genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81673451--81673498	5	9.6	5	90	0	69	41	16	0	41	1.48
81673928--81673975	20	2.4	20	86	13	64	33	20	0	45	1.52
81682384--81682493	53	2.1	53	96	0	202	37	13	17	31	1.89
81684466--81684525	10	6.0	10	83	11	70	23	6	1	68	1.22
81684468--81684525	30	1.9	30	86	13	84	22	6	1	68	1.22
81685434--81685466	12	2.8	12	100	0	66	24	9	0	66	1.20
81687145--81687374	43	5.3	43	78	6	207	33	28	13	25	1.93
81687144--81687372	86	2.7	86	80	4	239	33	28	12	25	1.93
81687734--81687775	14	3.1	14	90	10	61	71	4	2	21	1.16
81690816--81691000	79	2.3	80	81	7	207	24	22	27	24	2.00
81690816--81691000	40	4.7	40	81	6	207	24	22	27	24	2.00
81690869--81691032	79	2.1	79	81	6	190	26	21	27	25	1.99
81693444--81693476	14	2.4	14	89	0	57	48	33	0	18	1.48
81693583--81693702	7	17.0	7	70	7	64	41	37	0	20	1.58
81693583--81693644	22	2.9	20	81	11	61	48	30	0	20	1.50
81694001--81694188	40	4.7	40	76	9	179	29	19	22	28	1.98
81694001--81694188	79	2.3	78	80	8	200	29	19	22	28	1.98
81694234--81694325	39	2.3	40	83	7	107	28	17	17	36	1.92
81695108--81695149	22	1.9	22	90	0	66	28	11	26	33	1.92
81697896--81698063	50	3.5	49	84	6	202	23	25	19	30	1.98
81701194--81701232	13	3.2	12	89	7	53	56	0	2	41	1.13
81701197--81701232	11	3.1	11	85	14	54	58	0	2	38	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81704408--81704482	34	2.2	34	85	0	96	21	9	26	42	1.83
81704508--81704594	26	3.5	24	71	9	59	51	4	18	25	1.65
81705502--81705548	23	2.1	22	84	11	60	34	8	21	36	1.84
81727720--81727773	26	2.1	26	100	0	108	46	11	11	31	1.74
81729046--81729165	28	4.2	28	83	1	150	24	32	15	27	1.96
81729359--81729395	16	2.3	16	90	0	56	10	21	18	48	1.78
81738229--81738313	28	3.0	28	85	1	107	23	34	15	27	1.95
81738500--81738559	19	2.9	21	87	7	79	35	8	20	36	1.82
81740070--81740103	18	1.9	18	88	5	52	17	38	23	20	1.93
81743457--81743532	34	2.2	34	90	0	116	26	17	25	31	1.97
81744267--81744312	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
81747308--81747372	25	2.7	24	79	13	64	40	12	13	33	1.82
81750822--81750875	26	2.1	26	96	0	99	27	18	18	35	1.94
81756099--81756149	22	2.3	22	100	0	102	35	15	7	41	1.76
81757775--81757852	34	2.3	35	84	8	99	32	19	17	30	1.95
81758935--81759049	45	2.6	45	83	6	146	27	27	21	22	1.99
81759046--81759164	38	3.1	38	87	4	159	29	24	23	22	1.99
81774360--81774425	33	2.1	32	82	5	80	59	6	4	30	1.42
81776307--81776331	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
81780107--81780210	24	4.3	24	71	8	77	34	21	25	18	1.96
81784218--81784304	29	3.0	29	84	1	111	21	14	24	39	1.91
81788683--81789141	124	3.9	113	80	12	412	33	23	19	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81788794--81789141	124	2.8	124	88	0	489	34	24	18	22	1.96
81791575--81791624	18	2.7	18	87	3	64	34	16	14	36	1.88
81791624--81791660	19	1.9	19	100	0	74	35	10	21	32	1.88
81799496--81799556	20	3.1	20	83	4	79	22	26	18	32	1.97
81800786--81800911	63	2.0	63	90	0	198	29	25	13	31	1.94
81804430--81804483	22	2.4	23	76	14	60	35	5	0	59	1.21
81807233--81807272	21	1.9	21	85	10	55	62	5	10	22	1.46
81812725--81812778	19	2.7	19	78	16	65	53	0	0	46	1.00
81812957--81812981	13	1.9	13	100	0	50	40	4	8	48	1.51
81814599--81814641	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
81814606--81814646	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
81815282--81815390	26	4.2	26	90	0	173	33	7	22	36	1.82
81820943--81821120	27	6.6	27	79	3	178	26	15	28	29	1.96
81820943--81821120	54	3.3	55	80	5	200	26	15	28	29	1.96
81820940--81821122	82	2.2	82	81	2	217	26	15	28	29	1.96
81825258--81825325	7	10.1	7	84	6	61	69	0	30	0	0.89
81826306--81826466	87	1.8	89	85	2	227	31	18	19	30	1.96
81826350--81826937	229	2.6	229	86	2	802	33	16	20	30	1.94
81826214--81827081	274	3.2	273	75	9	716	32	16	20	30	1.95
81826304--81827067	44	16.9	46	71	11	218	32	16	20	30	1.95
81826760--81827023	86	3.0	89	80	7	252	32	15	19	31	1.93
81826482--81827081	315	1.9	320	86	6	858	32	16	20	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81826806--81827023	86	2.5	86	86	0	310	32	15	20	31	1.94
81836265--81836336	35	2.1	35	86	5	101	26	25	12	36	1.91
81840694--81840768	25	3.0	25	94	3	125	32	22	25	20	1.98
81849498--81849537	5	8.2	5	83	5	55	40	20	2	37	1.66
81849504--81849542	19	2.1	19	100	0	78	43	15	5	35	1.69
81849480--81849537	29	1.9	31	86	13	86	37	18	5	37	1.74
81849508--81849551	19	2.3	19	88	7	63	38	20	6	34	1.79
81854414--81854442	6	4.8	6	100	0	58	34	0	0	65	0.93
81854414--81854448	18	1.9	18	88	0	52	40	0	0	60	0.97
81854629--81854700	36	2.0	36	97	0	135	26	11	9	52	1.67
81855029--81855186	9	17.6	9	86	0	217	42	18	3	35	1.67
81855029--81855213	27	6.7	27	84	2	217	42	18	2	35	1.65
81858537--81858579	14	3.1	14	93	3	70	32	0	11	55	1.36
81861488--81861548	31	2.0	32	84	12	83	59	4	9	26	1.50
81872299--81872377	35	2.3	35	93	2	133	16	21	27	34	1.95
81872477--81872515	17	2.3	17	90	0	60	43	15	20	20	1.88
81878251--81878294	16	2.7	16	89	3	61	47	2	2	47	1.27
81879579--81879756	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
81879600--81879755	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
81894909--81894959	21	2.4	21	90	0	84	31	17	9	41	1.82
81902121--81902390	27	10.1	27	79	3	249	30	17	21	31	1.96
81902121--81902390	81	3.4	81	78	3	276	30	17	21	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81906088--81906112	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
81908682--81908759	39	2.0	39	92	0	129	34	26	20	17	1.95
81928779--81928840	30	2.1	30	87	0	88	58	12	6	22	1.58
81931945--81932044	39	2.6	39	90	0	164	25	20	26	29	1.99
81939341--81939463	63	2.0	63	98	0	237	47	4	10	38	1.57
81940260--81940359	39	2.6	39	88	3	157	26	20	25	29	1.99
81953422--81953494	27	2.7	27	79	10	87	13	21	23	41	1.89
81959241--81959297	22	2.6	22	97	0	105	22	12	19	45	1.83
81960850--81960946	50	1.9	50	97	0	185	27	8	20	43	1.80
81962612--81962795	95	1.9	95	83	5	239	50	9	26	14	1.73
81980187--81980396	43	4.9	43	74	4	174	31	25	14	29	1.95
81986728--81986779	27	1.9	27	81	14	63	36	3	50	9	1.54
81990478--81990591	27	4.2	26	84	8	138	17	23	21	36	1.94
81990478--81990591	55	2.1	54	86	4	158	17	23	21	36	1.94
82011277--82012173	98	9.2	98	99	0	1767	35	8	25	30	1.85
82012323--82012434	37	3.0	37	93	0	188	22	16	32	28	1.96
82015836--82016028	43	4.5	44	76	8	193	31	24	15	29	1.95
82018708--82018750	20	2.1	21	91	4	70	72	9	0	18	1.11
82022095--82022178	27	3.3	26	79	12	86	35	21	23	19	1.96
82022251--82022298	25	2.0	25	91	4	80	41	14	22	20	1.89
82029247--82029272	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
82029960--82030048	24	3.7	24	76	5	90	34	24	26	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82032134--82032172	20	2.0	20	90	10	62	51	30	5	12	1.62
82033271--82033376	25	4.2	25	80	2	106	28	18	21	31	1.97
82033840--82033929	30	3.0	29	83	8	83	32	17	4	45	1.69
82038976--82039829	46	18.6	46	99	0	1640	43	17	19	19	1.88
82039808--82039962	45	3.5	45	78	7	163	42	12	20	24	1.87
82038970--82040088	46	24.5	45	91	2	878	43	16	19	20	1.88
82041736--82041768	11	3.0	11	91	8	50	36	12	24	27	1.91
82051135--82051347	110	1.9	114	83	4	281	29	14	22	34	1.93
82054619--82054747	25	5.4	25	87	4	162	17	23	20	38	1.93
82055741--82055844	46	2.2	48	82	5	131	25	14	28	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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