genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  209  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68256236--68256318	31	2.7	31	86	0	112	48	12	20	19	1.80
68256722--68256783	22	2.8	23	80	7	74	29	20	27	22	1.99
68257174--68257314	27	5.2	27	83	10	180	29	19	15	34	1.93
68257175--68257314	54	2.6	54	87	4	210	30	20	15	35	1.93
68257175--68257344	54	3.1	54	83	6	141	32	18	15	34	1.92
68257353--68257611	27	9.7	25	76	12	187	29	8	20	41	1.81
68257406--68257603	80	2.5	81	86	0	281	31	8	17	42	1.79
68257353--68257611	134	1.9	134	81	3	306	29	8	20	41	1.81
68257406--68257611	54	3.8	54	84	4	256	31	7	18	42	1.78
68267517--68267594	27	2.9	26	86	1	102	37	24	19	19	1.94
68268757--68269330	27	21.3	27	84	4	656	29	22	8	40	1.83
68269343--68269530	27	7.0	27	86	2	216	35	18	19	26	1.95
68269478--68269659	91	2.0	91	98	0	355	26	20	19	33	1.97
68269820--68269902	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
68269990--68270048	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
68270213--68270286	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
68270404--68270578	6	28.8	6	71	19	123	20	16	14	49	1.80
68270429--68270578	30	5.2	30	78	13	170	20	16	14	50	1.78
68270404--68270567	73	2.2	73	83	10	194	20	16	14	48	1.80
68272595--68273112	27	19.2	27	83	5	600	27	21	9	40	1.85
68272596--68273112	108	4.8	108	88	3	702	28	21	9	40	1.85
68273117--68273312	27	7.3	27	85	0	239	35	19	18	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68273292--68273355	27	2.4	27	74	10	67	17	18	26	37	1.93
68273684--68273761	27	2.9	27	81	5	79	19	21	20	38	1.94
68275588--68275633	23	1.9	25	82	8	60	60	0	34	4	1.16
68281911--68281953	19	2.3	18	81	14	52	18	4	16	60	1.52
68282092--68282242	67	2.2	67	82	9	182	31	15	30	22	1.95
68288929--68289221	41	7.2	40	73	18	246	24	21	26	27	1.99
68288929--68289221	124	2.4	124	96	1	534	24	21	26	27	1.99
68297143--68297327	79	2.3	81	83	9	229	24	22	27	25	2.00
68297144--68297327	40	4.6	39	81	11	189	25	22	27	25	2.00
68297144--68297360	79	2.7	79	80	9	194	26	22	27	24	2.00
68305117--68305339	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
68305117--68305339	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
68305117--68305372	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
68307305--68307454	41	3.6	41	77	10	162	22	22	28	27	1.99
68307285--68307454	41	4.2	40	74	18	161	22	22	27	27	1.99
68311121--68311172	21	2.5	21	93	0	86	25	38	26	9	1.86
68312744--68312803	27	2.2	27	90	0	93	28	15	21	35	1.93
68312757--68312845	27	3.3	27	80	9	101	32	12	16	38	1.86
68312770--68313055	27	10.7	27	79	6	262	31	9	19	39	1.83
68312770--68313055	80	3.6	81	81	5	330	31	9	19	39	1.83
68312799--68313055	107	2.4	107	85	2	329	31	8	19	40	1.82
68313294--68313326	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68319726--68319837	57	1.9	57	83	5	145	30	32	15	22	1.94
68319726--68319837	29	3.9	29	84	4	147	30	32	15	22	1.94
68322201--68322492	50	5.8	50	79	2	262	24	17	26	32	1.97
68322252--68322492	101	2.4	101	82	1	270	24	18	26	30	1.98
68327916--68328070	43	3.6	43	76	8	145	29	23	16	30	1.96
68329910--68329942	12	2.8	12	90	9	50	33	48	12	6	1.65
68330421--68330470	23	2.2	22	82	10	57	66	4	30	0	1.10
68335458--68335599	57	2.5	57	79	12	150	31	16	23	28	1.96
68340203--68340350	43	3.4	43	83	3	174	27	14	25	33	1.94
68342659--68342814	77	2.0	78	93	1	269	25	12	22	39	1.89
68344812--68344987	50	3.7	46	75	10	167	24	30	19	26	1.98
68344810--68344994	95	1.9	98	85	3	259	23	30	19	26	1.98
68346654--68346781	66	1.9	65	82	6	159	32	16	30	21	1.95
68346557--68346803	63	3.8	63	75	9	187	29	16	29	23	1.96
68352443--68352623	49	3.8	49	78	9	169	25	28	19	26	1.99
68355644--68355724	42	1.9	42	82	9	103	19	30	25	23	1.98
68356906--68356955	22	2.3	22	96	0	91	30	22	16	32	1.95
68363186--68363239	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
68363488--68363625	51	2.8	49	86	2	195	26	21	24	28	1.99
68372499--68372767	126	2.1	126	85	0	358	38	15	14	31	1.88
68376434--68376546	54	2.1	52	86	3	154	61	2	1	33	1.20
68376468--68376546	24	3.1	24	71	13	68	62	2	0	35	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68377630--68377657	11	2.5	11	100	0	56	60	0	0	39	0.97
68377712--68377788	20	3.8	20	73	16	61	25	3	2	67	1.21
68377733--68377787	20	2.5	22	85	8	69	27	3	1	67	1.17
68377740--68377787	23	2.0	24	88	11	73	27	4	2	66	1.21
68377717--68377800	41	2.1	40	80	12	93	28	3	3	64	1.27
68377908--68377959	26	2.0	26	100	0	104	46	7	11	34	1.69
68390805--68391158	40	8.9	40	89	2	534	25	29	21	23	1.99
68390805--68391158	158	2.2	160	90	2	561	25	29	21	23	1.99
68404858--68404918	30	2.0	30	93	0	104	34	24	3	37	1.72
68406594--68406665	30	2.4	30	88	2	90	41	15	6	36	1.74
68409336--68409394	30	2.0	30	82	0	73	27	23	10	38	1.87
68429097--68429391	27	10.9	27	80	4	245	31	21	6	40	1.79
68429111--68429391	54	5.2	54	81	2	289	30	21	6	40	1.79
68429111--68429391	81	3.5	81	81	4	316	30	21	6	40	1.79
68429422--68429559	27	5.1	27	87	2	179	43	21	4	31	1.72
68429422--68429559	54	2.5	54	88	3	197	43	21	4	31	1.72
68429557--68429608	27	1.9	27	92	7	88	42	11	11	34	1.77
68429649--68429722	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
68429662--68429726	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
68431907--68431985	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
68432107--68432404	47	6.3	47	90	0	452	28	30	8	31	1.87
68435166--68435279	31	3.7	31	91	2	178	28	18	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68447095--68447132	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
68453453--68453485	16	2.1	16	100	0	66	6	36	6	51	1.51
68462156--68462262	29	3.8	28	76	6	99	28	14	31	24	1.95
68467516--68467583	28	2.4	28	87	0	100	25	14	33	26	1.94
68473833--68473871	21	1.9	20	84	5	51	10	10	7	71	1.30
68479287--68479423	46	3.0	46	89	0	193	24	30	10	34	1.89
68479397--68479722	47	7.1	47	83	9	384	26	29	11	31	1.91
68479435--68479649	42	4.9	43	84	11	226	25	30	13	30	1.93
68479397--68479693	89	3.2	90	81	11	336	25	29	12	31	1.93
68479608--68479722	51	2.4	48	89	5	169	27	28	9	33	1.88
68483602--68483632	15	2.1	15	93	0	53	32	6	25	35	1.82
68490650--68490740	30	3.1	30	90	1	139	15	35	34	15	1.89
68499508--68499770	132	2.0	132	91	1	429	25	17	23	33	1.96
68509766--68509944	81	2.2	80	89	3	263	24	28	24	23	2.00
68509766--68509944	40	4.5	40	90	3	263	24	28	24	23	2.00
68511727--68511852	39	3.2	39	91	0	207	30	21	26	21	1.98
68516803--68516977	46	3.8	45	77	10	183	21	20	28	29	1.98
68518366--68518498	37	3.6	37	94	0	212	27	30	17	24	1.97
68518504--68518578	37	2.0	37	97	0	141	30	24	9	36	1.87
68529251--68529342	28	3.3	28	80	6	96	27	17	32	22	1.96
68529680--68529960	27	10.5	27	79	3	273	37	20	11	30	1.88
68529684--68529932	107	2.3	108	80	2	279	38	19	10	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68536512--68536554	21	2.1	21	86	4	61	30	27	13	27	1.95
68536570--68537543	27	36.1	27	94	2	1631	40	16	10	33	1.82
68537522--68537587	27	2.4	27	84	0	78	37	15	16	30	1.90
68543850--68543958	42	2.6	41	81	4	128	31	17	23	27	1.97
68543906--68544037	68	1.9	68	96	3	248	29	14	26	29	1.95
68545105--68545174	25	2.8	26	84	4	90	24	25	27	22	2.00
68545987--68546085	27	3.7	26	71	12	74	24	20	18	37	1.94
68546102--68546187	27	3.1	27	75	17	86	33	9	16	40	1.80
68546165--68546348	27	6.8	26	80	6	172	28	10	21	39	1.87
68546164--68546315	54	2.8	53	84	2	196	28	8	22	40	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279