Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  169  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Indels
Score
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G
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0
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Period
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Percent
Indels
Score
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11
1.54
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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1
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32
2.1
32
97
2
123
30
9
12
47
1.72
56379223--56379276
12
5.0
12
78
17
57
81
11
7
0
0.87
56379232--56379326
9
9.8
9
69
13
55
76
10
10
2
1.09
56379231--56379327
10
9.8
10
73
10
74
77
10
10
2
1.08
56379223--56379276
21
2.6
21
85
5
74
81
11
7
0
0.87
56379347--56379378
13
2.5
13
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0
55
75
12
12
0
1.06
56392337--56392374
19
2.0
19
89
0
58
26
5
26
42
1.76
56397010--56397042
14
2.4
14
94
0
57
69
0
0
30
0.88
56397906--56397943
18
2.1
18
85
9
51
15
15
7
60
1.57
56404928--56404970
22
2.0
22
85
0
59
30
41
0
27
1.56
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
56407210--56407247
18
2.1
18
85
9
51
60
7
15
15
1.57
56418670--56418729
18
3.2
19
76
23
56
50
0
0
50
1.00
56418676--56418732
25
2.3
25
82
11
64
49
0
0
50
1.00
56421009--56421052
21
2.2
19
84
8
52
34
0
4
61
1.16
56429923--56430514
294
2.0
294
97
0
1132
27
20
14
37
1.92
56431208--56431237
13
2.3
13
94
0
51
6
10
16
66
1.41
56434845--56434885
21
2.0
21
100
0
82
34
0
9
56
1.32
56435200--56435243
16
2.8
16
89
0
70
27
31
2
38
1.69
56435715--56435757
18
2.6
16
85
10
59
46
0
2
51
1.13
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2.3
31
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0
86
35
8
8
47
1.65
56448704--56448764
31
2.0
31
87
3
88
31
8
8
52
1.60
56452105--56452230
62
2.0
62
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3
218
50
3
12
33
1.59
56453045--56453098
24
2.3
23
81
12
65
50
0
1
48
1.11
56460735--56460799
29
2.2
29
81
5
78
49
7
13
29
1.70
56463675--56464094
114
3.7
113
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1
606
23
21
27
27
1.99
56464349--56464379
15
2.1
15
93
0
53
19
0
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1.51
56465760--56465801
21
2.0
22
90
4
68
28
47
0
23
1.52
56467337--56467462
66
1.9
66
98
0
243
26
38
18
17
1.92
56467584--56467731
57
2.5
60
86
9
214
21
26
22
29
1.99
56472655--56472717
6
10.2
6
76
11
56
3
53
1
41
1.26
56472673--56472706
13
2.8
12
90
4
50
5
58
0
35
1.22
56474983--56475022
20
2.0
20
90
0
62
50
12
10
27
1.72
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
56474971--56475037
34
1.9
35
87
3
100
46
11
8
32
1.72
56475006--56475045
14
2.9
14
84
0
53
42
17
7
32
1.77
56476090--56476173
25
3.4
24
82
12
82
21
25
23
29
1.99
56476081--56476178
50
2.0
49
84
6
126
22
24
21
31
1.98
56476105--56476184
25
3.2
25
84
7
99
25
25
21
28
1.99
56483046--56483086
4
10.0
4
84
5
55
68
0
0
31
0.90
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3.1
30
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102
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4
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41
1.37
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1
1
41
1.15
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2.2
20
81
11
58
56
0
2
41
1.11
56497139--56497196
22
2.6
22
81
7
64
41
17
5
36
1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279