genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71281343--71281565	40	5.6	40	86	3	245	24	20	27	26	1.99
71281417--71281600	79	2.3	80	81	3	212	26	20	27	25	1.99
71288685--71288910	40	5.7	40	79	8	201	26	21	26	25	1.99
71291396--71291435	16	2.5	15	84	11	53	20	0	2	77	0.88
71291407--71291480	6	13.8	5	77	17	53	17	2	1	78	0.94
71291407--71291480	11	6.4	11	76	14	69	17	2	1	78	0.94
71291407--71291460	6	9.3	6	87	4	76	14	1	1	81	0.86
71291411--71291467	18	3.3	17	80	9	62	17	3	1	77	1.00
71298992--71299128	48	2.9	48	94	0	229	32	7	30	29	1.84
71300410--71300439	15	2.0	15	93	0	51	16	3	20	60	1.50
71303309--71303392	42	2.0	42	83	2	105	25	15	25	34	1.95
71315361--71315514	40	3.8	40	92	0	254	25	31	23	20	1.98
71321973--71322150	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
71321974--71322129	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
71321970--71322150	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
71330067--71330217	27	5.6	27	80	4	151	27	15	28	29	1.96
71330067--71330217	55	2.8	55	80	4	162	27	15	28	29	1.96
71330068--71330217	82	1.8	81	85	4	212	26	15	28	29	1.96
71333956--71334170	40	5.4	40	93	2	355	25	22	26	25	2.00
71336265--71336324	28	2.1	29	81	3	68	40	3	23	33	1.71
71336761--71336914	43	3.6	41	78	10	132	29	16	22	31	1.96
71341236--71341300	19	3.4	19	80	4	76	41	23	4	30	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71341469--71341527	23	2.5	24	83	8	77	33	10	23	32	1.88
71344344--71344409	34	2.0	33	87	3	96	28	22	21	27	1.99
71346394--71346427	10	3.3	10	88	8	50	58	17	20	2	1.51
71354378--71354404	14	1.9	14	100	0	54	66	11	7	14	1.43
71356294--71356593	150	2.0	150	98	0	573	34	27	12	25	1.92
71360014--71360045	16	2.0	16	93	0	55	31	21	12	34	1.91
71368467--71368611	40	3.6	40	84	4	184	24	26	24	25	2.00
71369800--71369875	38	2.0	38	97	0	143	31	23	14	30	1.94
71383306--71383352	24	1.9	25	82	4	60	40	2	23	34	1.67
71383789--71383818	15	2.0	15	93	0	51	36	20	10	33	1.86
71386594--71386684	23	3.9	22	78	7	92	34	19	24	21	1.97
71388385--71388437	24	2.2	23	83	12	63	35	3	18	41	1.69
71393805--71393890	27	3.2	26	82	8	109	37	22	22	18	1.94
71395962--71396111	75	2.0	75	98	0	291	34	20	23	22	1.97
71401693--71401805	27	4.2	27	86	3	138	38	22	21	18	1.94
71401904--71401957	26	2.2	26	80	6	67	31	14	22	31	1.94
71413543--71413570	12	2.3	12	100	0	56	53	17	0	28	1.44
71416717--71416900	100	1.8	100	83	2	244	27	19	25	28	1.99
71416716--71416948	49	4.7	49	72	8	202	27	19	24	28	1.98
71417292--71417347	21	2.7	21	91	0	94	25	8	37	28	1.86
71424244--71424281	14	2.7	14	91	0	58	34	5	0	60	1.19
71430865--71431143	66	4.2	66	100	0	558	30	6	11	52	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71435957--71436045	41	2.2	40	83	2	106	20	16	21	41	1.90
71447351--71447629	27	10.3	27	90	0	414	30	22	6	40	1.80
71447349--71447690	27	12.7	27	87	0	207	32	23	6	38	1.79
71447708--71447978	27	10.0	27	84	1	319	34	19	20	25	1.96
71448224--71448285	31	2.0	32	87	3	90	19	24	20	35	1.96
71448455--71448550	6	15.7	6	70	20	56	19	14	15	50	1.79
71448425--71448502	31	2.5	31	89	6	113	20	12	14	52	1.73
71448455--71448539	37	2.3	37	89	4	127	20	14	15	50	1.77
71452202--71452236	18	1.9	18	100	0	70	22	31	34	11	1.90
71456186--71456239	25	2.1	26	86	10	76	62	1	3	31	1.23
71460120--71460163	22	2.0	22	90	0	70	54	4	0	40	1.21
71468161--71468192	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
71468212--71468270	29	2.0	29	96	0	109	30	1	25	42	1.65
71481338--71481461	28	4.4	28	75	11	119	23	32	15	29	1.95
71481338--71481482	28	5.1	28	77	8	109	25	31	13	29	1.94
71481550--71481585	19	1.9	19	88	5	56	16	38	19	25	1.92
71481693--71481735	16	2.7	16	85	0	68	6	18	20	53	1.67
71489295--71489321	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
71492288--71492370	42	2.0	42	85	4	114	31	26	13	28	1.94
71494721--71494990	49	5.7	48	73	10	189	25	29	17	27	1.98
71496388--71496482	42	2.2	42	81	1	109	31	26	17	24	1.97
71504438--71504563	49	2.6	49	85	1	162	24	27	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71506202--71506461	48	5.5	46	74	11	154	25	26	18	28	1.98
71506246--71506507	46	5.6	45	73	14	167	25	26	18	29	1.98
71506202--71506507	94	3.3	93	86	3	391	25	27	18	28	1.98
71506304--71506507	46	4.3	47	80	7	200	24	26	19	28	1.99
71506435--71506506	22	3.2	22	66	21	58	26	31	15	26	1.95
71509405--71509511	42	2.5	42	73	0	97	30	25	12	31	1.92
71512907--71512943	19	2.0	19	89	5	58	48	0	0	51	1.00
71519995--71520108	40	2.8	40	78	11	108	32	25	16	25	1.96
71520016--71520108	40	2.3	40	81	7	109	34	25	16	23	1.95
71520518--71520583	29	2.3	29	82	7	73	31	25	3	39	1.71
71523934--71523994	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
71532836--71533014	27	6.6	27	82	3	189	27	15	27	29	1.96
71532836--71533014	54	3.3	55	82	5	211	27	15	27	29	1.96
71532833--71533015	82	2.2	82	81	2	217	27	15	27	28	1.96
71536516--71536631	50	2.4	47	84	5	144	27	22	14	35	1.93
71538922--71539184	38	6.8	38	83	4	287	22	21	24	31	1.98
71538922--71539184	114	2.3	114	84	4	330	22	21	24	31	1.98
71539292--71539336	19	2.3	20	92	7	83	24	13	28	33	1.93
71541110--71541258	44	3.4	45	80	7	153	34	22	14	29	1.93
71556418--71556567	44	3.4	44	81	6	169	35	24	14	26	1.93
71560410--71560542	41	3.2	41	82	4	169	31	18	15	34	1.92
71561365--71561408	20	2.1	21	83	8	54	38	15	2	43	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71572802--71572867	34	1.9	34	87	9	98	1	45	0	53	1.09
71575346--71575534	40	4.7	40	93	0	306	31	20	26	21	1.98
71579414--71579529	50	2.4	47	84	5	144	27	22	14	35	1.93
71581820--71582196	38	9.8	38	88	2	490	22	22	24	30	1.99
71582304--71582348	19	2.3	20	92	7	83	24	13	28	33	1.93
71584122--71584270	44	3.4	45	80	7	153	34	22	14	29	1.93
71599458--71599607	44	3.4	44	81	6	169	35	24	14	26	1.93
71603450--71603582	41	3.2	41	82	4	169	31	18	15	34	1.92
71604405--71604448	20	2.1	21	83	8	54	38	15	2	43	1.60
71608902--71609004	50	2.1	50	96	0	188	43	13	6	35	1.71
71623330--71623395	34	1.9	34	87	9	98	1	45	0	53	1.09
71625869--71626937	40	26.7	40	98	0	2057	32	20	25	22	1.98
71628313--71628353	6	6.7	6	83	5	55	19	4	0	75	0.98
71633049--71633862	407	2.0	407	100	0	1628	36	18	15	29	1.92
71633904--71633928	13	1.9	13	100	0	50	40	28	8	24	1.83
71641044--71641123	23	3.5	23	78	10	83	37	18	22	21	1.94
71641044--71641159	23	4.9	24	72	8	69	34	18	21	25	1.96
71647728--71647788	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
71656216--71656250	14	2.5	14	95	0	61	40	14	11	34	1.82
71662886--71664296	560	2.5	560	80	9	1526	37	8	13	40	1.74
71666227--71666266	9	4.3	10	90	9	59	40	0	10	50	1.36
71666227--71666266	19	2.2	18	86	13	55	40	0	10	50	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71668851--71668920	18	3.7	18	74	12	61	65	1	22	10	1.30
71668850--71668920	20	3.7	19	75	10	65	66	1	22	9	1.29
71671338--71671424	44	2.0	44	84	4	113	36	13	25	24	1.92
71671426--71671605	47	3.8	47	72	7	141	34	18	22	23	1.96
71671569--71671762	54	3.7	53	77	7	196	35	16	24	23	1.95
71671572--71671762	52	3.6	52	76	7	179	35	16	24	23	1.95
71676675--71676746	31	2.4	31	81	9	87	26	25	18	30	1.98
71676965--71677047	25	3.4	24	85	8	87	24	21	22	31	1.98
71676981--71677047	25	2.7	25	92	0	107	22	22	26	28	1.99
71684746--71684828	30	2.7	31	88	3	125	24	26	18	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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