genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79666886--79666935	21	2.4	21	96	0	91	26	10	20	44	1.82
79667978--79668064	43	2.0	43	97	0	165	43	9	12	34	1.75
79668163--79668218	20	2.8	20	86	0	76	7	21	26	44	1.78
79670039--79670272	113	2.1	113	92	0	387	20	18	21	38	1.93
79688859--79688911	26	2.0	26	92	0	88	32	24	24	18	1.97
79692830--79692981	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
79692830--79692981	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
79701005--79701156	27	5.6	27	92	3	223	27	13	28	30	1.94
79701005--79701156	55	2.8	55	91	0	232	27	13	28	30	1.94
79704245--79704316	26	2.7	27	80	6	94	37	16	20	25	1.93
79708914--79709084	93	1.8	93	93	0	297	27	29	21	21	1.99
79708906--79709081	46	3.8	46	79	10	205	28	28	21	21	1.98
79720690--79720758	27	2.6	27	85	0	84	34	23	21	20	1.96
79724498--79724576	26	3.0	26	71	0	77	35	26	17	20	1.95
79733948--79734079	50	2.6	52	85	8	182	30	26	18	25	1.98
79737223--79737546	48	6.8	48	78	6	255	29	19	27	23	1.98
79737223--79737539	96	3.3	97	78	8	285	30	19	27	23	1.98
79759715--79759759	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
79759833--79760087	55	4.8	53	81	9	254	21	25	16	36	1.94
79759880--79760080	108	1.8	110	89	4	318	22	25	17	34	1.95
79762013--79762396	48	8.0	48	83	5	388	29	17	28	24	1.97
79762023--79762396	96	3.9	96	83	5	465	29	17	28	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79762023--79762396	144	2.6	144	77	7	431	29	17	28	24	1.97
79768016--79768106	40	2.3	39	82	1	110	34	6	6	52	1.53
79770483--79770619	73	1.9	73	90	0	220	24	21	25	27	1.99
79773696--79773790	49	1.9	49	93	0	163	54	14	7	23	1.65
79780117--79780151	15	2.2	16	90	5	54	11	0	5	82	0.82
79780356--79780386	16	1.9	16	93	0	53	6	0	35	58	1.24
79794213--79794582	27	13.7	27	79	5	196	38	21	7	32	1.82
79794335--79794665	54	6.1	54	73	8	208	39	21	8	29	1.83
79794349--79794556	81	2.6	81	86	2	276	42	22	7	28	1.80
79794593--79794644	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
79794689--79794757	27	2.6	27	90	4	104	36	23	23	17	1.95
79794698--79794784	27	3.2	27	88	3	113	35	19	25	19	1.95
79795590--79795687	26	3.8	26	91	1	162	26	22	22	28	1.99
79795832--79795923	42	2.2	42	88	0	130	29	14	20	35	1.92
79795947--79796025	31	2.5	31	95	0	140	29	17	25	27	1.98
79798284--79798330	24	2.0	24	87	8	69	74	2	0	23	0.93
79800277--79800448	43	4.0	43	75	10	154	23	17	26	32	1.97
79807260--79807306	23	2.0	22	84	15	60	44	6	12	36	1.68
79810431--79810542	27	4.2	25	82	12	116	37	22	24	16	1.93
79810431--79810542	54	2.1	54	86	3	154	37	22	24	16	1.93
79817282--79817469	78	2.4	77	78	8	186	28	27	20	23	1.99
79817372--79817469	39	2.5	39	96	0	178	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79829586--79829611	13	2.0	13	100	0	52	61	7	7	23	1.49
79831512--79831613	51	2.0	51	98	0	195	31	16	15	36	1.91
79831926--79831989	22	3.0	21	74	17	60	48	20	1	29	1.59
79832580--79832635	22	2.4	24	82	14	73	42	23	3	30	1.71
79839559--79839622	22	3.0	21	74	17	60	48	20	1	29	1.59
79840806--79841020	50	4.3	50	76	8	177	39	19	12	29	1.88
79840806--79841020	99	2.2	100	78	5	247	39	19	12	29	1.88
79846047--79846155	22	5.0	22	81	0	83	14	28	24	32	1.95
79846119--79846178	22	2.7	22	89	0	84	15	30	25	30	1.95
79847909--79848068	42	3.7	43	76	12	150	26	19	25	28	1.99
79848528--79848559	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
79855644--79855675	12	2.6	13	90	9	50	21	6	21	50	1.71
79858492--79858708	114	1.9	114	89	0	337	22	18	28	29	1.98
79865687--79865824	36	3.8	36	78	7	163	39	0	14	45	1.45
79865902--79866545	126	5.1	126	87	1	846	38	15	17	29	1.90
79868072--79868200	46	2.8	44	84	11	172	24	30	19	25	1.98
79891332--79891438	42	2.6	42	80	4	110	19	23	15	41	1.90
79898539--79898636	46	2.1	48	84	3	128	33	16	23	26	1.95
79907155--79907184	15	1.9	16	93	6	53	33	3	26	36	1.73
79910738--79910781	23	2.0	21	82	8	52	18	2	29	50	1.59
79914196--79914222	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
79921291--79921333	20	2.2	20	86	0	59	34	20	2	41	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79921530--79921581	22	2.3	23	83	9	63	38	21	17	23	1.93
79921494--79921708	23	9.2	24	70	16	130	37	17	20	25	1.94
79921501--79921708	47	4.5	48	83	7	252	37	17	19	25	1.94
79928403--79928491	20	4.4	20	79	10	85	38	15	7	38	1.77
79928442--79928502	20	3.0	20	88	4	79	36	18	6	39	1.76
79928658--79928821	24	6.9	24	69	10	88	34	17	21	25	1.96
79928713--79928831	47	2.5	48	88	1	168	36	17	21	25	1.95
79928685--79928831	24	6.3	23	65	20	90	34	17	22	25	1.96
79930016--79930059	22	2.0	22	86	0	61	43	0	2	54	1.12
79932452--79932638	97	1.9	97	81	4	225	24	27	19	28	1.99
79932463--79932726	46	5.6	46	75	9	158	24	27	19	28	1.98
79952317--79952351	11	3.1	11	95	4	61	20	0	8	71	1.11
79952317--79952357	11	3.7	11	93	0	55	24	2	7	65	1.30
79954123--79954222	47	2.2	46	82	8	114	31	10	14	45	1.77
79955608--79955641	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
79956302--79956378	29	2.7	28	82	4	100	27	32	16	23	1.96
79956302--79956390	29	3.1	29	81	1	99	29	31	15	23	1.95
79956424--79956488	33	2.0	33	93	0	112	21	24	20	33	1.97
79957475--79957640	38	4.3	38	89	1	242	32	26	21	19	1.97
79967615--79967792	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
79967616--79967771	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
79967612--79967792	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79976966--79977143	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
79976967--79977122	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
79976963--79977143	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
79980685--79980762	29	2.7	29	90	2	122	25	32	17	24	1.97
79980988--79981019	16	2.0	16	100	0	64	12	18	18	50	1.78
79984461--79984490	16	1.9	15	100	0	51	36	20	0	43	1.52
79986118--79986194	41	1.9	40	86	2	109	29	27	15	27	1.96
79991103--79991129	13	2.1	13	100	0	54	29	14	22	33	1.94
79992484--79992670	50	3.8	49	83	7	216	25	18	28	27	1.98
79999796--79999856	30	2.0	30	90	0	95	29	24	6	39	1.80
80019474--80019649	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
80019471--80019641	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
80029560--80029661	26	3.9	26	76	5	107	38	22	19	19	1.94
80031135--80031187	24	2.2	25	77	16	58	20	37	3	37	1.71
80032305--80032367	18	3.5	18	91	0	108	36	30	7	25	1.84
80034474--80034541	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
80034363--80034690	174	1.9	174	97	0	620	30	24	14	29	1.95
80034643--80034721	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
80043010--80043275	28	9.5	28	95	0	453	34	26	11	27	1.91
80043724--80043753	14	2.1	14	93	0	51	40	0	10	50	1.36
80062929--80063035	27	4.1	26	81	4	119	28	8	22	40	1.83
80065690--80066256	283	2.0	282	97	1	1064	39	12	14	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80070625--80070727	28	3.7	28	84	0	134	26	34	15	23	1.94
80075051--80075187	40	3.5	40	79	6	145	24	22	27	26	2.00
80075415--80075456	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
80077407--80077468	27	2.3	27	85	0	79	24	19	19	37	1.94
80077476--80077636	54	3.0	53	85	6	209	32	9	19	37	1.85
80077476--80077635	27	6.0	27	83	5	182	31	10	20	38	1.85
80087192--80087230	11	3.7	11	80	13	55	35	10	20	33	1.86
80087173--80087235	20	3.2	20	91	8	96	36	7	19	36	1.81
80087297--80087432	52	2.7	51	92	5	215	27	21	22	27	1.99
80087297--80087432	26	5.3	26	85	3	181	27	21	22	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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