	59	22	0	2	75	0.90
7039047--7039095	20	2.5	20	80	12	64	20	0	2	77	0.87
7041346--7041376	16	2.0	15	93	6	53	6	6	9	77	1.12
7058309--7058357	20	2.5	20	93	0	80	26	16	26	30	1.97
7061124--7061175	26	2.0	26	100	0	104	38	11	7	42	1.70
7066898--7066941	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
7068864--7068888	11	2.3	11	100	0	50	28	0	36	36	1.58
7069319--7069454	60	2.3	59	83	10	161	27	19	25	26	1.99
7071611--7071708	28	3.5	28	94	1	162	26	11	29	32	1.91
7071611--7071721	28	4.0	27	89	3	107	28	10	27	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7072221--7072310	7	12.7	7	97	2	171	14	0	41	44	1.45
7072902--7072934	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
7079070--7079101	12	2.7	12	95	0	55	9	31	37	21	1.85
7091849--7091905	30	1.9	30	85	0	78	38	7	24	29	1.82
7093615--7093671	30	1.9	30	85	7	80	43	7	22	26	1.78
7101079--7101138	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
7109422--7109460	12	3.2	12	88	0	60	30	0	38	30	1.58
7109417--7109470	24	2.2	24	83	0	72	33	0	44	22	1.53
7110823--7110884	27	2.3	27	88	0	88	30	11	20	37	1.88
7112669--7112839	41	4.0	41	69	8	137	34	25	12	27	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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