genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.133.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42823634--42823677	15	2.9	15	86	6	54	52	0	0	47	1.00
42823640--42823686	14	3.4	14	82	8	51	46	2	0	51	1.13
42823742--42823783	15	2.8	15	88	0	57	40	16	2	40	1.62
42871214--42871287	27	2.7	27	85	0	94	20	24	44	10	1.83
42871285--42871313	13	2.1	14	93	6	51	65	0	34	0	0.93
42872008--42872032	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
42871998--42872040	20	2.2	20	82	0	50	20	0	2	76	0.89
42872617--42872662	24	1.9	24	82	8	58	41	2	2	54	1.25
42873822--42873848	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
42891450--42891488	15	2.6	15	83	0	51	53	0	0	46	1.00
42898187--42898222	12	2.9	12	91	4	54	27	0	0	72	0.85
42898460--42898502	20	2.1	21	83	12	54	79	9	4	6	1.06
42900707--42900804	21	4.8	21	75	6	67	40	3	2	54	1.28
42900715--42900789	10	7.5	10	68	11	55	38	2	2	56	1.28
42900737--42900827	20	4.6	19	72	13	76	46	1	1	51	1.15
42916262--42916321	15	3.9	15	79	16	61	63	1	0	35	1.05
42916281--42916338	21	2.7	21	78	5	62	62	3	0	34	1.12
42916307--42916368	23	2.7	23	77	20	67	58	4	0	37	1.20
42933730--42933756	13	2.1	13	100	0	54	14	7	22	55	1.64
42955574--42955612	20	2.0	20	94	0	69	15	41	25	17	1.89
42957444--42957607	42	3.7	42	83	8	186	29	26	14	29	1.95
42957514--42957650	49	2.9	48	86	4	179	29	26	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42957719--42957867	31	4.8	31	84	0	190	24	26	20	28	1.99
42957845--42958019	50	3.5	50	92	0	287	25	21	15	37	1.93
42958494--42958550	21	2.6	22	73	15	64	28	0	5	66	1.13
42958725--42958753	15	1.9	15	100	0	58	65	6	20	6	1.40
42959131--42959171	23	1.9	21	85	14	57	53	0	21	24	1.46
42959501--42959550	15	3.3	15	82	0	73	36	2	12	50	1.51
42959758--42959792	18	1.9	18	94	0	61	48	0	22	28	1.51
42960059--42960116	23	2.5	23	94	0	98	10	3	36	50	1.54
42960085--42960143	29	2.0	29	96	0	109	8	3	40	47	1.51
42960248--42960288	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
42968655--42968741	40	2.2	40	85	0	111	39	19	9	32	1.83
42969517--42969568	13	3.9	13	80	9	52	13	7	3	75	1.17
42969572--42969624	19	2.8	19	75	10	56	50	3	0	45	1.19
42969842--42969902	20	3.0	20	79	13	61	55	1	3	39	1.26
42970020--42970081	30	2.1	27	85	11	79	45	1	1	51	1.20
42970051--42970105	23	2.3	23	81	9	58	49	1	0	49	1.11
42973522--42973583	18	3.4	18	76	12	63	38	3	1	56	1.25
42975091--42975124	9	3.8	9	88	11	52	76	0	14	8	1.01
42975441--42975465	11	2.3	11	100	0	50	84	0	16	0	0.63
42982046--42982078	13	2.5	13	100	0	66	69	0	0	30	0.88
42987305--42987355	25	2.2	22	80	16	59	41	25	11	21	1.87
42987311--42987371	25	2.4	25	100	0	122	40	29	6	22	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42990016--42990042	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
42991892--42991916	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
42997952--42997990	17	2.2	18	86	9	53	69	0	2	28	1.02
43007923--43007990	20	3.2	20	71	18	66	36	27	5	29	1.80
43012927--43012968	21	2.0	22	86	13	61	28	16	4	50	1.66
43013626--43013835	105	2.0	105	99	0	411	36	8	12	43	1.72
43013873--43013959	43	2.0	43	97	0	165	36	9	12	41	1.75
43025658--43025724	27	2.5	25	79	15	71	41	4	2	50	1.37
43028764--43028788	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
43028999--43029121	65	1.9	65	89	0	192	24	24	14	36	1.93
43037957--43038019	31	2.0	31	100	0	126	39	19	19	22	1.92
43050796--43050975	47	3.8	50	80	14	202	28	28	21	21	1.98
43050804--43050975	94	1.8	93	94	1	308	27	29	21	21	1.99
43051394--43051453	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
43052267--43052291	6	4.2	6	100	0	50	52	16	16	16	1.76
43052279--43052385	47	2.3	47	93	0	178	40	22	20	16	1.91
43053471--43053515	19	2.4	18	86	13	65	0	33	0	66	0.92
43053703--43053737	16	2.3	15	90	5	52	51	2	0	45	1.16
43073254--43073398	74	2.0	74	98	0	281	34	15	18	31	1.93
43076450--43076484	18	1.9	18	88	0	52	28	0	0	71	0.86
43082863--43082898	19	2.0	17	89	10	54	66	0	0	33	0.92
43082863--43082896	9	3.7	9	88	7	50	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43083202--43083234	14	2.2	16	89	10	52	66	0	0	33	0.92
43083433--43083597	85	1.9	85	100	0	330	44	12	18	24	1.85
43091572--43091610	19	2.1	19	85	4	53	41	0	2	56	1.13
43099976--43100020	11	3.9	11	80	11	54	33	0	2	64	1.06
43100081--43100114	3	11.7	3	93	6	61	67	0	32	0	0.91
43101341--43102281	62	15.2	62	97	0	1785	49	3	20	26	1.64
43102586--43102900	46	6.8	46	88	0	398	40	14	24	20	1.90
43105851--43105895	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
43107526--43107597	21	3.2	21	66	27	58	40	11	23	25	1.87
43107525--43107885	46	7.8	46	87	1	474	42	13	24	19	1.87
43117335--43117512	46	3.9	46	93	0	286	38	14	24	22	1.91
43117347--43117535	46	4.2	45	90	2	146	39	15	22	21	1.91
43118677--43118756	43	1.9	41	82	10	99	16	18	32	32	1.93
43121360--43121402	18	2.4	18	80	0	50	34	18	11	34	1.87
43121445--43121609	18	9.2	18	72	10	113	36	14	12	36	1.84
43121445--43121624	36	5.0	36	71	9	134	37	13	12	36	1.83
43123916--43123977	31	2.0	31	93	0	106	29	22	17	30	1.97
43125191--43125303	45	2.5	44	78	5	127	44	18	16	20	1.87
43125189--43125326	45	2.9	48	75	14	124	42	19	18	19	1.89
43125611--43125837	72	3.1	72	66	26	202	37	18	0	43	1.56
43125530--43125840	150	2.1	150	98	1	606	37	18	0	43	1.55
43126539--43126568	16	1.9	15	93	6	51	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43126539--43126579	16	2.6	16	85	11	50	51	0	2	46	1.14
43142653--43142684	5	6.4	5	100	0	64	40	0	40	18	1.51
43144003--43144069	29	2.3	29	100	0	134	38	5	22	32	1.78
43147745--43147786	21	2.0	21	100	0	84	57	0	0	42	0.99
43148867--43149816	475	2.0	475	100	0	1900	29	23	18	29	1.97
43152578--43152685	15	7.2	15	69	12	78	44	7	21	26	1.78
43152572--43152695	30	4.1	30	91	1	194	43	6	23	26	1.78
43156053--43156160	15	7.2	15	69	12	87	43	7	23	25	1.79
43156046--43156160	30	3.8	30	97	0	203	44	6	23	25	1.78
43184722--43184762	22	1.9	21	90	5	64	60	2	0	36	1.10
43184722--43184786	19	3.2	21	82	8	64	60	1	1	36	1.16
43188528--43188553	7	3.7	7	100	0	52	30	42	0	26	1.56
43188941--43188974	17	1.9	18	88	5	52	38	2	0	58	1.13
43194920--43194972	12	4.3	12	79	9	54	47	0	3	49	1.19
43194982--43195040	20	2.8	21	87	12	86	55	0	0	44	0.99
43194982--43195035	21	2.7	20	88	11	83	55	0	0	44	0.99
43195024--43195061	13	2.7	14	84	12	51	55	5	0	39	1.23
43194991--43195290	55	5.6	55	66	19	134	51	2	2	43	1.29
43195038--43195084	21	2.2	22	84	3	60	46	4	4	44	1.42
43195096--43195176	13	5.9	14	69	15	62	53	1	1	44	1.16
43195191--43195229	21	1.9	20	89	5	60	66	2	0	30	1.05
43195132--43195282	32	4.3	33	72	14	108	54	3	3	37	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43195258--43195298	21	2.0	21	90	0	64	46	2	7	43	1.44
43195310--43195390	13	5.9	14	69	15	62	53	1	1	44	1.16
43195006--43195466	214	2.2	214	97	0	886	52	2	2	42	1.28
43195405--43195443	21	1.9	20	89	5	60	66	2	0	30	1.05
43195406--43195476	32	2.1	35	89	7	112	63	1	0	35	1.03
43195564--43195619	20	2.7	21	83	5	69	76	3	8	10	1.12
43196004--43196052	23	2.3	20	80	13	62	69	0	14	16	1.19
43207170--43207247	28	2.7	29	74	9	70	53	1	2	42	1.22
43207181--43207248	31	2.3	28	78	9	73	54	1	2	41	1.24
43207454--43207479	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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