genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81399847--81399907	24	2.5	24	86	5	79	21	16	27	34	1.95
81402371--81402491	10	13.4	9	71	17	83	61	2	0	35	1.09
81402371--81402491	32	3.4	34	77	16	102	61	2	0	35	1.09
81402433--81402495	17	3.6	18	76	6	67	63	0	0	36	0.95
81402405--81402496	34	2.6	36	73	15	93	61	3	0	34	1.12
81402932--81402973	10	4.1	10	80	17	50	40	2	2	54	1.26
81402920--81402971	21	2.5	21	80	17	56	38	1	3	55	1.29
81409235--81409282	22	2.2	22	92	0	78	37	29	29	4	1.76
81419652--81419686	3	11.7	3	93	0	61	34	2	0	62	1.10
81421072--81421214	35	4.1	35	79	6	146	40	15	20	23	1.90
81421082--81421214	69	1.9	70	82	1	169	39	15	20	24	1.91
81424686--81424744	22	2.7	22	91	0	91	38	15	20	25	1.91
81424689--81424764	22	3.5	21	82	7	62	36	18	18	26	1.94
81426295--81426500	3	69.7	3	66	13	61	27	6	3	62	1.37
81426451--81426494	17	2.6	17	82	7	54	29	4	4	61	1.36
81426451--81426500	20	2.5	20	83	6	57	28	4	4	64	1.30
81432525--81432551	14	1.9	14	100	0	54	29	11	7	51	1.64
81436497--81436534	12	3.2	12	88	3	60	76	0	0	23	0.79
81436500--81436533	3	11.7	3	87	6	52	73	0	0	26	0.83
81451795--81451834	13	3.0	13	85	3	53	40	10	0	50	1.36
81451790--81451832	13	3.2	13	83	3	50	37	9	2	51	1.47
81451972--81452022	22	2.3	22	86	10	77	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81452005--81452051	24	2.0	24	83	8	60	46	2	0	51	1.13
81452004--81452052	14	3.8	13	76	15	57	44	2	0	53	1.12
81456488--81456514	14	1.9	14	100	0	54	22	22	18	37	1.95
81459864--81459904	21	2.0	21	95	0	73	19	29	19	31	1.96
81466854--81467069	51	4.3	51	91	1	335	30	24	13	31	1.94
81466851--81467069	101	2.2	102	90	0	350	30	24	13	31	1.94
81468501--81468601	49	2.1	48	92	3	175	22	22	6	46	1.75
81476083--81476244	81	2.0	81	100	0	324	34	13	4	46	1.65
81480189--81480231	19	2.2	20	87	4	61	27	18	6	46	1.75
81487555--81487583	14	2.1	14	100	0	58	6	24	13	55	1.63
81488424--81488897	87	5.4	87	91	2	722	34	21	24	20	1.97
81488435--81488854	44	9.6	44	67	16	232	33	21	25	18	1.96
81488424--81488891	174	2.7	174	94	2	798	33	21	24	20	1.97
81492976--81493943	206	4.7	206	98	0	1846	27	22	18	30	1.98
81501607--81501662	10	5.4	10	74	16	51	33	28	0	37	1.58
81501812--81501910	49	2.0	49	88	1	146	33	7	3	56	1.42
81502858--81502894	7	5.3	7	93	0	65	29	0	10	59	1.31
81503511--81503552	18	2.3	18	91	0	66	26	28	2	42	1.67
81503949--81504086	56	2.5	56	92	0	231	39	3	6	50	1.46
81507057--81507443	126	3.1	125	84	5	467	29	18	15	35	1.92
81507609--81507643	17	1.9	17	88	11	52	54	31	0	14	1.40
81508404--81508459	26	2.2	26	96	0	103	32	7	25	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81511524--81511587	29	2.2	30	83	8	78	43	4	0	51	1.22
81511682--81511722	20	2.0	20	90	0	64	31	31	9	26	1.89
81516308--81516428	41	2.9	39	76	17	120	38	4	5	50	1.48
81516520--81516555	16	2.2	16	90	9	56	77	0	2	19	0.88
81518105--81518177	10	7.8	9	75	16	60	34	2	4	58	1.31
81518114--81518168	27	2.0	27	100	0	110	32	3	3	60	1.32
81531507--81531550	16	2.7	16	85	3	52	75	0	18	6	1.02
81531507--81531565	20	2.9	19	78	14	55	72	3	18	5	1.17
81532506--81532599	18	5.3	18	71	11	68	35	13	14	36	1.86
81537015--81537418	98	4.1	98	97	1	749	32	9	6	51	1.59
81537407--81537454	21	2.2	23	88	7	73	39	0	4	56	1.19
81543138--81543193	26	2.2	26	90	0	85	37	5	21	35	1.76
81544157--81544627	236	2.0	236	99	0	933	27	14	23	35	1.93
81544914--81544966	26	2.0	26	82	7	63	39	20	15	24	1.91
81549135--81549190	26	2.2	26	96	0	103	37	5	21	35	1.76
81555330--81555374	17	2.6	17	89	0	72	24	15	20	40	1.91
81558427--81558458	16	2.0	16	100	0	64	37	12	25	25	1.91
81562121--81562190	31	2.3	31	78	9	72	18	28	35	17	1.93
81573551--81573580	3	9.7	3	92	7	51	63	0	3	33	1.11
81578567--81578600	17	2.0	17	88	0	50	0	29	0	70	0.87
81578576--81578602	13	2.1	13	100	0	54	0	25	0	74	0.83
81578886--81579009	62	2.0	62	98	0	239	31	20	4	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81581195--81581261	22	3.1	21	79	14	82	38	19	25	16	1.92
81581197--81581556	47	7.7	47	90	0	573	37	18	22	22	1.94
81581219--81581553	94	3.6	94	100	0	670	37	17	21	22	1.94
81588928--81588962	16	2.1	17	89	5	54	45	5	17	31	1.71
81590590--81590717	48	2.7	46	84	8	152	27	20	28	23	1.99
81595558--81595614	28	2.0	28	86	0	78	28	7	3	61	1.39
81595620--81595708	46	2.0	44	88	4	133	26	1	7	64	1.28
81595620--81595709	24	3.9	23	75	16	87	27	1	7	63	1.29
81597658--81597702	19	2.4	19	88	7	65	22	22	13	42	1.88
81598286--81598341	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
81599828--81599880	26	2.0	25	82	13	63	41	22	9	26	1.84
81600061--81600113	26	2.0	25	82	13	63	41	22	9	26	1.84
81599707--81600171	233	2.0	233	99	0	921	35	16	16	31	1.91
81600406--81600518	56	2.0	56	100	0	226	23	17	28	30	1.97
81604088--81604131	21	2.1	21	100	0	88	36	4	36	22	1.75
81605643--81606426	26	30.2	26	100	0	1568	30	7	26	34	1.85
81608744--81608794	9	5.7	9	88	0	75	47	13	9	29	1.75
81608744--81608794	18	2.8	18	90	0	84	47	13	9	29	1.75
81608800--81608897	17	5.4	17	63	13	52	48	15	4	31	1.63
81608794--81608902	37	2.9	37	95	0	200	46	16	4	32	1.67
81615312--81615342	8	3.9	8	100	0	62	9	0	51	38	1.35
81615281--81615326	13	3.5	13	87	0	65	17	0	45	36	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81618814--81618970	53	3.0	53	95	0	269	23	16	7	52	1.68
81618876--81618966	26	3.4	26	66	20	71	23	15	6	54	1.64
81619015--81619093	39	2.0	39	100	0	158	37	7	15	39	1.76
81619442--81619553	46	2.4	46	83	2	136	35	13	25	25	1.92
81620166--81620498	44	7.7	43	72	12	150	31	18	22	28	1.97
81620213--81620319	46	2.4	44	82	3	124	35	23	14	26	1.94
81620343--81620409	33	2.0	33	94	0	116	25	17	26	29	1.98
81620303--81620452	77	1.9	76	82	5	185	26	17	26	30	1.97
81620209--81620531	167	1.9	168	89	0	495	31	18	21	28	1.97
81622056--81622124	27	2.4	30	86	11	101	31	4	0	63	1.14
81622056--81622127	28	2.6	29	80	14	96	31	5	0	62	1.18
81622056--81622132	27	2.8	27	77	18	86	31	5	0	63	1.16
81622137--81622190	26	2.2	24	80	12	56	22	0	9	68	1.17
81622205--81622261	25	2.3	25	87	6	80	31	1	0	66	1.02
81627316--81627368	26	2.0	26	100	0	106	22	15	15	47	1.82
81627521--81627563	12	3.3	13	90	9	70	76	16	0	6	0.99
81637515--81637545	8	3.8	8	91	8	53	83	0	16	0	0.64
81637611--81637684	37	2.0	37	97	0	139	25	8	29	36	1.85
81640097--81640143	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
81640114--81640173	17	3.2	19	86	13	88	35	16	10	38	1.82
81640536--81640803	45	5.9	45	76	6	238	26	27	14	31	1.95
81640544--81640712	89	1.9	89	87	0	248	26	30	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81640743--81641817	78	13.8	78	95	0	1821	25	22	18	32	1.97
81649875--81649940	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
81649892--81649989	19	5.2	19	87	7	137	35	17	11	35	1.85
81649892--81649983	36	2.4	37	89	7	132	36	16	10	35	1.84
81655665--81655696	13	2.5	13	89	0	55	71	18	0	9	1.12
81657258--81657298	16	2.6	15	88	11	64	75	4	0	19	0.98
81662681--81662884	40	5.1	40	80	8	229	26	27	21	24	1.99
81662702--81662882	79	2.3	80	83	7	226	26	28	20	24	1.99
81666176--81666220	21	2.2	20	92	7	74	11	46	11	28	1.74
81666891--81666921	15	2.1	15	93	0	53	12	3	0	83	0.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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