genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68843527--68843551	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
68846496--68846559	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
68846767--68846897	23	5.4	24	88	8	185	29	22	19	29	1.98
68846953--68847003	9	5.0	11	72	18	56	35	19	9	35	1.85
68846947--68847013	20	3.3	20	87	0	98	34	22	10	32	1.88
68858924--68859036	57	2.0	57	100	0	226	23	26	21	28	1.99
68860170--68860233	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
68861407--68861584	46	3.9	46	93	0	293	24	31	8	34	1.87
68861608--68861989	47	8.1	47	96	0	674	26	27	12	33	1.92
68864893--68864996	23	4.4	24	88	3	149	30	22	19	27	1.98
68865046--68865086	20	2.0	20	95	0	73	36	21	9	31	1.86
68867350--68867540	40	4.7	40	89	5	269	22	20	24	32	1.98
68867350--68867540	82	2.4	82	89	5	291	22	20	24	32	1.98
68872113--68872230	49	2.4	49	81	5	132	30	20	25	23	1.98
68880422--68880577	81	1.9	81	88	0	231	30	21	8	40	1.82
68880422--68880577	27	5.8	27	87	0	195	30	21	8	40	1.82
68880557--68880889	27	12.3	27	79	6	237	41	19	8	30	1.81
68880484--68880606	54	2.3	54	81	0	147	33	17	8	41	1.78
68880409--68880607	81	2.5	81	77	0	218	33	20	8	37	1.82
68880557--68880859	81	3.7	80	78	5	270	42	19	7	30	1.78
68880907--68880998	26	3.5	26	73	14	66	35	19	20	23	1.95
68888446--68888508	24	2.6	25	87	5	85	33	30	15	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68903359--68903389	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
68903356--68903395	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
68903628--68903836	55	3.8	53	80	7	217	22	24	17	35	1.95
68910508--68910601	27	3.4	27	86	1	125	35	17	23	24	1.95
68910801--68910889	27	3.3	28	84	10	123	19	20	22	38	1.94
68910800--68910909	27	4.1	26	83	8	105	20	20	20	39	1.93
68910800--68910909	54	2.1	53	83	8	134	20	20	20	39	1.93
68911411--68911573	6	26.8	6	76	16	149	19	16	14	49	1.79
68911411--68911568	55	2.9	55	85	6	207	18	16	15	49	1.80
68911436--68911594	36	4.7	34	72	20	111	18	16	14	50	1.78
68912066--68912128	27	2.3	27	86	5	83	22	23	19	34	1.96
68913233--68913372	39	3.6	39	91	0	217	25	22	27	25	2.00
68917607--68917637	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
68917604--68917643	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
68917876--68918076	108	1.8	110	87	6	302	23	25	16	34	1.96
68917852--68918084	55	4.4	53	77	11	219	21	24	17	36	1.95
68920435--68920478	22	2.0	23	90	4	72	22	2	52	22	1.58
68926103--68926912	403	2.0	403	95	0	1449	38	20	11	29	1.87
68936560--68936741	41	4.5	41	75	12	176	22	21	29	26	1.99
68938998--68939096	27	3.6	27	83	6	128	16	26	23	34	1.95
68940150--68940183	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
68946835--68946934	27	3.7	27	78	15	91	16	23	22	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68946852--68946946	27	3.5	26	81	13	120	14	22	21	42	1.89
68963185--68963362	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
68963186--68963341	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
68963182--68963362	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
68967687--68967841	43	3.6	42	81	7	161	33	26	18	21	1.96
68971154--68971201	25	1.9	25	91	0	78	33	25	16	25	1.96
68971245--68971279	10	3.4	10	84	7	52	34	20	14	31	1.92
68971324--68971381	24	2.4	25	77	11	68	29	20	22	27	1.99
68978881--68978931	25	2.0	25	88	0	75	33	23	17	25	1.96
68978971--68979009	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
68978970--68979009	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
68979054--68979136	25	3.4	24	88	6	114	27	25	24	22	2.00
68979054--68979148	49	1.9	49	83	8	122	26	26	24	23	2.00
68979173--68979218	24	1.9	24	100	0	92	13	2	54	30	1.50
68980671--68980707	9	4.1	9	100	0	74	56	0	10	32	1.34
68982650--68982834	40	4.7	40	82	7	209	23	22	28	25	1.99
68982705--68982857	79	1.9	79	84	7	204	25	20	28	26	1.99
68995366--68995429	28	2.3	28	94	0	110	18	15	37	28	1.92
68995746--68996114	81	4.6	81	84	2	411	40	20	8	30	1.83
68995746--68996116	27	13.7	27	83	4	365	39	20	8	30	1.83
68995958--68996154	27	7.3	27	86	4	152	40	18	11	29	1.86
68998132--68998243	27	4.1	27	82	7	129	36	22	25	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68998132--68998243	54	2.1	54	84	3	145	36	22	25	16	1.94
68998640--68998669	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
69005221--69005254	18	1.9	18	88	5	52	14	26	44	14	1.84
69005360--69005552	80	2.4	81	83	6	257	27	15	16	40	1.89
69005369--69005552	27	6.9	27	86	2	255	27	14	17	40	1.88
69012063--69012104	17	2.3	19	88	8	61	66	2	2	28	1.16
69016295--69016381	33	2.6	33	92	3	138	24	26	27	21	1.99
69016282--69016396	34	3.5	33	78	15	121	27	22	24	25	2.00
69023520--69023611	28	3.3	28	70	17	91	23	13	34	28	1.92
69023490--69023611	56	2.2	56	91	2	192	26	13	33	26	1.94
69023652--69023752	50	2.0	50	94	0	175	40	3	22	32	1.73
69025725--69025828	52	2.0	52	98	0	199	41	17	27	13	1.87
69031322--69031423	28	3.6	28	75	15	111	29	16	27	26	1.97
69031322--69031438	56	2.1	56	91	0	189	28	17	29	25	1.97
69031350--69031438	28	3.2	28	71	17	85	28	16	29	25	1.97
69033301--69033391	46	2.0	45	91	0	137	34	5	15	43	1.70
69034764--69034796	14	2.4	14	90	10	50	60	0	0	39	0.97
69035691--69035730	21	2.0	20	85	5	53	42	10	17	30	1.82
69037342--69037400	30	2.0	30	89	0	91	28	15	27	28	1.96
69040168--69040431	46	5.7	46	70	15	220	29	29	19	21	1.98
69040219--69040387	47	3.6	47	77	7	209	29	29	19	21	1.98
69040173--69040436	93	2.8	93	95	0	474	29	29	19	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69040216--69040441	47	4.9	44	68	17	138	30	29	19	21	1.97
69040856--69040915	30	2.0	30	83	0	75	31	23	10	35	1.88
69050373--69050557	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
69050354--69050557	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
69057673--69057764	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
69057654--69057817	40	4.1	40	80	10	176	24	27	23	25	2.00
69070610--69070655	23	2.0	23	91	0	74	19	28	28	23	1.98
69074527--69074599	24	3.0	24	85	0	101	12	28	23	35	1.91
69075010--69075064	27	2.0	27	96	0	101	38	0	34	27	1.57
69085795--69085963	38	4.5	37	74	12	148	15	19	27	36	1.93
69085782--69085963	76	2.4	76	81	4	215	16	19	26	36	1.93
69087209--69087271	30	2.1	30	90	0	99	26	3	14	55	1.54
69089619--69089659	20	2.2	20	82	8	50	65	0	2	31	1.05
69100100--69100145	23	1.9	23	83	16	58	58	6	2	32	1.36
69100138--69100184	24	2.0	24	87	8	69	51	10	4	34	1.56
69100466--69100496	12	2.5	13	94	5	55	58	6	0	35	1.24
69100562--69100591	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
69106120--69106168	25	2.0	25	100	0	98	20	10	20	48	1.78
69109672--69109706	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
69110194--69110243	17	3.2	16	75	10	50	84	0	8	8	0.79
69110194--69110254	16	4.0	15	78	14	54	80	0	9	9	0.91
69110471--69110553	26	3.2	26	88	5	125	3	2	27	66	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69110471--69110553	27	3.3	25	87	12	125	3	2	27	66	1.21
69110898--69110968	21	3.3	21	84	3	88	19	28	33	18	1.95
69110864--69110968	43	2.4	43	80	1	111	25	24	32	17	1.97
69122185--69122243	30	2.0	30	86	0	82	32	15	30	22	1.94
69122812--69122863	26	1.9	27	85	14	72	61	3	3	30	1.32
69123130--69123172	16	2.7	16	79	10	52	20	2	2	74	1.04
69123140--69123178	17	2.3	17	81	0	51	25	2	0	71	0.98
69123133--69123205	24	3.0	25	84	11	98	24	5	1	68	1.19
69123132--69123213	24	3.3	26	80	14	93	25	4	1	68	1.17
69125536--69125577	17	2.3	18	80	16	50	42	2	4	50	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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