genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1994403--1994465	28	2.2	28	80	0	72	28	28	9	33	1.88
1995412--1995508	46	2.1	46	80	3	106	40	18	9	31	1.82
2011500--2011539	20	2.0	20	100	0	80	20	15	10	55	1.68
2020168--2020192	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2021317--2021362	23	2.0	22	91	4	74	50	0	2	47	1.13
2024149--2024262	44	2.6	44	95	0	210	19	15	30	34	1.93
2024182--2024252	22	3.2	22	64	15	56	18	14	26	40	1.88
2027676--2027743	30	2.3	30	84	0	91	26	30	22	20	1.98
2028769--2028881	43	2.6	43	94	0	199	36	22	13	28	1.91
2033158--2033320	42	3.9	42	78	4	184	31	15	23	29	1.95
2036092--2036296	74	2.8	74	82	4	243	34	20	23	20	1.96
2036405--2036473	25	2.8	24	85	8	86	37	20	27	14	1.91
2039291--2039386	40	2.5	38	73	9	95	17	10	36	35	1.84
2056700--2056733	17	2.0	17	94	0	59	5	20	47	26	1.73
2056705--2056739	17	2.1	17	88	0	52	8	17	42	31	1.79
2059352--2059400	23	2.1	23	92	0	80	42	6	24	26	1.78
2061259--2061327	35	2.0	34	85	2	93	30	8	26	34	1.86
2070157--2070230	20	3.7	20	96	0	130	13	27	36	22	1.92
2074610--2074654	18	2.5	18	88	0	63	26	4	51	17	1.65
2075299--2075329	15	2.1	15	100	0	62	19	41	12	25	1.87
2076685--2076728	19	2.3	19	92	0	70	11	11	52	25	1.70
2087760--2087787	12	2.3	12	100	0	56	25	10	14	50	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2099351--2099389	21	1.9	20	89	5	60	12	12	41	33	1.82
2100985--2101154	31	5.5	31	71	10	105	44	18	10	27	1.81
2100985--2101154	93	1.8	93	87	2	252	44	18	10	27	1.81
2100961--2101098	62	2.2	62	80	3	161	45	16	11	26	1.81
2105692--2105734	20	2.2	20	100	0	86	34	16	11	37	1.85
2111989--2112095	28	4.0	28	82	9	134	18	2	31	46	1.64
2112047--2112107	23	2.7	23	100	0	122	16	4	32	45	1.68
2121664--2121752	44	2.0	44	100	0	178	33	37	6	22	1.81
2129178--2129282	35	3.0	35	85	0	156	38	11	20	29	1.88
2129129--2129282	70	2.2	70	86	0	209	36	10	20	32	1.87
2130247--2130280	13	2.7	12	90	9	50	2	14	0	82	0.79
2130265--2130315	23	2.2	24	82	3	59	17	9	7	64	1.46
2132572--2132759	40	4.7	40	79	7	177	16	21	27	34	1.95
2132571--2132739	80	2.1	81	84	6	227	16	22	26	34	1.95
2133591--2133630	21	1.9	21	94	0	71	27	17	37	17	1.92
2140390--2140692	151	2.0	151	96	1	554	31	25	14	28	1.94
2144521--2144611	40	2.3	40	98	0	173	50	0	17	31	1.46
2146745--2146853	53	2.1	53	91	0	173	38	15	26	19	1.91
2148066--2148204	40	3.5	39	80	3	143	17	18	28	35	1.94
2148050--2148212	80	2.1	79	88	1	236	17	17	29	36	1.92
2159229--2159495	70	3.8	69	80	3	250	32	20	19	26	1.97
2159229--2159488	140	1.9	140	83	1	342	31	21	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2160636--2160733	19	5.2	19	87	7	146	38	10	16	34	1.82
2160636--2160733	36	2.6	37	87	9	135	38	10	16	34	1.82
2168414--2168650	120	2.0	120	96	1	440	25	17	23	33	1.96
2172543--2172804	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
2178438--2178498	9	6.9	8	75	18	50	83	1	11	3	0.83
2178436--2178499	19	3.4	18	81	8	76	84	1	10	3	0.81
2179448--2180401	84	11.4	84	94	3	1577	31	21	22	24	1.98
2180526--2180707	87	2.1	88	81	9	212	32	18	20	28	1.96
2181084--2181126	19	2.2	20	91	8	70	39	9	16	34	1.80
2198433--2198462	14	2.1	14	93	0	51	46	20	0	33	1.51
2198581--2198619	19	2.0	20	90	5	62	33	15	0	51	1.44
2199327--2199425	33	3.2	33	77	14	109	25	26	24	24	2.00
2199299--2199425	61	2.1	61	86	2	175	25	26	25	22	2.00
2199299--2199425	28	4.2	31	75	19	108	25	26	25	22	2.00
2199771--2199963	27	7.1	27	91	0	278	25	21	18	34	1.96
2201985--2202122	41	3.2	43	77	10	113	30	26	16	26	1.97
2202003--2202135	45	3.0	43	76	9	128	33	26	16	24	1.96
2212932--2212961	13	2.2	14	94	5	53	43	0	13	43	1.43
2215720--2215759	19	2.2	18	90	4	62	45	10	5	40	1.60
2217000--2217038	12	3.2	12	82	13	53	71	5	5	17	1.23
2217009--2217054	20	2.4	18	82	7	56	73	2	4	19	1.10
2217005--2217144	12	11.2	12	73	18	60	67	3	4	24	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2217075--2217226	3	50.3	3	75	6	137	62	2	5	28	1.32
2217339--2217420	41	2.0	41	100	0	164	48	12	21	17	1.79
2218715--2218849	44	3.0	44	76	8	139	24	23	23	28	2.00
2219093--2219215	45	2.7	45	91	0	183	26	23	19	30	1.98
2219750--2219774	12	2.1	12	100	0	50	24	16	28	32	1.96
2219970--2220009	3	13.7	3	84	5	55	5	25	0	70	1.08
2232414--2232675	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
2238008--2238069	17	3.6	17	72	8	54	67	6	3	22	1.28
2238058--2238112	4	14.0	4	74	11	51	72	3	5	18	1.18
2238132--2238263	3	43.0	3	75	4	102	64	3	5	26	1.32
2244449--2244493	15	2.9	15	83	6	63	48	8	0	42	1.34
2250337--2250623	50	6.1	46	77	12	244	28	17	29	24	1.97
2250346--2250561	46	4.7	44	77	12	202	28	17	29	24	1.97
2250337--2250623	140	2.0	141	83	6	357	28	17	29	24	1.97
2261702--2261739	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
2263797--2263887	44	2.1	44	97	0	173	26	16	18	38	1.92
2264748--2264860	27	4.2	27	80	2	120	23	24	14	37	1.92
2265405--2265465	22	2.9	20	70	15	52	57	3	0	39	1.15
2273357--2273382	13	2.0	13	100	0	52	30	0	23	46	1.53
2280309--2280382	29	2.6	29	82	0	94	31	31	12	25	1.92
2284465--2284538	29	2.6	29	89	4	105	27	31	14	27	1.95
2297319--2297354	11	3.2	11	88	7	54	38	8	16	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2304831--2305470	70	9.1	70	84	0	643	32	24	18	25	1.97
2304831--2305470	210	3.0	210	84	1	773	32	24	18	25	1.97
2305544--2305593	25	2.0	25	100	0	100	28	16	20	36	1.93
2308613--2308662	20	2.5	20	83	6	57	34	8	32	26	1.85
2311756--2311897	69	2.1	69	97	0	266	33	21	20	23	1.97
2311869--2311931	27	2.3	27	83	0	72	20	23	26	28	1.99
2315571--2315648	33	2.4	34	85	8	99	24	12	43	19	1.86
2315819--2315853	12	2.9	12	86	0	52	0	37	31	31	1.58
2317806--2318253	115	3.9	116	92	2	728	51	16	0	31	1.49
2318522--2318598	3	25.3	3	84	7	102	0	32	0	67	0.91
2318522--2318604	32	2.6	33	84	5	107	0	33	0	66	0.92
2318783--2318834	27	1.9	27	92	0	86	17	34	26	21	1.95
2319613--2319662	24	2.2	22	89	7	73	52	8	0	40	1.31
2319592--2319728	36	3.8	37	70	18	99	51	7	1	40	1.39
2319590--2319740	72	2.1	73	93	1	268	49	10	1	38	1.46
2319941--2320008	34	2.0	34	94	0	118	38	14	8	38	1.78
2331849--2331913	31	2.1	31	85	5	87	44	15	15	24	1.85
2332042--2332097	22	2.5	22	91	0	85	46	8	3	41	1.52
2336814--2336850	5	7.2	5	90	3	56	81	2	0	16	0.81
2340471--2340495	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2341849--2341881	13	2.5	14	85	14	52	48	6	6	39	1.53
2341872--2341936	28	2.3	28	86	2	85	47	15	1	35	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2352484--2352530	16	2.7	17	80	9	51	63	4	0	31	1.13
2352487--2352535	17	2.7	19	78	15	59	61	8	0	30	1.25
2352749--2352834	3	29.3	3	73	19	60	66	1	3	29	1.16
2352754--2352834	18	4.4	18	77	13	76	66	1	3	28	1.16
2353665--2353729	21	3.1	21	62	4	51	24	21	23	30	1.99
2353777--2354120	44	7.9	43	71	12	204	20	21	21	37	1.94
2353776--2354120	87	4.0	87	87	2	451	20	21	21	37	1.95
2354259--2354432	88	2.0	86	85	4	233	21	21	20	35	1.96
2362470--2362516	19	2.5	20	89	6	71	42	8	21	27	1.81
2364951--2364980	12	2.5	12	94	0	51	46	0	6	46	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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