genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28783308--28783577	87	3.1	87	79	8	314	34	10	17	37	1.84
28789542--28789654	58	1.9	58	89	0	172	30	17	23	29	1.97
28790906--28790990	43	2.0	42	95	0	143	25	27	7	38	1.81
28797764--28797800	18	2.2	18	90	9	60	40	13	0	45	1.43
28797800--28797878	18	4.4	18	88	0	113	37	17	11	32	1.86
28797798--28797878	36	2.2	36	91	0	135	37	18	11	33	1.86
28798032--28798123	44	2.1	44	85	4	123	33	23	20	21	1.97
28799144--28799207	9	7.3	9	78	16	64	54	1	1	42	1.19
28802595--28802649	19	2.9	19	86	0	74	23	18	21	36	1.95
28808757--28809099	174	2.0	172	89	2	526	30	21	4	42	1.73
28811216--28811249	8	4.2	8	92	0	50	55	11	2	29	1.50
28811216--28811255	16	2.6	16	84	4	55	55	10	2	32	1.47
28814804--28814845	19	2.2	19	84	16	52	52	2	2	42	1.27
28815377--28815418	13	2.9	14	80	13	50	47	0	0	52	1.00
28815434--28815483	18	2.6	19	77	22	52	52	2	0	46	1.12
28816452--28816486	17	2.1	18	89	10	56	2	37	0	60	1.12
28816458--28816494	16	2.3	17	86	9	51	2	29	0	67	1.04
28817479--28817725	43	5.8	43	79	5	220	29	23	14	32	1.94
28817628--28817730	41	2.5	41	85	3	127	30	26	16	27	1.97
28820605--28820735	65	2.0	65	96	0	244	26	19	20	33	1.96
28825729--28825776	18	2.8	17	78	6	51	4	31	0	64	1.12
28825743--28825779	18	2.0	19	89	5	58	0	27	0	72	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28828551--28828588	18	2.1	18	100	0	76	36	15	5	42	1.70
28836140--28836185	25	1.9	23	86	8	65	56	2	0	41	1.11
28836903--28836931	12	2.3	13	94	5	51	48	0	17	34	1.47
28838128--28838169	16	2.6	16	78	14	59	54	0	0	45	0.99
28838144--28838181	11	3.5	11	86	10	51	47	0	0	52	1.00
28839215--28839323	33	3.4	31	72	22	100	46	8	29	15	1.75
28842029--28842071	17	2.5	17	85	11	52	67	4	2	25	1.22
28843574--28843685	28	3.9	28	65	23	70	53	0	2	42	1.21
28845745--28845801	30	1.9	30	82	7	71	54	1	3	40	1.28
28847668--28847739	36	2.0	36	83	5	92	27	15	27	29	1.96
28849362--28849416	3	18.3	3	96	0	101	30	0	1	67	1.01
28854098--28854150	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
28862130--28862168	21	1.9	20	89	5	60	38	12	2	46	1.56
28866337--28866469	5	26.6	5	100	0	266	39	0	0	60	0.97
28866509--28866569	30	2.0	30	81	9	70	59	6	34	0	1.24
28867292--28867426	39	3.4	39	76	8	123	23	20	27	28	1.99
28882044--28882384	170	2.0	170	100	0	682	24	18	8	48	1.76
28882400--28882438	5	8.0	5	83	16	55	58	0	0	41	0.98
28889513--28889647	71	1.9	69	92	3	225	31	22	3	42	1.71
28889861--28889924	19	3.4	18	79	12	67	53	0	3	43	1.16
28889875--28889924	10	5.1	10	79	13	59	56	0	2	42	1.11
28889875--28889921	5	9.6	5	77	13	53	57	0	2	40	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28901164--28901355	40	4.8	40	87	3	255	25	27	23	23	2.00
28901138--28901355	80	2.7	79	84	6	255	24	27	23	24	2.00
28921243--28921427	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
28921244--28921427	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
28921296--28921460	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
28924972--28925006	18	1.9	18	94	0	61	17	25	17	40	1.90
28929116--28929204	44	2.0	44	82	4	108	37	24	19	19	1.94
28930088--28930162	5	15.0	5	100	0	150	40	0	0	60	0.97
28930759--28930811	17	3.1	17	91	2	79	13	28	45	13	1.80
28940547--28940613	9	7.0	9	77	13	55	52	5	0	41	1.26
28941060--28941109	18	2.8	18	85	11	59	34	2	0	64	1.05
28940989--28941088	37	2.6	36	75	17	96	31	6	3	60	1.36
28941060--28941096	18	2.1	19	90	10	60	29	0	0	70	0.88
28941733--28941772	17	2.4	17	86	0	62	62	2	0	35	1.09
28942242--28942267	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
28945192--28945227	17	2.1	17	90	10	56	50	0	30	19	1.48
28945193--28945228	11	3.3	11	92	0	54	47	0	30	22	1.52
28945231--28945255	12	2.1	12	100	0	50	56	0	16	28	1.41
28951991--28952028	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
28955449--28955524	36	2.1	36	82	0	89	19	13	26	40	1.88
28957794--28957969	46	3.8	46	78	12	189	21	19	28	30	1.98
28957790--28957961	93	1.8	93	91	0	281	20	20	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28960196--28960317	46	2.5	48	84	5	149	26	22	14	36	1.93
28963534--28963589	29	1.9	29	85	7	78	10	16	17	55	1.69
28967911--28967948	20	1.9	20	84	10	51	63	0	13	23	1.30
28968196--28968286	7	13.0	7	78	9	51	39	1	29	29	1.64
28968246--28968287	7	6.0	7	97	0	66	28	0	33	38	1.58
28977899--28978018	7	17.0	7	70	14	59	37	40	0	21	1.54
28977899--28978017	42	2.8	42	78	13	102	37	40	0	21	1.54
28977970--28978018	15	3.3	15	81	16	50	38	42	0	18	1.50
28977965--28978142	22	8.2	22	69	9	62	36	39	0	23	1.59
28978078--28978160	7	11.7	7	69	11	53	28	48	1	21	1.58
28978095--28978141	22	2.1	22	88	4	67	25	48	2	23	1.62
28978106--28978155	22	2.3	21	83	16	59	30	46	0	24	1.53
28978695--28978988	115	2.5	114	86	1	390	32	18	19	28	1.96
28978421--28978873	155	2.9	155	81	8	564	32	19	19	29	1.96
28979013--28979090	39	2.0	39	82	5	95	25	17	17	38	1.92
28982548--28982591	13	3.5	13	81	6	54	68	6	0	25	1.14
28984001--28984089	9	9.4	10	69	25	52	38	2	3	56	1.29
28983976--28984083	39	2.9	37	78	6	112	35	2	2	59	1.26
28984023--28984089	28	2.4	28	73	11	66	37	1	2	58	1.23
28983992--28984073	20	4.3	19	72	17	62	36	2	3	57	1.30
28984986--28985056	19	4.0	18	78	20	78	56	1	0	42	1.08
28985495--28985541	21	2.3	21	85	3	60	38	2	2	57	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28987143--28987243	27	3.7	27	75	10	71	18	31	18	30	1.96
28987154--28987244	27	3.4	27	76	0	83	17	31	18	31	1.94
28990581--28990659	34	2.3	34	95	0	140	45	17	5	31	1.70
28991588--28991804	43	5.0	43	85	4	267	29	28	16	26	1.97
28996022--28996107	38	2.2	38	95	2	154	24	22	16	37	1.93
28999177--28999488	47	6.6	47	88	2	453	33	8	29	29	1.86
28999177--28999488	96	3.3	96	90	0	475	33	8	29	29	1.86
29004325--29004353	12	2.4	12	100	0	58	24	34	13	27	1.93
29005142--29005166	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
29005970--29006000	12	2.6	12	89	0	53	16	19	16	48	1.81
29014390--29014753	94	3.9	94	79	9	370	22	29	20	27	1.98
29014391--29014753	141	2.6	140	78	9	346	22	29	20	27	1.98
29014390--29014753	47	7.8	46	72	13	287	22	29	20	27	1.98
29034348--29034429	31	2.7	30	77	7	85	32	2	12	52	1.52
29038808--29038853	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
29038815--29038859	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
29045157--29045200	22	2.0	22	100	0	88	13	27	9	50	1.72
29057622--29057667	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
29057629--29057678	23	2.2	22	82	10	57	40	14	8	38	1.75
29060738--29060781	20	2.2	20	91	0	70	6	20	11	61	1.52
29064295--29064477	49	3.7	49	86	2	267	30	25	19	25	1.98
29064294--29064474	100	1.8	100	95	0	326	30	24	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29070387--29070450	34	1.9	34	90	3	103	31	17	18	32	1.94
29070458--29070597	15	9.5	15	67	9	63	29	18	21	30	1.97
29070470--29070582	28	3.9	28	74	21	99	29	19	20	30	1.97
29072167--29072338	43	4.0	43	75	12	165	27	13	23	35	1.93
29081318--29081389	26	2.7	27	82	6	85	36	23	8	31	1.85
29081494--29081607	27	4.3	26	92	3	156	18	22	22	35	1.95
29082813--29082987	49	3.6	47	76	6	154	25	29	17	28	1.98
29084790--29084832	21	2.0	21	86	4	59	30	6	18	44	1.76
29091669--29091716	18	2.5	19	80	13	53	25	0	8	66	1.19
29091683--29091724	20	2.0	20	86	13	59	21	0	11	66	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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