Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  180  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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Period
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Number
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Score
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Period
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Score
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Indices
Period
Size
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Number
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Matches
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Indels
Score
A
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1
5
54
1.33
59256100--59256159
27
2.1
29
84
9
79
36
6
5
51
1.50
59258447--59258541
50
1.9
50
95
0
172
27
18
21
32
1.97
59259137--59259176
19
2.0
21
85
9
57
52
12
0
35
1.39
59259137--59259197
19
3.2
19
73
19
54
57
8
0
34
1.29
59259441--59259474
16
2.1
16
100
0
68
26
23
0
50
1.50
59260655--59260696
6
6.7
6
86
8
57
52
0
2
45
1.13
59263511--59263550
19
2.0
21
85
9
57
37
0
10
52
1.35
59265348--59265377
14
2.1
14
93
0
51
73
13
13
0
1.10
59268852--59268880
12
2.5
12
94
5
51
68
0
0
31
0.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59268855--59268895
18
2.2
19
87
12
59
68
0
0
31
0.90
59273138--59273172
9
3.8
9
85
7
52
40
11
2
45
1.55
59273191--59273230
21
1.9
21
100
0
80
32
15
0
52
1.43
59276735--59276840
34
3.1
34
86
1
149
24
24
17
33
1.97
59279813--59279931
63
1.9
63
91
0
193
23
27
22
26
2.00
59281466--59281506
16
2.5
17
76
11
50
46
2
2
48
1.28
59288990--59289207
79
2.8
78
86
2
321
32
19
14
33
1.92
59289185--59289322
40
3.5
40
78
2
143
36
20
11
31
1.88
59292486--59292562
3
26.0
3
70
17
54
63
2
2
31
1.21
59292486--59292554
20
3.5
19
76
9
68
63
2
2
30
1.23
59292724--59292902
3
58.3
3
68
16
82
58
2
6
32
1.36
59292795--59292906
26
4.6
25
76
17
85
58
0
8
32
1.33
59293539--59293626
45
2.0
45
100
0
176
57
2
18
21
1.50
59300559--59300598
14
2.5
17
80
19
50
40
0
0
60
0.97
59300562--59300614
24
2.2
24
83
6
63
33
0
1
64
1.05
59306969--59307131
27
6.0
27
82
2
200
36
21
9
33
1.85
59306980--59307131
54
2.8
54
90
2
232
36
20
9
34
1.84
59306969--59307131
81
2.0
82
86
2
229
36
21
9
33
1.85
59307334--59307417
36
2.3
36
77
4
89
33
1
1
64
1.09
59307361--59307408
18
2.7
17
75
9
51
33
0
0
66
0.92
59307779--59307938
59
2.7
60
92
1
261
23
13
19
43
1.86
59308339--59308387
25
2.0
25
88
8
73
40
0
0
59
0.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59308342--59308388
15
3.1
15
82
8
60
40
0
0
59
0.97
59308349--59308412
30
2.1
30
82
0
74
40
1
4
53
1.31
59310465--59310641
50
3.5
50
89
3
275
36
15
21
25
1.93
59310617--59310765
31
4.8
31
94
0
244
26
20
27
25
1.99
59310783--59310947
47
3.7
46
84
6
169
28
15
26
29
1.96
59310877--59310991
42
2.7
43
89
4
171
30
14
26
27
1.95
59311950--59311988
19
2.1
19
85
9
53
38
2
2
56
1.27
59312675--59312737
30
2.1
30
85
11
85
47
6
3
42
1.44
59315458--59315503
23
2.0
23
84
12
60
45
10
6
36
1.65
59315465--59315509
23
2.0
23
82
8
56
40
13
8
37
1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279