genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.158.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51861728--51861768	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
51868466--51868728	92	2.7	97	87	7	392	35	14	21	27	1.93
51868532--51868728	46	4.3	46	96	0	349	37	14	20	27	1.92
51868692--51868800	37	3.0	36	88	5	166	34	16	23	24	1.95
51873838--51873926	47	2.0	45	80	10	101	58	0	3	38	1.15
51905823--51905871	18	2.7	18	75	12	55	53	8	12	26	1.66
51907216--51907258	19	2.3	19	84	15	54	41	2	0	55	1.12
51913886--51913937	27	1.9	27	92	0	86	38	0	13	48	1.43
51914165--51914230	21	3.2	21	72	8	55	19	18	16	45	1.86
51918277--51918396	49	2.4	50	86	4	163	30	28	15	25	1.96
51918378--51918413	17	2.1	17	94	0	63	25	19	22	33	1.97
51919972--51920069	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
51919979--51920067	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
51924078--51924279	102	2.0	102	98	0	386	36	24	10	28	1.88
51924739--51925106	47	7.8	49	78	17	388	29	29	19	21	1.98
51924747--51925106	94	3.8	94	98	0	677	29	29	19	21	1.98
51925525--51925584	30	2.0	30	83	6	77	30	26	6	36	1.82
51927735--51927764	13	2.3	13	94	0	51	30	20	6	43	1.77
51935227--51935627	198	2.0	198	97	1	748	41	12	21	25	1.88
51944331--51944441	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
51952151--51952195	22	2.0	22	95	0	81	26	20	8	44	1.80
51967078--51967118	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51982347--51982391	18	2.6	16	83	13	54	64	11	0	24	1.26
51982407--51982448	21	2.0	20	86	13	57	64	0	0	35	0.94
51982969--51982994	13	2.0	13	100	0	52	15	0	46	38	1.46
51987536--51987601	23	3.0	22	74	12	73	39	22	21	16	1.92
51987793--51987862	28	2.8	23	75	19	68	47	31	4	17	1.67
51987806--51987889	28	3.0	28	89	1	123	47	29	3	19	1.66
51989446--51989694	50	4.8	51	83	6	265	21	29	23	26	1.99
51989445--51989694	100	2.4	104	88	6	357	21	29	23	26	1.99
51989789--51989820	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
51990032--51990089	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
52000214--52000284	31	2.3	29	75	17	72	47	14	0	38	1.44
52001554--52001581	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
52002415--52002453	19	1.9	19	85	10	51	25	0	10	64	1.25
52002610--52002662	24	2.2	23	80	12	61	41	3	3	50	1.38
52005037--52005107	11	6.2	11	72	19	56	59	2	1	36	1.21
52005044--52005107	24	2.7	23	80	4	65	60	3	1	34	1.22
52005061--52005109	13	3.9	13	81	10	57	57	2	2	38	1.22
52012457--52012492	6	6.0	6	96	0	63	36	0	0	63	0.94
52044527--52044569	22	2.0	22	100	0	86	46	6	9	37	1.63
52045144--52045206	33	1.9	33	96	0	117	41	12	12	33	1.81
52051970--52052160	18	10.6	18	78	10	167	35	10	14	39	1.81
52051957--52052159	72	2.8	73	79	10	204	35	10	13	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52052167--52052240	36	2.1	36	84	0	94	37	8	14	39	1.76
52052192--52052240	18	2.7	18	77	0	62	38	6	12	42	1.67
52065949--52066008	30	2.0	30	100	0	120	26	6	10	56	1.57
52079484--52079517	16	2.1	15	89	10	50	67	0	2	29	1.05
52081054--52081079	13	2.0	13	100	0	52	15	15	15	53	1.73
52084698--52084731	1	34.0	1	87	0	50	5	94	0	0	0.32
52084698--52084731	16	2.1	16	100	0	68	5	94	0	0	0.32
52085727--52085770	4	10.8	4	90	4	70	27	2	20	50	1.60
52090469--52090505	19	1.9	19	88	0	56	40	0	13	45	1.43
52090694--52090735	13	2.9	14	80	13	50	52	0	0	47	1.00
52090699--52090728	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
52090687--52090734	16	2.9	16	76	14	53	50	0	0	50	1.00
52090767--52090823	15	3.5	15	71	17	51	47	1	1	49	1.22
52090769--52090805	19	1.9	19	88	0	56	45	2	0	51	1.15
52125736--52125777	20	2.1	20	100	0	84	33	19	9	38	1.84
52146059--52146294	121	2.0	121	97	0	445	30	20	18	31	1.96
52158738--52158950	103	2.1	102	91	0	345	42	10	25	22	1.85
52160399--52160425	14	1.9	14	100	0	54	44	25	29	0	1.54
52160413--52160526	51	2.2	51	93	0	192	33	13	23	29	1.93
52161783--52162046	49	5.6	49	73	14	202	23	28	20	27	1.99
52161928--52162045	46	2.5	46	83	8	141	25	26	16	31	1.97
52172126--52172187	12	5.3	12	74	12	58	35	0	3	61	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52172433--52172489	24	2.4	23	77	13	62	42	0	3	54	1.17
52172580--52172646	3	23.3	3	74	19	63	40	0	1	58	1.07
52172580--52172646	10	7.1	10	79	20	58	40	0	1	58	1.07
52172580--52172619	5	8.0	5	89	10	64	40	0	0	60	0.97
52172584--52172646	13	4.5	13	80	11	72	39	0	1	58	1.07
52173482--52173657	70	2.3	75	82	11	193	41	1	19	37	1.59
52180855--52180898	19	2.3	19	80	4	52	45	6	4	43	1.51
52180964--52181104	71	2.0	71	98	0	273	29	22	12	35	1.91
52181209--52181248	21	1.9	21	85	10	55	27	5	0	67	1.11
52182785--52182819	15	2.3	15	90	0	52	65	0	8	25	1.21
52191800--52191864	24	2.8	24	75	11	71	26	0	10	63	1.27
52206589--52206620	15	2.1	15	100	0	64	6	34	12	46	1.67
52210145--52210225	33	2.3	37	74	18	84	53	3	0	43	1.18
52213087--52213124	20	1.9	20	88	0	58	10	31	31	26	1.90
52215929--52216027	37	2.7	37	93	1	173	24	20	18	37	1.94
52215991--52216109	52	2.2	52	91	2	184	26	22	14	36	1.92
52219129--52219176	24	2.0	24	100	0	96	37	16	12	33	1.86
52219531--52219640	46	2.4	46	81	3	132	20	20	14	45	1.85
52219745--52219938	46	4.2	46	93	0	343	24	22	12	40	1.88
52221459--52221559	51	2.0	51	92	0	166	36	27	14	20	1.92
52223315--52223431	58	2.0	58	98	0	225	34	19	9	36	1.84
52250305--52250366	29	2.1	29	81	0	70	33	6	17	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52258017--52258049	15	2.1	16	88	5	50	48	3	0	48	1.17
52258183--52258223	22	1.9	22	90	5	66	39	4	2	53	1.35
52276367--52276395	9	3.2	9	100	0	58	20	20	0	58	1.39
52276526--52276591	33	2.0	33	93	0	114	22	22	7	46	1.77
52276670--52276694	12	2.1	12	100	0	50	48	8	16	28	1.74
52285612--52285696	21	3.9	23	77	14	90	38	24	22	14	1.91
52286048--52286392	114	3.0	114	100	0	690	16	27	11	44	1.82
52288776--52288838	28	2.2	28	94	0	108	33	30	4	31	1.78
52288963--52289020	29	2.0	29	93	0	98	18	37	0	43	1.51
52288963--52289030	29	2.5	27	83	9	77	17	35	0	47	1.48
52290904--52290962	30	2.0	30	89	0	91	59	11	1	27	1.42
52290943--52290971	12	2.5	12	94	5	51	68	0	0	31	0.89
52295704--52295734	14	2.2	14	94	0	53	41	3	0	54	1.16
52296464--52296488	12	2.1	12	100	0	50	16	0	16	68	1.22
52296871--52296918	22	2.0	24	84	11	64	52	0	4	43	1.20
52309214--52309314	50	2.0	51	94	1	177	28	19	21	29	1.98
52315186--52315231	14	3.1	15	81	15	51	41	0	2	56	1.11
52316004--52316033	4	7.5	4	100	0	60	76	0	23	0	0.78
52316796--52316906	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
52322763--52322816	22	2.4	23	87	6	76	35	3	1	59	1.26
52327506--52327681	75	2.3	75	87	0	235	16	49	5	28	1.67
52330223--52330260	17	2.2	18	85	4	51	55	21	2	21	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52338921--52338968	21	2.3	21	78	7	53	43	0	2	54	1.12
52339546--52339589	21	2.1	21	82	0	52	13	20	27	38	1.90
52339681--52339889	43	4.9	43	92	0	319	32	27	17	22	1.97
52344260--52344299	16	2.6	16	88	7	57	45	0	35	20	1.51
52344619--52344717	47	2.1	48	96	1	182	46	0	7	46	1.30
52344703--52344755	25	2.1	26	82	3	63	18	3	5	71	1.21
52344702--52344755	19	2.8	18	78	10	54	20	3	5	70	1.23
52345061--52345127	22	3.1	22	80	8	75	35	40	1	22	1.63
52345074--52345126	7	7.4	7	78	4	61	33	45	0	20	1.52
52345074--52345151	21	3.7	21	74	8	68	34	42	0	23	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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