genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  196  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64324996--64325039	23	1.9	23	86	9	63	70	2	4	22	1.17
64325002--64325059	29	2.0	29	87	12	84	65	0	6	27	1.18
64325118--64325150	3	11.0	3	87	12	50	66	0	3	30	1.06
64326955--64327016	13	4.8	13	80	5	72	30	4	25	38	1.77
64328222--64328277	28	2.0	28	100	0	112	28	7	28	35	1.84
64328659--64328714	28	2.0	28	96	0	103	21	12	17	48	1.80
64328660--64328725	28	2.4	28	89	5	98	19	13	18	48	1.81
64332444--64332675	126	1.8	126	84	3	315	36	15	15	32	1.89
64333145--64333190	17	2.7	18	83	10	60	76	2	0	21	0.90
64333145--64333186	12	3.7	11	81	15	50	76	2	0	21	0.90
64333147--64333177	6	5.0	6	96	4	53	80	0	0	19	0.71
64336356--64336427	35	2.1	35	97	0	135	40	8	13	37	1.75
64336502--64336845	129	2.7	127	90	3	512	30	8	15	45	1.77
64337274--64337309	18	2.0	18	88	0	54	69	8	0	22	1.15
64337392--64337454	30	2.1	30	93	0	108	58	12	4	23	1.53
64346694--64347839	419	2.7	416	79	7	1198	41	12	19	26	1.86
64354073--64354115	22	1.9	23	85	4	61	37	0	4	58	1.19
64357992--64358036	14	3.2	14	74	0	54	46	33	0	20	1.51
64358022--64358065	23	1.9	23	90	0	70	38	43	0	18	1.50
64358055--64358104	22	2.4	21	86	6	66	40	40	0	20	1.52
64358546--64358734	41	4.7	40	85	2	243	30	22	22	24	1.99
64358546--64358734	81	2.3	82	86	2	256	30	22	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64358707--64358829	41	3.0	42	83	8	148	21	20	21	37	1.95
64359029--64359091	31	2.1	29	82	11	74	34	1	0	63	1.04
64360049--64360105	16	3.6	15	76	19	62	38	21	5	35	1.76
64363189--64363285	22	4.4	22	73	20	62	35	17	16	30	1.92
64363513--64363575	18	3.6	18	80	4	56	30	23	25	20	1.99
64366476--64366526	18	2.9	18	94	2	86	49	37	0	13	1.43
64366614--64366698	21	4.0	21	70	22	61	67	25	3	3	1.23
64366637--64366707	25	3.1	25	67	26	75	61	26	5	5	1.40
64366619--64366707	43	2.1	43	93	0	151	64	25	4	5	1.35
64366916--64366954	17	2.3	18	86	8	55	17	10	0	71	1.12
64367029--64367066	18	2.1	18	90	0	58	0	50	0	50	1.00
64367033--64367065	11	2.9	12	91	8	52	0	51	0	48	1.00
64367518--64367553	3	12.3	3	88	5	56	33	0	2	63	1.08
64379320--64380298	74	12.7	73	75	12	717	32	16	19	32	1.94
64379631--64379863	85	2.7	85	84	4	310	30	15	20	33	1.94
64379942--64380303	76	4.8	74	85	5	449	32	17	19	30	1.94
64379942--64380298	150	2.4	149	85	4	475	33	17	19	30	1.94
64381469--64381503	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
64381989--64382029	11	3.9	11	84	6	50	39	0	4	56	1.21
64387303--64387476	75	2.3	75	84	5	226	24	20	18	36	1.95
64387350--64387476	40	3.3	40	69	12	104	25	19	18	36	1.94
64387342--64387538	75	2.6	75	84	4	238	24	17	19	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64388561--64388613	24	2.2	24	89	0	79	52	32	13	1	1.51
64392477--64392644	61	2.7	61	74	6	169	39	3	2	54	1.33
64394469--64394499	16	1.9	16	93	0	53	51	6	16	25	1.68
64400476--64400549	24	3.0	25	78	5	71	37	13	22	25	1.91
64406873--64406903	15	2.1	15	100	0	62	25	12	19	41	1.87
64418282--64418330	20	2.5	20	89	0	71	34	0	6	59	1.22
64425657--64425702	11	4.3	11	76	13	51	82	4	6	6	0.94
64425657--64425702	22	2.1	21	84	11	58	82	4	6	6	0.94
64427047--64427133	18	4.9	17	70	16	61	29	1	4	64	1.21
64427047--64427161	54	2.2	54	90	3	180	29	1	4	64	1.23
64428480--64428545	31	2.1	31	91	0	105	22	25	22	28	1.99
64428744--64428780	18	2.1	18	94	0	65	24	27	8	40	1.83
64437907--64438031	53	2.4	53	100	0	250	56	20	0	23	1.42
64438255--64438328	27	2.7	27	93	0	121	21	27	29	21	1.99
64442081--64442132	26	2.0	25	85	3	68	44	0	3	51	1.19
64443957--64444139	91	2.0	91	96	0	339	32	24	12	31	1.92
64446658--64446694	18	2.1	18	94	0	65	29	40	0	29	1.57
64448169--64448209	21	2.0	21	100	0	82	19	14	14	51	1.77
64469494--64469558	34	1.9	34	93	0	112	33	20	16	29	1.95
64472397--64472454	30	1.9	30	86	6	82	17	31	31	20	1.96
64486126--64486609	205	2.4	205	88	1	711	28	21	19	30	1.97
64486727--64486969	88	2.8	86	83	3	297	20	21	22	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64486678--64486965	44	6.6	43	71	5	177	19	21	21	36	1.95
64498738--64498780	22	2.0	20	82	8	50	60	0	6	32	1.23
64512738--64512899	45	3.7	45	78	6	197	32	26	16	24	1.96
64512678--64512883	86	2.4	86	90	3	308	29	25	18	26	1.98
64512691--64512883	45	4.5	41	75	7	152	29	25	19	25	1.98
64513996--64514024	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
64514827--64514863	15	2.4	16	90	4	58	54	32	0	13	1.40
64515213--64515291	36	2.2	36	86	0	104	22	30	22	24	1.99
64517461--64517510	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
64519510--64519553	13	3.3	13	84	6	61	36	2	0	61	1.09
64519598--64519636	20	1.9	21	89	5	62	48	0	0	51	1.00
64519598--64519642	20	2.2	20	84	7	56	46	0	2	51	1.13
64520103--64520128	10	2.6	10	100	0	52	26	0	0	73	0.84
64534337--64534379	18	2.4	18	84	7	52	6	11	2	79	1.02
64550983--64551017	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
64550914--64551073	88	1.8	87	80	5	189	36	18	17	27	1.94
64550996--64551252	79	3.3	77	81	6	266	34	16	18	30	1.93
64551153--64551324	93	1.8	93	82	4	222	31	18	21	28	1.97
64550875--64551494	244	2.6	243	83	5	713	34	18	17	29	1.94
64551246--64551598	77	4.7	75	86	3	435	32	19	17	30	1.95
64551246--64551598	149	2.4	148	85	3	449	32	19	17	30	1.95
64551552--64551647	49	2.0	49	93	0	165	34	20	14	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64551480--64551719	121	2.0	121	91	1	392	34	18	15	31	1.92
64551601--64551885	72	4.0	72	98	0	552	33	18	15	32	1.92
64551403--64551791	193	2.0	195	89	3	604	34	18	15	32	1.92
64551328--64551863	265	2.0	269	89	3	830	33	18	15	31	1.93
64553227--64553261	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
64563718--64563769	24	2.2	23	90	6	86	3	1	21	73	1.10
64564068--64564108	21	2.0	21	85	9	57	36	2	12	48	1.54
64565896--64565921	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
64574377--64574411	18	1.9	18	88	0	52	51	5	2	40	1.40
64575862--64575892	16	1.9	16	100	0	62	38	3	0	58	1.15
64576367--64576417	26	2.0	26	96	0	93	41	11	7	39	1.71
64576404--64576434	16	1.9	16	100	0	62	45	9	19	25	1.81
64576526--64576584	20	3.0	20	78	7	59	62	0	1	35	1.05
64576575--64576642	28	2.4	29	73	9	70	60	4	4	30	1.36
64576930--64577004	30	2.6	30	75	12	75	33	2	0	64	1.08
64577292--64577343	16	3.1	16	74	15	52	59	5	0	34	1.21
64577500--64577560	25	2.5	24	82	15	63	57	6	4	31	1.46
64586399--64586447	25	1.9	25	83	4	62	63	10	2	24	1.37
64587134--64587290	58	2.7	58	82	3	201	30	9	17	42	1.81
64589696--64589994	149	2.0	149	95	0	535	34	13	12	39	1.83
64590253--64590313	17	3.4	17	65	12	50	32	3	13	50	1.57
64590248--64590322	37	2.0	37	97	0	141	34	5	14	45	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64590321--64590360	9	4.4	9	87	0	53	27	7	20	45	1.78
64590316--64590360	18	2.4	18	77	3	54	26	8	20	44	1.80
64590659--64590692	4	8.5	4	93	0	59	23	2	0	73	0.97
64597661--64597915	138	1.8	138	80	5	300	30	18	20	29	1.96
64597941--64598050	44	2.5	44	80	1	130	33	19	17	30	1.94
64599574--64599616	20	2.2	19	88	12	61	23	9	0	67	1.19
64599798--64599847	25	2.0	24	88	3	73	36	4	2	58	1.29
64603578--64603641	29	2.2	29	88	5	94	42	3	23	31	1.70
64605487--64605611	6	20.3	6	69	16	78	48	14	19	18	1.82
64605513--64605576	19	3.4	19	77	12	78	45	14	21	18	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279