genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24465638--24465700	28	2.2	29	83	8	85	31	52	1	14	1.51
24465667--24465740	37	2.0	36	94	2	130	29	54	0	16	1.43
24466144--24466180	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
24466029--24466171	63	2.3	63	81	12	168	25	4	5	64	1.34
24466152--24466182	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
24472899--24473021	44	3.0	39	82	13	140	73	1	25	0	0.93
24472906--24472995	44	2.0	44	97	0	171	72	0	27	0	0.85
24472906--24473015	44	2.5	44	91	5	161	72	1	25	0	0.94
24474365--24475118	133	5.6	135	86	1	1027	29	20	22	27	1.98
24474460--24475092	90	7.1	90	66	16	289	30	19	22	27	1.98
24474862--24475069	89	2.3	88	75	14	194	29	21	23	25	1.99
24475130--24475520	87	4.5	86	83	4	398	32	23	22	21	1.98
24475180--24475322	43	3.3	43	67	16	123	34	21	20	23	1.97
24475746--24475809	29	2.2	29	86	5	94	31	51	1	15	1.53
24475775--24475846	37	1.9	37	100	0	144	29	52	0	18	1.45
24476152--24476281	64	2.0	64	82	11	160	29	4	5	60	1.39
24476254--24476290	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
24476262--24476292	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
24478168--24478238	36	2.0	36	94	0	124	35	18	19	26	1.95
24479000--24479103	27	3.9	26	83	7	129	36	18	18	26	1.94
24479097--24479427	27	12.3	27	77	4	197	39	21	9	29	1.86
24479108--24479400	108	2.7	108	85	2	374	39	20	9	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24479284--24479454	81	2.1	82	79	8	188	42	18	10	29	1.83
24479108--24479454	54	6.4	54	75	6	267	40	20	9	29	1.84
24479062--24479454	27	14.6	27	76	8	143	40	20	10	29	1.85
24479744--24479862	41	2.9	40	86	2	157	21	19	30	28	1.98
24480007--24480068	22	2.8	22	76	9	63	17	24	19	38	1.93
24480274--24480320	22	2.1	22	88	0	67	10	21	25	42	1.85
24480282--24480327	22	2.1	22	87	0	65	8	26	28	36	1.86
24480282--24480342	22	2.8	22	82	5	61	8	24	29	37	1.84
24482530--24482631	27	3.8	26	82	15	118	33	17	21	27	1.96
24482630--24483044	27	15.3	26	73	10	187	40	20	9	29	1.85
24482641--24483017	54	7.0	52	72	10	213	41	20	9	28	1.83
24482702--24482909	81	2.6	80	80	5	249	41	19	10	28	1.84
24482702--24483044	81	4.3	79	73	12	245	41	19	9	28	1.84
24483284--24483402	41	2.9	41	87	0	166	21	18	31	29	1.97
24483564--24483612	22	2.2	22	85	7	64	22	28	22	26	1.99
24483815--24483868	22	2.5	22	87	0	72	12	16	24	46	1.82
24483944--24484025	41	2.0	41	88	4	121	7	14	41	36	1.74
24483951--24484026	21	3.7	21	72	15	77	5	11	46	36	1.63
24485673--24485701	13	2.2	13	100	0	58	51	6	0	41	1.28
24489526--24489560	18	1.9	18	88	0	52	31	5	0	62	1.18
24494413--24494465	13	4.1	12	81	13	61	3	26	0	69	1.05
24494418--24494466	6	7.8	6	77	8	53	4	22	0	73	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24502500--24502549	23	2.2	23	96	0	91	28	22	32	18	1.97
24502521--24502586	32	2.1	32	88	0	96	21	18	37	22	1.94
24504246--24504461	117	1.9	116	93	1	371	31	26	17	24	1.97
24504873--24504931	29	2.0	30	83	3	75	32	23	6	37	1.81
24510344--24510528	40	4.7	40	80	6	207	25	27	22	24	2.00
24510346--24510528	79	2.3	80	82	7	212	25	27	22	24	2.00
24511656--24511775	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
24514967--24515866	46	19.5	46	94	2	1571	28	30	21	19	1.98
24516298--24516357	30	2.0	30	86	0	84	31	25	6	36	1.82
24526740--24526852	43	2.7	43	78	12	133	30	23	18	26	1.98
24539512--24539556	23	2.0	23	95	0	81	17	26	31	24	1.97
24543901--24543932	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
24544178--24544242	28	2.3	28	91	0	103	35	27	7	29	1.85
24544348--24544437	28	3.2	27	84	7	110	20	23	24	32	1.98
24545534--24545567	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
24550925--24551531	304	2.0	304	98	0	1169	29	18	22	30	1.97
24553789--24553964	28	6.3	28	100	0	352	39	24	7	28	1.82
24554086--24554175	28	3.2	27	79	7	101	21	25	22	31	1.98
24554096--24554186	27	3.2	28	79	4	76	23	27	18	30	1.98
24555313--24555346	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
24569636--24570139	252	2.0	252	99	0	999	32	14	22	30	1.93
24572713--24572777	28	2.3	28	86	0	85	36	29	7	26	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24572883--24572972	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
24572883--24572997	55	2.1	56	83	8	146	19	25	21	33	1.97
24575451--24575501	22	2.3	21	83	6	57	35	31	3	29	1.76
24575456--24575518	21	3.0	21	85	2	72	33	28	4	33	1.78
24575833--24575866	12	2.8	12	86	0	50	76	0	2	20	0.92
24575833--24575866	13	2.8	12	91	8	52	76	0	2	20	0.92
24578082--24578124	19	2.3	19	87	0	59	81	2	9	6	0.95
24582375--24582436	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
24582375--24582437	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
24582960--24582994	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
24589668--24589713	13	3.5	13	93	0	83	78	6	2	13	1.04
24589668--24589724	26	2.2	26	83	0	69	78	7	3	10	1.05
24589755--24589792	20	1.9	19	89	5	58	63	5	7	23	1.42
24592518--24592580	21	3.0	21	88	2	81	33	31	4	30	1.78
24592952--24592977	11	2.4	11	100	0	52	19	11	7	61	1.53
24594420--24594458	20	2.0	20	89	0	60	17	23	2	56	1.53
24606230--24607247	47	21.7	47	98	0	1943	31	8	27	31	1.87
24607365--24607443	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
24607809--24607966	79	2.0	79	97	0	298	20	20	20	39	1.93
24620961--24621032	33	2.1	35	85	10	105	40	8	12	38	1.73
24626401--24626500	49	2.0	49	98	0	191	40	16	17	27	1.90
24627975--24628036	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24627975--24628037	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
24629981--24630268	39	7.3	39	94	3	474	24	27	22	25	2.00
24629981--24630320	117	2.9	118	87	9	464	24	27	22	25	2.00
24638024--24638207	40	4.7	40	82	11	195	25	27	21	25	2.00
24638024--24638207	79	2.3	81	81	11	204	25	27	21	25	2.00
24648504--24648567	27	2.4	28	78	7	78	37	25	18	18	1.94
24648547--24648653	27	4.0	27	83	0	124	26	20	19	33	1.97
24648546--24648664	54	2.2	53	86	4	166	26	19	18	36	1.94
24648618--24648824	81	2.6	81	79	7	199	30	9	19	40	1.83
24648618--24648892	54	5.1	54	77	4	207	32	8	21	37	1.83
24648646--24648892	27	9.2	27	78	4	178	31	7	21	38	1.81
24648707--24649035	81	4.2	81	78	8	248	36	7	22	33	1.83
24648817--24648902	27	3.2	27	88	0	136	37	5	25	31	1.80
24648817--24649044	54	4.4	54	85	10	296	39	7	23	29	1.83
24648817--24649000	98	1.9	98	91	0	305	39	7	23	29	1.81
24648906--24649069	81	2.0	81	90	0	256	37	8	23	30	1.84
24648906--24649044	27	5.1	27	94	0	242	39	8	23	28	1.84
24658955--24659084	44	2.9	45	90	2	199	37	26	11	24	1.89
24658956--24659117	46	3.7	43	81	8	166	35	25	12	26	1.92
24661137--24661174	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
24662940--24662979	13	3.1	13	96	0	71	17	32	35	15	1.91
24677404--24677451	24	2.0	24	95	0	87	37	8	14	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24682116--24682159	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
24684321--24684370	25	2.0	25	92	0	82	36	24	14	26	1.93
24684417--24684473	11	5.5	11	72	16	59	35	10	19	35	1.86
24684407--24684473	20	3.3	20	91	0	107	34	10	20	34	1.87
24684522--24684670	24	6.2	24	86	4	221	30	22	20	26	1.98
24684524--24684668	23	6.1	23	86	4	200	29	23	20	26	1.98
24684523--24684670	47	3.1	47	93	1	233	30	22	20	26	1.98
24690366--24690418	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
24692240--24693135	46	19.5	46	98	0	1701	20	19	32	27	1.97
24703425--24703455	10	3.1	10	100	0	62	32	9	0	58	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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