genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71685049--71685143	25	3.8	25	92	0	154	24	24	26	25	2.00
71689046--71689104	30	2.0	30	86	6	84	33	18	22	25	1.96
71689427--71689646	46	4.7	47	75	8	191	28	18	30	23	1.98
71689524--71689684	46	3.5	45	82	13	177	29	19	28	22	1.98
71692312--71692462	28	5.4	28	89	1	205	26	12	27	33	1.93
71700294--71700420	40	3.1	40	88	4	191	23	18	23	33	1.97
71700293--71700420	42	3.1	42	89	3	197	24	18	23	33	1.97
71702251--71702352	45	2.3	45	87	3	143	21	14	28	35	1.93
71703821--71703866	20	2.3	20	88	0	65	21	30	32	15	1.94
71705753--71705988	49	4.8	49	87	2	310	25	19	26	28	1.98
71705744--71705988	99	2.5	100	85	2	332	25	19	26	28	1.99
71711759--71711836	39	2.0	39	97	0	147	24	20	10	44	1.82
71719835--71719972	44	3.0	45	77	15	145	19	16	30	33	1.94
71719882--71719981	51	2.0	51	86	4	139	20	17	28	35	1.94
71723266--71723532	27	10.0	27	72	3	180	40	16	15	28	1.88
71723264--71723521	54	4.8	54	76	4	245	41	15	15	27	1.88
71724741--71724797	20	2.9	19	84	7	62	70	3	14	12	1.30
71724758--71724797	19	2.1	20	86	9	57	70	5	15	10	1.32
71731586--71731631	22	2.1	22	84	4	58	15	36	34	13	1.86
71737213--71737322	54	2.0	54	94	0	193	26	17	10	46	1.79
71753579--71753730	67	2.3	63	85	4	187	22	31	15	30	1.94
71757455--71757484	15	1.9	16	93	6	53	66	13	0	20	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71760433--71760473	21	1.9	22	85	5	57	34	2	24	39	1.69
71761046--71762086	48	21.9	48	92	3	1714	29	20	24	25	1.99
71767918--71768149	48	4.8	48	85	0	311	28	18	25	27	1.98
71776298--71776407	42	2.6	44	79	12	122	30	14	22	32	1.94
71785465--71785632	40	4.2	40	82	3	205	26	27	22	23	1.99
71785469--71785625	80	2.0	80	87	2	226	26	28	21	22	1.99
71786759--71787325	284	2.0	284	98	0	1107	25	22	13	38	1.91
71793719--71793935	40	5.4	40	86	3	296	25	28	23	22	1.99
71797291--71797467	40	4.4	40	79	4	180	27	26	21	24	1.99
71798347--71798502	78	2.0	78	97	0	294	33	25	15	25	1.95
71803933--71804030	27	3.5	28	86	5	119	32	27	13	26	1.93
71817549--71817712	27	6.1	27	83	3	170	24	22	18	34	1.96
71817549--71817712	54	3.1	53	84	2	202	24	22	18	34	1.96
71817559--71817711	81	1.9	80	84	1	207	23	20	19	36	1.95
71820405--71820488	42	2.0	42	85	2	114	23	16	25	34	1.95
71824890--71824957	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
71825064--71825131	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
71825238--71825305	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
71825412--71825479	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
71825586--71825653	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
71825755--71825833	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
71824605--71825802	174	6.9	174	99	0	2342	31	25	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71827845--71827932	6	14.3	6	73	17	74	47	15	19	17	1.82
71827845--71827932	19	4.8	18	74	18	74	47	15	19	17	1.82
71827854--71827932	31	2.5	31	91	0	122	48	15	20	16	1.82
71828035--71828188	67	2.3	67	94	0	263	30	20	30	18	1.96
71828414--71828741	27	12.3	26	85	4	327	24	18	18	38	1.93
71828426--71828734	54	5.7	54	84	2	379	24	19	18	38	1.93
71828426--71828735	81	3.8	81	90	0	415	24	19	18	38	1.93
71828737--71828863	27	4.7	27	88	0	164	37	10	22	29	1.87
71831121--71831179	25	2.4	25	94	0	100	28	25	20	25	1.99
71831121--71831213	25	3.7	25	78	4	89	30	22	22	24	1.99
71832073--71832110	20	1.9	20	94	0	67	23	7	0	68	1.16
71836212--71836389	27	6.6	27	83	3	178	30	28	14	26	1.95
71836233--71836388	82	1.9	81	86	3	224	30	28	14	26	1.95
71839970--71840047	31	2.4	33	81	8	90	30	12	12	43	1.81
71841698--71841733	17	2.1	17	94	0	63	50	5	19	25	1.69
71844265--71844317	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
71847671--71847794	62	2.0	62	98	0	239	31	5	19	43	1.74
71847922--71847988	27	2.6	27	77	13	77	44	4	0	50	1.22
71850189--71850358	47	3.7	45	78	8	146	31	25	21	22	1.98
71854951--71855061	42	2.6	42	85	4	134	24	18	32	25	1.97
71855087--71855172	22	3.9	22	70	8	68	15	25	22	37	1.93
71858273--71858313	21	2.0	21	85	0	55	26	2	9	60	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71872347--71872384	19	2.0	19	85	10	51	18	10	0	71	1.14
71874313--71874536	40	5.6	40	84	7	278	24	22	27	25	2.00
71874312--71874559	119	2.1	119	82	7	290	25	21	27	25	2.00
71887262--71887297	17	2.1	18	89	5	56	52	5	8	33	1.55
71897062--71897135	35	2.1	35	97	0	139	45	2	27	24	1.66
71898792--71898829	19	2.1	18	85	14	51	36	0	2	60	1.11
71900726--71900857	56	2.4	55	90	1	210	28	12	24	34	1.92
71903246--71903296	26	2.0	26	88	0	75	41	23	17	17	1.90
71914975--71915064	29	3.2	26	84	10	90	31	28	10	30	1.89
71914994--71915064	29	2.4	29	90	4	108	33	26	8	30	1.86
71918774--71918851	40	2.0	39	84	2	102	26	17	25	29	1.98
71918870--71918938	28	2.4	29	83	4	79	30	18	27	23	1.98
71940445--71940499	20	2.9	20	82	12	64	40	0	5	54	1.23
71941960--71941990	5	6.0	5	92	7	53	38	0	0	61	0.96
71942025--71942085	30	2.0	30	81	9	70	59	6	34	0	1.24
71962515--71962574	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
71962996--71963172	47	3.8	47	74	12	175	23	18	27	31	1.97
71963830--71963861	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
71963956--71964196	50	4.7	50	89	3	347	25	23	31	19	1.98
71963956--71964204	100	2.4	103	91	4	405	25	23	30	20	1.98
71974200--71974241	22	2.0	21	81	13	50	40	0	11	47	1.40
71976830--71976869	16	2.4	17	83	8	55	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71976842--71976889	21	2.3	21	92	0	78	54	0	2	43	1.12
71976842--71976912	11	6.8	10	69	15	54	47	0	1	50	1.09
71981919--71981962	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
71986234--71986831	88	6.8	90	74	4	448	27	16	26	29	1.97
71986235--71986786	265	2.1	264	90	0	879	28	16	26	29	1.97
71986234--71986801	132	4.3	132	91	0	866	27	16	26	30	1.97
71986752--71988037	136	9.6	134	96	1	2139	27	20	23	28	1.99
71987963--71988399	44	9.8	44	73	10	248	27	16	27	28	1.97
71988023--71988315	132	2.2	132	90	1	462	28	17	26	27	1.97
71988487--71988799	40	7.7	40	77	10	294	29	25	20	23	1.99
71988476--71988818	82	4.2	82	90	1	490	32	25	19	22	1.98
71992478--71992508	15	2.1	15	100	0	62	22	12	25	38	1.90
71995645--71995686	20	2.1	20	90	0	66	40	11	16	30	1.85
71995695--71995725	15	2.1	15	100	0	62	22	12	25	38	1.90
71999310--71999347	19	2.0	19	100	0	76	15	15	15	52	1.75
72010412--72010442	2	15.5	2	100	0	62	0	51	0	48	1.00
72017235--72017267	17	1.9	17	88	11	50	30	9	0	60	1.27
72018482--72018532	20	2.4	22	83	9	61	49	0	1	49	1.12
72018482--72018554	23	3.0	23	77	16	58	49	0	1	49	1.09
72018838--72018884	13	3.5	14	80	5	53	76	2	8	12	1.09
72020701--72020734	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
72023531--72023571	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72025477--72025510	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
72026104--72026210	45	2.4	45	90	3	162	22	17	18	41	1.91
72030063--72030154	36	2.6	36	80	14	118	31	6	19	42	1.77
72038354--72038412	31	1.9	30	83	16	77	42	1	3	52	1.28
72040242--72040279	17	2.2	17	90	0	58	13	0	7	78	0.94
72047298--72047360	30	2.1	30	90	0	99	55	14	4	25	1.58
72051462--72051524	27	2.3	27	81	7	74	33	1	4	60	1.27
72058919--72058960	21	2.0	21	100	0	84	38	4	23	33	1.76
72063453--72063490	6	6.3	6	85	11	51	81	2	2	13	0.90
72064008--72064051	22	2.0	22	81	0	52	25	0	9	65	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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