genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84415941--84416109	30	5.6	30	97	0	320	14	7	22	55	1.63
84418016--84418099	37	2.2	36	83	8	98	38	7	14	40	1.73
84419254--84419337	37	2.2	36	83	8	98	38	7	14	40	1.73
84423202--84423325	48	2.6	48	77	0	140	28	12	14	45	1.81
84431954--84432012	27	2.1	27	81	3	64	6	16	20	55	1.63
84432852--84433018	55	3.0	55	98	0	325	34	12	23	28	1.92
84433994--84434031	15	2.5	15	87	12	51	65	2	2	28	1.19
84437074--84437108	7	5.0	7	96	0	61	14	0	2	82	0.77
84444266--84444300	17	2.1	17	94	0	61	62	0	2	34	1.10
84445280--84445336	30	1.9	30	82	7	71	28	15	17	38	1.91
84447890--84448098	105	2.0	105	89	0	319	36	11	21	31	1.88
84448970--84449040	34	2.1	34	100	0	142	21	19	11	47	1.80
84450631--84450683	24	2.3	23	80	6	63	56	7	9	26	1.57
84454289--84454372	20	4.1	21	80	11	77	48	13	3	34	1.59
84454307--84454373	19	3.3	20	84	14	75	44	16	2	35	1.63
84468438--84468494	28	2.1	28	80	9	64	31	0	10	57	1.32
84469217--84469260	23	1.9	23	90	0	70	50	9	13	27	1.72
84469296--84469334	11	3.5	11	78	0	51	20	12	7	58	1.58
84478784--84478823	20	2.0	20	90	0	62	42	42	2	12	1.56
84485354--84485461	57	1.9	57	84	0	144	38	8	14	37	1.77
84488875--84488997	47	2.6	46	84	5	165	19	18	18	43	1.89
84502183--84502282	33	3.0	33	74	0	92	31	23	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84503689--84505183	333	4.5	336	81	5	1588	33	25	15	26	1.95
84503719--84505183	670	2.2	666	82	3	1757	33	24	15	26	1.95
84505924--84506484	186	3.0	186	92	0	915	26	15	13	44	1.83
84506944--84507035	9	9.7	9	67	19	53	32	4	1	61	1.22
84506934--84506996	21	3.0	21	77	11	67	26	7	1	63	1.31
84506998--84507031	17	2.0	17	88	0	50	41	0	0	58	0.98
84506944--84507034	19	4.7	19	71	12	60	32	4	1	61	1.23
84509893--84509947	23	2.3	24	81	9	60	40	1	5	52	1.35
84510242--84510355	35	3.1	36	77	13	106	35	1	14	48	1.55
84512420--84512479	30	2.0	30	96	0	111	28	26	15	30	1.96
84514443--84514472	15	2.0	15	93	0	51	20	20	16	43	1.88
84515471--84515499	15	1.9	15	100	0	58	82	3	6	6	0.93
84515941--84515967	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
84532265--84532369	38	2.7	38	86	1	129	52	9	12	25	1.69
84535411--84535471	31	2.0	31	86	0	86	55	6	1	36	1.36
84536938--84537056	32	3.9	31	67	5	80	23	21	10	44	1.83
84537485--84537620	58	2.3	60	83	2	168	46	13	15	25	1.82
84547235--84547302	21	3.5	21	71	19	65	51	2	0	45	1.16
84547246--84547300	18	2.9	19	78	5	67	50	3	0	45	1.19
84551665--84551705	21	1.9	22	90	5	66	53	0	2	43	1.13
84551665--84551706	10	4.1	10	77	17	50	52	0	2	45	1.13
84553870--84553910	3	14.3	3	80	10	50	39	2	0	58	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84553870--84553910	8	4.9	8	85	8	55	39	2	0	58	1.11
84564933--84564958	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
84573906--84573947	21	1.9	23	85	9	61	57	4	0	38	1.20
84581446--84581491	22	2.1	22	100	0	92	34	23	0	41	1.55
84584143--84584678	117	4.6	117	81	4	530	36	29	9	23	1.87
84584245--84584692	234	1.9	235	83	2	587	35	28	10	25	1.88
84587016--84587083	31	2.2	32	81	7	77	47	7	14	30	1.72
84589860--84589897	19	2.2	17	86	13	51	68	5	0	26	1.11
84591267--84591446	92	2.0	92	89	0	279	35	12	20	31	1.90
84595162--84595186	4	6.2	4	100	0	50	28	0	24	48	1.52
84601966--84601996	6	5.2	6	92	0	53	0	32	48	19	1.49
84613511--84613592	33	2.5	33	92	7	134	31	7	4	56	1.48
84615566--84615614	23	2.1	24	85	11	66	26	20	10	42	1.84
84618270--84618313	20	2.2	20	91	0	70	36	0	2	61	1.09
84624322--84624369	24	2.0	24	100	0	96	29	12	12	45	1.78
84633300--84633433	67	2.0	67	91	0	214	26	17	29	27	1.97
84642231--84642774	44	12.6	42	71	9	334	31	21	21	25	1.98
84642233--84642786	87	6.4	87	85	6	725	31	20	21	25	1.98
84645906--84646267	181	2.0	181	100	0	724	43	11	11	34	1.76
84652116--84652141	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
84655199--84655234	17	2.1	17	89	0	54	47	2	8	41	1.48
84655396--84655450	22	2.6	22	80	13	62	29	1	1	67	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84655991--84656126	60	2.2	61	87	5	186	31	17	11	39	1.85
84659856--84659929	37	1.9	39	86	8	107	28	1	0	70	0.96
84663643--84663742	50	2.0	50	98	0	191	44	9	18	29	1.80
84665172--84665227	25	2.3	25	84	3	69	19	1	8	69	1.24
84665528--84665562	12	2.8	12	95	4	61	77	2	5	14	1.07
84665529--84665572	12	3.6	12	85	11	54	75	4	6	13	1.17
84666531--84666556	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
84666700--84666733	18	1.9	17	94	5	59	61	5	0	32	1.20
84680044--84680094	22	2.3	21	80	6	57	23	0	49	27	1.51
84681000--84681049	15	3.0	17	77	14	59	46	6	0	48	1.27
84682646--84682707	30	2.1	29	85	8	81	48	1	8	41	1.42
84686090--84686119	11	2.6	12	94	5	53	30	0	0	70	0.88
84687310--84687343	14	2.5	14	95	4	61	44	5	0	50	1.26
84689488--84689520	1	33.0	1	100	0	66	100	0	0	0	0.00
84689922--84690405	264	1.8	262	84	6	665	19	8	19	52	1.71
84689922--84690423	134	3.8	131	81	10	570	19	8	18	53	1.70
84695938--84696022	40	2.2	40	91	2	145	34	14	10	41	1.80
84695952--84696015	20	3.2	20	64	24	53	37	10	10	40	1.76
84698454--84698488	12	2.9	12	95	0	61	37	20	8	34	1.83
84705510--84705607	28	3.5	28	85	0	133	30	13	26	29	1.94
84706415--84706656	23	10.4	22	68	13	119	25	12	19	42	1.86
84706379--84706758	46	8.0	46	74	9	271	27	12	17	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84706375--84706759	94	4.0	95	90	3	544	28	12	17	41	1.87
84709345--84709413	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
84709345--84709413	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
84709394--84709484	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
84709649--84709683	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
84709632--84710155	120	4.4	120	96	1	939	48	4	2	44	1.37
84709769--84709803	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
84709889--84709923	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
84710178--84710386	92	2.3	91	85	6	226	46	4	3	45	1.41
84711596--84711621	12	2.2	12	100	0	52	23	42	0	34	1.54
84718714--84718786	20	3.5	20	73	16	67	68	4	2	24	1.20
84726493--84726554	31	2.0	31	87	0	88	41	6	12	38	1.69
84731836--84731878	8	5.0	8	81	13	50	27	2	2	67	1.15
84735856--84735925	16	4.4	16	87	0	104	32	1	34	31	1.67
84735904--84736013	45	2.6	41	78	9	116	32	5	29	32	1.80
84736137--84736174	16	2.4	17	82	13	53	52	2	0	44	1.14
84736120--84736406	22	14.0	21	65	21	92	53	3	1	41	1.25
84736220--84736260	13	3.2	12	80	12	55	58	0	0	41	0.98
84736248--84736283	18	2.0	18	100	0	72	66	0	0	33	0.92
84736371--84736405	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
84736175--84736466	59	4.8	60	69	15	192	52	4	1	41	1.33
84736175--84736482	121	2.6	120	94	1	528	52	4	1	40	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84737967--84737996	13	2.3	13	94	0	51	30	13	6	50	1.67
84739812--84739917	29	3.6	29	71	10	74	42	2	15	39	1.61
84739800--84739919	28	4.2	27	71	14	80	41	3	15	39	1.64
84741290--84741354	26	2.6	25	76	11	69	69	3	0	27	1.03
84741300--84741351	17	3.2	16	81	13	61	71	3	0	25	1.03
84747302--84747359	30	1.9	30	89	0	89	31	12	10	46	1.74
84749518--84749583	31	2.1	31	83	10	82	40	15	4	39	1.67
84769147--84769203	29	2.0	28	80	12	64	24	7	17	50	1.70
84770962--84771005	22	2.0	22	86	0	61	45	11	2	40	1.53
84780530--84780576	19	2.5	20	75	10	53	53	0	0	46	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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