genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23420224--23420285	30	2.1	30	90	0	97	29	24	6	40	1.80
23425041--23425109	34	2.0	34	97	0	129	39	24	15	20	1.92
23426611--23426666	28	2.0	28	89	6	87	23	21	14	41	1.89
23430747--23430815	34	2.0	34	97	0	129	39	24	15	20	1.92
23432986--23433161	46	3.8	46	76	12	189	28	27	20	22	1.99
23432996--23433166	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	22	1.99
23432996--23433181	46	4.0	45	73	12	153	29	27	20	22	1.98
23458027--23458163	68	2.0	69	97	1	258	39	14	10	35	1.81
23458737--23458785	26	1.9	25	87	4	71	34	16	22	26	1.95
23458947--23459088	65	2.2	65	81	5	153	35	21	18	23	1.95
23459713--23459754	21	2.0	21	85	0	57	35	9	2	52	1.47
23463642--23463673	16	2.0	16	93	0	55	37	25	15	21	1.93
23478897--23479297	96	4.2	96	92	1	675	29	29	8	32	1.86
23478897--23479291	143	2.8	141	90	2	628	29	29	8	32	1.87
23478897--23479291	47	8.3	47	90	2	610	29	29	8	32	1.87
23492357--23492395	18	2.2	18	85	0	51	48	12	5	33	1.63
23493496--23493523	5	5.6	5	100	0	56	0	17	64	17	1.30
23493679--23493737	26	2.4	25	81	10	68	66	5	0	28	1.13
23495454--23495555	52	2.0	52	92	0	168	27	16	13	42	1.86
23496260--23496298	20	1.9	20	84	5	51	46	7	15	30	1.74
23497372--23497420	23	2.1	23	100	0	98	63	8	0	28	1.23
23500009--23500053	22	2.0	22	86	0	63	17	4	22	55	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23502621--23502663	16	2.7	16	81	0	50	27	4	11	55	1.55
23502610--23502689	32	2.5	32	79	4	90	23	3	18	53	1.60
23504013--23504054	19	2.2	20	95	4	77	50	9	9	30	1.67
23504038--23504064	14	1.9	14	100	0	54	37	14	3	44	1.63
23504039--23504086	25	1.9	25	83	8	62	35	16	4	43	1.67
23506561--23506627	21	3.2	21	82	4	82	14	10	4	70	1.31
23507950--23507975	11	2.4	11	100	0	52	23	0	0	76	0.78
23508098--23508160	31	2.1	29	88	11	92	58	11	3	26	1.47
23508656--23508705	18	2.9	17	85	8	66	28	10	0	62	1.27
23508767--23508874	20	5.6	19	71	22	55	50	0	1	46	1.18
23510305--23510358	23	2.3	23	80	3	63	44	24	16	14	1.85
23512203--23512335	50	2.6	51	84	1	160	27	27	20	24	1.99
23520627--23520668	21	2.0	21	85	0	57	33	0	2	64	1.07
23531686--23531855	46	3.7	46	73	14	161	22	20	28	29	1.98
23531680--23531850	93	1.8	93	89	2	272	21	21	28	28	1.98
23548358--23548547	56	3.4	56	88	0	272	32	21	15	31	1.94
23548358--23548560	112	1.8	112	89	0	316	32	21	15	31	1.94
23550072--23550181	44	2.6	43	81	9	127	20	18	28	33	1.96
23553227--23553307	29	2.8	29	81	9	103	28	33	14	23	1.94
23557952--23558001	25	2.0	25	88	7	75	26	30	12	32	1.92
23558177--23558368	40	4.8	40	90	0	294	25	28	21	23	1.99
23559730--23559839	37	3.0	37	91	0	175	27	30	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23560046--23560220	47	3.7	47	92	1	280	25	29	12	33	1.92
23560092--23560214	22	5.3	22	64	27	67	24	30	13	31	1.93
23574556--23574617	29	2.2	29	83	11	76	43	1	25	29	1.64
23578303--23578490	40	4.7	40	85	5	236	22	13	28	35	1.92
23578300--23578490	80	2.4	81	87	3	269	22	13	27	36	1.91
23582430--23582694	46	5.7	45	74	12	234	22	19	29	29	1.98
23582473--23582641	47	3.6	47	76	10	202	23	20	28	27	1.98
23582423--23582688	93	2.9	93	95	1	462	22	19	29	28	1.98
23585599--23585639	17	2.4	17	95	0	73	34	0	21	43	1.53
23592304--23592343	16	2.4	17	87	4	55	77	0	15	7	0.98
23592310--23592347	10	3.7	10	86	13	51	78	0	15	5	0.91
23592372--23592416	16	2.8	16	89	0	63	68	0	31	0	0.89
23594489--23594764	46	6.0	46	87	1	374	41	14	22	21	1.90
23594504--23594764	138	1.9	138	91	0	423	41	15	22	20	1.89
23594504--23594812	46	6.6	46	85	2	359	42	14	22	20	1.88
23596623--23596768	66	2.2	66	90	3	240	27	21	23	27	1.99
23617041--23617083	16	2.7	16	85	0	59	53	20	18	6	1.67
23617294--23617393	29	3.5	29	83	1	121	28	16	27	29	1.97
23617307--23617417	58	1.9	57	85	1	150	26	17	29	27	1.97
23620314--23620485	40	4.3	40	88	2	213	25	27	21	25	1.99
23626083--23626352	40	6.7	40	90	1	423	20	26	20	32	1.97
23632063--23632325	40	6.6	40	87	3	298	27	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23635459--23635544	31	2.8	31	91	1	138	26	25	15	32	1.95
23635749--23635807	25	2.4	23	86	10	82	25	18	22	33	1.96
23635937--23635986	25	2.0	25	88	0	73	30	20	22	28	1.98
23639300--23639331	16	2.0	16	93	0	55	50	9	12	28	1.71
23639957--23640003	23	2.0	23	100	0	94	31	8	21	38	1.83
23645303--23645328	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
23646275--23646318	22	2.0	22	81	0	52	61	2	2	34	1.21
23650135--23650198	31	2.1	31	84	0	83	25	23	14	37	1.92
23650392--23650509	23	5.0	24	91	5	179	28	22	21	27	1.99
23650559--23650623	20	3.2	20	93	0	112	32	21	12	33	1.90
23650559--23650612	11	5.3	11	70	17	53	31	20	12	35	1.90
23653158--23653271	43	2.7	42	75	6	104	30	26	18	24	1.98
23666481--23666531	16	3.4	15	76	12	52	45	0	3	50	1.20
23682667--23682701	17	1.9	19	88	11	56	37	11	5	45	1.64
23685601--23685656	27	2.1	27	100	0	112	39	3	17	39	1.67
23688253--23688423	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	21	1.98
23688248--23688420	46	3.7	46	79	13	210	28	28	20	21	1.98
23688843--23688902	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
23690788--23690840	26	2.1	26	82	10	65	49	18	13	18	1.80
23692471--23692716	40	6.2	40	94	1	379	28	28	21	21	1.99
23699602--23699666	33	2.0	33	96	0	121	41	23	10	24	1.86
23700286--23700451	40	4.2	40	90	2	246	27	28	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23703733--23703845	27	4.2	26	86	7	145	38	23	23	15	1.93
23703733--23703845	54	2.1	54	88	3	165	38	23	23	15	1.93
23704261--23704290	8	3.8	8	90	0	51	3	23	23	50	1.64
23711563--23711657	27	3.5	26	84	8	118	40	22	21	16	1.92
23711563--23711674	54	2.1	54	85	6	147	37	23	21	17	1.94
23711563--23711674	27	4.1	28	81	10	117	37	23	21	17	1.94
23712089--23712120	16	2.0	16	93	0	55	15	25	15	43	1.86
23713719--23713898	48	3.8	48	82	2	184	28	30	16	24	1.97
23729417--23729457	17	2.4	17	100	0	82	29	34	21	14	1.93
23746191--23746310	48	2.5	47	81	5	134	27	26	15	30	1.96
23746697--23746749	24	2.2	24	86	0	79	37	3	39	18	1.69
23748180--23748290	27	4.1	27	85	1	116	16	22	22	38	1.92
23748180--23748290	54	2.1	53	84	1	141	16	22	22	38	1.92
23754554--23754623	24	2.9	24	91	0	104	30	4	42	22	1.73
23756056--23756166	27	4.1	27	85	5	145	15	27	21	36	1.93
23764464--23764853	55	7.4	53	75	11	352	23	24	16	34	1.95
23764464--23764861	54	7.5	54	77	10	383	23	24	16	34	1.95
23764463--23764853	109	3.7	108	79	7	494	23	24	16	34	1.95
23764468--23764914	209	2.1	209	96	0	822	24	24	15	34	1.95
23764840--23764961	47	2.6	47	94	0	208	24	24	14	36	1.93
23765675--23765735	30	2.0	30	90	0	95	37	22	4	34	1.76
23773621--23773788	48	3.5	49	83	7	202	26	27	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23775491--23775552	28	2.2	28	100	0	124	43	19	0	37	1.51
23778864--23778890	12	2.2	12	100	0	54	0	22	48	29	1.51
23781889--23781919	7	4.4	7	91	0	53	29	0	29	41	1.56
23785477--23785539	27	2.4	26	77	15	67	68	1	22	7	1.24
23790178--23790399	47	4.7	46	76	8	173	29	15	29	25	1.96
23790136--23790400	140	1.9	141	80	3	311	28	15	29	25	1.96
23801881--23801905	9	2.8	9	100	0	50	68	12	0	20	1.21
23804416--23804516	37	2.7	37	92	0	175	24	31	18	24	1.98
23806095--23806317	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
23806170--23806352	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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