genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28119460--28119514	28	2.0	28	100	0	110	36	10	18	34	1.86
28120809--28120918	26	4.2	26	95	0	184	35	5	22	36	1.78
28122537--28122676	27	5.2	27	88	2	183	17	24	22	35	1.96
28122537--28122676	54	2.6	55	89	2	203	17	24	22	35	1.96
28138937--28139003	30	2.2	30	84	5	82	26	20	26	25	1.99
28138950--28139069	30	3.8	29	73	16	87	28	15	28	28	1.96
28138950--28139108	66	2.4	66	81	6	178	28	13	29	28	1.94
28140054--28140181	64	2.0	64	98	0	247	25	27	9	37	1.87
28144210--28144457	131	1.9	131	84	3	329	27	18	16	37	1.93
28145866--28145925	19	3.4	18	76	19	65	18	20	13	48	1.81
28145872--28145910	14	2.8	14	96	0	69	17	20	12	48	1.80
28149536--28149723	64	2.9	64	91	0	286	34	15	12	36	1.86
28149745--28150271	131	4.0	131	89	2	806	28	17	26	27	1.98
28153299--28153542	131	1.9	131	87	1	364	29	17	16	37	1.91
28153299--28153571	131	2.1	130	84	4	343	29	18	15	36	1.91
28153315--28153666	131	2.7	131	80	3	323	29	18	17	34	1.94
28156004--28156069	25	2.8	24	73	15	73	53	12	0	34	1.38
28155991--28156065	25	3.1	25	73	17	70	56	10	0	33	1.34
28160378--28160444	5	13.0	5	79	17	75	77	0	1	20	0.85
28160378--28160444	16	4.3	16	80	16	79	77	0	1	20	0.85
28163785--28163836	16	3.1	16	76	17	52	17	0	38	44	1.49
28170802--28170873	36	2.0	36	97	0	135	43	8	13	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28171918--28172813	47	19.1	47	98	0	1668	35	12	27	23	1.91
28172787--28172877	46	2.0	46	88	0	137	34	8	30	26	1.87
28174211--28174402	100	1.9	101	90	1	305	34	21	5	38	1.76
28177533--28177601	34	2.0	34	88	0	102	30	23	14	31	1.94
28179481--28179561	38	2.1	38	93	0	135	27	20	28	23	1.99
28187632--28187727	27	3.6	27	86	0	129	35	18	17	28	1.94
28187725--28187797	26	2.8	26	76	12	78	32	17	16	32	1.93
28198127--28198203	29	2.7	29	89	0	109	25	28	18	27	1.98
28198978--28199100	59	2.1	59	95	0	219	45	5	26	22	1.74
28200748--28200883	51	2.7	51	85	4	177	29	27	14	28	1.95
28200787--28200974	51	3.8	49	78	6	171	28	27	19	25	1.98
28200839--28200977	49	2.8	49	80	6	163	28	26	20	23	1.99
28204684--28204819	43	3.2	42	78	8	116	27	19	25	28	1.98
28211124--28211176	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
28212661--28212770	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
28224067--28224123	13	3.9	15	80	17	57	5	21	3	70	1.22
28224066--28224111	17	2.9	16	81	15	51	4	23	4	67	1.27
28224582--28224741	27	5.9	27	90	0	257	26	21	18	33	1.96
28224733--28224971	27	8.9	27	77	8	128	31	9	21	37	1.85
28224649--28225165	54	9.4	52	78	11	272	30	11	21	36	1.88
28224784--28225165	27	13.7	27	77	7	325	31	9	21	37	1.85
28224940--28225072	65	2.0	65	97	0	248	35	9	22	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28224888--28225126	119	2.0	119	93	1	408	33	9	21	35	1.85
28224840--28225172	173	1.9	173	91	0	540	32	9	21	37	1.85
28226517--28226667	66	2.3	65	81	8	173	25	32	23	17	1.97
28226808--28227028	41	5.4	41	85	1	300	35	21	23	19	1.96
28226808--28227028	81	2.7	82	84	1	300	35	21	23	19	1.96
28226808--28227029	122	1.8	122	89	1	347	35	21	22	19	1.96
28227186--28227225	14	2.9	14	88	0	53	30	0	22	47	1.52
28228091--28228122	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
28228094--28228161	24	2.8	24	76	10	75	57	0	4	38	1.19
28229712--28229754	18	2.4	17	84	7	59	23	6	27	41	1.80
28231543--28231794	133	1.9	133	95	0	459	20	9	17	51	1.74
28233863--28233902	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
28234325--28234364	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
28233480--28234456	462	2.1	462	98	0	1864	35	11	11	42	1.77
28240973--28241256	43	6.6	43	85	4	288	26	20	23	29	1.99
28240972--28241256	86	3.3	85	82	5	331	26	20	23	29	1.99
28240973--28241256	129	2.2	128	81	4	322	26	20	23	29	1.99
28242418--28242474	29	2.0	29	89	3	89	29	29	17	22	1.97
28257029--28257222	51	3.8	51	88	2	284	30	12	26	30	1.93
28257029--28257222	101	1.9	102	87	3	284	30	12	26	30	1.93
28258730--28258797	34	2.0	34	97	0	127	35	7	35	22	1.82
28260875--28260948	19	3.6	19	71	18	67	55	5	1	37	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28263263--28263464	48	4.3	48	72	12	143	26	25	19	29	1.98
28263223--28263429	90	2.3	89	80	6	213	28	23	18	29	1.98
28263436--28263575	48	2.9	48	80	1	163	26	30	17	25	1.97
28266219--28266289	23	3.2	23	77	18	96	50	12	8	28	1.69
28270627--28270783	43	3.7	43	72	10	124	28	15	24	30	1.96
28271933--28271971	18	2.3	16	82	8	51	53	0	5	41	1.23
28273581--28273618	9	4.2	9	93	0	67	21	31	0	47	1.51
28274027--28274061	15	2.3	15	100	0	70	42	20	8	28	1.81
28278452--28278770	179	1.8	175	82	9	414	28	24	16	30	1.97
28278883--28279260	177	2.1	177	88	4	557	27	25	17	29	1.97
28279057--28279153	44	2.2	45	78	14	103	28	25	16	28	1.97
28279557--28279793	62	3.9	64	81	10	307	37	15	16	30	1.90
28279655--28279773	55	2.2	55	89	1	177	37	13	16	31	1.88
28279827--28279853	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
28290918--28291172	40	6.1	40	80	10	231	32	21	18	26	1.97
28290987--28291090	51	2.0	51	96	0	190	33	18	18	29	1.95
28290946--28291127	91	2.0	92	90	1	285	32	20	19	27	1.97
28297576--28297632	30	1.9	30	92	0	96	31	7	12	49	1.67
28302015--28302539	254	2.1	254	85	6	704	38	8	6	46	1.60
28302455--28302488	16	2.1	17	88	5	52	47	0	8	44	1.34
28302502--28302544	20	2.2	20	87	8	61	32	0	4	62	1.15
28303143--28303664	249	2.1	243	83	5	629	39	8	6	45	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28305399--28305454	29	2.0	28	89	3	85	33	25	19	21	1.97
28307057--28307082	12	2.2	12	100	0	52	15	0	0	84	0.62
28311326--28311353	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
28314705--28314729	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
28315845--28316006	42	3.8	42	77	7	139	23	15	27	33	1.95
28321154--28321204	25	2.0	25	100	0	102	25	19	23	31	1.98
28322296--28322484	29	6.5	29	85	4	247	37	14	28	19	1.91
28324253--28324328	40	1.9	40	83	5	100	34	22	15	27	1.95
28331945--28332151	53	3.8	53	77	4	209	38	17	23	19	1.93
28339404--28339541	55	2.5	54	76	1	141	35	21	23	19	1.96
28343023--28343112	29	3.1	29	90	1	146	28	12	27	31	1.93
28346982--28347057	29	2.7	29	82	10	93	30	13	26	30	1.94
28347008--28347071	28	2.2	29	88	2	94	31	15	23	29	1.95
28352530--28352605	40	1.9	40	86	5	109	32	23	17	26	1.96
28364189--28364232	22	2.0	21	95	4	79	20	50	0	27	1.48
28367094--28367152	21	2.9	21	89	2	66	42	13	18	25	1.87
28367108--28367152	21	2.1	21	100	0	90	42	13	20	24	1.87
28375453--28375620	43	3.9	43	80	6	198	33	27	14	24	1.94
28380045--28380299	55	4.8	53	78	12	247	34	15	25	23	1.95
28383303--28383473	93	1.8	93	92	0	288	28	27	21	23	1.99
28383298--28383470	46	3.7	46	75	13	183	28	26	20	23	1.99
28383896--28383955	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28390639--28390777	40	3.5	40	85	4	185	26	24	25	23	2.00
28395055--28395128	37	2.0	37	100	0	148	35	0	13	51	1.41
28397436--28397548	39	2.9	39	93	0	190	22	25	30	21	1.98
28403145--28403360	40	5.3	40	84	7	276	26	27	22	23	2.00
28403145--28403360	83	2.7	80	85	4	283	26	27	22	23	2.00
28413204--28413412	55	3.9	54	81	10	266	35	14	26	23	1.93
28413211--28413411	108	1.8	110	86	6	293	35	14	26	23	1.94
28418194--28418371	40	4.5	40	90	3	263	24	23	27	24	2.00
28422355--28422452	34	2.9	33	83	3	108	23	23	22	30	1.99
28428944--28428982	16	2.3	17	82	13	53	79	0	20	0	0.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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