Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  256  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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T
Entropy
(0-2)
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Indices
Period
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Copy
Number
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Matches
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Score
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Period
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Consensus
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Score
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2.1
19
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1.58
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
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Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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(0-2)
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17
90
5
56
55
2
2
38
1.29
83473374--83473490
61
1.9
60
86
5
164
53
4
5
36
1.43
83486523--83486595
18
3.9
19
80
5
87
47
15
6
30
1.71
83486812--83486836
12
2.1
12
100
0
50
40
20
24
16
1.91
83487608--83487648
17
2.4
17
91
0
64
0
29
0
70
0.87
83490088--83490112
13
1.9
13
100
0
50
80
0
16
4
0.87
83490166--83490209
20
2.1
21
91
4
72
77
0
22
0
0.77
83492139--83492272
46
2.9
46
98
0
259
35
14
25
24
1.93
83492250--83492288
16
2.4
16
100
0
78
35
15
25
23
1.94
83497320--83497960
341
1.9
341
84
2
867
34
17
21
26
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
83500212--83500274
30
2.1
30
90
0
99
22
3
14
60
1.48
83500357--83500396
18
2.2
18
86
8
55
20
2
12
65
1.38
83506699--83506739
21
2.0
21
100
0
82
39
9
4
46
1.58
83507800--83507862
30
2.1
30
93
0
108
25
3
15
55
1.55
83508455--83508498
9
4.9
9
84
13
56
31
0
2
65
1.05
83518329--83518378
24
2.1
24
96
0
91
48
0
12
40
1.40
83518827--83518885
21
2.8
21
75
12
50
22
0
8
69
1.15
83518841--83518916
22
3.4
21
72
20
66
25
0
3
71
1.03
83518856--83518905
26
2.0
26
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7
86
32
0
4
64
1.12
83533927--83533985
20
3.0
20
71
11
59
44
6
3
45
1.47
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17
2.1
17
88
0
52
42
8
14
34
1.76
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18
3.2
18
71
11
55
67
3
0
29
1.07
83540201--83540423
79
2.8
78
83
7
272
24
27
22
25
2.00
83540201--83540423
39
5.7
40
87
6
280
24
27
22
25
2.00
83542075--83542104
14
2.1
14
93
0
51
53
0
3
43
1.17
83543235--83543276
15
2.9
14
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10
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35
0
11
52
1.38
83543676--83543735
21
2.9
21
84
0
75
13
23
26
36
1.92
83547043--83547090
24
2.0
24
100
0
96
50
8
4
37
1.52
83547263--83547302
21
1.9
21
85
10
55
32
17
20
30
1.95
83548694--83548756
30
2.1
30
93
0
108
28
4
9
57
1.51
83548875--83548907
11
2.9
12
86
13
52
66
0
0
33
0.92
83550509--83550539
3
10.3
3
100
0
62
0
0
67
32
0.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
83552747--83552792
23
2.0
23
83
8
58
39
0
6
54
1.26
83553411--83553447
18
2.1
18
100
0
74
27
21
10
40
1.86
83553527--83553590
32
2.0
32
100
0
128
31
12
21
34
1.91
83554372--83554418
12
3.8
12
81
10
58
38
4
17
40
1.69
83554390--83554416
14
1.9
14
100
0
54
48
0
14
37
1.45
83560378--83560421
17
2.6
17
78
10
54
40
27
29
2
1.68
83566951--83567021
35
2.0
35
100
0
142
25
16
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43
1.86
83570410--83570580
70
2.5
70
83
4
204
44
12
7
35
1.70
83576579--83576645
14
4.7
14
83
3
64
38
8
14
37
1.78
83576592--83576645
14
3.8
14
85
4
72
40
7
14
37
1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
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          273   274   275   276   277   278   279