genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73012170--73012194	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
73015242--73015391	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
73015266--73015449	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
73017102--73017169	20	3.4	20	73	15	77	41	5	17	35	1.74
73017099--73017178	40	2.0	40	100	0	160	40	5	17	37	1.72
73017443--73017499	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
73017777--73017815	20	1.9	21	89	5	62	25	28	17	28	1.98
73021684--73021740	26	2.2	26	81	9	62	28	19	17	35	1.94
73025158--73025258	28	3.6	29	81	5	118	27	15	29	26	1.96
73025145--73025255	56	2.0	57	85	5	154	28	14	28	27	1.95
73027267--73027345	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
73027464--73027890	47	9.1	47	99	0	836	29	29	8	32	1.87
73041845--73041890	23	2.0	23	83	8	58	23	28	8	39	1.84
73045837--73045901	28	2.3	29	83	2	87	29	30	13	26	1.94
73064669--73064820	42	3.6	42	78	11	123	25	19	23	31	1.98
73064708--73064820	42	2.7	43	82	6	124	24	19	23	31	1.98
73067898--73067977	32	2.7	27	74	18	70	32	26	20	21	1.97
73067937--73067989	27	2.0	27	85	7	72	33	26	22	16	1.96
73068138--73068180	22	2.0	22	95	0	77	30	25	27	16	1.97
73072136--73072266	28	4.6	28	71	11	97	25	29	17	27	1.97
73073844--73074246	212	1.9	210	85	3	549	33	10	19	36	1.86
73077853--73077921	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73077844--73077931	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
73080326--73080501	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
73080323--73080493	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
73087469--73087630	43	3.8	42	74	13	132	24	17	23	35	1.95
73087469--73087629	86	1.9	85	83	6	209	24	16	23	35	1.95
73119610--73119920	152	2.0	154	88	5	470	37	15	14	32	1.87
73121901--73121952	27	1.9	27	84	0	68	44	9	1	44	1.48
73122146--73122228	44	1.9	43	82	2	103	16	9	2	71	1.24
73122221--73122271	5	10.2	5	87	8	61	21	3	0	74	0.98
73122365--73122400	13	2.8	14	88	12	51	41	0	0	58	0.98
73122472--73122541	22	3.1	22	78	9	79	40	0	2	57	1.14
73122512--73122632	20	6.7	20	65	27	65	38	0	0	59	1.09
73122580--73122646	22	3.1	22	77	14	77	44	0	0	55	0.99
73122322--73122610	33	8.8	33	71	21	173	39	1	3	55	1.25
73122576--73122647	20	3.6	20	83	14	87	44	0	0	55	0.99
73122757--73122800	23	2.0	22	86	4	61	52	0	0	47	1.00
73122773--73122880	32	3.2	35	80	6	116	55	2	0	41	1.14
73122835--73122903	20	3.2	20	82	13	93	49	2	0	47	1.16
73122810--73122910	23	4.6	23	81	15	108	52	2	0	44	1.16
73122830--73122921	44	2.1	44	86	11	127	54	2	0	43	1.12
73124163--73124197	17	2.1	17	88	0	52	40	17	2	40	1.64
73124928--73124959	13	2.5	13	95	5	57	25	15	0	59	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73125383--73125420	16	2.3	17	86	4	51	13	7	7	71	1.31
73132195--73132230	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
73132182--73132222	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
73132386--73132470	21	4.0	21	80	4	80	38	25	21	14	1.91
73132384--73132458	21	3.5	22	83	7	91	38	26	21	13	1.90
73132841--73132898	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
73132844--73132902	30	2.0	28	93	6	100	55	11	0	32	1.36
73152351--73152509	42	3.6	42	80	13	180	30	26	13	29	1.94
73152378--73152587	47	4.6	46	81	8	205	30	26	14	28	1.95
73152378--73152587	95	2.3	94	82	9	229	30	26	14	28	1.95
73152609--73152757	31	4.8	31	89	0	208	27	26	18	27	1.98
73152733--73152859	50	2.5	50	87	3	175	26	22	14	36	1.93
73158302--73158581	51	5.5	51	78	5	192	29	27	16	27	1.97
73158393--73158581	50	3.7	50	82	2	189	30	25	17	25	1.98
73166258--73166310	27	2.0	27	85	3	72	15	13	22	49	1.79
73166621--73166737	29	4.1	29	90	5	175	28	25	16	29	1.97
73166622--73166733	58	1.9	58	94	0	197	26	26	16	29	1.97
73166954--73166991	16	2.4	16	95	0	67	7	18	21	52	1.70
73168863--73168898	11	3.3	11	100	0	72	36	11	19	33	1.87
73170264--73170400	60	2.3	60	85	8	172	25	25	20	28	1.99
73170263--73170364	28	3.5	27	71	19	80	24	28	20	26	1.99
73171897--73172111	24	9.0	24	92	3	355	27	20	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73171897--73172111	47	4.5	48	94	2	355	27	20	22	28	1.99
73172167--73172223	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
73172155--73172225	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
73172160--73172214	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
73183443--73184236	33	24.1	33	100	0	1588	24	9	27	39	1.85
73185121--73185501	56	6.8	56	99	0	744	46	8	21	22	1.79
73194249--73194288	21	2.0	21	85	5	55	42	12	22	22	1.87
73195864--73195910	23	2.1	22	88	11	69	14	2	10	72	1.21
73195873--73195911	11	3.5	11	83	16	53	15	0	12	71	1.14
73200418--73200460	18	2.5	17	85	7	52	44	0	30	25	1.55
73202545--73202569	4	6.2	4	100	0	50	0	76	0	24	0.80
73206666--73206721	21	2.7	20	77	5	58	46	1	7	44	1.41
73208501--73208543	21	2.0	21	100	0	86	32	13	18	34	1.90
73212565--73212604	20	2.0	20	85	9	55	15	25	7	52	1.68
73212894--73213002	50	2.2	50	86	3	148	18	31	22	28	1.97
73224489--73224817	50	6.5	50	86	3	392	23	29	20	26	1.99
73230732--73231205	50	9.5	50	71	1	378	23	21	23	32	1.98
73230697--73231214	100	5.2	100	93	1	824	23	22	22	31	1.98
73232497--73232532	13	2.8	13	91	8	56	16	16	0	66	1.25
73232543--73232580	14	2.6	14	91	4	58	23	7	2	65	1.32
73238166--73238541	198	1.9	196	87	3	504	38	19	20	21	1.94
73238753--73238838	44	2.0	44	92	0	145	30	17	25	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73238912--73239266	40	8.9	40	98	0	667	27	27	20	25	1.99
73247624--73247737	43	2.7	42	79	6	124	25	17	25	31	1.97
73257826--73257886	30	2.0	30	90	0	95	29	24	3	42	1.70
73263289--73263354	28	2.3	29	81	2	71	31	24	3	40	1.70
73265083--73265162	40	2.0	40	92	0	133	47	11	22	18	1.80
73269326--73269453	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
73269326--73269453	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
73272760--73272926	45	3.9	43	72	16	139	30	28	17	23	1.97
73278830--73278995	46	3.6	46	76	12	178	22	19	27	30	1.98
73279219--73279256	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
73285756--73285792	18	2.1	18	89	0	56	35	2	27	35	1.71
73286684--73286774	46	2.0	45	97	2	173	27	10	26	35	1.90
73289908--73289939	9	3.4	10	91	8	50	81	0	12	6	0.87
73294991--73295046	28	1.9	29	85	7	78	69	5	3	21	1.24
73297181--73297299	57	2.1	57	82	0	139	15	25	13	46	1.82
73301862--73301931	31	2.2	31	97	2	131	44	14	2	38	1.60
73304107--73304247	51	2.8	50	88	5	212	35	14	17	33	1.89
73304090--73304255	51	3.3	50	84	6	201	35	13	15	34	1.87
73306748--73307033	100	2.9	100	98	0	545	25	24	17	31	1.97
73315558--73315641	42	2.0	42	95	0	150	53	8	5	32	1.55
73315581--73315646	19	3.3	19	70	18	53	59	4	3	33	1.33
73315981--73316021	20	2.0	20	95	0	73	26	9	7	56	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73318783--73318939	43	3.7	42	71	7	120	22	17	26	33	1.96
73321464--73321686	40	5.6	39	82	5	207	25	27	21	26	1.99
73321462--73321686	80	2.8	79	80	7	231	25	27	21	25	1.99
73321618--73321695	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
73321890--73322102	109	2.0	109	94	1	374	28	21	11	38	1.88
73328789--73328902	27	4.2	27	80	4	106	35	19	23	21	1.95
73328844--73328896	28	1.9	27	92	3	88	37	11	24	26	1.89
73337007--73337201	98	2.0	98	98	0	381	30	22	17	29	1.97
73338271--73338424	28	5.5	28	90	1	220	33	26	12	27	1.92
73346410--73346504	28	3.4	28	85	5	113	34	26	12	26	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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