genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  81  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26928635--26928679	17	2.4	19	78	14	58	57	4	0	37	1.19
26928618--26928678	27	2.1	28	85	8	79	60	6	0	32	1.22
26928839--26928913	39	1.9	39	86	5	107	32	1	4	62	1.22
26943611--26943774	40	4.1	40	80	10	176	24	27	23	25	2.00
26946986--26947041	23	2.4	23	93	0	94	25	19	19	35	1.95
26949106--26949152	17	2.6	18	83	10	60	55	0	0	44	0.99
26949113--26949151	17	2.2	18	90	4	62	56	0	0	43	0.99
26955402--26955522	45	2.7	45	85	3	163	45	13	20	20	1.84
26957305--26957556	68	3.8	65	76	10	212	30	16	27	25	1.97
26957350--26957534	66	2.8	65	76	11	155	32	16	28	23	1.96
26960036--26960074	16	2.4	17	83	8	55	17	23	12	46	1.83
26960452--26960495	21	2.1	21	91	0	70	31	9	6	52	1.59
26962873--26962994	44	2.8	44	80	7	151	29	28	17	24	1.97
26971433--26971494	31	2.0	31	96	0	115	45	20	8	25	1.79
26972147--26972355	46	4.5	46	78	8	194	23	29	18	28	1.98
26977932--26977969	18	2.1	18	85	9	51	21	0	13	65	1.26
26981236--26981415	95	1.9	96	87	1	263	36	10	14	38	1.81
26987476--26987659	79	2.3	81	82	7	216	26	27	22	24	2.00
26987455--26987658	40	5.1	40	80	8	220	25	27	22	25	2.00
26991203--26991464	50	5.2	50	89	1	391	41	20	12	25	1.87
26999214--26999423	50	4.2	49	88	2	285	43	18	11	26	1.85
27002307--27002341	14	2.5	14	95	0	61	40	5	20	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27003297--27003343	21	2.2	22	88	3	69	72	19	2	6	1.17
27003308--27003429	11	11.4	11	70	11	74	63	29	2	4	1.28
27003330--27003429	21	4.7	21	86	3	119	62	31	2	5	1.28
27011191--27012038	37	22.9	37	99	0	1669	24	32	18	24	1.97
27014997--27015133	60	2.3	61	82	11	167	26	25	20	27	1.99
27022878--27023061	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
27022878--27023058	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
27029941--27030125	79	2.3	81	84	7	236	24	27	22	25	2.00
27029941--27030125	40	4.6	41	79	10	213	24	27	22	25	2.00
27032874--27033223	140	2.5	138	81	7	368	24	13	10	52	1.71
27034993--27035038	22	2.1	22	84	4	58	54	6	13	26	1.62
27035201--27035251	26	2.0	26	88	3	77	64	5	0	29	1.17
27035213--27035261	26	2.0	24	92	8	80	63	8	0	28	1.23
27038630--27038783	56	2.7	58	81	5	152	42	16	16	25	1.88
27038662--27038783	58	2.1	56	83	5	147	41	18	17	22	1.90
27039168--27039222	21	2.6	21	73	0	56	54	1	1	41	1.21
27042769--27043037	47	5.8	46	73	14	178	24	29	18	27	1.98
27042868--27043033	46	3.6	44	76	12	154	24	28	18	27	1.98
27042816--27043037	94	2.4	92	83	8	245	24	29	18	27	1.98
27047172--27047222	25	2.0	25	92	0	84	29	21	9	39	1.85
27050398--27050516	47	2.5	48	81	6	129	23	27	18	30	1.98
27052163--27052232	26	2.7	26	82	4	79	27	10	30	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27052187--27052268	27	3.1	26	72	11	69	28	13	26	31	1.94
27073770--27073808	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
27073769--27073808	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
27078347--27078403	22	2.5	22	81	10	71	31	17	22	28	1.97
27078327--27078413	23	3.9	22	74	15	70	33	17	21	27	1.96
27084391--27084423	16	2.0	17	88	5	50	45	18	6	30	1.73
27085473--27085616	43	3.4	43	81	2	166	27	22	15	34	1.95
27087277--27087364	6	14.3	6	71	17	65	48	14	17	19	1.81
27087286--27087364	31	2.5	31	87	0	104	49	13	17	18	1.80
27087483--27087542	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
27087467--27087730	98	2.7	98	77	5	336	34	20	25	19	1.96
27087967--27088431	27	17.2	27	88	0	570	39	7	22	30	1.81
27087967--27088431	81	5.7	81	87	0	633	39	7	22	30	1.81
27088030--27088583	27	20.5	26	81	7	193	36	7	22	33	1.82
27087967--27088509	54	10.0	54	81	4	472	38	7	22	31	1.82
27089302--27089444	71	2.0	71	98	0	277	38	31	6	23	1.80
27091408--27091552	49	2.9	50	81	8	152	36	17	25	20	1.94
27096862--27097177	47	6.7	47	97	0	587	31	11	27	29	1.91
27097355--27097463	37	2.9	37	94	0	182	22	19	32	26	1.97
27100171--27100207	18	2.1	18	100	0	74	35	21	5	37	1.77
27101069--27101250	40	4.6	40	82	6	201	25	28	20	25	1.99
27101069--27101250	79	2.3	80	82	7	201	25	28	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27106024--27106075	20	2.6	21	78	9	63	36	17	9	36	1.82
27106027--27106132	40	2.7	39	72	10	97	37	16	9	35	1.82
27106037--27106104	20	3.4	19	76	11	57	39	16	10	33	1.82
27106282--27106338	25	2.3	24	82	11	71	29	17	21	31	1.96
27106282--27106339	23	2.4	24	85	8	73	29	17	20	32	1.95
27106304--27106360	23	2.5	22	80	5	60	35	17	19	28	1.94
27108968--27109094	46	2.7	46	84	3	166	22	21	25	31	1.98
27114586--27114631	20	2.3	20	88	0	65	36	21	6	34	1.80
27114594--27114641	20	2.4	19	83	13	60	43	18	8	29	1.79
27114847--27114914	22	3.0	22	91	2	100	30	20	23	25	1.98
27116690--27116802	43	2.6	42	80	6	120	29	25	17	27	1.98
27116783--27116838	28	2.0	28	92	0	94	28	26	14	30	1.95
27119710--27119741	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
27119988--27120052	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
27120158--27120247	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
27120158--27120272	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
27121337--27121370	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
27136689--27136753	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
27136859--27136948	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
27136859--27136973	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
27141408--27141452	17	2.5	18	82	10	56	48	6	4	40	1.49
27146217--27146277	29	2.1	29	100	0	122	18	6	19	55	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27149639--27149738	29	3.4	29	87	0	146	22	14	25	39	1.91
27149661--27149739	16	5.3	16	66	17	62	21	16	22	39	1.92
27159874--27159999	27	4.7	27	86	2	173	28	23	13	34	1.92
27159863--27159999	53	2.5	53	82	2	166	27	21	13	36	1.92
27162938--27162973	18	2.1	18	89	5	56	27	13	13	44	1.82
27164078--27164134	28	2.0	28	83	6	71	26	26	17	29	1.97
27164086--27164210	29	4.3	29	78	1	117	30	28	14	27	1.95
27171757--27171788	16	2.0	16	93	0	55	37	0	9	53	1.34
27171967--27172019	3	18.0	3	84	11	65	64	0	5	30	1.17
27179661--27179738	24	3.3	23	87	7	102	34	3	41	20	1.71
27181173--27181280	27	4.0	27	83	8	123	16	23	20	39	1.92
27184383--27184415	14	2.4	14	100	0	66	24	0	21	54	1.45
27190540--27190585	24	1.9	25	82	8	60	26	4	8	60	1.44
27194365--27194476	27	4.1	27	82	12	131	16	24	22	37	1.93
27194365--27194476	54	2.1	54	86	3	154	16	24	22	37	1.93
27198777--27198905	46	2.8	46	92	0	213	20	19	28	31	1.97
27201805--27201882	15	5.2	15	80	0	75	11	16	15	56	1.67
27201805--27201892	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
27203140--27203168	15	1.9	15	100	0	58	48	0	6	44	1.29
27204294--27204422	46	2.8	46	92	0	213	20	20	27	30	1.98
27207458--27207681	40	5.6	40	86	3	288	23	23	26	26	2.00
27207462--27207681	83	2.7	80	87	6	286	23	23	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27211613--27211655	22	2.0	22	85	0	59	6	23	2	67	1.27
27212865--27212952	27	3.2	26	85	7	113	13	25	25	36	1.92
27212876--27212976	27	3.7	27	83	8	89	15	24	22	36	1.94
27212865--27212976	54	2.1	54	83	3	136	15	24	24	36	1.93
27218012--27218095	29	2.8	30	84	13	111	27	21	19	32	1.97
27218407--27218454	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
27218490--27218537	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
27229256--27229401	74	2.0	74	97	0	274	36	4	30	27	1.78
27230441--27230501	28	2.1	29	90	3	97	29	11	27	31	1.92
27242591--27242768	27	6.6	27	82	7	173	27	14	28	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279