genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  262  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85362543--85362619	38	2.0	38	92	0	127	40	24	12	22	1.89
85365912--85365963	20	2.6	20	87	0	77	7	28	44	19	1.78
85369515--85369571	29	2.0	29	96	0	105	36	17	26	19	1.94
85375112--85375273	43	3.8	42	82	8	184	24	19	25	31	1.98
85376101--85376141	20	2.0	20	100	0	82	36	4	19	39	1.73
85380954--85381003	16	3.1	16	72	21	50	50	0	0	50	1.00
85381805--85381868	26	2.7	23	75	15	67	51	0	4	43	1.22
85384246--85384296	17	2.8	20	75	22	58	66	1	0	31	1.03
85386039--85386092	20	2.7	20	94	2	90	50	18	16	14	1.79
85394000--85394099	21	4.9	21	75	11	84	47	18	20	15	1.83
85395610--85395840	95	2.5	91	74	15	220	35	16	24	23	1.95
85396034--85396295	54	4.9	54	83	5	305	35	17	24	22	1.95
85395942--85396123	100	1.8	99	83	4	240	34	16	25	23	1.95
85395878--85396164	155	1.9	155	85	2	398	35	15	24	24	1.94
85403634--85403697	30	2.1	30	85	5	85	20	29	31	18	1.96
85403913--85403942	15	2.0	15	93	0	51	30	30	6	33	1.83
85404645--85404760	23	4.9	23	78	11	103	37	19	18	24	1.94
85404667--85404760	47	1.9	50	89	6	149	36	20	20	23	1.95
85437177--85437438	46	5.6	46	78	11	232	27	19	30	22	1.98
85437183--85437455	94	2.9	93	79	11	274	27	19	30	22	1.98
85443755--85443979	46	4.8	46	73	16	176	29	20	28	21	1.98
85443754--85443979	94	2.4	94	78	10	219	29	20	28	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85451939--85451968	12	2.5	12	94	0	51	20	3	6	70	1.25
85453915--85453952	15	2.3	17	86	13	53	71	2	0	26	1.00
85453914--85453953	16	2.3	18	83	8	57	72	2	0	25	0.97
85454044--85454109	31	2.1	31	88	0	96	31	9	13	45	1.75
85457169--85457199	16	1.9	16	93	0	53	41	12	16	29	1.85
85459943--85459983	21	2.0	21	95	0	73	31	21	26	19	1.97
85464037--85464089	26	2.0	26	96	0	97	45	11	9	33	1.72
85465306--85465338	10	3.3	10	91	0	57	18	6	0	75	1.00
85467952--85468109	20	7.9	20	75	5	104	41	23	18	17	1.90
85467952--85468078	40	3.2	39	81	7	148	43	22	16	17	1.88
85468001--85468119	60	2.0	60	83	0	148	39	22	19	18	1.92
85469722--85469775	21	2.6	21	74	11	56	57	37	0	5	1.22
85470958--85471190	3	77.7	3	100	0	466	0	0	33	66	0.92
85474054--85474762	354	2.0	355	92	0	1177	39	15	24	20	1.91
85480339--85480404	20	3.3	20	73	12	64	50	6	0	43	1.27
85480611--85480696	41	2.1	40	80	6	93	63	9	4	22	1.42
85480683--85480747	28	2.3	27	76	7	67	63	0	7	29	1.22
85481103--85481145	10	4.0	10	77	16	50	30	0	9	60	1.28
85481099--85481152	23	2.3	23	96	0	99	35	0	7	57	1.27
85483830--85483863	2	17.0	2	87	0	50	2	52	0	44	1.16
85486969--85487016	19	2.5	19	83	10	62	20	0	6	72	1.05
85487594--85487622	14	2.0	15	93	6	51	27	0	13	58	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85487594--85487793	93	2.2	88	79	12	201	34	5	15	44	1.70
85493134--85493185	19	2.7	19	85	11	70	59	1	7	30	1.36
85493914--85493979	34	2.0	34	87	3	98	39	0	18	42	1.50
85493913--85494075	85	1.9	85	94	1	290	37	0	18	43	1.55
85494046--85494147	22	4.4	22	73	13	78	42	0	16	40	1.55
85494160--85494241	28	2.9	28	83	3	101	35	1	23	40	1.63
85493959--85494239	136	2.1	136	94	0	490	38	1	18	41	1.57
85494300--85494674	126	3.0	126	86	1	493	38	15	14	31	1.88
85495976--85496030	24	2.3	24	93	0	92	27	9	27	36	1.87
85498274--85498319	23	2.0	23	87	8	67	69	2	21	6	1.22
85498440--85498468	15	1.9	15	100	0	58	65	0	27	6	1.18
85498721--85498768	25	2.0	25	84	12	64	29	14	12	43	1.82
85500681--85500710	14	2.1	14	100	0	60	46	13	6	33	1.69
85500831--85500865	17	2.0	18	88	5	54	37	5	14	42	1.69
85500939--85500994	24	2.3	24	90	0	94	30	10	25	33	1.90
85505605--85505636	7	4.6	7	100	0	64	59	12	0	28	1.34
85506569--85506687	54	2.2	54	89	4	179	63	4	3	28	1.29
85506845--85506888	21	2.1	21	82	0	52	38	0	25	36	1.56
85511098--85511142	19	2.5	19	85	7	58	13	11	11	64	1.50
85519357--85519476	61	2.0	61	98	0	231	32	10	17	40	1.83
85525722--85525748	14	1.9	14	100	0	54	29	14	0	55	1.40
85526044--85526069	11	2.4	11	100	0	52	84	7	0	7	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85526213--85526289	40	1.9	39	84	10	102	28	3	6	61	1.39
85526302--85526338	19	1.9	19	88	0	56	16	0	18	64	1.29
85530777--85531057	49	5.7	49	82	2	337	29	25	17	26	1.98
85532497--85532555	11	5.4	11	81	0	55	16	10	8	64	1.48
85533646--85533734	42	2.1	42	93	0	151	52	14	5	26	1.64
85533759--85533798	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
85541658--85541707	26	2.0	26	92	4	84	48	36	2	14	1.55
85543019--85543154	27	5.3	25	72	15	91	27	3	6	62	1.37
85543096--85543141	23	2.0	24	86	4	67	26	0	4	69	1.07
85543433--85543494	30	2.0	31	90	3	99	58	9	3	29	1.46
85543532--85543558	11	2.5	11	100	0	54	66	0	7	25	1.17
85543872--85543943	25	2.8	25	81	6	74	30	8	5	55	1.52
85543901--85543956	24	2.4	25	82	8	64	33	3	1	60	1.24
85543901--85543951	25	2.1	24	85	3	66	35	3	1	58	1.28
85550132--85550177	20	2.2	22	84	7	60	28	0	43	28	1.55
85562186--85562286	29	3.5	29	90	1	159	25	14	29	29	1.95
85570062--85570102	13	2.8	15	78	14	50	43	7	12	36	1.70
85572701--85572752	25	2.1	25	100	0	104	42	15	15	26	1.87
85573218--85573269	25	2.1	25	100	0	104	42	15	15	26	1.87
85572587--85573617	517	2.0	517	96	0	1911	44	9	13	31	1.76
85578357--85578471	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
85578357--85578471	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85580088--85580196	26	4.2	26	91	3	159	36	23	4	34	1.76
85585291--85585335	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
85589015--85589048	17	1.9	18	88	5	52	32	0	14	52	1.42
85590198--85590241	8	5.4	8	84	12	54	84	0	6	9	0.79
85590487--85590537	5	10.2	5	77	14	52	15	3	1	78	0.99
85590256--85590819	280	2.0	283	98	1	1098	36	13	11	37	1.82
85590767--85590817	5	10.2	5	77	14	52	15	3	1	78	0.99
85602082--85602184	51	2.0	51	86	3	145	46	17	24	11	1.81
85603109--85603826	44	16.4	44	78	10	670	29	17	31	22	1.96
85603109--85603826	87	8.2	85	75	13	465	29	17	31	22	1.96
85603366--85603826	84	5.4	85	84	9	562	29	16	31	23	1.96
85603109--85603826	128	5.4	129	82	8	803	29	17	31	22	1.96
85603109--85603826	172	4.1	173	84	7	848	29	17	31	22	1.96
85603109--85603863	216	3.4	216	84	6	802	29	17	31	22	1.96
85605314--85605351	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
85614030--85614062	12	2.6	13	90	4	50	63	6	3	27	1.32
85614143--85614247	17	5.9	17	73	18	81	56	1	5	36	1.34
85614188--85614239	23	2.3	22	80	9	59	55	1	5	36	1.35
85625450--85625622	46	3.7	46	76	10	181	21	20	29	28	1.98
85625444--85625615	93	1.8	93	89	0	272	22	20	29	27	1.99
85631561--85631770	44	4.8	44	78	8	173	27	22	19	30	1.98
85631841--85631898	28	2.1	28	86	0	80	13	32	10	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85632088--85632930	88	9.7	89	81	5	881	21	24	21	33	1.97
85632200--85632351	44	3.4	43	73	7	135	18	27	20	33	1.96
85632096--85632928	176	4.8	175	85	5	978	21	24	20	33	1.97
85632333--85632838	44	11.5	44	65	15	195	21	23	20	33	1.97
85643677--85643723	23	2.0	23	100	0	94	12	38	0	48	1.41
85649253--85649277	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
85657006--85657044	18	2.2	18	95	0	69	64	12	0	23	1.28
85657385--85657432	23	2.2	22	85	7	62	31	4	4	60	1.35
85665318--85665359	19	2.2	19	100	0	84	52	4	9	33	1.55
85665831--85666021	47	3.9	48	84	5	208	24	16	29	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279