genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88145720--88145884	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
88153583--88153805	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
88153583--88153805	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
88153583--88153838	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
88162684--88162767	43	2.0	43	90	0	132	53	4	20	21	1.63
88171278--88171451	40	4.3	40	92	0	285	25	21	27	25	2.00
88173485--88173510	13	2.0	13	100	0	52	38	7	30	23	1.83
88176867--88176980	40	2.9	40	88	1	176	26	21	28	23	1.99
88183538--88183693	42	3.7	42	78	7	156	25	18	25	30	1.98
88183522--88183674	42	3.6	40	75	14	121	24	18	24	32	1.98
88184892--88184980	27	3.3	27	73	6	90	28	11	17	42	1.84
88193558--88193625	18	3.6	18	72	18	66	29	19	14	36	1.91
88204026--88204072	17	2.6	19	83	12	64	17	6	0	76	0.98
88210367--88210473	37	2.9	37	95	0	187	26	31	18	23	1.97
88210621--88210806	50	3.8	49	88	4	243	31	25	5	37	1.80
88210621--88210906	50	5.9	49	82	10	222	29	26	8	35	1.86
88210777--88210970	47	4.1	47	90	0	289	26	29	10	32	1.90
88210870--88210941	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
88214181--88215227	40	26.2	40	98	0	1959	26	27	20	25	1.99
88216491--88217269	37	21.1	37	99	0	1513	24	32	18	24	1.98
88217410--88217616	48	4.3	48	93	0	333	28	27	6	37	1.82
88218979--88219057	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88219175--88219381	47	4.4	47	89	0	297	27	29	9	33	1.89
88221909--88222147	50	4.8	50	82	2	259	22	28	21	27	1.99
88229011--88229352	171	2.0	171	97	0	648	33	20	16	30	1.94
88237632--88238577	40	23.6	40	97	0	1711	27	27	20	25	1.99
88242020--88242161	75	1.9	75	91	2	232	45	9	14	30	1.77
88242143--88242691	138	4.0	136	90	3	831	41	8	5	44	1.57
88248575--88248628	25	2.2	25	83	6	65	57	1	3	37	1.27
88249303--88249360	29	2.0	29	83	6	73	46	12	8	32	1.71
88257167--88257209	12	3.5	12	78	6	50	27	2	18	51	1.59
88257167--88257217	25	2.0	25	84	0	66	25	1	19	52	1.56
88258673--88258812	39	3.6	39	90	2	212	44	20	4	31	1.70
88258695--88258767	22	3.5	22	65	25	59	45	21	4	28	1.70
88261629--88261695	33	2.1	32	91	5	116	23	14	23	35	1.93
88276184--88276316	29	4.7	29	80	2	137	25	15	25	33	1.95
88279448--88279524	40	1.9	40	100	0	154	42	7	25	23	1.81
88284399--88284738	68	5.0	67	82	3	376	33	17	22	25	1.96
88284399--88284738	136	2.5	136	85	0	439	33	17	22	25	1.96
88288305--88288474	40	4.3	40	90	0	216	24	21	28	25	1.99
88288252--88288476	80	2.8	79	83	3	254	24	21	28	26	1.99
88288327--88288509	79	2.3	80	82	1	226	25	21	27	25	1.99
88289583--88289737	79	2.0	79	98	0	301	34	20	21	23	1.97
88291041--88291152	30	3.7	30	84	2	145	35	25	19	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88291012--88291152	60	2.3	60	83	4	169	39	23	19	17	1.93
88293141--88293220	29	2.7	30	84	1	108	18	28	13	38	1.89
88293208--88293277	29	2.4	28	76	9	77	25	27	11	35	1.90
88293341--88293424	41	2.0	41	95	4	152	53	10	10	25	1.67
88300119--88300162	22	2.0	22	100	0	88	22	18	36	22	1.95
88302058--88302086	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
88310746--88310917	79	2.2	79	81	3	211	25	22	27	25	2.00
88310693--88310915	40	5.6	39	80	8	200	25	21	27	25	2.00
88313395--88313431	18	2.1	18	94	0	65	48	2	0	48	1.15
88319534--88319718	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
88319535--88319718	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
88319587--88319751	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
88327043--88327220	27	6.6	27	80	3	160	28	29	15	26	1.96
88327064--88327219	82	1.9	81	85	3	215	27	29	16	26	1.96
88338613--88338650	18	2.1	18	100	0	76	31	10	10	47	1.72
88340132--88340210	39	2.0	39	97	0	149	40	18	2	37	1.65
88340219--88340251	17	1.9	17	93	0	57	39	12	6	42	1.67
88349087--88349268	68	2.7	69	93	3	323	25	10	18	45	1.81
88351021--88351361	99	3.4	100	85	5	422	28	15	26	29	1.96
88351021--88351361	51	6.8	50	78	4	321	28	15	26	29	1.96
88352884--88352937	23	2.3	24	79	14	60	51	1	18	27	1.56
88356976--88357313	51	6.6	51	74	5	308	28	13	27	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88356972--88357417	102	4.4	101	86	2	574	28	15	25	30	1.95
88357233--88357411	50	3.6	50	85	2	234	29	17	23	29	1.97
88357612--88357684	38	1.9	39	83	5	96	45	2	19	32	1.64
88367882--88367930	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
88368159--88368291	50	2.7	50	83	0	158	24	28	20	26	1.99
88371593--88371631	17	2.3	17	86	8	53	66	2	12	17	1.35
88377026--88377069	20	2.2	20	84	15	56	25	4	11	59	1.51
88384220--88384344	50	2.5	50	81	0	151	20	28	24	27	1.99
88384249--88384386	50	2.6	50	81	6	150	23	30	21	25	1.99
88394345--88394460	48	2.4	48	83	0	160	43	20	11	24	1.84
88398283--88398390	53	2.0	54	85	10	150	33	16	23	26	1.96
88398421--88398460	21	1.9	21	90	10	64	57	0	5	37	1.21
88398412--88398542	18	7.2	18	73	17	94	60	0	4	34	1.23
88398382--88398580	67	2.9	69	87	8	264	57	1	7	33	1.36
88400873--88400968	48	2.0	47	93	2	165	30	8	31	30	1.87
88402780--88402822	20	2.2	20	87	8	61	58	0	6	34	1.25
88402790--88402828	20	2.0	19	85	5	51	66	0	2	30	1.05
88402865--88402897	16	2.1	16	94	0	57	78	0	9	12	0.95
88402805--88402886	36	2.2	36	76	6	85	68	0	7	24	1.15
88403471--88403521	25	2.0	26	96	3	95	62	15	13	7	1.52
88409380--88409440	24	2.5	24	86	5	79	27	6	3	62	1.36
88409397--88409446	3	16.3	3	91	4	73	32	4	2	62	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88409972--88410114	72	2.0	71	95	1	259	27	20	18	32	1.96
88414185--88414220	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
88421428--88421612	47	3.9	47	90	0	262	27	29	9	32	1.89
88421479--88421556	25	3.2	25	64	10	72	32	28	5	34	1.79
88421593--88421632	20	2.0	20	95	0	71	30	27	10	32	1.89
88421542--88422297	67	11.2	67	94	3	1322	28	32	9	30	1.89
88421655--88421896	20	11.0	21	67	22	117	27	33	9	29	1.88
88421479--88421742	114	2.3	109	77	20	290	29	29	8	31	1.87
88421942--88421983	20	2.1	20	95	0	75	21	28	19	30	1.97
88421996--88422297	20	13.7	21	65	22	117	28	33	8	29	1.87
88421542--88422283	341	2.2	337	94	3	1350	28	31	9	30	1.89
88425862--88425905	20	2.1	21	84	12	56	40	15	0	43	1.47
88427830--88427891	31	2.0	30	82	14	74	24	16	0	59	1.36
88431057--88431116	27	2.2	27	90	0	93	38	18	20	23	1.93
88431188--88431247	24	2.5	24	83	2	75	36	18	28	16	1.93
88431618--88431642	5	5.0	5	100	0	50	40	20	0	40	1.52
88448952--88449069	35	3.4	35	80	0	137	25	25	21	27	1.99
88480550--88480578	13	2.3	13	94	5	51	58	10	0	31	1.31
88486168--88486537	47	7.8	48	70	13	182	27	17	29	25	1.98
88486168--88486429	46	5.6	49	74	14	189	28	17	28	25	1.97
88494866--88494957	38	2.4	38	88	0	139	40	17	14	28	1.88
88496453--88496580	46	2.7	48	84	12	183	39	8	0	51	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88497915--88497959	20	2.1	23	84	12	60	37	0	13	48	1.42
88498078--88498268	101	1.9	101	86	2	276	31	16	24	28	1.96
88498078--88498297	101	2.2	101	84	4	266	30	16	25	27	1.97
88512663--88512811	78	1.9	79	83	6	196	44	10	7	37	1.67
88513079--88513177	10	10.6	9	68	18	51	61	2	4	32	1.26
88513371--88513451	28	2.8	28	81	11	83	29	3	2	64	1.24
88513431--88513533	19	5.3	19	72	19	79	35	0	0	62	1.09
88513487--88513534	10	4.9	10	76	5	53	33	0	2	64	1.05
88513462--88513532	29	2.5	28	77	8	74	35	0	1	63	1.03
88513698--88513748	25	2.0	25	84	3	66	43	1	11	43	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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